기 인정된 장소 외 별도 기업부설연구소 설치 후 변경신고 하지 아니한 경우 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 ○○사업장과 □□사업장을 두고 전자부품(LED) 제조업을 영위하는 법인으로서 2007.6.18. 2003 사업연도분 202,228,758원, 2004 사업연도분 436,300,418원, 2005 사업연도분 794,248,370원의 미공제 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하여 줄 것ㅇㄹ 경정청구 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 경정청구사항 중 ○○사업장 소재 연구소에서 발생한 2005 사업연도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액 794,248,370원은 기존의 연구소와 소재지를 달리함에도 변경신고를 하여 인정받지 않았다는 이유로 세액공제대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 2008.2.5. 이에 대한 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 종전에 한국산업기술진흥협회장 등으로부터 인정받은 기업부설연구소를 이전한 것에 불과하여 이 경우 기업부설연구소의 인정효력은 지속되는 것이고, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상이 되는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받을 것을 그 요건으로 하고 있을 뿐 기업부설연구소의 변경신고 등은 조세특례 적용요건에 해당하지 않으며, 변경신고가 누락되었다 하여 세액공제를 적용하지 아니하는 것은 최소한의 인적․물적 규모를 유지한 것이 객관적으로 인정되면 연구활동의 실재성을 인정, 세액공제를 하도록 하여 조세행정의 효율성과 합리성을 제고하도록 한 입법취지에도 부합하지 않고, 기술진흥협회장 으로부터 인정받은 당시에 비하여 인원 및 설비가 증가한 경우에도 세액공제 적용대상이 되므로 경정청구 거부처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 당초 2001.2.20. 기업부설연구소를 □□공장에 설립하였다가 2005년 3월 회사 사업부 확장으로 인하여 □□공장에는 휴대폰사업부(무선개발팀) 연구소를 운영하고 ○○공장에는 통신개발 및 반도체개발팀 연구소를 운영하게 되어 기존 연구소와 소재지가 달라 변경신고 사유가 발생하였으나 별도의 기업부설연구소 변경신고(부소재지 신고 혹은 연구개발전담부서 추가신고)를 하지 않아 전담부서나 연구소로 인정받지 아니하였으므로 세액공제대상에 해당하지 않으므로 이 건 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 기 인정된 기업부설연구소 소재지 외의 장소에 별도 기업부설연구소를 설치하고 변경신고를 하지 아니한 경우 동 연구소에서 발생한 연구 및 인력개발비에 대하여 조세특례제한법제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

(1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구 및 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. (당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4) ×(당해 과세연도의 월수/12)｝ 【별표 6】연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련) 구 분 비 용 1.기술 개발

• 가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 재정경제부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비 (시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구․시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 ①에 규정된 기관의 연구․시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2007.3.30. 재정경제부령 제548호로 개정되기 전의 것) 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】

① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 "재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 기술개발 촉진법 시행규칙 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다. (4) 조세특례제한법 시행규칙(2007.3.30. 재정경제부령 제548호로 개정되기 전의 것) 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"라 함은 기술개발 촉진법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

(5) 기술개발촉진법(2005.12.30. 법률 제7809호로 개정되기 전의 것) 제1조 【목적】 이 법은 신기술의 개발을 촉진하고 그 성과를 보급하여 기업의 국제경쟁력을 강화함으로써 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다. (6) 기술개발촉진법 제7조 【특정연구개발사업의 추진 등】

① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구인력․시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 “기업 연구소”라 한다) (7) 기술개발촉진법 제16조 【권한의 위임․위탁】 과학기술부장관은 이 법의 규정에 의한 권한의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 과학기술진흥관련 업무를 수행하는 기관 또는 단체의 장에게 위임하거나 위탁할 수 있다. (8) 기술개발촉진법 시행령(2006.6.29. 대통령령 제19553호로 개정되기 전의 것) 제15조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】

① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담용원의 수를 조정할 수 있다. 1.~4. (생 략) (9) 기술개발촉진법 시행령 제28조 【권한의 위탁】

① 법 제16조의 규정에 의하여 과학기술부장관은 다음 각 호의 사항에 관한 권한을 민법 제32조 및 공익법인의 설립․운영에 관한 법률에 의하여 과학기술부장관의 허가를 받아 설립된 한국산업기술진흥협회에 위탁한다.

2. 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고의 수리 및 인정에 관한 사무 (10) 기술개발촉진법 시행규칙(2006.7.5. 과학기술부령 제88호로 개정되기 전의 것) 제7조 【기업부설연구소의 신고 등】

② 영 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호 서식에 의한 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다.

1. 연구사업개요서 1부

2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부

3. 연구시설명세서 1부

4. 중소기업 또는 벤처기업이 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류 1부(중소기업 또는 벤처기업이 설립한 기업부설연구소에 한한다)

5. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다)

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 경정청구서, 처분청이 제출한 현지확인복명서, 기타 처분청의 현지확인 시 청구법인이 제출한 추가 연구 및 인력개발비 명세서 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다. (가) 청구법인은 2007.6.18. 2003 사업연도 1,348,191,723원, 2004 사업연도 1,217,448,767원, 2005 사업연도 2,703,731,048원의 지출액에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 줄 것을 경정청구 하였다. (나) 처분청은 2008년 1월 청구법인의 경정청구에 대하여 현지확인조사를 실시하여, 청구법인이 추가 제출한 연구 및 인력개발비 중 2004 사업연도 223,330,768원, 2005 사업연도 404,621,690원을 연구 및 인력개발비로 인정하고, 연구 및 인력개발비와 무관한 것으로 보이는 연월차수당․금형구입비 등 2003 사업연도 9,193,262원, 2004 사업연도 17,532,088원, 2005 사업연도 50,931,186원을 부인하여 각 사업연도 연구 및 인력개발비 지출액을 확정한 후, (다) 연구 및 인력개발비 확정액 중 2005 사업연도 지출액에 대하여는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 이 건 거부처분을 하였다.

(2) 처분청이 제출한 조사복명서 및 청구법인이 제출한 관련 신고서 등에 의하면, (가) 청구법인은 ○○사업장(본사 및 공장)과 □□사업장(지점법인)을 두고 휴대폰 부품 및 반도체부품인 LED 제조업을 영위하는 법인으로서 연구소/전담부서 신고제도에 의거 2001.2.20. 최초 기업부설연구소 인정을 받아 운영하여 오던 중 2003.7.15. 아래 <표>와 같이 연구소 소재지, 상호, 연구소명의 변경신청을 당시 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소 신청 및 인정에 관한 사항을 위탁받은 한국산업기술진흥협회장에게 하였다. <표> 청구법인의 최초 변경신고 내역 구 분 변경 전 변경 후 상 호

○○인텍(주)

○○전자(주) 소재지 경기 화○ 봉○ 와○ 경북 구○ 공단 연구소명

○○인텍(주) 기술연구소

○○전자(주) 기술연구소 (나) 이후 청구법인은 사업부 확장으로 인하여 2005.3.28. 반도체 사업부(선행개발팀, 반도체기술팀), 전장사업팀, 무선사업부(개발1팀,개발2팀)의 근무지를 기존 경상북도

○미연구소에서 경기도 ○○사업장으로 인사발령을 내는 등 하여 기존 경상북도 ○미공장 연구소에는 휴대폰사업부(무선개발팀)를 운여하고 신설된 경기도 ○○ 공장(본사)에 통신 개발팀 및 반도체개발팀 연구소를 운영하게 되었으나 당시에는 기 인정받은 기업부설연구소에 대한 변경신고(연구소 부소재지 신고 혹은 연구개발 전담부서 추가신고)를 하지 않았다. (다) 그 이후 2007.10.14. 청구법인은 한국산업기술진흥협회장에게 변동신고를 하면서 기존 경상북도 구○시의 연구소를 기업부설연구소의 부 소재지로, 경기도 ○○시 연구소 소재지를 주 소재지로 변경하였다.

(3) 청구인이 제출한 당시 과학기술부 고시 기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령을 보면, 제7조에서는 기업부설연구소 등을 신고하고자 하는 자는 연구사업개요서, 전담부서의 직원현황, 연구시설명세서 등을 첨부한 신고서를 한국산업기술진흥협회장에게 제출하여야 하도록 규정하고 있으며, 제8조에서는 신고한 자가 그 시고사항 중 변경사항이 있는 경우에는 변경된 날로부터 14일 이내에 이를 신고하도록 규정하고 있었다.

(4) 관련 법령 및 사실관계를 종합하면, 조세특례제한법제10조, 같은 법 시행령 제9조․별표 6 및 같은 법 시행규칙 제7조 등에 의하면 세액공제 적용대상 연구 및 인력개발비는 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소에서 발생한 것을 지칭하고, 기술개발촉진법 시행규칙제7조 및 관련 세부절차를 규정한 신고요령에 의하면, 기업부설연구소로 인정받기 위해서는 연구사업개요서, 전담부서의 직원현황, 연구시설명세서 등을 첨부한 신고서를 한국산업기술진흥협회장에게 제출하여야 하고, 동 내용에 변동사항이 발생할 경우 14일 이내에 이를 신고하여야 하는 바, 청구법인의 경우 기 인정받았던 기업부설연구소 외에 별도의 기어부설연구소를 2005 사업연도에 설치하게 되었으므로 이를 14일 이내에 신고하여 인정받아야 함에도 이를 위한 변동신고를 하지 않았으므로 경기도 ○○시에 소재하는 기업부설연구소는 기술개발 촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소라고 볼 수 없어 동 연구소에서 지출된 연구 및 인력개발비는 세액공제대상이라고 할 수 없다(조심 2008전3399, 2008.12.31, 같은 뜻임).

(5) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.