일반주택 양도시점에서 신축주택의 고급주택 여부를 평가하여 1세대1주택 판단시 주택수에 포함할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1974.12.31. ○○○(이하 “일반주택”이라 한다)를 취득하여 2007.9.3. 1,550,000천원에 양도하면서, 보유중인 감면주택을 주택수에 포함하지 아니하고 2007.11.30. 양도소득세 151,278천원으로 예정신고하였다가, 2008.1.14. 1세대2주택 중과세율을 적용하여 양도소득세 697,644천원으로 수정신고하였으며, 2008.2.12. 다시 예정신고한 내용으로 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 일반주택 양도시 ○○○(이하 “감면주택”이라 한다)을 보유한 상태를 확인하고, 감면주택을 조세특례제한법 제99조 의 신축주택에서 배제되는 고급주택으로 평가하고, 일반주택 양도시 주택수에 포함하여 1세대2주택으로 보아 청구인이 2008.1.14. 수정 신고한 내용을 인정하여 2008.2.12. 신고한 경정청구를 부인하고 2008.4.7. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 287,560,850원을 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.6.20. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 감면대상 신축주택의 고급주택 여부는 조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 부칙 제29조에서 ‘거주자가 신축주택을 취득하여 양도하는 경우에 적용한다’라고 명확히 규정하여 감면주택이 양도되었을 때 판단하도록 규정하고 있음에도 처분청은 감면주택을 보유시점에서 고급주택으로 평가하여 양도소득세를 중과세한 당초 부과처분은 재량권을 배제하고 국민의 재산권이 부당하게 침해되는 것을 방지하고자 하는 조세법률주의의 법적안정성을 위배한 사실이 있으며, 또한 같은법 제99조 제2항에서 ‘ 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다’라고 규정하고 감면대상 신축주택을 취득한 거주자의 소유주택으로 보지 않는 시점이 명확하지 않은 규정임에도 불구하고, 처분청이 일반주택 양도시점에서 감면주택을 청구인의 소유주택으로 판단하는 것은 관련규정이 처음부터 처분청의 자의적인 재량을 허용하고 있는 반면에 청구인에게는 부과될 세액을 예측할 수 없도록 규정하여 조세법률주의의 예측가능성을 위배하고 있으므로 당초 부과처분은 부당하다. 처분청이 양도되지도 않은 감면주택의 기준시가가 5억원을 초과한다는 사유로 일반주택의 양도에 따른 1세대1주택 판정시 주택수에 포함시킨 것은 법률의 지나친 확대해석에 해당하며, 청구인이 감면주택을 취득할 당시에는 고급주택에 해당되지 않는 387,787천원에 분양을 받았으며, 추후 일반주택의 양도시에도 감면주택이 주택수에 포함되지 않는다는 법률만 믿고 감면주택을 취득하여 계속 보유하여 왔으나, 일반주택의 양도 당시에 보유하고 있는 감면주택의 기준시가가 5억원을 초과한다는 사유로 주택수에 포함시켰는 바, 이는 법률에 규정되어 있지도 않는 입법의 미비사항을 적용하여 처분한 것으로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 구 조세특례제한법 제99조 는 거주자가 신축 및 최초 분양주택을 1998.5.22~1999.6.30. 취득하면 취득한 날로부터 5년이내에 양도함으로써 발생되는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 단서조항에 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있으며, 소득세법 제89조 및 동법 시행령 제156조에 의하면, 공동주택의 고급주택은 주거전용면적이 165㎡이고, 양도당시의 양도가액이 5억원을 초과하면 고급주택에 해당한다고 규정하고 있다. 감면주택은 주거전용면적이 192㎡이고, 기준시가(2007.4.30)가 712,000천원으로서 가액기준 5억원을 초과하므로 2007.9.3. 일반주택 양도시에 감면주택은 고급주택 기준에 해당되어 조세특례제한법 제99조 에서 감면되는 신축주택에서 배제되고 1세대1주택 판정시 주택수에 포함되는 것이므로 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 일반주택 양도시점에서 조세특례제한법 제99조 에 의거 보유하고 있는 신축주택의 고급주택 여부를 평가하여 1세대1주택 판단시 주택수에 포함할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제99조 <2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것> (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) ①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5연간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택. 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

② 소득세법 제89조제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2) 조세특례제한법 제99조 <2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것>제99조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) ①(본문생략). 다만, 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (3) 조세특례제한법 제99조 <2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것> (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) ①(본문생략) 다만, 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (4) 조세특례제한법 부칙 <제6762호, 2002.12.11> 제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. (5) 소득세법 제96조 <1999.12.28. 개정이전 것> (양도가액) 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다. 제89조<1998.12.28. 법률 제5580호로 개정된 것> (비과세양도소득) 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 부과하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 (6) 소득세법 시행령 제156조 <1999.12.31. 제16682호로 개정된 것> (고급주택의 범위) 법 제89조제3호에서 "거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것 (7) 소득세법 시행령 제156조 <1999.12.31. 제16682호로 개정되기전의 것> (고급주택의 범위) 법 제89조제3호에서 "대통령령이 정하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터이상이고 그 양도가액이 5억원을 초과하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1974.12.31. 일반주택을 취득하여 2007.9.3. 1,550,000천원에 양도하면서, 보유중인 감면주택을 주택수에 포함하지 아니하고 2007.11.30. 양도소득세 151,278천원으로 예정신고하였으며, 2008.1.14. 1세대2주택 중과세율을 적용하여 양도소득세 697,644천원으로 수정신고하였고, 2008.2.12. 예정신고 내용대로 경정청구하였으나, 처분청은 감면주택을 조세특례제한법 제99조 의 신축주택에서 배제되는 고급주택으로 판단하여 일반주택 양도시 1세대2주택으로 보아 2008.2.12. 신고한 경정청구를 부인하고, 2008.4.7. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 287,560,850원을 고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 1998.5.25. 조세특례제한법 제99조 의 규정에 따라 취득한 감면주택에 대하여 ‘당해자산 양도당시의 기준시가’를 적용하여 감면주택이 양도되었을 때 고급주택 여부를 판단하여야 하므로 일반주택 양도당시 감면주택의 고급주택 여부를 판단하는 것은 조세법률주의의 법적안정성 및 예측가능성을 위배한 것이라고 주장한다. (3) 조세특례제한법 제99조 제1항 은 거주자가 신축주택기간에 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고, 단서에서 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한 것으로 규정하고 있고, 같은법 제2항은 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 단서의 고급주택 기준은 아래 표와 같이 변경되었다. 공동주택의 기간별 고급주택기준(소득세법시행령 제156조 제1항 제2호) 1999.9.18. 이전 1999.9.18. 이후 2002.10.1. 이후 2003.1.1. 이후 전용면적이 165㎡이상이고, 양도가액이 5억원을 초과하는 것 전용면적이 165㎡이상이고, 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것 전용면적이 149㎡ 이상이고, 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것 2002.12.11.(2003.1.1.시행) 조세특례제한법 개정시 부칙 제29조 제1항은 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다고 규정하고 있다.

(4) ‘양도가액’은 구 소득세법 제96조 제1항 단서조항(1999.12.28. 개정)에서 고급주택에 대한 과세기준을 강화하면서 당초 ‘기준시가 과세대상’에서 ‘실지거래가액 과세대상’으로 고급주택 평가기준을 달리하게 된 것이고, 동 규정 개정전까지 고급주택에 대한 과세는 실가 과세사유에 해당되지 아니하여 비록 실가가 확인되는 경우에도 실가로 과세할 수 없는 것이며, 조세특례제한법 제99조 의 적용을 받는 신축주택의 경우 고급주택 여부를 판단하는 가액기준은 ‘당해자산 양도당시의 기준시가’를 적용하는 것이 원칙이며, 취득당시 실지거래가액 과세대상 양도자산이 아니므로 실지거래가액의 적용은 불가능한 것인 바, 청구인은 감면주택에 대한 고급주택 여부 판단에 적용할 가액기준에 대하여 ‘당해 자산 양도당시의 기준시가’를 적용하는 것이 합리적이라는 주장이다.

(5) 청구인이 양도한 일반주택 양도가액 등 현황과 보유하고 있는 감면주택의 면적, 취득 및 양도가액은 아래 표와 같이 나타난다. (단위:천원) 구분 전용면적 취득시기 취득가액 양도시기 양도가액 비고 일반(양도)주택 107.47㎡ 1974.12.31 59,786(환산가) 2007.9.3 1,550,000 (실지거래가) 감면주택 192.62㎡ 1998.5.25계약 2001.4.25등기 387,787 보유 712,000 (기준시가) 2007.4.30 고시

(6) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 조세특례제한법 개정(2002.12.11.)시 부칙 제29조 제1항은 이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있고, 양도소득세는 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 점, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 부칙 제29조 제1항이 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택이 아닌 다른 주택을 신법 시행 이후 양도하는 경우까지 포함하는 것으로 보기는 어려운(대법원 2007두15124, 2008.6.12. 참조)바, 이 건의 경우, 청구인이 신법 시행(2003.1.1.) 이후에 일반주택을 양도하였고 감면주택을 양도하지 아니하였으므로, 감면주택은 2002.12.11. 개정법 부칙 제29조 제1항에 따라 종전의 규정인 기준시가 및 고급주택 기준은 적용되지 아니하고 2003.1.1.이후 시행된 신법의 실지거래가 및 고가주택 기준을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. 또한, 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하며 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하므로, 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 1세대1주택 비과세 여부는 일반주택의 양도시기를 기준으로 판정하여야 하는 바, 일반주택의 양도시점에서 보유한 감면주택을 주택수에 포함할 지 여부는 고가주택 여부를 판단하여 결정하여야 하나, 청구인이 감면주택을 양도한 것이 아니어서 감면주택의 실지 양도가액이 확인되지 아니하여 소득세법 제114조 제5항 에 따라 기준시가(2007.4.30)로 감면주택의 가액을 적용하면 712,000천원으로서 고가주택 기준인 양도가액 6억원을 초과하므로 고가주택에 해당한다. 따라서, 감면주택은 일반주택 양도당시 고가주택으로서 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 의 양도소득세 감면대상 신축주택에서 제외되어, 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 1세대1주택 판정시 보유주택수에서 제외되는 신축주택에 해당하지 아니하므로, 처분청이 일반주택 양도시 1세대1주택을 판정할 때 감면주택을 보유주택수에 포함되는 것으로 보아, 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.