미등록사업자들로부터 재활용폐자원을 매입한 경우 매입세액공제 특례규정 적용대상 여부

○○○○○장이 2008. ##. ##. 청구인에게 한 부가가치세 138,782,860원(2005년 1기 11,001,490원, 2005년 2기 31,043,350원, 2006년 1기 29,558,920원, 2006년 2기 67,179,100원)의 부과처분은

1. 청구인이 허○○으로부터 매입한 2005년 1기 10,222,200원과 2005년 2기 34,343,900원에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하고,

2. 2005년 1 ․ 2기 김○○ 등 12인으로부터 매입액 329,902,800원(2005년 1기 83,798,700원, 2005년 2기 246,104,100원)과 2006년 1 ․ 2기 김○○ 등 5인으로부터 매입액 170,614,000원(2006년 1기 65,286,500원, 2006년 2기 105,327,500원)은 신고 ․ 납부불성실가산세를 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하며,

3. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구인은 2003. ##. ##.부터 현재까지 ○○도 ○○시 ○○동 ###- ‘○○○○○자원 주식회사’라는 상호로 재활용품 수집판매업 ․ 도매업을 영위하고 있는 법인으로서, 2005년 1기~2006년 2기 기간 동안 미등록사업자이자 1역년의 공급대가가 4,800만원을 초과하는 공급자인 장○○외 24명(이하 ‘쟁점거래처’라 한다)으로부터 합계금액이 1,496,532,400원(2005년 1기 108,432,600원, 2005년 2기 318,817,300원, 2006년 1기 316,652,500원 2006년 2기 752,629,000원. 이하 ‘쟁점매입액’이라 한다) 상당인 재활용폐자원을 매입하고 조세특례제한법에 의하여 쟁점매입액에 대한 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하여 신고하였다. 처분청은 연간 공급대가의 규모로 보아 쟁점거래처를 일반과세자로 판단하여 부가가치세 매입세액공제 특례규정의 적용을 배제하여 2008. ##. ##. 청구인에게 부가가치세 138,782,860원(2005년 1기 11,001,490원, 2005년 2기 31,043,350원, 2006년 1기 29,558,920원, 2006년 2기 67,179,100원)을 경정 ․ 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008. ##. ##. 이의신청을 거쳐 2008. ##. ##. 이 건 심판청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점거래처의 1역년의 공급대가가 4,800만원을 초과한다 하여 이 건을 처분하였으나, 쟁점거래처는 고정사업장도 없이 청구인에게 소액의 폐전선을 공급하는 미등록사업자들임에 따라 청구인외 타사업자들에 대한 매출액을 확인할 수 없고, 처분청도 개인정보의 보호를 이유로 하여 쟁점거래처의 매출내역을 알려주지 아니하는 상황인 바, 청구인이 거래상대방인 쟁점거래처의 매출현황에 대해 현실적으로 알 수 없었던 경우까지 주의의무를 게을리 하였다 하여 쟁점매입액에 대한 매입세액을 불공제하고 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점거래처는 1역년의 공급대가가 4,800만원을 초과하는 일반과세자 규모의 미등록사업자에 해당하고, 이들은 비록 사업자등록을 하지 아니하였다 하더라도 계속적 ․ 반복적으로 폐자원을 수집하여 다른 도 ․ 소매 사업자에게 공급하는 일반과세자로 볼 수 있는 바, 조세특례제한법 제108조 및 동법시행령 제110조의 규정(‘과세사업을 영위하지 아니하는 자’와 ‘간이과세자’로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하는 경우 매입세액을 공제함)에 의해 쟁점매입액 해당 매입세액을 불공제하고 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 1역년의 공급대가가 4,800만원을 초과하는 미등록사업자들로부터 재활용폐자원을 매입한 금액인 쟁점매입액이 조세특례제한법 제108조 에서 규정한 부가가치세 매입세액공제 특례규정의 적용대상인지 여부.
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가 ․ 지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대하여는 취득가액에 108분의 8을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활 용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용 신고를 한 자

2. 자동차관리법에 의하여 중고자동차매매업 등록을 한 자

3. 한국환경자원공사법에 의한 한국환경자원공사

4. 제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 자

5. 기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 등의 범위는 다음과 같다.

(3) 부가가치세 제22조 【가산세】(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것)

⑤ 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하 여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납 부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액

• 가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 (4) 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다)가 4천800만 원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위 내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과 징수한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자

2. 업종 ․ 규모 ․ 지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자

⑤ 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 부가가치세법시행령 제74조 【간이과세의 범위】

① 법 제25조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 4천800만원을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 쟁점거래처로부터 매입한 쟁점매입액에 대한 매입세액을 부인하여 이 건을 처분한 데 대하여, 청구인은 쟁점거래처의 매출현황을 알 수 없음에 따라 청구인에게 귀책사유가 없으므로 매입세액을 인정함이 당연하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제108조 및 같은 법 시행령 제110조에 의하면, 재활용폐자원을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자(1역년 공급대가가 48,000천원 이하)로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용하도록 규정하고 있음을 알 수 있다. (나) 청구인에게 쟁점매입액을 공급한 쟁점거래처의 연간 공급내역은 아래 표와 같은 바, * 허○○ 등 재활용폐자원 공급금액 (단위: 원 / 공급대가) 공급자 2005년도 2006년도 2005년 1기 2005년 2기 계 전체 공급금액 2006년 1기 2006년 2기 계 전체 공급금액 허

○○ 10,222,200 34,343,900 44,566,100 46,329,500

• -

• - 김

○○ 5,562,000 23,666,800 29,228,800 51,520,500 14,793,500 23,138,000 37,931,500 49,222,500 천

○○ 6,617,300 16,501,900 23,119,200 86,233,300 14,280,500 30,190,500 44,471,000 104,426,100 백

○○ 13,360,100 18,372,400 31,732,500 48,048,580

• -

• - 이

○○ 9,979,900 15,728,800 25,708,700 87,872,750

• -

• - 주

○○

• 20,316,800 20,316,800 50,283,600 13,174,500

• 13,174,500 56,482,000 김

○○ 5,808,700 23,203,200 29,011,900 56,299,600

• -

• - 김

○○ 7,864,200 27,488,300 35,352,500 59,039,500

• -

• - 안

○○ 10,045,400 21,946,500 31,991,900 56,733,400 10,357,500 33,570,000 43,927,500 90,824,200 우

○○ 7,933,900 17,667,500 25,601,400 61,900,500 12,680,500 18,429,000 31,109,500 75,037,200 강

○○ 8,366,400 22,948,600 31,315,000 138,304,700 12,454,000 37,801,500 50,255,500 107,760,910 윤

○○

• 4,144,000 4,144,000 71,031,600 9,525,500 46,263,500 55,789,000 112,766,400 남

○○ 8,260,800 34,119,300 42,380,100 60,462,600 24,931,000 38,310,500 63,241,500 83,572,110 장

○○ 14,411,700 38,369,300 52,781,000 177,903,200 34,167,000 67,315,000 101,482,000 153,708,875 배

○○

• -

• - 27,911,000 73,132,000 101,043,000 110,955,200 황

○○

• -

• - 21,735,500 31,510,500 53,246,000 53,246,000 김

○○

• -

• - 16,360,000 38,941,000 55,301,000 124,672,500 박

○○

• -

• - 23,382,000 30,299,500 53,681,500 53,681,500 김

○○

• -

• - 15,755,000 38,497,000 54,252,000 54,252,000 배

○○

• -

• - 14,193,500 38,395,000 52,588,500 77,297,060 강

○○

• -

• -

• 54,273,500 54,273,500 554,273,500 민

○○

• -

• - 16,511,500 37,635,500 54,147,000 54,147,000 김

○○

• -

• -

• 48,392,000 48,392,000 48,392,000 김

○○

• -

• - 14,778,000 37,543,500 52,321,500 58,414,320 김

○○

• -

• - 19,662,000 28,991,500 48,653,500 86,182,900 계 108,432,600 318,817,300 427,249,900 1,051,963,330 316,652,500 752,629,000 1,069,281,500 1,609,314,275 2005년 1 ․ 2기를 살펴보면, 허○○는 청구인에게 공급한 금액 44,566,100원을 포함하여 전체 공급한 금액이 46,329,500원으로 1역년 공급대가가 48,000천원 이하이고, 김○○외 10명은 청구인에 대한 공급금액은 연간 48,000천원 이하이나, 전체 공급한 금액은 48,000천 원 이상이고, 장○○은 청구인에게 공급한 금액만도 연간 48,000천 원 이상으로 확인된다. 2006년 1 ․ 2기를 살펴보면, 김○○외 4인은 청구인ㅇ 대한 공급금액은 48,000천원 이하이나 전체 공급한 금액은 48,000천 원 이상이고, 강○○외 14인은 청구인에게 공급한 금액만도 48,000천 원 이상인 것으로 나타난다. (다) 청구인에게 재활용폐자원을 공급한 쟁점거래처 중 허○○를 제외한 24인은 청구인과 타사업자에게 재활용폐자원을 공급한 규모가 공급대가 기준으로 연간 48,000천 원 이상임이 국세통합전산망 자료(재활용폐자원 및 중고품 매입세액공제신고서)에 의하여 확인되는 바, 이와 같은 경우 쟁점거래처는 사업자등록여부에 관계없이 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 부가가치세 과세사업자에 해당한다고 봄이 타당하다. (라) 한편, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등과 같이 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(대법원 선고2002두10780, 2004. ##. ##. 다수 같은 뜻임).

(2) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 부가가치세법 제2조 에 따라 쟁점거래처는 사업자등록 여부에 관계없이 부가가치를 창출해 낼 수 있을 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 부가가치세 일반과세자에 해당하는 것이므로 청구인을 포함하여 전체 공급금액인 연간 48,000천원 이하인 허○○를 제외한 24인은 일반과세자에 해당하므로 매입세액을 불공제함이 타당하다고 할 것이나, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 ․ 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것인 바(대법원 2002두10032, 2003. ##. ##. 외 다수, 같은 뜻임), 1역년 공급대가가 48,000천 원 이상인 김○○ 24인을 부가가치세 납세의무자(사업자)로 본다고 하더라도, 2005년도와 2006년도에 청구인에게 48,000천원 이하의 재활용폐자원을 공급한 김○○외 11인(2005년도)과 김○○외 4인(2006년도)은 재활용폐자원 공급을 위하여 부가가치세 사업자등록을 한 사실이 없고, 처분청에서도 직권으로 등록한 사실이 없어서 청구인이 이들로부터 정상적인 매입세금계산서를 받을 수 없었을 뿐 아니라, 청구인으로서도 이들의 1역년 공급대가가 총 48,000천원을 초과하는지를 알 수 없는 상황이었으므로 청구인이 이들로부터 매입한 재활용폐자원가액을 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용대상으로 보아 매입세액공제를 적용하여 신고한 것은 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 청구인에 대하여 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.