세금계산서의 공급자가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

○○세무서장이 2008.7.7. 청구인에게 한 2008년 1기분 부가가치세 52,714,270원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○○-○ ○○성원상떼빌 ○○○동 ○○○호(이하 󰡒쟁점상가󰡓라 한다)에서 2008.2.27. 부동산임대업을 개업한 사업자로서, 2008.2.15. ○○주택3단지재건축조합(대표자 안○○, 이하 󰡒○○주택조합󰡓이라 한다)으로부터 공급가액 429,829,364원에 쟁점상가를 공급받은 것으로 하여 세금계산서(이하 󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 교부받고 2008년 1기분 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서 관련 매입세액 42,982,936원을 환급세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점상가의 공급자가 ○○주택조합이 아닌 주식회사○○주택건설(이하 󰡒○○주택건설󰡓이라 한다)이라고 보고 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 불공제하고 2008.7.7. 청구인에게 2008년 1기분 부가가치세 52,714,270원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○주택조합, ○○주택건설, ○○산업개발주식회사(이하 󰡒○○산업개발󰡓이라 한다), ○○○부동산신탁주식회사(이하 󰡒○○○신탁󰡓이라 한다)의 합의에 의하여 청구인과 청구인의 배우자 김○○(이하 󰡒청구인등󰡓이라 한다)이 ○○주택건설로부터 받아야 할 지분양도대금 및 지급수수료를 쟁점상가로 대신 받은 것이므로, ○○주택조합을 공급자로 하여 청구인이 교부받은 쟁점세금계산서는 정상적인 세금계산서에 해당한다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점상가를 대물변제로 취득한 것은 ○○주택건설에 주식 양도 및 기타 채권을 상계하기 위한 것으로 ○○주택조합으로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 것은 정당하다는 주장이나, 청구인은 쟁점상가 취득에 따른 세금계산서를 실제 거래관계(대가관계)가 있는 ○○주택건설로부터 수취하여야 하나 ○○주택조합으로부터 수취하였기에 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서인지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 󰡒세금계산서󰡓라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항“이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 매도인 ○○주택조합(조합장 최○○)과 매수인 청구인이 2008.2.5. 체결한 쟁점상가 분양계약서에 의하면, 쟁점상가는 건물부분 계약면적이 115.483㎡(전용면적 65.800㎡, 공용면적 49.683㎡), 대지면적(공유지분)이 11.900㎡로 나타나고, 총 분양대금이 705,690,000원(대지가격 232,877,700원, 건물가격 429,829,364원, 부가가치세 42,982,936원)으로 나타난다.

(2) 쟁점상가 등기부등본에 의하면, ○○주택조합(대표자 안○○)이 2007.6.20. 소유권보존등기를 하였고, 2008.2.27. 청구인이 2008.2.5. 매매를 원인으로 ○○주택조합으로부터 소유권을 이전받았으며, 거래가액은 662,707,064원으로 나타난다.

(3) 청구인은 2008.2.15. ○○주택조합으로부터 쟁점상가 건물부분을 공급가액 429,829,364원에 공급받은 것으로 하여 쟁점세금계산서를 교부받았고, 쟁점상가 토지부분은 232,877,700원에 공급받은 것으로 하여 계산서를 교부받은 것으로 심라자료에 나타난다.

(4) 청구인이 제시하는 사업시행대행약정서(2002.6.20.), 건축허가서(2004.3.5.),자금관리대리사무계약서(2005.3.21.), ○○○지방법원 화해권고결정문 및 그 사건 소장 등 심판청구서류에 의하면 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인의 배우자 김○○은 평소 알고 지내던 임○○와 함께 ○○도 ○○시 ○○동 ○○○-○ 일대 ○○주택3단지 재건축사업(이하 󰡒이 건 재건축사업󰡓이라 한다)의 시행대행사업을 추진하기로 하고, 주식회사 ○○○○씨엠사업부(이후○○주택건설로 명칭 변경, 2002.7.10. 등기, 김○○은 주주 김동만의 배우자인 청구인은 주주 겸 공동대표, 임○○는 주주 겸 공동대표, 임○○의 배우자 이○○는 주주로 참여)를 설립하여 2002.6.20. 재건축사업 시행자 ○○주택재건축조합(이후 ○○주택조합으로 변경)과 사업시행대행약정서를 체결하였다는 내용이 나타난다. (나) 사업시행대행약정서에 의하면, 조합의 조합원지분을 제외한 나머지는 일반분양하여 그 분양대금으로 공사비는 물론 각종 사업부대비용 등 사업비로 충당하고, 잔여금액 중에서 조합의 해당조합원 대지환불금을 청산한 후 나머지는 ○○주택건설의 지분으로 한다는 내용이 나타난다. (다) 2005.3.21. 체결된 이 건 재건축사업 관련 자금관리대리사무계약서 주요내용을 보면, 계약당사자는 시행사(○○주택건설, ○○주택조합), 자금관리사(○○○신탁), 시공사(○○산업개발), 대상사업은 ○○시 ○○동 주상복합아파트 신축사업(이 건 재건축사업)으로 나타나고, 신축건물을 각 용도에 따라 분양하고 분양업무(분양광고, 분양계약서 작성 및 보관, 분양계약 체결 등 업무) 및 수분양자 분양대금 관리업무는 ○○주택건설의 책임과 부담으로 ○○주택건설이 수행하고 ○○주택조합은 분양계약서 제작 및 인쇄시 ○○주택조합을 매도인으로 수분양자를 매수인으로 하는 등 하여 분양계약 체결시 ○○○신탁과 사전에 협의하여야 하며, 분양계약자가 이를 숙지하도록 하여야 한다는 내용 등이 나타난다. (라) 이 건 재건축사업과 관련하여 건축주들(박○○, ○○주택건설 대표 임○○외59인)이 2004.3.5. 건축허가를 받은 후 일반분양을 시작하면서 김○○과 임○○의 관계가 여러 가지 사정으로 인하여 멀어지게 되었고, 이에 청구인등은 소유하고 있던 ○○주택건설의 주식을 ○○주택건설 임○○에게 양도하기로 하고 그 대가로 이 건 재건축사업으로 시행한 주상복합아파트의 수입금에서 현금 4억원, 약4억 상당의 상가 1채(1층 17호), 김○○의 기투입비용 2억원 합계 10억원 상당을 지급받기로 ○○주택건설 임○○와 약정하였는데, ○○주택건설이 약속한 현금 4억원을 지급하지 아니하자 김○○은 2005.4.26. ○○주택건설이 ○○주택조합에 대하여 가지는 이 건 재건축사업 시행대행용역 잔금청구채권 중 4억원의 채권을 가압류(○○지방법원 2005.4.26. 결정, 2005카단50225 채권가압류사건)한 시실이 있는 것으로 나타나고, 김○○은 ○○주택건설을 상대로 ○○지방법원에 지분인수합의대금 지급소송도 제기하여 2005.11.28. ○○지방법원으로부터 ○○주택건설은 김○○에게 4억원을 지급하라는 내용의 화해권고결정(○○지방법원 2005가합 7273) 을 받은 사실도 있는 것으로 나타난다. (마) 이후 청구인등과 ○○주택건설은 2005.12.29. 합의서를 작성하였는 바, 그 내용에 의하면 주식포기 및 양도양수금액은 4억원(○○주택건설은 청구인등에게 2005.12.28.까지 입금된 2억 4천만원을 제외한 1억 6천만원을 2006.12.30. 까지 지급한다는 내용이 나타남)이고, ○○주택건설이 청구인등에게 지급할 ○○주택조합의 신축상가를 17호에서 18호로 변경하며, ○○주택조합, ○○산업개발, ○○주택건설 3자의 합의하에 ○○주택건설은 청구인 등 또는 청구인등이 지정하는자에게 상가 18호의 완불계약서를 작성하여 2006.12.30. 입주할 수 있도록 등기이전 할 수 있도록 한다는 내용이 나타난다. (바) 청구인등이 2008년 2월 ○○주택건설에 작성해준 것으로 나타나는 확약서에 의하면 이 건 재건축사업과 관련하여 ○○주택조합, ○○산업개발, ○○주택건설 3자간 합의하에 지급수수료로 지급하기로 한 쟁점상가의 소유권을 이전받았으므로 향후 청구인등과 ○○주택건설 대표이사 임○○와의 채권채무관계는 완전히 소멸하였음을 확약한다는 내용이 나타나며, 이에 따라 청구인은 2008.2.5. ○○주택조합과 쟁점상가 분양계약을 체결하고 2008.2.15. ○○주택조합으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았다는 주장이다.

(5) 처분청은 2008년 4월경 청구인의 부가가치세 환급신고에 대한 현지확인조사를 실시하여, 쟁점상가는 ○○주택건설이 ○○주택조합으로부터 시행대행수수료로 받아서 청구인에 대한 임○○의 채무를 상계하기 위하여 청구인에게 대물변제한 것으로 보았으며 그 근거는 아래와 같은 것으로 나타난다. (가) ○○주택조합 총무 이○○가 2008.4.14. 처분청 세무공무원에게 작성한 확인서에 의하면, ○○주택조합이 청구인에게 쟁점상가분양계약을 한 것은 ○○주택건설에서 주도하여 한 것으로 ○○주택조합에서는 분양 및 대금수불에 대하여 관여하지 않았고 청구인의 분양대금 실제 수령여부 등도 확인하지 아니하였으며, ○○주택조합에서는 상가분양의 경우 ○○주택건설의 요구에 의하여 분양계약서에 날인하고 있으며 가끔 ○○산업개발 이○○과장에게 전화하여 분양대금의 사용내역을 파악하고 있고, ○○주택조합은 ○○주택건설 및 ○○산업개발에 대한 공사비, 대행에 따른 수수료 지급의무만 있을 뿐이며, 임○○, 김○○, 청구인에 대한 채무는 없다는 내용이 나타난다. (다) ○○주택건설 관리부장 김○○가 2008.4.10. 작성한 확인서 내용에 의하면 분양계약서는 김남주 자신이 2008.2.5. ○○상업개발 ○○ 사무실에서 작성하였고, ○○산업개발, 임○○, 김○○이 참관하였으며, ○○주택조합의 도장은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○주태건설 사무실에서 ○○주택조합 조합장이 날인하였고, 분양대금은 ○○주택건설이 김○○과 청구인에게 지급하여야 할 채무를 완전히 상계한 것이며, 청구인이 부가가치세 신고시 제출한 입금표는 자신이 사용인감을 날인하여 교부한 것이라는 내용이 나타난다.

(6) 살피건대, 청구인이 쟁점세금계산서를 교부받은 2008.2.15. 현재 등기부상 쟁점상가의 소유자는 ○○주택조합으로 나타나므로 특단의 사유가 없는 한 쟁점상가의 소유자는 등기부의 기재내용에 따라 ○○주택조합이라고 보아야 할 것이고, 청구인이 2008.2.5. ○○주택조합과 쟁점상가 분양계약을 체결하고 그 거래대금을 직접 ○○주택조합에 지급하지는 아니하였으나 청구인등과 ○○주택건설이 2005.12.29. 작성한 합의서 및 ○○지방법원 화해권고결정 (○○○○가합○○○○)등에 의하면 청구인등은 ○○주택건설로부터 지분인수합의대금 등으로 현금 및 상가 약 8억원 상당을 받을 채권을 보유하고 있었고, 이 건 재건축사업 사업시행대행약정서(2002.6.20.)등에 의하면 ○○주택조합은 ○○주택건설에 사업시행대행수수료 등을 지급하여야 하는 채무를 부담하고 있었던 것으로 보이며, 2005.12.29. 작성한 위 합의서 및 청구인등이 2008년 2월 ○○주택건설에 작성해준 확약서 기재내용등으로 보아 청구인, ○○주택건설, ○○주택조합이 서로 합의하여 ○○주택조합이 청구인에게 쟁점상가의 소유권을 이전함으로서 3자간의 채권채무를 서로 상계하기로 한 것으로 보인다. 따라서 청구인은 등기부상 소유자인 ○○주택조합으로부터 쟁점상가를 공급받고 그 거래대금지급채무를 ○○주택건설로부터 받아야 할 채권과 서로 상계한것이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.