신축주택 과세특례 적용대상 판정시 제외되는 고급주택(6억원) 가액기준이 취득당시인지, 양도당시인지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2007.5.21. 인천광역시 OO구 OO동 200 OO아파트 OOO-OOOO호(이하 󰡒종전주택󰡓이라 한다)를 양도하고 1세대 3주택 중과세율(60%)을 적용하여 양도소득세를 신고납부한 후, 종전주택 양도 당시 청구인이 소유한 종전주택 외 2개 주택중 인천광역시 OO구 OO동 OO O-OO OO아파트 OOO-OOOO호(이하 󰡒쟁점주택󰡓이라 한다)는 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의한 감면주택에 해당하는 것으로 보아 2007.12.14. 2007년 귀속 양도소득세 50,339,390원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 종전주택 양도 당시 쟁점주택이 비과세 대상에서 제외되는 고가주택에 해당하므로 1세대 3주택 중과대상으로 보아 2008.2.5. 경정거부 통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.5.13. 이의신청을 거쳐 2008.9.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 구 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의한 신축주택 감면 적용을 받을 수 없는 고급주택 해당 여부는 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 법률) 부칙 제29조 제1항 후단의 규정대로 “매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시”의 기준을 적용하도록 하고 있는 바, 고급주택의 범위 중 6억원을 초과하는 가액은 취득당시의 가액을 기준으로 하여야 하는 것으로 쟁점주택은 취득당시 분양계약에 의한 분양가액이 318백만원으로 고급주택에 해당하지 아니하므로 종전주택 양도와 관련하여 주택수 계산시 제외되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 2002.12.30. 개정된 소득세법시행령 제156조 의 규정에서 고가주택의 범위를 󰡐주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 경우󰡑로 규정하고 있고, 양도소득세는 특별한 규정이 없는 한 양도당시의 상황에 의해 과세 또는 감면요건을 적용하는 것이므로 고가주택 해당여부도 양도가액으로 판단하여야 하는 바, 종전주택 양도당시 쟁점주택의 기준시가가 6억원을 초과하여 고가주택에 해당하므로 처분청이 쟁점주택에 대하여 신축주택 과세특례 적용을 배제하고 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법에 의한 신축주택의 양도세 과세특례 적용대상에서 제외되는 고급주택 판정시 가액기준(6억원)이 취득당시 가액인지, 양도당시 가액인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의3제1항제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(2) 구 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

(3) 소득세법 제89조【비과세양도소득】(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것) 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 (4) 소득세법 시행령 제156조【고가주택의 범위】(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것)

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. 제167조의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

5. 조세특례제한법 제99조 및 제99조의 3의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 신축주택

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 분양계약서 등에 의하면 청구인은 2003.1.22. 쟁점주택 분양계약을 체결하고 2005.6.9. 소유권이전등기를 경료하였으며, 쟁점주택 취득금액은 318백만원이고 종전주택 양도 당시 쟁점주택의 기준시가는 608백만원으로 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점주택의 고급주택 해당 여부는 취득 당시의 가액으로 판정하여야 한다고 주장하며 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항 등을 근거로 제시하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 조세특례제한법의 규정을 살펴보면, 2003.1.1. 개정 시행되기 전의 조세특례제한법(이하 “종전 조세특례제한법”이라 한다) 제99조의 3 제1항은 2001.5.23.부터 2003.6.30까지의 기간중 취득한 신축주택을 양도소득세의 감면대상으로 규정하면서 단서에서 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 고급주택에 해당할 경우 감면을 배제한다고 하였고, 개정 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 단서는 2003.1.1. 이후 양도분에 대하여 개정 소득세법 제89조 제3호 의 고가주택을 감면대상에서 제외하였으나, 같은법 부칙 제29조 제1항에서 당해 신축주택이 2003.1.1. 전에 주택건설업자로부터 취득한 신축주택인 경우에는 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항을 적용한다고 하면서, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다고 규정하고 있다. (나) 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 “이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택기준을 적용한다”는 규정은 2002.10.1. 고급주택기준이 변경되었으므로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택기준을 적용하라는 규정이지 취득가액을 적용하라는 의미는 아니라고 판단되고, 청구인은 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 제99조 의 3의 시행일인 2003.1.1. 이후에 쟁점주택의 분양계약을 체결하여 위 부칙의 적용대상에 해당하지 않으므로 고가주택기준 적용대상에 해당한다고 판단된다. (다) 한편, 쟁점주택은 양도된 것이 아니므로 실지 양도가액이 없으나 소득세법 제114조 제5항 에 따라 종전주택 양도 당시의 가액을 구하여 적용하면 쟁점주택의 기준시가는 608백만원으로서 취득 당시 고가주택 기준인 양도가액 6억원을 초과하므로 쟁점주택은 고가주택에 해당한다.

(3) 위의 사실을 종합하면, 쟁점주택은 고가주택으로서 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호의 양도소득세 감면대상 주택에서 제외되어 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 1세대 1주택 비과세 적용시 소유주택으로 보게 되는 것이므로, 처분청이 종전주택을 1세대 1주택 비과세 대상이 아니라 하여 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.