실지거래가액으로 예정신고 후 확정신고기한 경과하여 기준시가 수정신고 가능여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2003.7.30. 경기도 평택시 ○○면 ○○리 464번지 전 1,015㎡, 465-10번지 전 100.2㎡, 463-12번지 전 2,273㎡, 합계 3,388.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2006.4.28. 한국토지공사에 협의양도(수용)하고 쟁점토지의 취득가액을 299,573천원, 양도가액은 559,020천원으로 하여 실지거래가액에 의해 2006.6.29. 처분청에 2006년 귀속 양도소득세 예정신고 및 세액 60,857,000원을 자진납부하였다.
• 나. 처분청은 2007.9.10.~10.2. 기간동안 청구인의 쟁점토지 양도에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점토지의 실지취득가액이 154,728천원임에도 청구인이 그 취득가액을 299,573천원으로 과다신고한 사실을 확인하였고, 이에 대해 청구인은 쟁점토지의 양도는 공익사업용 부동산의 양도로서 조세특례제한법 제85조 규정에 의하여 기준시가로 양도차익을 산정할 수 있다고 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여 수정신고 하였다.
• 다. 처분청은 실지거래가액으로 예정신고한 경우 기준시가로 수정신고할 수 없다고 보아 청구인의 수정신고를 인정하지 아니하고 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2007.11.5. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 60,029,970원을 경정고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.10. 이의신청을 거쳐 2008.6.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 당초 쟁점토지의 소재지가 지정지역에 해당하여 소득세법 제96조 제1항 의 규정에 의하여 실지거래가액으로 예정신고․납부하였으나, 청구인이 신고한 취득가액은 가공의 계약서에 의하여 신고한 가액이므로 실질면에 있어서 실지거래가액으로 신고한 것으로 볼 수 없고, 조세특례제한법 제85조 에서는 일정 요건을 갖춘 경우 토지의 양도에 대하여 기준시가로 계산이 가능하도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지는 2006.4.28. 한국도로공사에 공익사업용으로 수용되었으므로 조세특례제한법 제85조 규정에 의해 기준시가로 양도차익을 산정하여야 한다. 따라서 처분청이 청구인의 기준시가에 의한 수정신고를 받아들이지 아니하고 확인된 실지거래가액에 의하여 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 조세특례제한법 제85조 규정에 따라 기준시가로 양도차익신고가 가능함에도 청구인 스스로 실지거래가액으로 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부하였고, 소득세법 제114조 제4항 규정에 의하면, 거주자가 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있는 바, 기준시가 과세대상인 자산을 실지거래가액에 의하여 허위로 신고한 청구인에 대하여 처분청이 조사․확인된 실지거래가액에 의하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 공익사업용으로 수용된 토지로서 양도소득금액을 실지거래가액으로 신고한 후, 세무조사시 취득계약서가 허위계약서로 확인되자, 청구인이 수용된 토지임을 이유로 기준시가에 의하여 수정신고한 경우, 기준시가로 양도차익을 산정할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.(1999.12.28 개정)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에 신고하는 경우(1999.12.28. 개정)

7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우(2005.12.31.개정)

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지】

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.(2001. 12. 31. 단서신설)

○ 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】(삭제,2006.12.30.) 거주자가 소득세법제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조 의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005.12.31.개정)

제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날(2004.12.31.신설)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 처분청이 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 세무조사시 쟁점토지의 실지취득가액이 154,728천원임에도 청구인이 그 취득가액을 299,573천원으로 과다신고한 사실을 확인하자 쟁점토지의 양도는 공익사업용 부동산의 양도로서 조세특례제한법 제85조 규정에 의하여 기준시가로 양도차익을 산정할 수 있다고 보아 기준시가에 의하여 수정신고하였으며, 이에 대해 처분청은 실지거래가액으로 예정신고한 경우 기준시가로 수정신고할 수 없다고 보아 청구인의 수정신고를 인정하지 아니하고 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세하였다.

(2) 청구인은 당초 쟁점토지의 소재지가 지정지역에 해당하여 소득세법 제96조 제1항 규정에 의하여 실지거래가액으로 예정신고․납부하였으나, 쟁점토지가 2006.4.28. 한국도로공사에 공익사업용으로 수용되었기 때문에 조세특례제한법 제85조 규정에 의해 기준시가로 양도차익을 산정하여야 하므로 처분청이 청구인의 기준시가에 의한 수정신고를 받아들이지 아니하고 확인된 실지거래가액에 의하여 과세하는 것은 부당하다고 주장한다.

(3) 살피건대, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도한 경우에도 공익 사업용으로 수용(양도)되었다면 조세특례제한법 제85조 본문 및 같은 법 부칙 제12조의 규정에 따라 2005.1.1. 이후 과세표준확정신고기한이 도래하는 양도분부터 기준시가로 양도차익을 산정할 수 있다할 것이나, 같은 법 단서에서는 ‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하여 토지가 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되었다 하더라도 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 산정하여야 한다 할 것인 바, 청구인이 지정지역 내에 소재하는 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 다음, 확정신고기한까지 기준시가에 의한 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 따라 산정할 수밖에 없다 하겠다.(국심 2007서2799, 2007.11.29. 같은 뜻)

(4) 따라서 실지거래가액으로 예정신고하고 확정신고기한이 경과하여 기준시가로 수정신고한 경우, 청구인의 수정신고를 인정하지 아니하고 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 과세한 처분 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.