공익법인이 고정자산 취득과 관련된 매입세액이 과세사업 매입세액이라는 주장의 당부

심판청구를 기각합니다.

가 청구법인은 플라즈마 연구 및 개발을 위하여 2005.12.28. ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리00번지를 주사무소로 하여 설립된 재단법인으로서, 설립이후 2006년 제1기 부가가치세 과세기간부터 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 동안에 취득한 사업용 고정자산 등에 대하여 관련 매입세액을 환급신청하였다.

• 나. 처분청은 2007년 제1기 예정신고분 부가가치세 환급신청에 대하여 현지확인을 실시하여, 청구법인이 환급신청한 사업용 고정자산의 경우 고유목적사업인 부가가치세 면세사업에 사용되는 재화의 취득으로 보아, 2007.6.14. 기환급한 부가가치세 115,233,830원(2006년 제1기분 48,683,460원, 2006년 제2기분 66,550,370원)을 경정․고지하고, 2007년 제1기 예정신고분 환급신청에 대하여는 환급을 거부하였다.
• 다. 청구법인은 처분청의 현지확인 이후에도 사업용 고정자산 취득과 관련된 부가가치세 매입세액(2007년 제1기 155,369,981원, 2007년 제2기에 18,800,880원)을 계속하여 환급신청하였으며, 이에 처분청은 환급신청을 거부하고 초과 환급신고에 대한 신고불성실가산세(초과환급 신청세액의 10%임)로 2008.2.11. 청구법인에게 부가가치세 28,939,440원(2006년 제1기분 4,868,340원, 2006년 제2기분 6,655,030원, 2007년 제1기분 15,535,990원, 2007년 제2기분 1,880,080원)을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2008.5.2. 이의신청을 거쳐 2008.9.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.·

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 환급신청한 매입세액은 과세사업을 위하여 사업용 고정자산을 취득하면서 발생한 것으로서 과세사업인 장비나 건물의 임대용역과 관련된 매입세액이므로, 청구법인이 과세사업에 사용하겠다고 환급신청한 부분은 일단 환급하여야 하고, 추후에 그 사용처를 확인하여 면세사업에 전용한 것이 확인되면 관련규정에 의하여 재화의 공급으로 보아야 될 것으로 자의적으로 추정하여 관련 매입세액의 환급을 거부하고 이 건 부가가치세를 부과한 당초 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 국가와 지방자치단체가 출자한 공익법인으로서 청구법인이 공급하는 재화와 용역은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 의 규정에 의하여 원칙적으로 부가가치세 면세대상이고, 동일한 목적으로 설립된 단체인 (사)○○가속기및프라즈마연구협회의 경우에는 장비대여료 및 기술이전료에 대하여 면세수입금액으로 보아 계산서를 발행하고 있는 것으로 확인되고 있으므로, 면세사업을 영위하는 청구법인이 취득한 공장건설비 및 장비구입비와 관련된 부가가치세 매입세액을 불공제하여 환급을 거부하고 신고불성실가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 취득한 고정자산(건물, 기계장치 등) 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 〇 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교 ․ 자선 ․ 학술 ․ 구호 ․ 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

⑤ 제1항과 제2항에서 규정하는 재화 또는 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 〇 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 〇 부가가치세법시행령 제37조 【 종교 ․ 자선 ․ 학술 ․ 구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위 】 법 제12조의 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 1의2. 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2008년 12월 31일까지 제공하는 것에 한한다) 〇 부가가치세법시행령 제63조 【 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 공제되는 매입세액의 계산】

① 사업자가 법제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.(이하 생략) 〇 상속세 및 증여세법시행령 제12조 【공익법인등의 범위】 법 제16조 제1황에서 “공익법인 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

1. ~ 4. (생략)

5. 공익법인이 설립․운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업

6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업중 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 재정경제부장관이 지정하는 사업

7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업

8. (생 략)

9. 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등이 운영하는 고유목적사업. (단서 생략)

10. 제1호 내지 제5호․제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 제정경제부령이 정하는 사업 〇 부가가치세법시행규칙 제11조의5 【 종교 ․ 자선 ․ 학술 ․ 구호단체 등의 범위】

① 영 제37조 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교 ․ 자선 ․ 학술 ․ 구호 ․ 사회복지 ․ 교육 ․ 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. 〇 민법 제32조 【비영리법인의 설립과 허가 】 학술, 종교, 자산, 기예. 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인이 공장건설 및 장비구입과 관련된 부가가치세 매입세액을 불공제하여 환급을 거부하고 신고불성실가산세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 처분청이 제출한 청구법인의 설립허가증, 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 ○○도 ○○군이 재산을 출연하여 2005.12.23. 산업자원부(주무관청)의 설립허가를 받은 비영리법인이고, 플라즈마산업을 종합적이고 체계적으로 지원,육성함으로써 관련 산업의 성장기반을 확충하고, 플라즈마산업의 산업화를 통한 지역산업의 구조고도화 및 국가경쟁력 강화에 기여함을 사업목적으로 하고 있으며, 주업종은 플라즈마연구 및 개발서비스로 부업종은 플라즈마 응용제품 제조, 부동산임대 등으로 사업자등록한 것으로 확인된다. (2) 청구법인이 고유목적사업으로 추진 중인 저온분야 플라즈마 연구 등의 사업에는 청구외 주식회사 맥스플라즈마가 참여하고 있는 바, 청구법인이 이 업체와 체경한 협력기업지원협약서(장비 및 공간사용에 대한 계약)에 의하여 이 업체는 고유목적사업(연구개발 및 기술력 향상)의 일환으로 청구법인의 장비 및 공간을 무상으로 사용하기로 약정한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인의 2006년 제1기부터 2007년 제2기 예정신고 부가가치세 과세기간까지의 매출 신고내역에는 수익사업과 관련된 매출신고내역은 없고, 청구법인의 플라즈마사업에 참여한 청구외 주식회사 ○○플라즈마가 소비한 전력에 대하여 청구법인이 실비변상 정도의 전력비를 지급받고 관련 세금계산서를 교부한 다음 이를 신고한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인의 사업자등록 이후 2006년 제1기부터 고정자산(시험동, 연구실 신축 및 내부 시설공사, 기계장치 매입 등) 매입액에 대하여 부가가치세 조기환급을 신청하여 왔으며, 일반 매입분 및 고정자산 매입분 중 고유목적사업 사용 예정분은 매입세액 불공제로 신고하였으나, 고정자산 매입분 중 수익사업 사용 예정분 매입세액을 공제하여 신고하였다.

(5) 살피건대, 청구법인은 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인으로서 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 의 규정에 의한 면세사업자에 해당하므로, 고유목적사업 이외의 과세사업 영위사실이 확인되는 등의 경우에는 그 과세사업에 공하는 자산 등의 취득과 관련한 부가가치세 매입세액에 한하여 이를 공제할 수 있으며, 면세사업과 과세사업을 겸영할 목적으로 자산 등을 취득한 경우에는 공통매입세액을 예정공급가액 등을 기준으로 안분계산하여 면세사업에 해당하는 부가가치세 매입세액이 불공제되는 것이나, 이 건의 경우 청구법인이 입주업체에게 고유목적사업(연구개발 및 기술력 향상)의 일환으로 건물이나 장비를 무상으로 대여하고 입주업체가 소비한 전력에 대하여 실비변상 정도의 전력비를 지급받은 것으로 나타나고, 현재까지 발생한 수익사업은 없으며, 청구법인이 주장하는 과세사업과 관련한 구체적인 사업계획 등도 확인되지 아니하므로, 처분청이 청구법인이 공제하여 신고한 공장건설 및 장비구입과 관련된 부가가치세 매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분에 달리 잘못이 있는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.