주택의 양도가 비과세되는 1세대1주택의 양도에 해당되는지 여부

○○세무서장이 2008.4.2. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 84,277,500원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 2006.4.17. 취득한 ○○도 ○○시 ○○동 321-33번지 대지 153㎡, 같은 곳 321-16 대지 50㎡, 같은 곳 321-34 대지 18㎡ 및 위 지상 주택 75㎡(이하 대지와 주택을 포함하여 "쟁점주택"이라 한다)를 취득하여 2007.5.7. ○○시에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의거 협의매수 청구에 의거 양도하고, 소득세법시행령 제154조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 보유기간의 제한을 받지 아니하는 비과세 대상인 1세대1주택으로 보아 2007.7.31. 양도소득세 예정 신고하였다. 처분청은 쟁점주택은 소득세법시행령 제154조 제1항 제2호 가목의 보유기간의 제한을 받지 아니하는 1세대1주택에 해당되지 아니한 것으로 보아 2008.4.2. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 84,277,500원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.7.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택은 청구인이 2006.6.1. 경락으로 취득하여 2007.5.10. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수 청구에 의거 양도한 것으로, 국세청 예규(서면4탐-1953, 2007.6.21)와 심판결정례(조심2007중4133, 2008.7.15)에서와 같이 사업인정을 받지 아니하고 공익사업을 수행하는 경우에는 보상계획 공고일 또는 공고를 생략한 경우에는 토지 소유자에게 보상계획을 통지한 날을 사업인정 고시일로 본다고 해석하고 있고, 청구인은 시흥시에서 2007.3.16. 보상계획통지를 한 이전인 2006.6.1. 쟁점주택을 취득한 것으로 이는 사업인정고시 전에 취득하였으므로 소득세법시행령 제154조 제1항 제2호 가목의 규정에 의거 1세대1주택 비과세 대상이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법시행령 제154조 제1항 제2호 가목 규정의 ‘사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다.’ 라는 단서 규정은 공익사업목적으로 수용되는 경우 1세대 1주택 보유기간 3년에 대한 특례규정으로 본인의 의사와 관계없이 보유기간을 채울 수 없는 상황에 대하여 이를 법적으로 보호하려는데 있는 것이며, 사업인정고시일 이후에 취득한 경우 보유기간 특례규정을 적용하지 않겠다는 입법취지는 부동산 투기방지 및 1세대1주택 비과세 최소 보유기간인 3년과의 형평성을 기하고자 함에 있다고 할 것인바, ‘장기미집행 도시계획시설(도로)’에 편입된 사실을 인지한 청구인이 보유기간 3년의 요건을 갖출 수 있음에도 불구하고 강제집행이 아닌 사인의 공법상 행위로 볼 수 있는 청구인의 매수청구에 의거 보상을 받은 것에 대해 거주기간 및 보유기간의 제한을 받지 않는다는 주장은 합리적 이유가 없으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택의 양도가 비과세되는 1세대1주택의 양도에 해당되는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정)

(2) 2008. 2. 22, 대통령령 제20618호로 개정되기 전 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일 부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다. (2006. 2. 9. 개정)

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 (2006. 2. 9. 개정)

(3) 2002. 12. 30, 대통령령 제17825호로 개정되기 전 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제3호에서 "1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 1년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2002. 10. 1 개정)

2. 다음 각목의 1에 해당하는 경우. 이 경우 가목 및 나목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다. (1999. 12. 31 후단개정)

• 가. 주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업용으로 당해 공공사업의 시행자에게 양도하는 경우
• 나. 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되는 경우 (4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제47조 【도시계획시설부지의 매수청구】

① 도시계획시설에 대한 도시관리계획의 결정(이하 "도시계획시설결정"이라 한다)의 고시일부터 10년 이내에 당해 도시계획시설의 설치에 관한 도시계획시설사업이 시행되지 아니하는 경우(제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가 또는 그에 상당하는 절차가 행하여진 경우를 제외한다. 이하 같다) 당해 도시계획시설의 부지로 되어 있는 토지 중 지목이 대인 토지(당해 토지에 있는 건축물 및 정착물을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 소유자는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ시장 또는 군수에게 당해 토지의 매수를 청구할 수 있다. 다만, 다음 각호의 1의 경우에는 그에 해당하는 자(이하 특별시장ㆍ광역시장ㆍ시장 또는 군수를 포함하며, 이 조에서 "매수의무자"라 한다)에게 당해 토지의 매수를 청구할 수 있다.

1. 이 법에 의하여 당해 도시계획시설사업의 시행자가 정하여진 경우에는 그 시행자

2. 이 법 또는 다른 법률에 의하여 도시계획시설을 설치하거나 관리하여야 할 의무가 있는 자가 있는 경우에는 그 의무가 있는 자. 이 경우 도시계획시설을 설치하거나 관리하여야 할 의무가 있는 자가 서로 다른 경우에는 설치하여야 할 의무가 있는 자에게 매수청구하여야 한다. (5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제95조 【토지 등의 수용 및 사용】

① 도시계획시설사업의 시행자는 도시계획시설사업에 필요한 다음 각호의 물건 또는 권리를 수용 또는 사용할 수 있다.

1. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건

2. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건에 관한 소유권 외의 권리 (6) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제96조 【공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용】

① 제95조의 규정에 의한 수용 및 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다. (7) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제15조 【보상계획의 열람 등】

① 사업시행자는 제14조에 따라 토지조서 및 물건조서를 작성한 때에는 공익사업의 개요, 토지조서 및 물건조서의 내용과 보상의 시기ㆍ방법 및 절차 등을 기재한 보상계획을 전국을 보급지역으로 하는 일간신문에 공고하고, 토지소유자 및 관계인에게 각각 통지하여야 하며, 제2항 단서에 따라 열람을 의뢰하는 사업시행자를 제외하고는 특별자치도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게도 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인이 20인 이하인 경우에는 공고를 생략할 수 있다. (8) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 【사업인정】

① 사업시행자는 제19조의 규정에 따라 토지 등을 수용 또는 사용하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 보면, (가) 쟁점주택의 부동산등기부등본에 의하면, 청구인은 ‘임의경매로 인한 매각’을 등기원인으로 2006.6.1. 취득하여 ‘공공용지의 협의취득’을 등기원인으로 2007.5.10. 시흥시에게 양도한 것으로 나타나고, 청구인은 쟁점주택외 다른 주택을 소유하지 아니한데 대하여는 처분청과 다툼이 없다. (나) ○○시장이 2008.1.22. 발급한 ‘토지수용(협의매수) 확인서’에 의하면, 쟁점주택은 기업자를 ○○시장으로 하여 1978.12.22. ○○도 고시-제587호로 도시계획시설로 결정괴시되었음이 확인된다. (다) 협의매수 관련 ○○시장은 2007.3.16. 청구인에게 쟁점주택을 도시계획시설부지(도로)로 협의매수하기로 통지(○○시 도시과-1932)하였으며, 별도로 쟁점주택에 대하여 보상계획을 공고한 사실이 없는 것으로 나타난다. (라) 한편, 1세대1주택 비과세의 요건 중 3년 보유기간의 제한을 받지 아니하는 소득세법시행령 제154조 제1항 제2호 가목의 개정내용을 보면, 2002.12.30. 개정 이전에는 ‘주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업용으로 당해 공공사업의 시행자에게 양도하는 경우’에서 ‘주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우’로 개정되면서 협의매수에 의한 양도의 경우에도 보유기간의 제한을 받지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 과세처분 내용을 보면, 처분청은 장기미집행 도시계획시설(도로)에 편입된 사실을 인지한 청구인이 보유기간 3년의 요건을 충족한 후 양도할 수 있음에도 불구하고 강제수용이 아닌 협의매수청구에 의거 양도한 것으로 이는 소득세법시행령 제154조 제1항 제2호 가목의 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다.

(3) 살피건대, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 따른 사업시행자는 공익사업에 필요한 토지를 협의매수 방식 또는 사업인정에 따른 수용의 방법으로 취득할 수 있는 것이고, 협의매수방식으로 토지를 취득하여 공익사업을 수행하는 경우에는 같은 법 제15조에서 규정하는 보상계획 공고일(공고를 생략한 경우에는 토지 소유자에게 보상계획을 통지한 날)을 사업인정고시일로 보는 것이 합리적이라 할 것인 바(서면4팀-1953, 2007.6.21 및 조심 2007중4133, 2008.7.15 참조), 청구인은 쟁점주택을 도시계획시설결정의 고시일로부터 10년 이내에 도시계획시설사업이 시행되지 아니하여 청구인이 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제47조 의 규정에 의거 도시계획시설 부지의 매수청구권 행사에 의거 시흥시에 양도한 것으로, 이 건의 사업인정 고시일은 시흥시에서 청구인에게 보상계획을 통지한 2007.3.16.로 봄이 합리적이라 할 것이고, 이 경우 청구인은 사업인정고시일 이전에 쟁점주택을 취득(2006.6.1)하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의거 협의매수청구권 행사에 의하여 양도한 것으로 이는 소득세법시행령 제154조 제1항 제2호 가목의 규정에 의거 1세대 1주택 비과세 대상에 해당되므로 처분청의 이 건 과세처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관회의 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.