재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용을 부인하여 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2008. 3. 1. 청구인에게 한 2005년 2기 부가가치세 5,904,120원, 2006년 1기 부가가치세 30,722,060원은 청구인이 거래상대방 중 안○기 외 7인으로부터 매입한 공급대가 2005년 2기 31,719,830원, 2006년 1기 76,199,100원에 대한 신고ㆍ납부불성실가산세를 제외하고, 나머지 거래상대방으로부터 매입한 공급대가에 대해서는 이를 매출세액에서 매입세액으로 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2005. 12. 23.부터 2007. 7. 20.까지 “곰두리고물상” 이라는 상호로 고철 및 비철 도매업을 영위한 사업자로 미등록사업자인 정○모 외 26인으로부터 2005년 2기 60,746,660원, 2006년 1기 329,740,750원 합계 390,487,410원의 매입액(이하 “쟁점매입액”이라 한다)에 대한 부가가치세 매입세액 28,924,992원을 공제하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점매입액의 공급자인 정○모는 실질적인 사업자로 간이과세자에 해당하지 않는 것으로 보아 쟁점매입액에 대하여 매입 세액공제 부인하여 2008.3.1. 청구인에게 2005년 2기 부가가치세 5,904,120원, 2006년 1기 부가가치 세 30,722,060원 합계 36,626,180원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008. 4. 5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 부가가치세 신고 당시 쟁점매입액의 매입처를 “정○모 외 26인” 으로 일괄 기재하여 잘못 신고하였으나, 쟁점매입액의 실제 공급자는 정○모 외 26인으로 대부분 규모가 영세한 수집상들로 부가 가치세 과세사업을 영위하지 않거나 간이과세자에 해당하므로 이에 대한 매입세액을 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 정○모 외 26인으로부터 재활용 폐자원을 수집한 것으로 주장하고 있으나, 거래 당시 작성하였다는 계량증명서, 영수증 만 으로는 실제로 정○모 외 26인으로부터 재활용폐자원을 수집하였는지 여부가 불분명하고, 국세통합시스템의 전산조회 결과 연간 48백만 원 이상 매입한 개인이 2005. 2기 정○모 외 1인 2006.171 정○모 외 3인 으로 나타나며, 청구인이 제출한 매입장을 보면 매입한 개인들 모두가 사업성이 있는 것으로 보여 지므로 청구인이 당초 신고한 쟁점매입 액에 대한 매입세액을 부인하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법상 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용을 부인하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 ”공급대가”라 한다)가 4천800만 원 이상 동금액의 100분의 130에 해당하는 금액이하의 범위 내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 ”간이과세 자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장 의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. (단서 생략)

⑤ 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1 항 및 제2항에 규정된 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다.(단서 생략)

⑥ 제28조 제1항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 공급대가가 제1 항에서 규정하는 금액 이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정이 속 하는 과세기간까지 간이과세자로 본다. (2) 부가가치세법 시행령 제74조 【간이과세의 범위】

① 법 제25조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 4천800만 원을 말한다. 제74조의2 【간이과세 및 일반과세의 적용시기】

① 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조제1항의 규정에 의한 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다.

② 제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정 에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시전일까지 교부하여야 한다.

③ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지 에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용한다.(단서 생략)

④ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 과한 규정을 적용한다. (3) 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대 하여는 취득가액에 108분의 8을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대 하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

② 법 제108조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금 액”이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원 둥”이라 한다)의 취득가액에 100분의 8을 곱하여 계산한 금액을 말한 다.(단서 생략)

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자 의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자 (폐기물을 재활용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한 자

5. 기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용 폐자원 등의 범위는 다음과 같다.

(5) 조세특례제한법 시행규칙 제50조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 영 제110조 제3항 제5호에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 재생재료 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다.

② 영 제110조 제4항 제9호에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 고철도매업을 영위하는 청구인이 부가가치세 신고 당 시 쟁점매입액 매입처를 2005년 2기 “정○모 외”, 2006년 1기 “정○모 외 26인”으로 일괄 기재하고 각 매입처별 세부 매입내역을 기재하지 아니하였다 하여, 쟁점매입액 전액을 정○모 1인으로부터 매입한 것으로 보아 매입세액공제 부인하여 이 건 과세하였다.

(2) 청구인은 쟁점매입액의 실제 공급자는 미등록사업자인 정○모 외 26인으로 대부분 규모가 영세한 수집상들로 부가가치세 과세사업을 영위하지 않거나 연간 공급액이 4,800만 원 이하인 간이과세자에 해당하므로 이에 대한 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하며 매입세액 공제신고서, 재활용폐자원 수집명세서, 확인서 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인이 신고한 재활용폐자원 및 중고품 매입세액 공제신고서 에 의하면, 청구인은 2005년 271에는 “정○모 외” 로부터 60,746,660원, 2006년 1기 에는 “정○모 외 26인”으로부터 329,740,750 원 상당의 고철을 매입한 것으로 기재된 바, 청구인은 전자신고 과정 에서 상세 명세서를 입렴하지 않고 단순히 “정○모 외 26인” 으로 일괄 신고한 것으로 주장하고 있다. (나) 청구인이 제출한 재활용폐자원 수집명세서, 사실확인서 등에 의하면 청구인이 정○모 외 26인으로부터 재활용폐자원을 아래와 같이 매입한 것으로 나타나고, 국세청 국세통합시스템에 의하면 이 중 공급대가가 간이과세자 범위인 4,800만원을 초과하는 거래상대방은 2005년에는 안○기 외 1인으로, 2006년에는 안○기 외 6인으로 나타난다. <재활용폐자원 매입현황> (천원) 성명 재활용폐자원매입액 개인별 총공급액TIS 공제대상매입액 2005.2기 2006.1기 2005년 2006년 2005.2기 2006.1기 정○모 15,008 12,225 42,459 45,747 15,008 12,255 안○기 14,132 13,366 261,201 234,196 김○열 17,588 14,653 55,120 30,364 14,653 김○수 7,452 12,459 7,451 12,459 7,452 12,459 고○옥 6,567 12,750 6,567 12,750 6,567 12,750 김○대 9,654 36,757 9,654 박○평 9,569 14,105 9,569 송 ○ 12,004 27,524 12,004 안○열 8,967 73,691 윤○중 12,648 53,134 이○훈 9,325 38,479 9,325 장○준 14,356 36,393 14,356 최○천 9,459 200,797 강○환 13,256 22,465 13,256 김○철 14,645 32,688 14,645 박○근 14,365 30,806 14,365 송○화 9,507 112,595 이○섭 9,056 9,096 9,056 이○주 12,457 30,281 12,457 정○대 15,984 35,760 15,984 최○홍 12,934 81,183 김○영 11,026 26,251 11,026 김○미 13,545 24,120 13,545 박○기 9,588 75,249 송○옥 14,463 33,368 14,463 원○미 15,362 28,260 15,362 정○화 12,356 30,475 12,356 소계 60,747 329,740 1,388,993 29,027 253,540 (다) 청구인은 재활용폐자원은 영세수집상이 손수레나 소형 트럭 에 재활용품을 싣고 오면 즉석에서 중량을 확인하고 현금으로 결제하는 것이 일반적인 관행으로 정○모 외 26인으로부터 재활용폐자원을 수집하고 지급한 대가에 대한 금융증빙 등은 제시하지 못하고 있으나, 국세통합시스템상 정○모의 재활용폐자원 공급실적(2005년 42,459천원, 2006년 45,747천원) 등을 감안할 때 쟁점매입액 전액을 정○모 1인이 공급한 것으로 보기는 어렵다. (라) 또한 거래상대방들의 사업자등록 내역을 보면, 안○기는 고철 도매업으로, 최성천은 도매 및 상품중개업으로 2005.1.1. 각각 직권으로 사업자등록된 사실이 확인되고, 나머지 거래상대방은 현재까지 사 업자등록을 하였거나 직권등록된 사실이 없음이 국세통합전산망에 의 하여 확인된다.

(3) 재활용폐자원 둥에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 규정인조세특례제한법제108조 및 조세특례제한법 시행령 제110조 에 의하면 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 부가가치세법제25조에 규정된 간이과세자로부터 재활용폐자원 등을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용하도록 규정하고 있다.

(4) 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, 처분청은 쟁점매입액의 공급처를 실질적인 일반과세사업자인 정○모 1인으로 보고 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례규정의 적용을 배제하여 이 건 과세하였으나 청구인이 부가가치세 전자신고 과정에서 쟁점매입 액의 매입처를 단순히 “정○모 외 26인”으로 일괄 기재하여 신고하였으나 매입처벌 세부 매입내역이 매입 명세서상 확인되는 점, 폐자원 공급실적 등을 감안할 경우 쟁점매입액 전체를 정○모 1인이 공급 한 것으로 보기는 어려운 점, 청구인의 거래상대방 대부분이 연간 공급액이 4,800만 원 이하인 소규모 영세사업자로 확인되고 현재까지 사 업자등록을 하였거나 직권등록된 사실이 없는 점 등을 감안할 때, 청구인이 정○모 외 26인으로부터 쟁점매입액에 상당하는 재활용폐자원 을 매입한 것으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 거래상대방 중 1역년의 공급대가가 4,800만 원을 초과하는 안○기 외 7인으로부터의 매입분(2005. 2기 31,719,830원, 2006. 1기 76,199,100원)에 대해서는 조세특례제한법 저11108조 제1항에서 규정하는 재활용폐자원 둥에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례 적용대상이 아닌 것으로 보되 나머지 거래상대방들과의 거래분에 대해서는 부가가치세 매입세액을 공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 다만, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무 의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것 인 바(대법원 2002두10032, 2003.12.26. 외 다수, 같은 뜻임), 1역년 공급대가가 4,800만 원 이상인 안○기외 7인을 부가가치세 납세의무자(사업자)로 본다고 하더라도, 안종기 외 7인은 재활용폐자원 공급을 위하여 부가가치세 사업자등록을 한 사실이 없고, 처분청 에서도 직권으로 등록한 사실이 없어서 청구인이 이들로부터 정상적인 매입세금계산서를 받을 수 없었을 뿐 아니라, 청구인으로서도 이 들의 1역년 공급대가가 총 4,800만원을 초과하는지를 알 수 없는 상황이었으므로 청구인이 이들로부터 매입한 재활용폐자원가액을 재활용폐자원 퉁에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용대상으로 보아 매입세액공제를 적용하여 신고한 것은 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이에 대하여 처분청이 청구인에 대하여 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.