신축주택 취득기간 이후 사용승인을 받더라도 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있음

○○세무서장이 2008.6.26. 청구인에게 한 2004년 귀속 양도소득세 39,110,620원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

청구인은 ○○아파트 재건축조합의 조합원 자격으로 취득하여 보유하고 있던 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○ ○○○아파트 ○○○-○○○ 건물면적 210.07㎡(전용면적 121.48㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2004.7.10. 양도하고 2004.9.26. 양도소득과세표준 예정신고하며 양도소득세 39,110,620원을 납부하였다가, 청구인은 2008.4.10. 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조 의 3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 100% 감면대상에 해당한다고 보아 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다는 내용의 경정청구를 제기하였다. 처분청은 쟁점주택의 양도에 대한 양도소득세 감면과 관련하여 자기가 건설한 신축주택(주택조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)의 경우 당해 거주자가 신축주택취득기간(2001.5.23.~2003.6.30.)중에 당해 신축주택에 대한 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 한하여 양도소득세 감면대상이 되는 것이므로 신축주택은 2003.10.31. 사용승인을 받아 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 2008.6.26. 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.7.15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점주택에 대하여 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호의 규정을 적용하여 신축주택의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인을 받은 경우에 한하여 양도소득세를 감면한다고 보아 경정청구를 부인하였으나, 쟁점주택과 같이 조합원 분양분과 일반 분양분이 함께 있는 경우 일반 분양분에 대하여는 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항의 규정에 따라 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받아도 감면대상 신축주택으로 인정하도록 규정되어 있는 바, 일반 분양분이 함께 있는 조합원 분양분인 쟁점주택의 경우에도 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 적용대상이 되는 신축주택으로 보아 일반 분양분과 같이 양도소득세 감면대상으로 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조합원 분양분 주택과 일반 분양분 주택이 함께 있는 재개발･재건축주택조합의 신축주택으로 주택조합이 일반 분양자와 신축주택취득기간내에 일반 분양분 주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 조합원 분양분의 신축주택은 주택건설사업자 등으로부터 취득한 신축주택이 아니라 자기가 건설한 신축주택에 해당하며, 사용승인일이 2003.10.31.인 쟁점주택은 신축주택취득기간내에 사용승인을 받은 경우에 해당하지 아니하므로 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의하여 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세 감면을 배제하여 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주택조합이 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 제2호 의 규정에 의한 일반분양을 한 사실이 있는 경우, 조합원이 취득한 신축주택에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 규정을 적용하여 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

○ 조세특례제한법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것) 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정･고시된 분당･일산･평촌･산본･중동 신도시지역을 말한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 도는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등” 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다.

○ 조세특례제한법 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 쟁점주택을 2004.6.10. 양도하고 2004.9.26. 당해 주택의 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 제2호 의 규정을 적용하여 당해 주택의 양도소득세에 대하여 양도소득세 감면신청을 하였다. (나) 청구인이 조합원인 ○○아파트 재건축조합은 2000.11.24. 사업계획승인을 받아 2001.2.21. 건축공사에 착수하여 쟁점주택 등을 재건축한 뒤 2003.10.31. 사용승인을 취득하였다. (다) 청구인은 조합원 자격으로 2001.11.20. 재건축조합과 쟁점주택의 분양계약을 체결하였고, 조합원 외의 자에 대한 일반 분양분 주택은 2002.11.27.부터 2002.11.29.까지 분양계약이 체결되었다. (라) ○○시 ○○구 ○○동에 소재하고 있는 쟁점주택은 2002.12.11. 법률 제6762호에 의하여 개정된 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제1항에서 규정한 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 양도소득세의 감면을 배제하는 지역 내의 신축주택에 해당한다.

(2) 청구인은 재건축주택조합의 조합원으로서 신축주택취득기간 내에 주택조합과 분양계약을 체결하고 계약금을 납부하였고, 주택조합은 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있으므로, 쟁점주택이 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받았다 하더라도 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세 과세특례규정이 적용되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서, 같은항 제1호에서 ‘주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우’라는 제목으로, ‘2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ’신축주택취득기간‘이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)’을 규정하고 있고, 그 위임을 받은 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 은 위 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 대통령령이 정하는 주택으로, 그 제1호에서 ‘주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ’주택조합 등‘이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ’잔여주택‘이라 한다)으로서 신축주택취득기간 내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한자가 취득하는 주택을, 그 제2호에서 ’조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다‘라고 각 규정하고 있다. (나) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 공급받는 이른바 조합원 공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 위 법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 양도소득세 과세특례규정의 적용대상이 되는 신축주택에 포함된다고 보는 것이 타당하다 하겠다(대법원 2007두146, 2008.5.29. 외 다수 같은 뜻).

(3) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하면, 청구인이 재건축주택조합의 조합원으로서 취득한 쟁점주택이 신축주택취득기간 이후인 2003.10.31. 사용승인을 받았다 하더라도, 재건축주택조합이 재건축아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여 아파트를 신축주택취득기간내인 2001.5.23.부터 2003.6.30. 사이에 조합원 외의 자에게 일반분양하고 계약금을 지급받은 사실이 있으므로, 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호 소정의 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례규정의 적용대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.