토지와 주택의 소유자가 상이하고, 동일세대원이 아니면서 고가주택인 경우, 그 부수토지 양도의 과세방법

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인 김○진, 김○순, 김○진, 김○화(이하 “청구인들”이라 한다)의 어머니 정○봉(2008.9.28. 사망, 이하 “피상속인”이라 한다)은 1997.3.3. 경기도 고양시 ○○구 ○○동 333-4 대지 645㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 쟁점토지 소재지가 건교부 고시 제2006-526호(2006.12.11.)로 개발계획승인 고시된 고양○○지구 택지개발사업에 편입됨에 따라 2006.12.22. 사업시행자인 한국토지공사에 협의양도(수용)하였으며, 쟁점토지에 대한 보상금 1,089,405,000원을 수령한 후, 쟁점토지의 양도가 구 조세특례제한법 제85조 (2006.12.30. 법률 제8146호에 의거 삭제) 규정에 의한 기준시가 적용대상에 해당한다고 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여 2007.2.9. 양도소득예정신고 및 세액 144,975,260원을 자진납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지 지상에 피상속인과 별도세대를 구성하고 있는 아들 김○진(69세)과 딸 김○순(64세)이 1997년 7월 및 9월에 각각 주택 및 영업소 113.57㎡(이하 “쟁점주택”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)의 1/2 지분을 취득하여 2007.8.2. 한국토지공사에 협의양도(수용)하고, 보상금 37,611,440원을 각각 수령하였으며, 쟁점토지와 쟁점주택의 소유자가 각각 상이하고, 별도세대이나, 쟁점토지의 양도를 고가주택 부수토지의 양도로 보고, 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여, 2008.8.8. 피상속인에게 2006년 귀속 양도소득세 167,233,170원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인들은 피상속인이 2008.9.28. 사망하여 납세의무가 승계됨에 따라 이에 불복하여 2008.10.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 고가주택의 판정은 소유자의 지분에 관계없이 판정대상 주택이 소득세법 제156조 규정에 의한 고가주택의 범위에 해당하면 고가주택으로 보는 것이며, 이는 주택과 주택의 부수토지 소유자가 다른 경우에도 주택과 주택부수토지 양도가액의 함계액으로 고가주택을 판정한다는 의미이나, 주택에 부수되는 토지의 소유자가 동일세대원이 아닌 경우, 1세대1주택 양도시 주택부분은 비과세되고, 주택에 부수되는 토지는 과세대상이 되는 것과 마찬가지로, 고가주택의 지분이 없는 자가 양도하는 부수토지에 대하여는 고가주택의 과세방법인 실지거래가액을 적용할 수 없으며, 당해 주택에 부수되는 토지가 구 조세특례제한법 제85조 규정에 해당하면, 기준시가를 적용하여 양도소득금액을 산정하여야 하는 바, 쟁점주택의 공동소유자인 김○진, 김○순은 피상속인과 별도세대이므로, 쟁점토지의 양도소득금액은 구 조세특례제한법 제85조 규정을 적용하여 기준시가에 의하여 산정하여야 한다.

(2) 양도소득금액 계산시 쟁점토지를 고가주택의 부수토지로 보아 실지거래가액에 의하여 산정한다면, 무주택자인 피상속인은 1세대1주택 소유자에 해당하여 비과세되는 고가주택의 부수토지를 양도한 것이므로 6억원을 초과하는 부분만 과세대상으로 보아야 함에도 처분청이 1세대1주택 비과세 규정을 적용할 때는 동일세대원이 아닌 자가 주택의 부수토지를 소유하면 주택을 소유한 것으로 보지 아니하고 1세대1주택 비과세 규정의 적용을 배제하면서, 쟁점토지의 양도소득금액 게산시는 고가주택에 부수되는 토지로 보아 실지거래가액에 의해 양도소득금액을 산정하는 것은 형평에 맞지 아니하므로 쟁점토지의 양도소득금액을 고가주택의 부수토지 양도로 보아 실지거래가액에 의해 과세한다면, 다른 주택이 없는 피상속인의 쟁점토지 양도에 대하여도 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 고가주택의 범위에 대해 소득세법 시행령 제156조 에서 “주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시 실지거래가액의 합계액[1주택 및 이에 부수되는 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유 부분을 포함한다)의 면적이 전체 주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다]이 6억원을 초과하는 것으로 한다”고 규정되어 있는 바, 쟁점토지는 양도가액이 10억8,900만원이므로 실지거래가액 과세대상에 해당한다. (2) 소득세법 시행령 제154조 규정에 의한 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 주택과 이에 부수되는 토지를 동일세대원이 각각 소유한 경우에는 1세대1주택으로 보는 것이며, 그 주택 및 부수토지의 소유자가 다른 세대를 구성한 상태에서 양도하는 경우에는 주택의 소유자와 동일세대를 구성하지 아니한 가족의 소유토지에 대하여는 양도소득세가 과세되므로 처분청이 쟁점토지를 고가주택의 부수토지로 보아 실지거래가액에 의해 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 고가주택의 부수토지(피상속인 소유)는 2006년, 주택(아들 김○진, 딸 김○순 소유)은 2007년에 각각 수용되었고, 주택과 부수토지의 소유자가 상이하며, 동일세대원이 아닌 경우, 그 부수토지의 양도(수용)에 대해 구 조세특례제한법 제85조 규정을 적용하여 기준시가에 의해 양도차익을 산정할 수 있는지 여부

② 부수토지의 양도를 고가주택의 양도로 보아 과세하는 경우, 1세대1주택 배과세 규정을 적용하여 6억원을 초과하는 부분에 대하여만 과세할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 〇 제95조【양도소득금액】

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 〇 소득세법 시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】(2002.12.30. 제목개정)

① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액-6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × 양도가액 〇 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나우어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다. 〇 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(괄호생략) 전에 취득하여 2006년 12월 31일이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다 (가) 피상속인은 쟁점토지를 사업시행자인 한국토지공사에 협의 양도(수용)한 후, 쟁점토지의 양도가 구 조세특례제한법 제85조 규정에 의한 기준시가 적용대상에 해당한다고 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득예정신고 및 자진납부하였고, 처분청은 쟁점토지를 고가주택의 부수토지로 보아 실지거래가액에 의해 양도차익을 계산하여 이 건 고지하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다. (나) 처분청의 양도소득세 조사보고서에 의하면, 쟁점토지의 보상가액은 1,089,405,000원, 쟁점주택의 보상가액은 74,654,880원으로 하여 사업시행자인 한국토지공사에 협의양도하였고, 총 양도가액이 1,164,059,880원으로 고가주택에 해당하며, 쟁점토지 소유자는 피상속인으로 무주택 소유자이고, 쟁점주택은 김○진, 김○순 공동소유로서, 주택의 양도시기는 2007.8.6.이므로 조사일 현재 확정신고시기가 도래하지 아니하여 쟁점토지의 양도에 대하여만 고가주택 부수토지의 양도로 보아 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 것으로 나타난다. (다) 피상속인은 토지만 양도하였고 주택의 소유자와 그 부수토지의 소유자가 동일세대원이 아니므로 실지거래가액이 아닌, 기준시가 과세대상임에도 처분청이 별도 세대원 소유의 건축물과 함께 전체를 고가주택으로 보아 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 수용확인원, 주민등록초본 등을 제출하고 있으므로 이에 대해 본다.

1. 쟁점토지는 택지개발촉진법 제8조 및 택지개발촉진법 시행령 제18조 규정에 의거 건교부 고시 제2006-526호(2006.12.11.)로 개발계획승인 고시된 고양삼송지구 택지개발사업에 편입됨에 따라 2006.12.22. 사업시행자인 한국토지공사에 수용(협의양도)되었음이 아래와 같이 수용확인원에 의해 확인된다. <수용확인원> -한국토지공사 (단위: 원) 소재지 소유자 대상물건 면적 수용일자 보상액 고양시 구 동 333-4 정○봉 토지 645 2006.12.22. 1,089,405,000 김○진 주택 113.57 2007.08.06. 37,611,440 김○순 주택 113.57 2007.08.06. 37,611,440 합 계 1,164,627,880

2. 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면 쟁점토지는 피상속인의 소유로, 쟁점주택은 피상속인의 아들 김○진과 딸 김○순의 공동소유(각각 1/2 지분)로 등재되어 있다.

3. 피상속인과 쟁점주택의 공동소유자인 김○진, 김○순의 주민등록초본 및 피상속인의 입퇴원확인서에 의하면, 피상속인은 1987.7.3. 쟁점주택에 전입하여 혼자서 거주하다가 지병(치매)으로 2007.9.20. 이후 딸 김○화가 거주하는 주택의 인근(서울특별시 ○○동)에 소재하는 “포근한 요양원”에 입원하여 요양․치료를 받다가 2008.9.28. 사망한 것으로 나타나고, 김○진은 2003.5.12. 이후 서울특별시 ○○구 ○○동 169-69 ○○빌라 101호에 거주하고, 김○순은 1989.10.27. 이후 경기도 고양시 ○○구 ○○동에 거주하고 있어 각각 별도세대를 구성한 것으로 나타난다. (라) 위 사실관계 등을 종합해 보면, 소득세법 시행령 제156조 의 규정에 의한 고가주택의 판정은 주택과 그 부수토지의 소유자가 각각 다른 경우에도 주택 및 그 부수토지의 양도가액 합계액이 6억원을 초과하는 경우에는 이를 고가주택으로 보는 것이며, 고가주택 및 그 부수토지는 소득세법 제96조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 실지거래가액을 적용하여 양도가액을 산정하여야 할 것인 바, 토지와 주택의 소유자가 다르지만 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 쟁점부동산의 양도에 대하여 처분청이 이를 고가주택으로 보아 쟁점토지의 양도에 대해 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.(국심 2006서3106, 2007.10.5. 같은 뜻임)

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청은 주택 및 부수토지의 소유자들이 서로 다른 세대를 구성한 상태에서 양도하는 경우에는 주택의 소유자와 동일세대를 구성하지 아니한 가족의 소유토지에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것으로 보고 쟁점토지를 고가주택의 부수토지로 보아 실지거래가액에 의해 양도소득세를 과세하였으며, 이에 대해 청구인은 부수토지의 양도를 고가주택의 양도로 보아 과세하더라도 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여 6억원을 초과하는 부분에 대하여만 과세하여야 한다고 주장한다. (나) 소득세법 시행령제154조 규정에 의한 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 주택과 이에 부수되는 토지를 동일세대원이 각각 소유한 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 비과세 할 수 있으나, 그 주택 및 부수토지의 소유자들이 서로 다른 세대를 구성한 상태에서 양도하는 경우에는 주택의 소유자와 동일세대를 구성하지 아니한 가족의 소유토지에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것이므로 처분청이 쟁점토지를 고가주택의 부수토지로 보아 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 과세한 당초처분은 적법하다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.