과소신고소득금액이 과다하게 계상되어 과소신고가산세가 부당하게 부과되었다는 주장의 당부

심판청구를 기각한다.

1.처분개요

• 가. 청구법인은 0000시 00구 00동 000-0 0000 170-5에서 폐수처리업을 영위하는 법인으로서 2002.4.3. 00산업(주)를 인수합병하면서 순자산가치를 초과하여 지급한 합병대가 10,134백만원을 무형자산인 영업권으로 계상한 후 2003.3.31. 법인세 과세표준 신고시 손금불산입으로 세무조정하였다가 2004.5.12. 당해 10,134백만원은 법인세법상 영업권에 해당하므로 손금에 산입하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구(이하 “제1차 경정청구”라 한다)를 하였으나 처분청이 거부처분하자 2005.4.19. 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하였다.
• 나. 2007.10.11. 대법원에서 청구법인이 2002사업연도에 손금불산입한 무형자산(영업권)상각비 10,134백만원이 손금에 해당한다고 확정판결하였고, 2007.11.6. 청구법인은 대법원의 확정판결에 따라 2002~2006사업연도에 대하여 무형자산상각비 해당분을 각각 손금에 산입하는 것을 내용으로 하는 경정청구(이하 “제2차 경정청구”라 한다)를 하였다.
• 다. 처분청은 2007.12.1. 청구법인이 제출한 제2차 경정청구에 따라 2002~2006사업연도에 대하여 무형자산상각비 해당분(2003 및 2004 사업연도에는 각각 2,026백만원)을 각각 손금에 산입하여 과세표준 및 세액을 경정결정(2003사업연도에는 결손금이 4,498백만원에서 6,378백만원으로 증가, 2004사업연도에는 법인세 1,024백만원 환급)하였다.
• 라. 청구법인은 처분청이 2004사업연도에 대한 법인세 1,024백만원을 환급결정하면서 과소신고가산세 43,661,470원(이하 “쟁점가산세”라 하다)을 부과한 처분이 부당하다고 하여 2008.3.4. 이의신청을 거쳐 2008.7.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 2004사업연도에 대한 법인세 환급결정시 과소신고 소득금액을 881백만원으로 산정하고 쟁점가산세를 부과하였으나, 처분청이 제1차 경정청구를 거부함에 따라 2004사업연도의 과소신고 소득금액을 산정함에 있어서 공제할 이월결손금은 4,298백만원으로서 이를 기준으로 과소신고 소득금액을 산정하면 과소신고 소득금액이 발생하지 아니하므로 처분청이 쟁점가산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청이 제1차 경정청구를 거부하지 아니하고 인용하였다 하더라도 2004사업연도의 과소신고 소득금액을 산정함에 있어서 공제할 이월결손금은 6,378백만원이므로 이를 기준으로 2004사업연도의 과소신고 소득금액을 881백만원으로 산정하고 쟁점가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 과소신고소득금액이 과다하게 계상되어 과소신고가산세가 부당하게 부과되었다는 주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제76조 (가산세)

① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (단서 생략)

2. 제60조의 규정이 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

• 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 ″부당과소신고금액″이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.
• 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (2) 법인세법시행령 제118조 (과소신고금액의 계산 등)

② 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 신고한 과세표준에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다.

③ 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우 법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고소득금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다.

④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 ″대통령령이 정하는 부당과소신고금액″이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액

6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액

⑤ 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 부당과소신고가산세대상금액과 그 외의 과소신고가산세대상금액(이하 이 항에서 ″일반과소신고가산세대상금액″이라 한다)의 구분계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 부당과소신고가산세대상금액 = 총과소신고금액 × 부당과소신고가산세대상 익금가산액 총익금가산액

2. 일반과소신고가산세대상금액 = 총과소신고금액 × 일반과소신고가산세대상 익금가산액 총익금가산액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2004.5.12. 처분청에 제1차 경정청구를 제출하였으나 거부처분하자 2004.4.19. 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하여 2007.10.11. 대법원에서 승소판결을 받아 2007.11.6. 제2차 경정청구를 제출한 사실이 대법원의 판결문 및 경경청구서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 제2차 경정청구에 따라 2007.12.1. 2002 ~ 2006 사업연도에 대하여 무형자산상각비 해당분(2003 및 2004사업연도에는 각각 2,026백만원)을 각각 손금에 산입하여 과세표준 및 세액을 경정결정(2003사업연도에는 결손금이 4,498백만원에서 6,378백만원으로 증가, 2004사업연도에는 법인세 1,024백만원 환급)하면서 2004사업연도에 쟁점가산세를 부과한 사실이 법인세 과세표준경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(3) 청구법인은 처분청이 2004사업연도에 대한 법인세 환급결정시 과소신고 소득금액을 881백만원으로 산정하고 쟁점가산세를 부과하였으나, 처분청이 청구법인의 제1차 경정청구를 받아들였다면 공제할 이월결손금이 4,298백만원으로서 과소신고 소득금액이 발생하지 아니하였을 것이므로 처분청이 쟁점가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 2004사업연도에 대한 법인세의 신고내역, 처분청이 2006.6.30. 세무조사를 실시한 후 1차 경정한 내역과 2007.12.1. 대법원 판결에 따라 2차 경정한 내역 및 청구법인과 처분청이 주장하는 과소신고 소득금액의 산정내역은 다음의 <표>와 같다. <표> 2004사업연도 법인세신고ㆍ경정내역 및 과소신고 소득금액 산정내역 (단위: 백만원) 구분 2004사업연도 청구법인 신고 처분청 1차 경정 처분청 2차 경정 청구법인 주장 각사업연도소득 6,768 9,473 7,650 7,650 이월결손금 0 4,298 6,378 6,378 경정(신고) 과세표준(①) 6,768 5,174 1,271 1,271 정미신고과세표준 (②=③-④) 0 2,470 390 2,470 신고과세표준(③) 6,768 6,768 6,768 이월결손금 등(④) 4,298 6,378 4,298 과소신고소득금액 (⑤=①-②) 0 2,704 881 △1,199 (나) ｢법인세법｣ 제76조 제1항 제2호 나목에서 “각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산축세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액을 법인세로서 징수하여야 한다”고 규정하고 있고, ｢법인세법 시행령｣ 제118조 제2항 에서 “법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 신고한 과세표준에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다”고 규정하고 있다. (다) 대법원에서는 “신고한 과세표준금액에서 과세표준이 되지 아니하는 금액을 공제하지 아니한 채 과소신고 소득금액을 산정하게 되면 실질적으로 과소신고한 과세표준금액에 대하여도 과소신고가 없는 것처럼 되어 성실신고의 유도라는 가산세 본래의 목적을 달성할 수 없는 점 등에 비추어 보면, ｢법인세법 시행령｣ 제118조 제2항 이 신고한 과세표준금액에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준금액으로 한다는 규정한 것은 이와 같은 당연한 이치를 명문화한 것에 불과하다(대법원 2003두 10282, 2005.7.29.)”고 판시하고 있다. (라) 위 관련법령 및 사실과계를 종합하면, 2004사업연도 법인세 신고시 청구법인이 신고한 법인세 과세표준금액은 6,768백만원으로서 이월결손금 없이 산정되었으나 그 후 1차 경정시 이월결손금 4,298백만원이 발생하였고, 2차 경정시 이월결손금이 6,378백만원으로 증가되었으며, 1차 경정시 법인세 과세표준금액은 각사업연도소득 9,473백만원에서 이월결손금 4,298백만원을 차감한 5,174백만원으로 산정되었고, 2차 경정시 법인세 과세표준금액은 각사업연도소득 7,650백만원에서 이월결손금 6,378백만원을 차감한 1,271백만원으로 산정되었는 바, 만일, 신고한 과세표준금액에서 과세표준이 되지 아니하는 금액(이월결손금)을 공제하지 아니한 채 과소신고 소득금액을 산정하게 되면 법인세 과세표준 계산시, 증가된 이월결손금이 차감되어 법인세 과세표준이 감소하는 반면, 증가된 이월결손금에 의하여 순수하게 과소신고한 소득금액이 산정되지 못하는 불합리한 결과가 발생한다. 따라서, 경정과세표준금액에서 공제되는 이월결손금이, 신고한 과세표준금액을 산정함에 있어 공제되지 아니한 결손금에 해당하는 경우, 신고한 과세표준금액에서 이월결손금을 차감한 후 경정과세표준금액과 비교하여 과소신고 소득금액을 산정함이 타당하다,

(4) 따라서, 처분청이 신고한 과세표준금액에서 이월결손금 6,378백만원을 공제한 후, 경정과세표준금액과 비교하여 2004사업연도 과소신고 소득금액을 산정하고 쟁점가산세를 법인세에 가산하여 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의해 주문과 같이 결정한다.