조세특례제한법의 규정에 의한 장기임대주택에 해당하는지 여부

○○○세무서장이 2007.7.9. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 30,078,830원의 부과처분은 청구인이 양도한 ○○○ 소재 다가구주택 중 청구인이 거주한 1층2호를 제외한 나머지 부분을 조세특례제한법 제97조 에 규정한 10년 이상 임대한 장기임대주택으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다

• 가. 청구인은 아버지 김○○○이 1990.5.17. 건축허가를 받아 신축한 ○○○ 소재 다가구주택 (대지 116㎡, 건물 193.17㎡ 이고, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 1999.11.6. 상속으로 취득하여 2006.12.28. 양도하고 2007.5.31 2006년 귀속 양도소득세를 신고 후 무납부하였다.
• 나. 처분청은 2007.7.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 30,078,830원을 결정고지하였으나, 청구인은 쟁점주택은 어머니 조○○○ 소유로 청구인에게 명의신탁되었던 것이므로 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다고 주장하며 2007.9.14. 경정청구서를 제출하였고, 2007.11.5. 처분청은 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.31. 이의신청을 거쳐 2008.4.20. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택은 피상속인 김○○○이 1990.5.17. 건축허가를 받아 7가구의 다가구주택을 신축하여 그 중 한가구는 김○○○이 거주하고 나머지 6가구는 세입자에게 임대하였는 바, 연접세대와 일조권침해에 따른 민원이 발생하여 사용승인을 득하지 못하다가 2006.5.24. 사용승인을 받아 소유권 이전등기를 경료하였으며, 쟁점주택의 실제사용일은 공부상 나타나지는 않지만 ○○○구청에서 불법건축물에 대한 과태료를 1990.11.14. 부과한 점에 비추어 10년 이상 5호이상의 주택을 장기임대하였으므로 조세특례제한법 제97조 에 규정한 장기임대주택 감면대상에 해당됨에도 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택은 1990.5.17. 신축하여 장기임대주택으로 사용한 점은 인정되나, 건축물대장상에 사용승인일은 2006.5.24., 소유권 보존등기일은 2006.6.7.로 조세특례제한법 제97조 의 규정에 의한 주택 신축기간인 1986.1.1.～2000.12.31. 사이에 사용승인을 받지 아니하였고, 5호 이상 임대한 사실을 관할세무서장에게 신고한 사실과 사업자등록 및 주택임대신고를 한 사실이 없으므로 이 건 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주택이 조세특례제한법 제97조 의 규정에 의한 장기임대주택에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 소득세법제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제97조 제1항 각호 외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 소득세법 시행령제32조 제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1.임대주택법제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증사본

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 "주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

⑥ 법 제97조 제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지관할세무서장은전자정부법제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기부등본 또는 토지 및 건축물대장등본을 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다.

○ 소득세법 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심판청구 경위를 보면, 청구인은 아버지 김○○○이 1990.5.17. 건축허가를 받아 신축한 쟁점주택을 1999.11.6. 상속으로 취득하여 2006.12.28. 양도하고 2006년 귀속 양도소득세를 신고 후 무납부하자 처분청이 2007.7.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 30,078,830원을 결정고지하였고, 이후 청구인은 쟁점주택은 청구인에게 명의신탁되었던 것이므로 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다고 주장하며 2007.9.14. 경정청구서를 제출하였으나 처분청이 이를 거부한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점주택은 아버지 김○○○이 1990.5.17. 건축허가를 받아 7가구의 다가구주택을 신축하여 그 중 한가구는 김○○○이 거주하고 나머지 6가구는 세입자에게 임대하였는 바, 쟁점주택의 실제사용일은 공부상 나타나지는 않지만 ○○○이 1978.4.15. 단독주택 62.61㎡와 부수토지를 취득하였다가 다가구주택을 신축하기 위해 1990.5.17. 건축허가를 득하였고, ○○○구청장이 1990.12.14. 납부기한으로 건축주 김○○○에게 1990.11.14. 불법건축물에 대한 과태료 1,876,680원을 부과하여 1996.4.30. 납부하였으며, 이후 법률 제7698호로 2005.11.8. 제정되어 시행된 특정건축물 정리에 관한 특별조치법에 의거 2006.5.24. 사용승인을 받은 사실과 2006.6.7. 청구인 명의로 소유권 보존등기를 경료한 후 매수자 양○○○에게 2006.12.28. 소유권 이전등기된 사실이 쟁점주택의 건축물관리대장, ○○○구청의 과태료 부과 및 수납대장, 건물등기부 등본 등에 의해 확인된다. (나) 쟁점주택은 지층부터 2층까지는 각 2가구씩, 3층은 1가구로 총 7가구가 거주할 수 있는 다가구 주택으로, 청구인이 직접 거주한 1층2호를 제외한 나머지 6가구에 대하여는 쟁점주택의 양도일 현재 10년이상 임대한 사실이 청구인이 제시한 쟁점주택의 매매계약서 등에 의하여 확인된다. (다) 종합하건대, 피상속인과 청구인이 쟁점주택의 취득일로부터 양도일까지 쟁점주택을 16년 이상 보유한 사실과 7가구의 다가구주택으로 건축되어 5호이상 임대한 것으로 나타나고, 쟁점주택은 구 주택을 멸실하고 적법하게 건축허가를 받은 1990.5.17. 이후에 착공되어 1990.11.14. 이전에 사실상 신축공사가 완료되어 사용된 사실이 ○○○구청이 보관하고 있는 불법건축물에 대한 과태료 부과 및 수납대장에 의해 확인되고 있어 쟁점주택의 실제사용일을 취득일로 보는 경우 당시 조세특례제한법 제97조 에 규정한 기간(1986.1.1.～2000.12.31.)에 취득한 것이라고 할 것이며, 처분청에 사업자등록 및 주택임대신고를 하지 않은 경우에도 당시 조세특례제한법 제97조 의 규정에 의한 감면주택은 임대주택법상 임대사업자 등록 또는 관할 세무서에 사업자등록을 필요적 요건으로 하지 아니하므로○○○, 쟁점주택 중 청구인이 직접 거주한 1층2호의 면적을 제외한 나머지 부동산에 대하여는 조세특례제한법 제97조 에 규정한 10년 이상 임대한 장기임대주택으로 보아 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.