영세율 세금계산서 교부 후 수정세금계산서(10%) 교부가능 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 도매 무역업을 영위하는 법인으로 거래처인 (주)○○전자로부터 2007.5.30.자로 공급가액 4,951,032,320원의 영세율 세금계산서를 수취하여 2007년 1기분 부가가치세를 신고하였다가 2007.8.20. (주)○○전자로부터 작성일을 당초 발행일인 2007.5.30.자로, 공급가액을 4,500,938,473원으로, 세액을 450,093,847원으로 기재한 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 교부받고, 2007.12.12. 쟁점수정세금계산서에 기재된 부가가치세 450,093,847원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 영세율 적용대상이 아닌 재화를 공급하면서 영세율 세금계산서를 교부한 경우에는 일반 세금계산서를 수정교부할 수 없다고 보아 2008.1.4 청구법인의 경정청구를 거부통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.1.18 이의신청을 거쳐 2008.3.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점수정세금계산서는 당초 공급자인 (주)○○전자 회계담당자의 단순착오로 인하여 영세율 세금계산서를 발행하였다가 관할세무서장이 경정을 통지하기 전에 적법하게 발행·교부된 수정세금계산서로서 (주)○○전자의 관할인 ○○세무서장도 단순착오를 인정하여 영세율 세금계산서에 대하여 세금계산서 관련 가산세를 부과하지 아니하였고, 처분청이 과세근거로 들고 있는 국세청 예규(부가46015-4973, 1999.12.20.) 및 재정경제부 예규(재소비 46015-380, 2000.12.26.)의 내용에도 착오로 발행한 수정세금계산서가 적법하지 않다는 표현이 없으며, 부가가치세법 제16조 제1항 및 같은법 시행령 제59조 제5호에 의하면, 사업자가 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항의 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지는 수정세금계산서를 교부할 수 있다고 규정하고 있으므로 쟁점수정세금계산서에 기재된 매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 관련법령인 부가가치세법 제16조 제1항 후단 및 같은법시행령 제59조 제5호에 의하면 기재사항의 착오나 정정사항이 발생한 경우 수정세금계산서를 발행할 수 있다고 규정하고 있으나, 최근의 재정경제부 예규(재부가-700, 2007.10.4.)에 의하면 영세율이 적용되지 아니하는 거래에 대하여 영세율 세금계산서를 잘못 발행한 경우 일반 세금계산서로 수정세금계산서를 발행할 수 없다고 유권해석하고 있으며, 공급자인 (주)○○전자에서는 당초 영세율로 발행·교부된 매출세금계산서의 공급가액 4,951,032,320원에 대하여 ○○세무서에서 부가가치세 환급 현지확인(2007.8.13~14.)결과 과세거래를 영세율로 잘못 발행하여 신고된 사항이 적출되자 2007.8.20. 당초 공급가액 4,951,032,320원에 10%의 부가가치세를 추가로 거래징수하지 않고 당초 공급가액을 안분하여 공급가액 4,500,938,474원, 세액 450,093,847원으로 금액을 임의 정정한 후 쟁점수정세금계산서를 발행하여 부가가치세를 수정신고하였으나 (주)○○전자는 2006년 2기에 청구법인에게 공급가액 285,630천원, 세액 28,563천원의 세금계산서를 발행·교부하여 과세거래로 부가가치세를 신고한 사실이 있음에도 조사관서의 조사결과 영세율이 적용되지 않는 거래에 대하여 영세율로 잘못 발행된 세금계산서의 공급가액에 10%의 부가가치세를 별도로 징수하지 아니하고 임의로 공급가액과 세액을 안분하여 쟁점수정세금계산서를 교부한 점으로 볼 때 이를 부가가치세법시행령 제59조 제5호 에 규정된 “필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우”로 보기에는 무리가 있으므로 처분청이 쟁점수정세금계산서를 적법하게 발행·교부된 수정세금계산서가 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 당초 영세율 적용대상이 아닌 재화의 공급에 대하여 영세율 세금계산서를 교부받았다가 매입세액이 기재된 쟁점수정세금계산서를 교부받은 경우, 기재사항에 관한 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유에 해당되는 적법한 수정세금계산서로 보아 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.(각호생략) (3) 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 기재하고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은 색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여야 한다.

2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 “ 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은 색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여야 한다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은 색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은 색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 영세율 세금계산서 및 쟁점수정세금계산서의 수취경위에 대하여 살펴보면, 청구법인은 ○○전자(주)로부터 아래표와 같이 2007.5.30.자로 공급가액이 4,951,032,320원으로 기재된 영세율 세금계산서를 수취하여 2007.7.25. 2007년 1기 확정분 부가가치세를 신고하였고, ○○전자(주)는 ○○세무서장이 2007.8.13.~2007.8.14. 기간동안 실시한 현지확인조사를 받는 과정에서 청구법인에게 공급한 연료펌프생산설비가 영세율 적용대상이 아닌 사실을 인지하고 2007.8.20. 당초의 영세율 공급가액 4,951,032,320원을 1.1로 나누어 공급가액을 4,500,938,473원으로 산정하고 동 공급가액의 10%에 상당하는 세액(450,093,847원)을 기재한 쟁점수정세금계산서를 청구법인에게 교부한 것이고, 청구법인은 2007.12.12 동 수정세금계산서의 매입세액 450,093,847원의 환급을 구하는 부가가치세의 경정청구를 한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 쟁점수정세금계산서에 대하여 관련법령상 수정세금계산서를 발행할 수 있는 착오 등의 사유로 발행된 것이 아니라고 하여 동 수정세금계산서상의 매입세액에 대하여 환급을 거부한 반면, 청구법인은 당초 거래처인 ○○전자(주)의 담당직원의 착오에 의하여 영세율 세금계산서를 발행하였다가 과세관청의 경정통지가 있기 전에 이를 바로잡아 쟁점수정세금계산서를 발행한 것이므로 동 수정세금계산서의 매입세액을 환급하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 처분청이 과세근거자료로 제시하는 부가가치세 경정청구 검토서(2008.1.4.)에 의하면, 청구법인은 ○○의 구매대행사로서 거래처인 (주)○○전자와 체결한 장비공급계약(2006.7.8.)에 의하여 납품받은 연료펌프생산설비를 2007.7.14.자로 개설받은 취소불능신용장에 의거 ○○으로 수출하였으나 (주)○○전자는 내국신용장이 개설되지 아니한 상태에서 영세율 세금계산서를 발행·교부하여 부가가치세를 신고하였고, 거래처인 (주)○○전자는 ○○세무서장의 부가가치세환급 현지확인시 해당거래가 과세거래로 확인되어 공급시기 이후에 쟁점수정세금계산서를 발행하여 수정신고(2007.8.20.)한 것이며, ○○세무서장은 (주)○○전자의 과세전적부심사청구에 의한 결정에서 (주)○○전자가 단순 착오로 인한 수정세금계산서를 발행한 것이라고 하여 세금계산서불성실가산세를 부과하지 아니하였으나, 국세청 예규(부가46015-4973) 및 재정경제부 예규(재소비 46015-380)에는 영세율 적용대상이 아닌 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율 세금계산서를 교부한 경우에 그 공급시기 이후에는 10% 세율을 적용하여 수정세금계산서를 교부할 수 없다고 유권해석하고 있으므로 쟁점수정세금계산서에 의한 매입세액의 환급을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부함이 타당하다는 내용이 나타난다.

(4) 세금계산서합계표 조회내역에 의하면, 청구법인이 2006년 2기 중 (주)○○전자로부터 공급가액 285,360천원, 세액 28,536천원의 세금계산서를 수취한 사실이 확인된다.

(5) 살피건대, 수정세금계산서 교부사유 및 교부절차에 대하여 규정하고 있는 부가가치세법시행령 제59조 제5항 에 의하면, 필요적 기재사항 등을 착오로 잘못 기재한 경우에는 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 수정세금계산서를 작성·교부할 수 있도록 규정하고 있으나, 이 건과 같이 ○○전자(주)가 당초부터 영세율 적용대상이 아닌 재화를 공급하면서 영세율세금계산서를 교부한 행위는 필요적 기재사항 등의 착오기재라고 보기보다는 법령의 무지에서 비롯된 것이라고 보는 것이 그 실질에 부합한다고 보여지는 점, (주)○○전자는 ○○세무서장의 현지확인조사과정에서 당초 발행된 영세율 세금계산서가 영세율 적용대상이 아닌 사실을 인지하여 쟁점수정세금계산서를 발급한 것이고 당초의 영세율 공급가액의 10%의 세율을 적용하지 아니하고 1.1로 나누어 공급가액과 세액을 안분한 점, 관련법령상 부가가치세의 매입세액은 원칙적으로 거래시기가 속하는 당해 과세기간에 교부받은 세금계산서에 대하여 그 공제가 가능하도록 규정하고 있는 점 등을 종합할 때 사업자가 부가가치세법 제11조 의 규정에 의한 영의 세율이 적용되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율 세금계산서를 교부한 경우에 당해 재화 또는 용역의 공급시기 이후에는 10％의 세율을 적용하여 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(6) 따라서, 처분청이 쟁점수정세금계산서에 기재된 매입세액의 환급을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.