토지와 건물을 일괄양도한 경우 그 구분이 불분명하여 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부

○○○세무서장이 2008.2.11. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 80,214,810원은 청구인이 2006.6.15. 양도한 ○○○ 소재 토지 750.5㎡, 건물 1,866.9㎡의 양도가액은 토지는 1,148,372,945원, 건물은 1,101,627,055원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2004.9.8. ○○○ 소재 토지 750.5㎡를 취득하여 상가건물 1,866.9㎡(이하 토지를 포함하여“쟁점부동산”이라 한다)를 신축하고 2006.6.15. ○○○(이하“○○○이라 한다)에게 양도한 후 취득가액은 20억 8,600만원(토지 9억원, 건물 11억 8,600만원)으로, 양도가액은 22억 5,000만원(토지 11억 3,500만원, 건물 11억 1,500만원)으로 하여 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 실지조사에 의하여 쟁점부동산 취득가액 중 건물신축비가 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 환산하여 건물은 10억 5,260만원으로 하고, 양도가액은 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우로 보아 쟁점부동산 양도가액 22억 5,000만원을 기준시가에 의하여 안분계산하여 토지는 1,183,335,241원으로, 건물은 1,066,664,759원으로 하여 2008.2.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 80,214,810원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.30. 이의신청을 거쳐 2008.9.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산을 ○○○에게 양도하면서 토지가액은 3.3㎡당 약 500만원으로 하고 나머지는 건물가액으로 하기로 양도계약을 체결하였으나 그 사항을 매매계약서 특약사항에 기재하지 못하여 추후 매수인의 확인서 등을 첨부하여 양도소득세를 신고한 바, 쟁점부동산의 양도가액은 양수인의 장부에 기재된 가액(토지 1,148,372,945원, 건물 1,101,627,055원)을 실지거래가액으로 하여 경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산의 양도가액을 양수인의 장부에 기재된 토지, 건물가액으로 경정하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구인이 제시한 장부가액은 양수인이 쟁점부동산 취득 후 감가상각을 위하여 구분기장한 것이고, 청구인이 토지 및 건물의 실지거래가액을 입증할 만한 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점부동산의 토지, 건물의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분계산하여 경정고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지와 건물을 함께 공급하여 실지거래가액중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명하다 하여 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 제100조 【양도차익의 산정】

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. 제176조의 2【추계결정 및 경정】

② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액" 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 취득당시의 기준시가 제1호의 매매사례가액 또는 × ―――――――――― 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다.(단서 생략)

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

(3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2004.9.8. 취득한 토지위에 상가건물을 신축하고, 2006.6.15. 쟁점부동산을 22억 5,000만원에 ○○○에게 양도한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 일괄 양도하여 토지, 건물의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분계산하였고, 청구인은 쟁점부동산의 양도가액을 양수인의 장부에 기재된 토지, 건물가액으로 하여야 한다고 주장하며 쟁점부동산 매매계약서, 양수인의 확인서, 감정평가서 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인은 2004.9.18. ○○○ 토지 750.5㎡를 9억원에 취득하여 상가건물 5층 1,866.9㎡을 신축하고, 2006.6.15. ○○○에게 쟁점부동산을 22억 5,000만원에 양도하면서 토지가액은 개별공시지가(145만원/㎡) 등을 감안하여 3.3㎡당 약 500만원으로 하고, 나머지는 건물가액으로 하기로 약정하였으나 쟁점부동산 매매계약서에는 이를 기재하지 못한 것으로 주장하고 있다. (나) 쟁점부동산의 양수인인 ○○○의 확인서에는 쟁점부동산 매매금액은 토지 5백만원(평당)과 건물 약 180만원을 기준으로 가격협의하여 총 22억 5,000만원에 매매계약을 체결한 것으로 기재되어 있고, 청구인은 동 확인서를 기준으로 토지 및 건물의 양도가액을 산출하여 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 사실이 처분청의 심리자료에 의하여 나타난다. (다) 쟁점부동산의 취득가액과 관련된 ○○○의 계정별 원장에는 토지가액은 1,148,372,945원으로, 건물가액은 1,101,627,055원으로 각각 기재되어 있고, 동 가액은 2006.6.13. ○○○에서 감정평가한 가액을 기초하여 구분기장한 것으로 확인된다.

(3) 살피건대, 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항의 취지는 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산하는 것이나, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약일을 전후하여 공인된 감정평가기관의 감정가액이 있거나 거래당사자 중 일방 또는 쌍방이 국가, 지방자치단체 또는 법인으로서 거래 당사자가 토지 및 건물가액을 구분하여 기장하고 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우 등에는 그 감정가액 또는 거래당사자의 기장금액을 그 실지거래가액으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다(○○○, 2003.5.20.외 다수 같은 뜻).

(4) 이 건의 경우, 쟁점부동산의 매매계약서상의 양도가액에 대하여는 다툼이 없고, 거래당사자간의 합의한 토지가액이 감정평가기관에서 감정한 감정가격이나 개별공시지가에 비추어 크게 부당한 것으로 보여지지 아니하므로 거래당사자가 합의한 쟁점부동산의 건물 및 토지가액을 실지거래가액으로 인정함이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 청구인이 쟁점부동산을 일괄 양도하여 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.