고가주택의 주택부분과 부수토지의 보상시기가 상이한 경우에도 고가주택에 대한 6억원 공제는 양도시기를 기준으로 공제하는 것임
고가주택의 주택부분과 부수토지의 보상시기가 상이한 경우에도 고가주택에 대한 6억원 공제는 양도시기를 기준으로 공제하는 것임
○○○세무서장이 2008.3.3. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 52,823,280원의 부과처분은 ○○○ 대지 310㎡, 345-2 구거 67㎡, 345-8 주차장 153㎡, 345-9 구거 5㎡, 345-10 구거 11㎡, 345-11 구거 43㎡ 등 6필지 589㎡의 양도시기를 2007.5.28.로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.
(1) 고가주택에 대한 양도차익 계산은 주택의 부수토지를 기준으로 산정하여야 함에도 처분청은 쟁점주택의 부수토지가 아닌 ○○○ 토지(이하 “일부토지”라 한다)에 대하여도 주택의 부수토지로 보고 양도차익을 산정하였는 바, 쟁점주택의 부수토지에 대하여만 고가주택 양도차익 산정방법에 의하여 납부할 세액을 계산하여야 한다.
(2) 처분청은 양도소득금액 계산시 일부토지에 대해 장기보유특별공제율 10%를 적용하여 과세하였으나, 일부토지의 취득당시 지번은 같은 동 345-1이고, 소유권이전등기일은 2002.6.20.이나, 실제 취득일은 2001.4.21.임이 매매계약서 등에 의하여 확인되므로 실제 보유기간을 5년 이상으로 보아 장기보유특별공제율 15%를 적용하여 양도소득금액을 산정하여야 한다.
(3) 6억원 이상의 고가주택에 해당되는지의 여부를 가릴 때는 귀속연도가 다른 경우에도 합산하여 판단할 수 있으나, 1세대 1주택의 비과세 부분에 해당하는 6억원 공제는 납세자에게 유리한 귀속연도에 공제하여야 한다.
(4) 주택의 부수토지 및 주택부분 보상금의 지급시기가 각각 다른 경우에도 양도차손익을 합산하여야 하므로 쟁점주택 부수토지의 양도차익에서 보상시기가 상이한 주택부분의 양도차손 48,418,998원을 차감하여야 한다.
(1) 쟁점토지는 모두 연접해 있는 쟁점주택의 부수토지이므로 쟁점토지 전체를 쟁점주택의 부수토지로 보고 고가주택에 대한 양도차익 계산방법에 의하여 과세한 처분은 적법하다.
(2) 청구인은 쟁점토지중 345-6, 345-8에 대한 부동산매매계약서만 제출하고 있을 뿐, 실제 취득시기를 확인할 수 있는 금융증빙 등 객관적인 증빙은 제출하지 못하고 있으므로 등기접수일로부터 양도일까지의 보유기간이 5년 미만인 것으로 보아 장기보유특별공제율 10%를 적용하여 과세한 처분은 적법하다.
(3) 고가주택의 주택부분과 부수토지의 보상시기가 상이한 경우에도 고가주택에 대한 6억원 공제는 양도시기를 기준으로 공제하는 것이고, 청구인의 주장과 같이 납세자의 선택에 의하여 임의로 그 귀속연도를 선택할 수 없는 것이므로 당초처분은 적법하다.
(4) 쟁점토지는 2006년, 쟁점주택은 2007년에 각각 수용되어 자산별 귀속시기가 상이하고 당초 양도소득세 계산시 이미 양도차손이 계상되었으므로 추가로 양도차손을 공제하여야 한다는 청구인의 주장은 사실관계를 오해한 주장이다.
① 쟁점토지중 일부토지를 쟁점주택의 부수토지에서 제외할 수 있는지 여부
② 쟁점토지 중 같은 동 345-6 및 345-8 토지를 실제 5년이상 보유한 것으로 보아 장기보유특별공제율 15%를 적용할 수 있는지 여부
③ 주택 및 그 부수토지에 대한 보상금을 수령한 연도가 각각 상이한 경우 1세대 1주택 해당분에 대한 6억원 공제를 납세자가 선택하는 귀속연도에 공제할 수 있는지 여부
④ 쟁점주택 토지부분의 양도차익에서 주택 부분의 양도차손을 차감할 수 있는지 여부
① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005.12.31. 개정)
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】
③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2005.12.31. 개정) (2) 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】 (2002.12.30. 제목개정)
① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. (2008.2.22. 후단개정)
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 (2002.12.30. 개정) 양도가액―6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × ───────── 양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액―6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액×─────── 양도가액
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제156조 【고가주택의 범위】(2002.12.30. 제목개정)
① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. 제162조【양도 또는 취득의 시기】
① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998.12.31. 개정)
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 (3) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청은 쟁점토지가 2006.12.28. 수용되고, 쟁점주택은 2007.5.28. 수용되어 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가 각각 연도를 달리하여 양도되었으나, 1세대 1주택 고가주택의 양도로서 쟁점토지 전체가 쟁점주택의 부수토지에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세하였으며, 이에 대해 청구인은 일부토지는 쟁점주택의 부수토지가 아닌 별도의 토지임을 주장한다. (나) 처분청 조사공무원의 조사복명서에 의하면, 쟁점부동산은공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 수용되었으며, 청구인이 양도소득과세표준 예정신고시 주택부수토지의 면적은 589㎡이고, 주택정착면적 148.67㎡의 5배 이내로서 쟁점토지 전체를 주택부수토지로 신고한데 대하여 이를 적정한 것으로 본 것으로 나타난다. (다) 지적도에 의하면, 일부토지를 포함한 쟁점토지는 서로 연접하여 쟁점주택의 부수토지로 나타나며, 이에 대해 청구인은 일부토지가 주택의 부수토지가 아니라는 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있다. (라) 살피건대, 청구인이 양도소득과세표준 예정신고시 일부토지를 포함한 쟁점토지 전체를 쟁점주택의 부수토지로 보아 양도소득과세표준을 산정한 점, 일부토지가 주택의 부수토지와 별도의 토지임을 주장만 할 뿐 객관적인 증빙은 제출하지 못하고 있는 점, 공부상 일부토지를 포함한 쟁점토지는 서로 연접한 토지로서 쟁점주택의 부수토지로 나타나는 점 등으로 보아 일부토지를 포함한 쟁점토지 전체를 서로 연접한 토지로서 쟁점주택의 부수토지로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청은 쟁점토지 중 345-6 및 345-8의 등기부상 보유기간이 5년 미만이므로 장기보유특별공제율 10%를 적용하였으나, 청구인은 위 토지의 실제 취득일 및 잔금청산일은 2001.4.21.이고, 양도일은 2006.12.28.임이 매매계약서에 의해 확인되므로 그 보유기간을 5년 이상으로 보아 장기보유특별공제율 15%를 적용하여야 한다고 주장하면서 취득당시 매매계약서를 제출하고 있다. (나) 양도소득금액의 산정은 실질내용에 따라 계산하되 그 실질내용이 불분명한 경우에는 공부상 내용에 따라 산정하여야 하는 바, 청구인은 쟁점토지의 실제 취득일 및 잔금청산일이 2001.4.21.임을 주장하면서 매매계약서만 제출하고 있을 뿐, 잔금청산일을 입증할 수 있는 금융증빙 등 객관적인 증빙은 제출하지 못하고 있으므로 처분청이 등기접수일인 2002.6.20.을 양도시기로 보고 등기접수일로부터 양도일까지의 보유기간이 3년 이상 5년 미만이라 하여 장기보유특별공제율 10%를 적용하여 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구인은 6억원 이상의 고가주택에 해당되는지의 여부를 가릴 때는 귀속연도가 다른 경우에도 합산하여 판단할 수 있으나, 1세대 1주택의 비과세 부분에 해당하는 6억원 공제는 납세자에게 유리한 귀속연도에 공제하여야 한다고 주장한다. (나) 고가주택에 대한 양도차익 등의 계산방법은 소득세법 시행령 제160조 에서 규정하고 있는 바와 같이 주택부분과 부수토지의 보상시기가 상이한 경우에도 고가주택에 대한 6억원 공제는 양도시기를 기준으로 하는 것이므로 납세자의 선택에 의하여 임의로 그 귀속연도를 선택할 수는 없다 하겠다.
(4) 쟁점④에 대하여 본다. (가) 청구인은 종전에는 토지와 건물이 수용되는 경우에 보상금이 최종 지급된 때를 기준으로 양도시기를 판단(서면5팀-1230., 2006.12.14.외 다수)하였으나, 처분청이 새로운 해석(서면4팀-1581., 2007.5.11.)에 의하여 토지 소유권이 먼저 이전되는 경우에 그 소유권이전 등기접수일을 양도시기로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세로서 부당하다고 주장한다. (나) 청구인이 제출한 수용(협의매수)확인서, 등기부등본 및 보상금내역서 등을 보면, 청구인은 쟁점부동산을 사업시행자인 대한주택공사에 협의양도(수용)하고, 쟁점토지에 대하여는 2006.12.28. 보상금 1,294,589,040원, 쟁점주택은 2007.5.28. 보상금 251,897,670원을 각각 수령하고 대한주택공사에 2006.12.28. 소유권이전등기 후, 쟁점토지는 소유권이전등기일, 쟁점주택은 보상금 수령일을 양도시기로 보아 양도소득과세표준 예정신고한 사실이 심리자료에 나타난다. (다) 처분청은 “고가주택(1세대1주택) 및 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 부수토지에 대한 소유권이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것이며, 상기 주택과 그 부수토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 의하는 것이고 부수토지의 양도차익은 소득세법 기본통칙 95-1【고가주택의 양도차익 계산】의 계산방법에 따라 계산하되, 『건물의 양도가액』은 당해 주택의 “예상보상 금액”으로 하는 것이며, 당해 주택에 대한 보상금 잔액 수령시 보상금액이 증감이 되는 경우에는 국세기본법 제45조 의 규정에 따라 수정신고를 하는 것”이라는 국세청장의 해석(서면4팀-1581, 2007.5.11.)에 근거하여 쟁점토지의 양도시기를 2006년으로 보고 2006년 귀속 양도소득세를 경정ㆍ고지한 것으로 나타난다. (라) 한편, 국세청장은 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기(2006.12.28.)에는 “1세대 1주택인 고가주택이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 수용되는 경우로서 당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되는 경우에는 당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 최종 지급되는 때를 기준으로 소득세법 시행령 제162조 규정을 적용한다”고 해석(서면5팀-346, 2007.1.29.외 다수 같은 뜻)하고 있다. (마) 국세기본법 제15조 및 제18조 제3항의 규정을 보면, 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 하며, 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다고 규정하고, 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다. (바) 살피건대, 청구인은 양도한 시점의 기존의 국세청장의 해석을 신뢰하여 주택의 경우 보상금을 수령한 시기를 양도시기로 보아 2007년 귀속으로 하여 납세의무를 이행한 것으로 나타나는 점, 처분청의 처분은 2006년 쟁점토지 수용당시 쟁점주택이 양도되지 아니하여 쟁점주택분에 대한 양도소득금액이 실제 발생하지 아니하고 동 소득금액이 청구인에게 귀속되지 않았음에도 예상주택보상가액을 기준으로 쟁점주택분에 대하여 미리 양도소득세를 부과하게 되는 결과가 초래되는 점 및 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하여야 함에도 이를 적용하지 아니하여 국세기본법 제18조 제3항 및 같은 법 제15조에 규정된 세법해석의 기준과 신의·성실의 원칙에 위반되는 처분으로 보이는 점 등을 고려하여 보면, 이 건 양도소득세 부과처분은 쟁점부동산의 양도시기를 2007년 귀속으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.(조심 2009전2084, 2010.6.29. 같은 뜻)
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.