주택의 부수토지가 06년 수용되고, 주택 건물은 07년 수용되었고, 양도시기에 대하여 관련예규를 변경한 사실이 확인되는 바, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것이 타당함.
주택의 부수토지가 06년 수용되고, 주택 건물은 07년 수용되었고, 양도시기에 대하여 관련예규를 변경한 사실이 확인되는 바, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것이 타당함.
○○○세무서장이 2008.8.6. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 67,271,360원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.
(1) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. 제21조【납세의무의 성립시기】① 국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.
1. 소득세 또는 법인세는 과세기간이 종료하는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세에 있어서는 당해 법인이 해산(분할 또는 분할합병으로 인한 해산을 포함한다) 또는 합병을 하는 때
2. ~ 11. (생 략) 제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때
3. 제1호 및 제2호외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)
(2) 소득세법(2007.7.19. 법률 제8524호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 1.·2. (생 략)
3. 대통령령이 정하는 1세대1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.
② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.
1. ~ 8. (생 략)
9. 그 밖에 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수(數)ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우 (3) 소득세법 시행령(2007.8.6. 대통령령 제20212호로 개정되기 전의 것) 제162조【양도 또는 취득의 시기】법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 접수일 제162조의2【양도가액】⑤ 법 제96조 제2항 제9호에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 2주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다. 이 경우 다가구주택의 주택수 계산에 대하여는 제155조 제15항의 규정을 준용(거주자가 선택하는 경우에 한한다)하고, 공동상속주택의 주택수 계산에 대하여는 제167조의3 제2항 제2호의 규정을 준용하며, 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우의 양도주택의 결정방법에 대하여는 제154조 제9항의 규정을 준용한다.
(1) 청구인은2006.12.21. 쟁점토지를 ○○○에 양도(협의매수에 의한 수용)하면서 양도당시 배우자 명의의 단독주택이 존재하므로 2007.2.28. 1세대2주택에 해당되는 것으로 보아 쟁점토지에 대한 양도소득세를 실지거래가액으로 하여 2006년 귀속 양도소득세 67,271천원을 신고·납부하였다.
(2) 청구인은 배우자의 단독주택을 2007.4.3. 양도하면서 1세대2주택으로 양도소득세를 신고·납부하였으며, 2007.8.16. 쟁점주택을 ○○○에 협의보상에 의하여 양도하였다.
(3) 청구인은2006.12.21. 쟁점토지의 양도시점에 청구인의 배우자가 단독주택을 소유하고 있어 1세대2주택으로 양도소득세를 신고·납부하였으나 쟁점토지 양도 당시의 국세청 예규(서면 ○○○ 2007.1.23. 외 다수)에서는 "주택 및 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급된 경우에는 전체를 하나의 양도행위로 보아 양도시기를 적용"하도록 하고 있었으므로 보상금이 최종적으로 지급된 2007.8.16.이 쟁점토지와 쟁점주택의 양도시기에 해당하고, 청구인의 배우자가 소유하던 단독주택은 2007.4.13. 양도되어 쟁점토지와 쟁점주택의 양도시기인 2007.8.16.에는 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 양도라고 판단하여 2008.5.31. 쟁점토지의 양도시 신고·납부한 양도소득세 67,271천원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.
(4) 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 쟁점토지의 양도시기는 소득세법제98조 및 소득세법 시행령 제162조 제1항 에 의하여 "당해 자산의 대금을 청산하는 날"로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 양도시기로 규정하고 있고, 청구인의 쟁점주택의 지장물 보상합의가 이루어지기 이전인 2007.5.18. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 사업시행자에게 당해 부동산을 양도하는 경우로서 양도하는 당해 부수토지 및 주택에 대한 보상금이 시차를 두고 지급된 경우 부수토지의 양도시기는 부수토지의 보상금 수령일과 소유권이전 등기일 중 빠른 날"로 보도록 국세청의 해석이 변경되었으므로 청구인의 경정청구에 대하여 이유가 없다고 보아 2008.8.6. 경정청구를 거부하였다.
(5) 국세청은 이 건과 같이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 수용되는 경우로서 당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되는 경우의 양도시기에 대하여 2007.3.2. 전에는 "당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 최종 지급되는 때를 기준으로 소득세법 시행령제162조 규정을 적용하는 것(○○○ 2007.1.23.외 다수)"이라고 유권해석하여 운영하여 오다가 국세청 예규를 변경(○○○ 2007.3.2.)하여 "주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 당해 부수토지에 대한 소유권이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기"로 보도록 하였음이 심리자료에 나타난다. (6)국세기본법제15조에서 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 하며, 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다고 규정하고 있다. 또한, 대법원은 세법의 해석이 납세자에게 받아들여진 후에 한 처분청의 경정·결정처분은 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고, 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대해 납세자에게 귀책사유가 없으며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명에 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 이러한 요건을 모두 충족한 때에 한해 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 판시하였다.(대법원 2000.8.18.선고 ○○○ 참고) (7)국세기본법제18조 제3항에서 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있고, 또한, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용(국세기본법 기본통칙 18-0…2)하고 있다.
(8) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구인의 쟁점토지는 2006.12.21. ○○○에 소유권이전 되었고, 당시의 국세청 예규는 당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 최종 지급되는 때를 기준으로 전체를 하나의 양도로 보아 양도시기를 판단하도록 하였다가, 2007.3.2.에 관련예규를 변경한 사실이 확인되는 바, 국세청은 새로운 예규의 변경일인 2007.3.2. 전에는 이 건과 같은 사안에 대한 양도시기에 대하여 보상금이 최종지급되는 때를 기준으로 전체를 하나의 양도로 본다고 일관되게 해석하여 왔으므로 이러한 세법해석은 일반적으로 납세의무자에게 받아들여진 것으로 보이고, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것이 타당하므로 청구인의 쟁점토지의 양도에 대하여 2007.3.2. 변경된 국세청 예규를 근거로 하여 쟁점토지의 양도시기를 2006.12.21.로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 세법의 해석이 납세자에게 받아들여진 후에 한 처분에 해당되어 국세기본법제15조에 의한 신의·성실 및 같은 법 제18조에 의한 소급과세의 금지의 원칙에 위반되는 처분으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.