공사기성 확정 이전 선급공사대금 할인받은 경우 할인금액의 귀속시기를 기성확인 시점으로 볼 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동154-1 ○○○○○ 2707에서 부동산매매 및 아파트 건설업을 영위하는 법인으로, 2004년 2기에 ○○도 ○○시 ○○동 431-7외 102필지(이하 “쟁점사업장”이라 한다) 아파트 및 부대복리시설 건설공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 2004.12.1. ○○○○○판매주식회사 건설부문(이하 “○○○○○판매”라 한다)과 도급금액을 926억원으로 하는 계약을 체결하면서 2007년 7월까지 공사를 완료하기로 약정하였으며, 기성부분금의 지급은 착공 후 수급자가 매 3개월마다 기성부분에 대한 검사요청을 하고 청구인은 검사 후 14일 이내에 기성부분금을 지급하기로 약정하였다. 또한 청구인이 ○○○○○판매에게 공사대금을 기성확정일 이전에 선납하는 경우에는 선납금액에 대하여 연 5%(추후 7.8%로 변경)의 할인율을 기성확정일까지 적용하여 선납일수에 따라 산정된 금액을 할인하며, 선납할인에 대한 합계금액은 준공 후 도급금액 정산시 감액 처리하여 공사도급계약을 변경하기로 약정하였고, ○○○○○판매는 청구인이 공사금액을 선납한 경우 선납금액에 대하여 계산서 및 세금계산서를 발행하였으며, 청구인은 공사완료시점이 속하는 과세기간에 선납할인금액 합계액을 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하고 선납할인료의 법인세법상 손익의 귀속시기를 공사완료시점으로 보아 2007사업연도 공사수입금액으로 계상하여 법인세 과세표준을 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 실제 공사대금을 선납함에 따라 발생한 선납할인금액에 대한 손익의 귀속시기를 법인세법 제40조 제1항 의 규정에 따라 기성확인에 의해 선납할인금액이 확정되는 날이 속하는 사업연도로 하여 2005사업연도 귀속분 34,138,095원, 2006사업연도 귀속분 1,172,384,172원, 2007사업연도 귀속분 57,399,643원의 선납할인금액을 각각 익금산입하고 2008.6.2. 청구인에게 2006사업연도 법인세 553,442,280원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.8.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 법인세법상 매출할인(매입할인)의 손익귀속시기는 ‘약정에 의한 지급기일’이고, 이 건의 경우 중도금 선납에 따른 할인금액의 손익귀속시기는 시공사와 약정에 의해 ‘준공후 공사도급금액 정산시 감액처리’하는 때이므로 이 건 과세처분은 취소하여야 하며, 중간지급조건부시 선납할인은 공급시기가 지난 후의 매출할인과는 달리 ‘매출에누리’ 성격이나, 청구인의 경우와 같이 중도금 지급시 선납할인액을 공제한 금액을 지급한 것이 아닌, 잔금지급시 차감하여 정산하기로 약정한 경우는 중도금 지급시에 아직 에누리가 실현되지 아니한 것으로 보아야 할 것이며, 국세청 예규를 보더라도 매입할인의 손익귀속시기는 거래당사자간에 매출, 매입관련 채권․채무를 차감하는 의사표시를 하고 이를 확정하는 때를 기준으로 하는 것으로 해석하고 있으므로 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점공사를 위하여 수급자(○○○○○판매)와 체결한 건설공사 도급계약서의 내용을 살펴보면 수급자는 공사착공계 승인일 기준 매 3개월마다 기성부분에 대한 검사요청을 하며, 이 때 청구인은 지체없이 검사를 하고 그 결과를 수급자에게 통지하여야 하며, 14일 이내에 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 검사완료일로부터 14일 이내에 검사된 내용에 따라 기성부분금을 수급자에게 지급하되 필요시 수급자는 수시로 분양수입금액에서 충당할 수 있다고 규정하고 있고, 청구인이 기성부분금의 지급을 지연 또는 선납하였을 경우에는 연 5%(추후 7.8%로 변경)의 할인율을 적용하여 선납일수에 따라 산정된 금액을 할인하고, 선납할인에 대한 합계금액은 준공 후 공사도급금액 정산시 감액처리하여 공사도급계약을 변경하기로 한다고 합의하고 있다. 따라서 청구인과 ○○○○○판매간의 건설공사 도급계약에 따르면 청구인은 도급공사에 대하여 매 3개월마다 기성고를 확인하고 이 때 선납공사금액이 있을 경우, 약정할인율에 의하여 산출한 금액을 할인받도록 약정하고 있음이 확인되는 바, 청구인의 주장대로 선납할인금액은 매출할인(매입할인)에 해당하므로 그 손익의 귀속시기는 법인세법상 ‘약정에 의한 지급기일’이며 청구인과 ○○○○○판매 간에 체결된 건설공사 도급계약서에 의하면 선납할인에 대한 합계금액 은 준공 후, 도급금액 정산시 감액처리하도록 되어 있어 준공시점을 ‘약정에 의한 지급기일’로 볼 수 있는 법적근거는 없으므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 아파트건설시행사인 청구인이 ○○○○○판매에게 기성고에 따라 공사대금을 지급하면서, 약정에 의해 공사기성 확정일 이전에 선급공사대금에 대해 일정금액을 할인받은 경우로서, 동 할인금액의 손익귀속시기를 기성확인 시점으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제40조 (손익의 귀속사업연도)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정) (2) 법인세법 시행령 제69조 (용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도)

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. (1998. 12. 31. 개정)

③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. (3) 법인세법 시행규칙 제36조 (기타 손익의 귀속사업연도) 영 제71조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (2002. 3. 30. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 실제 공사대금을 선납함에 따라 발생한 선납할인금액에 대한 손익의 귀속시기를 기성확인에 의해 선납할인금액이 확정되는 날이 속하는 사업연도로 하여 2005～2007사업연도 기간동안의 선납할인금액을 각각 익금산입하고 청구인에게 법인세를 경정고지하였으며, 이에 대해 청구인은 법인세법상 매출(매입)할인의 손익귀속시기는 ‘약정에 의한 지급기일’이고, 이 건의 경우 중도금 선납에 따른 할인금액의 손익귀속시기는 시공사와 약정에 의해 ‘준공 후 공사도급금액 정산시 감액처리’하는 때인 바, 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 본다.

(1) 처분청은 쟁점공사와 관련하여 시공업체인 ○○○○○판매와 926억원에 도급계약을 체결하고 2005년부터 2006년까지 선급공사비 796억원에 대해 할인받은 금액 12억6,300만원의 손익 귀속시기를 기성확인에 의해 선납할인금액이 확정되는 날이 속하는 사업연도로 하여 2005사업연도 귀속분 34,138,095원, 2006사업연도 귀속분 1,172,384,172원, 2007사업연도 귀속분 57,399,643원의 합계 1,263,921,910원을 익금산입하고 경정고지하였음이 경정결의서 및 소득금액변동통지서에 나타난다.

(2) 청구인이 ○○○○○판매와 체결한 건설공사 도급계약서에 의하면, 제24조 제1항에서 ○○○○○판매는 공사착공계 승인일 기준 매 3개월마다 기성부분에 대한 검사요청을 하고, 청구인은 지체없이 검사 후, 그 결과를 ○○○○○판매에게 통지하여야 하며, 14일이내에 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서는 검사완료일부터 14일 이내에 기성부분금을 청구외법인에게 지급하는 것으로 규정하고 있고, 제4항에서는 기성부분금을 선납하였을 경우에는 선납하는 공사금액에 대하여 연 5%(추후 7.8%로 변경)의 할인율을 적용하여 선납일수에 따라 산정된 금액을 할인하고, 선납할인에 대한 합계금액은 준공 후 공사도급금액 정산시 감액처리하여 공사도급계약을 변경키로 한다고 규정하고 있는 바, 위 계약서 내용에 의하면, 청구인은 도급공사에 대해 매 3개월마다 기성고를 확인하고 이 때, 선납공사금액이 있을 경우는 약정할인율에 의하여 산출한 금액을 할인받도록 약정하고 있음을 알 수 있다.

(3) 관련법령에 의하면, 법인세법제40조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있어 약정에 의해 공사기성확정일 이전에 공사대금을 선납하였을 때, 선납일수에 따라 일정금액을 할인받기로 한 경우, 동 할인금액에 대한 손익의 귀속사업연도는 위 규정에 따라 할인금액이 확정되는 날이 속하는 사업연도로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 청구인이 건설공사 도급공사대금을 선납함으로써 할인받는 금액의 손익의 귀속사업연도를 기성확인에 의하여 실제 선납할인금액이 산출되어 지는 날이 속하는 사업연도로 보아 과세한 당초처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.