부수토지가 먼저 양도되고 주택이 다음 해 수용된 경우 토지 및 주택의 양도시기

○○○세무서장이 2008.3.13. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 12,435,140원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인의 ○○○ 소재 대지 500㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다) 및 지상주택 199.42㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)가 ○○○공사에 공공용지로 수용되었는 바, 쟁점토지에 대하여는 2006.12.29. 보상가액 1,237,472,000원에, 쟁점주택에 대하여는 2007.12.5. 보상가액 133,071,670원에 각각 소유권이전등기 되었다. 청구인은 쟁점토지 및 쟁점주택이 양도소득세 비과세대상 1세대 1주택에 해당하나 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하고, 토지 양도시기인 2006.12.29. 당시는 쟁점주택의 보상가액이 결정되지 않았고, 양도(수용)되지 않았으므로 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고는 쟁점토지의 양도차액에 쟁점토지의 보상가액 중 쟁점토지의 보상가액에서 6억원을 초과한 금액을 곱하여 산출한 양도차익을 계산하여 2007.1.9. 2006년 귀속 양도소득세 92,059,057원을 처분청에 신고·납부한 후, 2007.12.5. 쟁점주택에 대한 보상금을 받고 소유권이전등기 되자 쟁점주택의 양도차익을 이미 신고한 쟁점토지분과 합산하여 2008.2.28. 2007년 귀속 양도소득세(△7,346,888원)를 신고하였다.
• 나. 처분청은 “고가주택과 그 부수토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어서『건물의 양도가액』은 당해 주택의 “예상보상금액”으로 하는 것이며, 당해 주택에 대한 보상금 잔액 수령시 보상금액이 증감이 되는 경우에는국세기본법제45조의 규정에 따라 수정신고를 하는 것이다”라는 국세청장의 해석에 따라 당해 쟁점토지 양도시기를 2006년으로 보고, 쟁점주택의 예상보상가액(133,071,670원)에 의해 쟁점토지의 양도차익을 재산정하여 2008.3.13. 청구인에게 2006 귀속 양도소득세 12,435,140원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.5.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인 소유의 쟁점토지 및 쟁점주택은 2006.12.29. 쟁점토지가 수용되고 2007.12.5. 쟁점주택이 연도를 달리하여 각각 수용되어 과세기간이 다르고, 청구인의 대리인이 당해 양도와 관련하여 국세청장에 두 차례 질의하여 받은 해석에 의해 주택 및 그 부수토지의 수용시기가 다를 경우 최종보상금이 지급된 시기를 양도시기로 보도록 회신한 바와 같이 최종보상금이 지급된 시기인 2007년이 쟁점토지 및 쟁점주택의 양도시기인데도, 처분청이 기존의 세법해석을 변경한 새로운 해석(서면4팀-1581, 2007.5.11.)에 근거하여 쟁점토지 의 양도시기를 2006년으로 보아 소급과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 고가주택(1세대 1주택) 및 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 부수토지에 대한 소유권이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것이며, 상기 주택과 그 부수토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 의하는 것이고 부수토지의 양도차익은소득세법기본통칙95-1【고가주택의 양도차익 계산】의 계산방법에 따라 계산하되,『건물의 양도가액』은 당해 주택의 “예상보상 금액”으로 하는 것이며, 당해 주택에 대한 보상금 잔액 수령시 보상금액이 증감이 되는 경우에는 국세기본법제45조의 규정에 따라 수정신고를 하는 것이다○○○라는 새로운 세법해석에 따라 당해 쟁점토지 및 그 쟁점주택의 양도시기를 2006년으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 고가주택의 부수토지가 먼저 양도(수용)되고 주택이 다음 해 양도(수용)된 경우 당해 부수토지 및 주택의 양도시기를 언제로 볼 것인지
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 양도소득과세표준의 100분의 40 2의2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득과세표준의 100분의 50 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(괄호생략) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50 2의6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 2의8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산 양도소득과세표준의 100분의 60

양도소득과세표준의 100분의 70

4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산

• 가. 대통령령이 정하는 중소기업(괄호 생략) 양도소득과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등 양도소득과세표준의 100분의 10
• 다. 가목 및 나목외의 주식등 양도소득과세표준의 100분의 20 (2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】법 제98조 의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의 개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 (3) 국세기본법 제15조 【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제시한 쟁점토지에 대한 수용(협의매수)확인서(○○○지역본부장 2007.1.2. 발행) 및 쟁점주택에 대한 등기부등본, 일반건축물대장 및 보상금내역서 등을 보면, 쟁점토지는 2006.12.29. 보상가액 1,237,472,000원에, 쟁점주택은 2007.12.5. 보상가액 133,071,670원에 ○○○공사에 공공용지의 협의취득으로 각각 소유권이전 등기된 것으로 나타난다. 청구인은 청구인의 대리인이 국세청장에 한 두 차례의 질의·회신문○○○과 이전의 질의회신문○○○에 근거하여 쟁점토지의 양도 당시인 2006.12.29.에는 쟁점주택에 대한 보상가액이 확정·결정되지 않았고, 또한 쟁점주택이 양도(수용)되지 않았으므로 쟁점토지의 양도소득세를 신고함에 있어 쟁점토지의 양도가액에서 6억원을 초과한 금액에 대하여 실지거래가액인 보상가액에 의해 양도차익을 계산하여 2007.1.9. 2006귀속 양도소득세 92,059,057원을 처분청에 신고·납부한 것으로 나타난다. 또한, 쟁점주택에 대하여는 다음 해 2007.12.5. 최종보상금을 받고 소유권이전등기가 되어 이미 양도된 쟁점토지와 동 쟁점주택을 합산하여 2008.2.28. 양도소득세 △7,346,888원(쟁점주택분 양도차손발생)을 신고한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 제시한 양도소득세 경정·결정결의서 및 답변서에 의해 양도소득세 결정내역을 보면, 국세청장 해석○○○에 의하여 “고가주택(1세대1주택) 및 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 부수토지에 대한 소유권이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것이며, 상기 주택과 그 부수토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 의하는 것이고 부수토지의 양도차익은 소득세법 기본통칙95-1【고가주택의 양도차익 계산】의 계산방법에 따라 계산하되, 『건물의 양도가액』은 당해 주택의 “예상보상 금액”으로 하는 것이며, 당해 주택에 대한 보상금 잔액 수령시 보상금액이 증감이 되는 경우에는국세기본법제45조의 규정에 따라 수정신고를 하는 것”이라는 것에 근거하여 쟁점토지의 양도시기를 2006년으로 보아 2006년 귀속 양도소득세 12,435,140원을 추가로 경정·고지한 것으로 나타난다.

(3) 청구인과 처분청의 양도차익 계산내역을 비교(요약)하면, 다음 <표>와 같다. o 청구인: 토지의 양도차익×(토지의 양도가액-6억원)/토지의 양도가액 o 처분청: 토지의 양도차익×(토지의 양도가액+주택예정양도가액-6억원)/(토지의 양도가액 + 주택예정양도가액) (4)국세기본법제15조 및 제18조 제3항의 규정을 보면, 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 하며, 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다고 규정하고, 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다. 또한, 대법원은 세법의 해석이 납세자에게 받아들여진 후에 한 처분청의 경정·결정처분은 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고, 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대해 납세자에게 귀책사유가 없으며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명에 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 이러한 요건을 모두 충족한 때에 한해 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 판시하였다○○○.

(5) 이상의 사실관계와 관련 규정을 종합하여 보면, 청구인은 대리인을 통하여 국세청장에게 한 두 차례의 질의·회신문과 기존의 해석에 따라 쟁점토지에 대하여는 2006년 귀속으로 하여 양도소득세 예정신고·납부를 하였다가, 2007.12.5. 쟁점주택에 대한 보상금을 받은 후 쟁점주택의 양도차익을 쟁점토지의 양도차익과 합산하여 2007년 귀속으로 정산하여 신고·납부함으로써 적법하게 납세의무를 이행한 것으로 보인다. 그러나 처분청의 처분은 2006년 쟁점토지 수용당시 쟁점주택이 양도되지 아니하여 쟁점주택분에 대한 양도소득금액이 실제 발생하지 아니하고 동 소득금액이 청구인에게 귀속되지 않았음에도 예상주택보상가액을 기준으로 쟁점주택분에 대하여 미리 양도소득세를 부과하게 되는 결과가 초래되는 점에 비추어소득세법제98조 및 제104조의 규정에 맞지 아니하고, 또한 세법의 해석이 납세자에게 받아들여진 후에 한 처분으로국세기본법제15조에 규정된 신의·성실의 원칙에도 위반되는 처분으로 보이므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.