자경농지에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당하는지 여부

○○세무서장이 2008.3.7. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 34,639,740원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 1996.7.16. ○○시 ○구 ○○동 ○○○-7번지 전 466㎡ 및 같은 동 ○○○-8번지 전 473㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)와 같은 동 ○○○-4번지 대 466㎡를 취득하여 2006.12.29. ○○공사와 ○○○○공사에 공공용지의 협의취득으로 양도한 후 2007.2.28. 기준시가로 양도차익(양도가액 430,684천원, 취득가액 77,275천원)을 산정하고, 쟁점농지에 대하여 조세특례제한법 제69조 에 의거한 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세를 감면하는 것으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점농지가 8년 자경농지 요건에 부합되지 아니한다 하여 감면을 배제하고 2008.3.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 34,639,740원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.17. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 ○○시 ○구 ○○동에 새로운 생활에 대한 터전을 마련하기 위하여 쟁점농지 인근에 전입하여 살던 중 공기도 좋고 살기에 적합한 지역이라 판단하여 쟁점농지를 1996.7.16.에 취득하였으며 1999.6.28. 쟁점농지 인근에 전 가족이 이사를 하여 취득한 쟁점농지에 콩, 야채 등 농작물을 경작하던 중 2006년 12월에 ○○○○공사에 수용에 의해 양도하였다.

(2) 청구인의 쟁점농지에 대한 영농사실은 농지원부, 거주사실확인서, 이웃주민들의 농경지 경작사실확인서, 청구인이 닭 400마리를 사육한 가축자가사육사실확인원과 지장물보상명세서, 관련 사진, 양도일 현재까지 거주한 주민등록초본, 청구인이 거주한 사실을 나타내는 전기료 사용내역 등으로 쟁점농지 소재지에 거주하며 직접 영농에 종사하였음이 확인되고 있으므로 처분청이 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 1996.3.8. 배우자와 쟁점농지 인근에 주민등록을 하였고, 처 ○○○는 5개월 후 세대분리하여 서울로 전출하였으며, 1999.6.28. 같은 동 ○○○-4번지로 이사하였지만 자녀들은 상기주소에 주민등록한 사실이 없다.

(2) 1999.6.28. 이후 쟁점농지 소재지에는 2000.1.28. 신축한 단층건물로 신축 후 현지 확인 당시까지 샛별어린이집이 운영되고 있었으며, 청구인이 거주하였다고 주장하는 가건물은 현지 확인 당시 사람이 계속하여 거주할 수 있는 여건이 아닌 것으로 확인되었고, ○○어린이집 원장 ○○의 진술에 의하면 쟁점농지는 당초 ○○어린이집에서 경작하였고, 청구인이 거주한 사실이 없다고 진술하였다.

(3) 청구인이 실질적으로 거주하였다고 주장하면서 제시한 전기료 사용내역은 전기시설이 2005년 10월 최초로 설치된 것으로 2005년 10월 이전에는 전기시설이 없었으며, 청구인이 그 이전에는 거주하지 않았다는 반증이며 1996년부터 2005년 10월 이전까지 쟁점농지 소재지에서 전기시설 및 난방시설 없이 거주하였다는 청구주장은 신뢰할 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점농지가 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작” 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

○ 조세특례제한법시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각 호의 기준에 의한다.

1. 양도자가 8년(한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사, 농업·농촌기본법에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화 촉진에 관한 법률 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사, 농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화 촉진에 관한 법률 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만，신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인

③ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “재정경제부령이 정하는 규모”라 함은 100만 제곱미터로 하되, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1996.7.16. 쟁점농지 등을 취득하여 2006.12.29. ○○공사와 ○○○○공사에 공공용지의 협의취득으로 양도한 후 2007.2.28. 기준시가로 양도차익(양도가액 430,684천원, 취득가액 77,275천원)을 산정하고, 쟁점농지에 대하여 조세특례제한법 제69조 에 의거한 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세를 감면하는 것으로 하여 양도소득세 예정신고를 한데 대하여 처분청은 쟁점농지가 8년 자경농지 요건에 부합하지 아니한다 하여 감면을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 사실이 처분청 심리자료에 나타나고 있다.

(2) 청구인은 새로운 생활에 대한 터전을 마련하기 위하여 쟁점농지 인근에 전입하여 살던 중 공기도 좋고 살기에 적합한 지역이라 판단하여 쟁점농지를 취득하였고, 쟁점농지 인근에 전 가족이 이사를 하여 취득한 쟁점농지에 콩, 야채 등 농작물을 경작하던 중 수용에 의해 양도하였으며, 주민등록초본, 농지원부, 거주사실확인서, 경작사실확인서, 가축자가사육사실확인원 등으로 쟁점농지 소재지에 거주하며 직접 영농에 종사하였음이 확인되고 있으므로 처분청이 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 청구인의 주민등록초본에는 청구인이 1996.3.8. ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-41번지에서 ○○시 ○구 ○○동 461번지에 전입하였다가 1999.6.28. 같은 동 ○○○-4번지에 전입하여 쟁점농지 소재지인 ○○동에 양도일까지 10년 9개월 정도 거주한 내용이 나타나고 있다.

(4) ○○시 ○○청장이 2006.12.26. 발행한 쟁점농지에 대한 토지이용계획확인서에는 쟁점농지가 자연녹지지역으로 나타나고 있다.

(5) ○○시 ○○청장이 발행한 세목별 과세(납세) 증명서(2008.7.8)에는 청구인이 1996년부터 2007년까지 주민세를 납부한 것으로 나타나고 있다.

(6) 청구인이 제시한 청구인의 고객종합조회(○○공사 ○○본부 ○○지점)에 의하면 ○○시 ○구 ○동 ○○○-4번지에서 2005년 10월부터 2007년 4월까지 8～410KW의 전력을 사용한 내용이 나타나고 있으며, 처분청은 청구인과 관련된 전기시설이 2005년 10월 최초로 설치된 것이므로 그 이전에는 쟁점농지 소재지에서 전기시설 없이 거주하였다는 청구주장은 신뢰할 수 없다는 의견인 반면, 청구인은 위 전기시설 설치 전의 전기사용료를 임차인 ○○○에게 지불하였다고 주장하고 있다.

(7) 쟁점농지 소재지 인근의 청구인 소유인 건물 임차인 ○○○의 확인서에는 ○○○이 2000년 5월부터 2003년 11월까지 ○○시 ○구 ○○동 ○○○-4 대지 및 건물을 임차하여 어린이집을 운영한 사실이 있고, 어린이집 인가를 받기 위하여 근린생활시설로 개조하는 데 있어서 집주인(청구인)으로부터 전적으로 지원을 받았으며, 임차기간에는 청구인이 어린이집 후방의 교실에서 숙박할 수 있도록 편의를 제공하였다고 하면서 청구인이 숙박한 사실을 확인하고 있고, 또 다른 임차인 ○○의 확인서에는 ○○○ 2004.5.20.부터 2008년 7월 현재까지 위 어린이집을 임차하여 운영한 사실이 있고, 임차기간 내 청구인이 원두막과 컨테이너방 및 창고를 개조한 방에서 거주한 사실이 있다고 확인하고 있으며, 마을주민의 거주사실확인서에서도 ○○○(통장), ○○○,○○○이 청구인이 ○○시 ○구 ○○동 461번지에 전입하여 거주하다 1999.6.28. 같은 동 ○○○-4번지에 주소지를 옮겨 양도일인 2006.12월까지 거주하였음을 확인하고 있다.

(8) 처분청 심리자료 등에서 쟁점농지 자경기간동안 청구인의 사업이력과 소득내역은 나타나지 아니한다.

(9) 청구인이 제시한 ○○시 ○구 ○○출장소에서 2008.2.13.에 발급한 농지원부(최초 작성일자 1997.6.28)에는 ○○시 ○구 ○○동 ○○○1-34소재 답 1,997㎡, 같은 동 ○○○-7 소재 전466㎡, 같은 동 ○○○-8소재 전473㎡를 청구인이 자경한 것으로 나타나고 있다.

(10) 마을주민의 경작사실확인서에는 ○○○,○○○,○○○ 청구인이 쟁점농지를 1996.7.16.에 취득하여 수용일까지 콩, 야채, 오가피 등 농작물을 경작한 사실이 있다고 확인하고 있다.

(11) 청구인이 제시한 가축자가사육사실확인원(2007년)에는 청구인이 보상금 수령용으로 사육두수(400마리)를 확인하여 달라고 하여 통장 ○○○과 반장 ○○○가 확인한 내용이 나타나고 있으며, ○○○○공사의 수용확인원에서 ○○○○개발공사가 청구인에게 닭 400마리에 대하여 1,813천원에 보상협의한 내용이 나타나고 있다.

(12) 살피건대, 청구인의 주민등록초본, 주민세 납부증명서, 청구인 소유 건물 임차인의 확인서 및 마을주민 확인서 등에서 청구인이 1996.3.8.부터 쟁점농지 양도일까지 10년 9개월 정도 쟁점농지 소재지 부근에 거주한 내용이 나타나고 있고, 다른 특별한 소득이 없으며 마을주민의 경작사실확인서 및 ○○○○공사의 수용확인원 등으로 보아 청구인이 쟁점농지를 경작하였다고 보여지므로 처분청이 쟁점농지가 8년 자경농지 요건에 부합되지 아니한다 하여 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.