청구외법인의 심판결정이 청구법인에 대한 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않음

심판청구를 각하한다.

• 가. 청구법인은 ○○○을 영위하는 법인으로서 폐기물매립장 기반공사 중 지하에 암반원석을 발견한 ○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)와 위 암반원석을 채굴하여 청구외법인이 요구하는 규격에 맞게 쇄석골재를 납품하고 납품대금은 암반원석금액으로 환산하여 상계처리하도록 하는 계약을 체결하여 이행하였다.
• 나. ○○○국세청장은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 2001년~2004년 기간동안 쟁점거래와 관련하여 청구법인이 청구외법인에 납품한 쇄석골재대금 공급가액 5,460,631,964원과 2001사업연도부터 2003사업연도기간 중 쇄석골재의 소매매출대금 313,944,570원 및 2001사업연도부터 2004사업연도 기간 중 청구외법인으로부터 대물공급받은 원석매입금액 312,246,981원(위 청구법인과 청구외법인간의 거래를 이하 “쟁점거래”라 한다)을 신고누락한 사실, 2001사업연도부터 2002사업연도까지 유류비 268,704,199원(공급대가), 2002사업연도 운반비 275,495,000원(공급대가)을 가공으로 계상한 사실 등을 확인하고 이러한 내용을 관할 세무서장인 ○○○세무서장에게 과세자료로 통보함에 따라 ○○○세무서장은 청구법인이 청구외법인에게 납품한 골재대금 6,006,695천원(공급대가)는 익금산입하고 청구외법인으로부터 매입한 암반원석 매입대금 4,107,733천원은 손금산입 및 쇄석골재의 소매매출대금 313,944천원은 상여로 처분하는 등 하여 2005.7.5. 청구법인에게 법인세 1,882,780,020원(2001사업연도 668,183,570원, 2002사업연도 407,104,050원, 2003사업연도 807,492,400원, 2004사업연도 276,150,640원의 환급) 및 부가가치세 1,035,939,640원(2001년 제1기 27,836,440원, 2001년 제2기 274,667,830원, 2002년 제1기 68,854,360원, 2002년 제2기 206,204,720원, 2003년 제1기 197,619,670원, 2003년 제2기 239,733,010원, 2004년 제1기 7,024,400원, 2004년 제2기 13,999,210원)을 경정·고지하였다.
• 다. 한편, 청구외법인 관할 세무서장인 ○○○세무서장은 쟁점거래와 관련하여 2006.2.1. 청구외법인에게 2001년 제1기~2004년 제2기 부가가치세 594,533,170원을 결정고지함에 따라 청구외법인은 매립장에서 발견된 암반원석 재화의 처분이익이 국가 및 지방자치단체에 귀속되었으므로 부가가치세 과세대상이 아니라는 이유로 2006.11.14. ○○○에 심판청구(○○○)를 제기하였고, ○○○은 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 의 규정에 따라 국가 및 지방자치단체가 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세의 면세대상인 것으로 보아 2007.4.2. 청구외법인의 주장을 인용결정하였다. 청구법인은 청구외법인이 제기한 심판청구가 인용결정된 사실을 2007.9.3. 알았다고 주장하면서 2007.9.10. 처분청에 경정청구를 제기하였다.
• 라. 처분청은 위 심판결정이국세기본법제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구사유에 해당하지 아니하며, 경정청구기간(2년)도 경과하였다 하여 2007.12.17. 청구법인의 경정청구를 거부하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2008.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 살펴본다.

• 가. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2 (2005.7.13. 법률 제7582호로 개정되기 이전의 것)【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때

○ 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】법 제45조의2 제2항 제5호에서“대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한후에 발생한 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 최초의 신고?결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때

2. 최초의 신고?결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 또는 취소된 때

3. 최초의 신고?결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인은 청구법인과의 쟁점거래에 대하여 부가가치세 과세대상이 아니라는 이유로 2006.11.14. ○○○를 제기하였고, ○○○은부가가치세법제12조 제1항 제17호의 규정에 따라 국가 및 지방자치단체가 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세의 면세대상인 것으로 보아 2007.4.2. 청구외법인의 주장을 인용결정한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 청구법인과 청구외법인간의 쟁점거래를 처분청이 부가가치세 과세대상으로 보아 각각 부과처분하였고 청구외법인에게 부과처분된 건은 심판결정으로 취소되었으므로 이처럼 동일한 건에 대하여 각각의 거래당사자에게 부과처분이 이루어진 경우 일방 한 처분이 심판결정으로 취소되었다고 한다면 다른 일방인 청구법인에게 한 과세처분 역시국세기본법제45조의2 제2항 제5호 및 같은 법시행령 제25조의2 제1호에서 규정한 후발적 경정청구사유에 해당되어 이 건 처분을 취소하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (3)국세기본법제45조의2 제2항에 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고?결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다.

(4) 그러나,국세기본법제45조의2 제2항 제1호에서 ‘판결 등’이라 함은 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고 그것이 판결의 주문과 이유에 의해 객관적으로 확인되는 민사사건의 판결이나, 그 외에 판결이나 결정문 자체로는 거래 또는 행위에 대한 판단을 알 수 없더라도 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고 그 결론에 이르게 된 경위가 조서 등에 의해 쉽게 확정할 수 있는 자백간주에 의한 판결이나 임의조정 등의 경우만을 한정한다고 해석하여야 할 것(○○○ 2007.10.12. 참조)이어서 심판결정은 이에 해당되지 아니하고, 청구외법인에 대한 심판결정은 청구외법인(거래상대방)이 공급한 재화 또는 용역이국가 또는 지방자치단체가 공급하는 재화 또는 용역에 해당하여 부가가치세가 면제된다는 결정으로서, 청구법인은국가 또는 지방자치단체에 유상으로 재화를 공급하는 제3자에 해당하여 동 심판결정에 의하여 직접적으로 영향을 받는 자도 아니며, 청구법인은 이 건 처분(2005.7.5.)과 관련하여 경정청구기간(2년)내에 어떠한 조세불복 및 경정청구를 제기한 바 없다.

(5) 위에서 살펴본 바와 같이 이 건 심판청구의 원인이 된 ○○○(2009.4.2.)의 결정에 기인한 청구법인의 경정청구는국세기본법제45조의2 제2항 제1호의 규정에 의한 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하므로 청구법인이 한 경정청구내용이 타당한지에 대한 심리는 실익이 없어 이를 생략한다.

이 건 심판청구는 부적법한 심판청구이므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.