면세사업에 공하기 위한 건물신축관련 매입세액 불공제 여부

○○○세무서장이 2008.2.25. 청구인의 2005년 제2기~2006년 제2기 부가가치세 경정청구를 거부한 처분은

1. 2005년 제2기분은 청구인의 2006년 제1기의 사용면적을 기준으로 학원사용면적은 면세분으로 나머지는 과세분으로 하여 이를 예정사용면적으로 보아부가가치세법시행령제61조의 규정에 의해 안분계산하여 과세사업에 관련된 매입세액은 공제하도록 하고, 2006년 제2기분은부가가치세법제17조 제5항의 규정에 의해 환급세액을 재계산하여 해당되는 부가가치세를 환급하도록 한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인(간○○○·허○○○)은 ○○○에서 2005.8.1. 부동산임대업을 주업으로 하여 간○○○(80%), 허○○○(20%)으로 공동사업자등록을 하고, 지하 1층 지상 8층 연면적 3,488.79㎡의 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 2005.12.29. 준공한 후, 쟁점건물 신축관련 등 부가가치세 2005년 제2기분 264,589,250원, (2006년 제1기분은 무실적 신고) 2006년 제2기분 2,977,121원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 각각 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다. 한편, 청구인은 2007.11.8. 2005년 제2기부터 2006년 2기까지 부가가치세 신고시 학원을 운영하는 면세사업자에게 임대할 경우 매입세액이 불공제되는 것으로 착오하여 신고한 것이므로, 쟁점매입세액에 대하여 2005년 제2기분 부가가치세 104,826,575원, 2006년 제2기분 부가가치세 120,934,403원을 각각 공제(환급)해 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2008.2.25. 청구인이 경정청구한 매입세액은 납부세액재계산 등 경정청구에 의거 공제 가능한 매입세액에 해당하지 않음을 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.5.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 2005년 제2기분에 대하여 청구인은 2005.8.1. 쟁점건물을 신축하여 과세 사업자등록(○○○)을 하고, 건물을 신축하는 과정에서 부동산중개업자(최○○○)를 통하여 입주희망자를 모집하는 등 당초 과세사업인 부동산임대업을 영위할 목적이었으나 착오로 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였으므로 건물신축관련 매입세액인 2005년 제2기 부가가치세 264,589,250원은 전액 공제(환급)하여야 한다.

(2) 2006년 제1기, 제2기분에 대하여 청구인은 입주희망자가 없는 상태에서 쟁점건물이 2005.12.29. 준공되어 쟁점건물 중 4층∼6층까지 3개 층을 학원용도로 2006.1.11.∼2006.10.4.까지 청구인 중 허○○○이 직접 사용하기 위해 학원 면세사업자등록(○○○, 2006.2.28.폐업)을 하고, 1층과 3층은 2006.6.23.∼2006.10.4.까지 공동으로 학원사업(○○○, 부동산임대업에서 학원업 추가, 공동사업자: 간○○○, 허○○○)을 하고, 7층은 2006.7.6. 허영미에 임대하고, 2006.10.15.부터는 전체건물을 김○○○에 임대한 것인 바, 2006년도분은 일시적으로 면세사업에 사용한 것이므로 2006년 제1기분은 일부 면세전용에 대하여 매입세액을 재계산하고, 2006년 제2기분은 전체면적에 대해 과세사업에 공하고 있으므로 매입세액을 재계산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 2005년 제2기분에 대하여 청구인은 1994년 이후 다년간 면세사업인 학원업을 운영하였던 경력이 있어 쟁점건물에서 면세사업(학원업)을 운영할 개연성이 높은 사업자로, 2005년 제2기 부가가치세 신고시 예정사용면적으로 안분하여 공제받을 매입세액으로 공제한 사실이 없이 전액 면세사업에 관련된 매입세액으로 적법하게 매입세액 불공제 신고한 것으로 경정청구 대상이 아니다.

(2) 2006년 제1기, 제2기분에 대하여 2006년 제1기분 매입세액 재계산은 과세·면세 겸업자가 공통매입세액을 안분계산한 경우에 적용하는 것이고, 2006년 제2기분 매입세액재계산은 2006.10.15. 과세전환된 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 2005년 제2기분 매입세액에 대하여는 전액 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

② 2006년 제1기분 매입세액에 대하여는 일부 면세전용에 해당하여 매입세액을 재계산하여야 하고, 2006년 제2기분 매입세액에 대하여는 전체면적에 대해 과세사업에 공하고 있으므로 매입세액을 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31. 개정)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다.

⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. (2006. 12. 30. 신설) (3) 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 면세공급가액 매입세액 = 공통매입세액 × 총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제63【납부세액 또는 환급세액의 재계산】 (2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것)

① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물 (2001. 12. 31. 개정) 가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 5/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

2. 기타의 감가상각자산 (2000. 12. 29. 개정) 가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 25/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다. (1992. 12. 31. 항번개정)

⑤ 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 것으로 본다. 제63조【면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 공제되는 매입세액의 계산】 (2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정된 것)

① 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다.

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수) 부 칙 (2008. 2. 22. 대통령령 제20626호) 제1조 【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조 제3항 및 제10항의 개정규정은 2008년 4월 1일부터 시행하고, 제4조 제1항 제15호, 제7조 제2항 제5호, 제28조 제1항 제13호 및 제29조 제13호의 개정규정은 2008년 7월 1일부터 시행한다. 제2조 【일반적 적용례】이 영은 이 영 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제시한 쟁점건물에 대한 건축공사 표준계약서, 세금계산서 수수 및 대금지급현황을 보면, 공사명을 ‘○○학원 신축공사’로, 공사기간을 ‘2005.5.30. 착공 - 2005.11.30. 준공’으로, 도급금액이 19억8,000만원(공급가액 18억원, 부가세 1억8,000만원)으로 나타나고, 세금계산서 수수 및 대금지급 내역은 아래 <표>와 같다. (단위: 원) 일자 거래처 세금계산서 (공급가액) 대금지불내역 지불수단 2005.8월

○○종합건설(주) 227,272,727 250,000,000 무통장입금 2005.9월 〃 524,545,455 577,000,000 〃 2005.10월 〃 502,727,273 553,000,000 〃 2005.11월 〃 100,000,000 110,000,000 〃

○○물산

• 140,768,000 〃 2005.12월

○○종합건설(주) 1,034,545,455 100,000,000 〃

○○물산 256,000,000 126,720,000 〃 2006.3월

○○종합건설(주) -125,454,545 600,000,000 〃 2006.4월 삼성물산

• 5,632,000 〃 2006.12월

○○종합물산

• 250,000,000 〃 2007.1월 〃

• 46,000,000 〃 합계 2,519,636,365 2,759,120,000

(2) 청구인이 제시한 쟁점건물에 대한 사용승인서, 건축물대장, 등기부등본을 보면, 사용내역은 아래 <표>와 같다. (준공일: 2005.12.29) 구분 용도 (‘06.6.1.용도변경) 면적(㎡) (3,488.79) 사용기간 건물이용현황 지하1층 주차장 665.45

• 주차장 지상1층 학원 461.31 <공실> 간○○·허○○ 에임하이학원 <인가상태> 2006.10.15.~2008.10.14. 김○○ 학원 (○○○-92-43580) <임대> 지상2층 〃 460.96 ‘06.3.23. ’06.9.27. 허○○<자가사용>

○영어구사 (○○○-39-37633) 지상3층 〃 459.28 <공실> 간○○·허○○ 에임○○학원 <인가상태> 지상4층 〃 461.97 ‘06.1.10-’06.2.28. 허○○에임○○학원 (○○○-96-12130) 허○○·간○○ 에임○○입시학원 (○○○-38-08562) <면세사용> 지상5층 〃 461.97 ‘06.3.1.- ’06.9.27. 지상6층 〃 461.97 지상7층 〃 460.57 ‘06.7.5.- ’06.9.27. 허○○ 에임○○대성학원 (○○○-92-40512) <임대사용> 지상8층 〃 260.76 ‘06.2.25-’06.11.8. 엄○○ 매점 <임대사용> < ‘06.10.15.이후 김○○전대>

(3) 청구인의 사업자등록 변경 내역은 아래<표>와 같다. 등록(변경) 일자 사업자등록변경내역 상호 성명 업종 사업자등록번호 2005.8.1. (신규등록) 비엔○○ 간○○·허○○ 부동산/임대

○○○-38-0**** 2006.1.10-2006.2.29 (등록/폐업) 에임○○입시학원 허○○ 서비스/입시학원

○○○-96-1**** (허○○단독) 2006.3.2. (변경) 에임○○입시학원 간○○·허○○ 부동산/임대 서비스/입시학원

○○○-38-0**** 업종추가) 2006.6.2. (변경) 에임○○입시학원 간○○·허○○ 부동산/임대 서비스/입시학원외국어학원

○○○-38-0**** (업종추가) 2007.2.14. (상호변경) 비엔○○ 간○○·허○○ 부동산/임대

○○○-38-0**** (업종삭제)

(4) 청구인이 제시한 부가가치세 신고서를 보면, 쟁점건물에 대한 부가가치세 신고내역은 아래 <표>와 같다. (단위: 천원) 과세기간 구분 매출 매입 납부세액 비고 일반 고정자산 불공제 2005.2기 정기

• - 264,589 264,589 2006.1기 정기

• -

• -

• - 2006.2기 정기 9.808 2,977

• 2,977 980 면세불공제 2007.1기 정기 23.474 64

• - 234

• 2007.2기 정기 23.868 60

• - 238

• 2008.1기 정기 23.837 60

• - 238

• (5) 처분청이 제시한 자료를 보면, 청구인(간○○○, 허○○○)의 학원업 운영이력은 아래 <표>와 같다. (가) 간○○ 사업자번호 상호 소재지 업종 개업일 폐업일

○○○-38-08562 비엔○○

○○동 1041-7 부동산/임대 ‘05.12.01

○○○-90-48878

○○학원교재사

○○동 1036-12 소매/참고서 ‘98.01.15 ‘06.11.30

○○○-95-16390

○○학원

○○동 1038 서비스/학원 ‘94.12.05 ‘97.02.28

○○○-95-16390

○○학원

○○동 1036-12 서비스/학원 ‘98.07.13 ‘01.02.26

○○○-95-16672

○○외국어학원

○○동 1038 서비스/학원 ‘95.01.06 ‘97.03.31

○○○-95-16672

○○학원

○○동 1125 서비스/학원 ‘01.04.27 ‘01.08.31 (나) 허○○ 사업자번호 상호 소재지 업종 개업일

○○○-38-08562 비엔○○

○○동1041-7 부동산/임대 ‘05.12.1

○○○-96-12130 에입○○입시학원

○○동 1041-7 서비스/학원 ‘06.01.10 ‘06.02.28

○○○-39-37633

○영어구사

○○동 1296-5 서비스/전화영어 ‘06.03.23 128-90- 에임○○외국어

○○동1296-5 서비스/학원 ‘06.10.23

(6) 먼저, 이 사건이 경정청구대상에 해당되는지 여부를 살펴본다. 국세기본법제45조의2 제1항의 규정을 보면, 과세표준신고서를 법정신고기한내 제출한 자가 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 경정청구대상에 해당하고, 청구인의 경우 당초 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였으나 매입세액을 공제하여야 한다는 주장이므로 이 건은 경정청구대상으로 판단된다.

(7) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 부가가치세는 기간과세를 하고 있고 일부면세전용(4개 층)이 2006년 제1기 과세기간에 이루어졌으나, 준공 이전에 과세사업인 부동산임대업으로 사업자등록을 하고, 쟁점건물 시공사인 ○○○주식회사 및 ○○○주식회사로부터 세금계산서를 교부받고 공사대금과 부가가치세를 지급하고 ○○○주식회사와 ○○○주식회사는 관련 부가가치세를 신고·납부하는 등 부가가치세 과세요건을 갖춘 것이므로 착오로 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 2005년 제2기분 264,589,250원 전액이 공제(환급)되어야 하고, 2005년 7월 쟁점건물을 임대하기 위해 ○○○ 최○○○)에게 임차인을 모집해 달라고 의뢰하였다며, 2008.7.10. 최준○의 사실확인서(인감증명서 등 첨부) 및 부동산임대분양대행약정서를 제시하고, 위 최○○○의 중개에 따라 2005년 9월경 한○○○, 왕○○○ 금○○○, 이○○○, 조○○○) 등이 임대제의를 받은 것으로 위 사람들의 확인서를 제시하고 있으며, 청구인이 처음부터 학원운영목적의 신축이었다면 학원강사를 미리 채용하여야 함에도 건물 준공 후 2006.1.26.~2.24.까지 주식회사 ○○○에 21차례와 2006.3.30~6.23.까지 21차례 강사구인광고를 하였고, 2006.1.27. 학생용 책걸상을 구입하고, 2006.2.24. 방송장비를 구입한 것으로 이는 쟁점건물의 일부를 일시적으로 학원용으로 사용하기 위한 것이었다고 주장한다. (나) 이에 대하여, 처분청은 청구인의 학원업 이력과 같이 1994년부터 다년간 면세사업(학원업)을 운영하였고, 쟁점건물에서도 학원업을 운영할 개연성이 높은 사업자로 청구인이 2005년 제2기분 부가가치세 신고시 매입세액을 적법하게 전액 불공제 신고한 만큼 경정청구 대상이 아니라는 의견이다. (다)부가가치세법제17조 제1항의 규정을 보면, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 공제한 금액으로 하고 있고, 부가가치세법시행령제61조의 규정을 보면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 과세사업과 면세사업의 공급가액에 따라 안분계산 하도록 규정하고, 이 경우 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분계산 하도록 규정하고 있다. (라) 청구인은 쟁점건물을 준공(2005.12.29.)하기 전 2005.8.1. 업종을 부동산임대업으로 하여 과세사업자 등록을 하고, 쟁점건물 신축에 따른 매입세금계산서를 교부받고, 그 건축대금과 관련 부가가치세액을 건축업자에게 지급하고, 준공 후 2006.3.2. 부동산임대업에 학원업(면세)을 추가하여 전체 건물(8개 층)중 3개 층을 다음 연도 과세기간인 2006.1.10.~2006.9.27.까지 8.5개월 동안 학원용(면세)으로 사용하고, 1개 층은 2006.3.23.~2006.9.27.까지 6개월 동안 자가사용(○영어구사: 과세)하고, 나머지는 공실이거나 다른 사업자에게 임대하다가 2006.10.15. 이후 모든 층을 임대용으로 사용하고 부가가치세를 신고·납부해온 것으로 보아 건물신축 후 실제 과세사업(부동산임대업) 및 면세사업(학원업)을 겸영할 의사가 있었던 것으로 보인다. 따라서, 2005년 제2기분 매입세액에 대하여는 위 관련법령의 규정에 따라 쟁점건물의 총면적에서 청구인이 2006년 제1기에 사용한 면적을 기준으로 학원사용면적은 면세로, 이를 제외한 자가사용(○영어구사) 등 나머지는 과세분으로 하여, 이를 2005년 제2기의 예정사용면적으로 보아 매입세액을 안분계산하여야 할 것으로 판단된다.(○○○, 1999.10.8. 국세청 ○○○, 2000.8.5. 참고)

(8) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 2005.12.29. 쟁점건물이 준공된 후, 청구인이 전체 건물(8개 층)중 3개 층을 다음연도 과세기간인 2006.1.10.~2006.9.27.까지 8.5개월 동안 학원용(면세)으로 사용하고, 1개 층은 2006.3.23~2006.9.27까지 6개월 동안 자가 사용(과세)한 후, 2006.10.15. 이후는 모든 층에 대해 다른 사업자에게 임대용으로 사용하고 있어 면세사용면적이 전기에 비해 5%이상 증감이 있었으므로 납부세액이나 환급세액을 재계산하여야 한다는 주장이다. (나) 처분청은 매입세액재계산은 과세·면세 겸영사업자가 취득시 공통매입세액을 안분계산한 경우에 한하여 추후 면세비율의 증감에 따라 재계산하는 것이므로 청구인은 취득시 전액 면세사업관련으로 불공제한 만큼 재계산을 할 수 없고, 2006년 제2기분의 경우에 있어서는 전액 면세사업에 배분하여 불공제한 후 과세사업으로 전환한 경우에는 2006.12.30. 신설된부가가치세법제17조 제6항 및 2007.2.28. 신설된부가가치세법시행령제63조 제1항의 규정에 의해 2007.1.1. 이후 공급받는 분에 한하므로 2006.10.15.에 과세전환된 청구인의 경우 매입세액 공제는 이유없다는 의견이다. (다) 부가가치세법시행령제63조 제1항(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것)의 규정을 보면, 부가가치세법제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용하도록 규정하고 있다. (라) 청구인은 쟁점건물이 2005.12.29. 준공된 후, 청구인이 전체 건물(8개 층)중 3개 층을 다음 과세기간인 2006.1.10.~2006.9.27.까지 8.5개월 동안 학원용(면세)으로 스스로 사용하고, 1개 층은 2006.3.23.~2006.9.27.까지 6개월 동안 자가 사용(과세)하고, 나머지는 공실이거나 임대하고, 2006.10.15. 이후는 모든 층에 대해 다른 사업자에게 임대용으로 사용하며, 2006.3.2. 과세·면세 겸영 사업자등록(부동산임대업/학원업)을 한 것으로 2006년 제2기분의 경우 과·면세비율의 증감이 2006년 제1기에 비해 5%이상 있다고 보여진다. 따라서, 2006년 제1기분은 2005년 제2기분(2006년 제1기 사용면적을 예정사용면적으로 안분계산)과 동일하므로 재계산이 필요 없고, 2006년 제2기분은 과세사용면적의 증감율에 따라 공제(환급)세액을 재계산하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.