선의의 거래당사자로 보아 세금계산서상의 매입세액 공제가 가능한지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2005.2.5. 개업하여 〇〇광역시 〇〇구 〇〇동 〇〇〇-〇번지에 본점을 두고 ‘석유류 도소매업’을 영위하고 있는 법인으로 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 공급가액 24,976백만원 상당의 세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 공제받고, 법인소득금액 계산상 손금에 산입하였다.
• 나. 처분청은 〇〇지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)이 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하고 과세자료를 통보함에 따라 청구법인이 수취한세금계산서 중 공급가액 13,483백만원 상당의 세금계산서(2005년 제1기 482백만원, 2006년 제1기 2,665백만원, 2006년 제2기 6,084백만원, 2007년 제1기 4,662백만원이며, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)상의 석유류(이하 “쟁점유류”라 한다)를 주식회사 국〇에너지외 다수업체로부터 매입하고, 세금계산서는 주식회사 두〇에너지외 6개 업체(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 수취한 것으로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하고, 법인세는 증빙불비가산세를 적용하여 2008.1.2. 청구법인에게 부가가치세 2005년 제1기분 70,769,630원, 2006년 제1기분 360,554,830원, 2006년 제2기분 792,513,910원, 2007년 제1기분 659,905,970원과 법인세 2005사업연도분 9,646,240원, 2006사업연도분 174,790,530원을 각각 결정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.2.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 쟁점거래처로부터 유류 매입시 운송차량 기사로부터 석유류가 도착했다는 사실을 보고받으면, 출하증을 받고 해당 매입대금을 쟁점거래처의 법인통장에 정상 입금하였으며, 쟁점거래처가 자료상이라는 사실 및 청구법인이 주문한 석유류를 실제로 공급한 업체가 주식회사 국〇에너지외 다수 업체인 사실을 조사관서의 세무조사를 받는 과정에서 처음 알았으므로 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당되어 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점유류의 실제공급자가 누구인지 알지 못한 상태에서 쟁점유류를 매입하였다고 주장하나, 동일 지위의 일반대리점으로부터 석유류를 매입할 수 없도록 한 석유류 판매업의 특성상 정유사에서 교부하는 출하전표를 확인하여 보면 해당 재화의 실제공급자가 누구인지 충분히 알 수 있었음에도 청구법인은 이를 확인하지 않거나 보관하지 않았다는 것으로 사업자로서 선량한 관리자의 주의를 다하여 거래상대방을 확인하였다고 볼 수 없으므로 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 위장세금계산서로 보아 부가가치세와 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인을 선의의 거래당사자로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하고, 관련 가산세를 취소할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기아ㅔ 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세섭 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 도는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 〇 부가가치세법시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 〇 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제76조【가산세】

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. 〇 법인세법 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거애에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사관서가 청구법인에 대하여 조사하고 작성한 ⌜자료상 혐의자 조사종결 복명서(2007.12.)⌟에는 청구법인의 석유류 매입 및 매출방법과 쟁점세금계산서상 석유류의 실제공급자가 다름과 같이 확인되어 있다. ㈎ 청구법인은 개업연도인 2005사업연도에는 비교적 정상적인 거래를 하였으나, 2006사업연도 이후 자료상 혐의가 있는 대리점(쟁점거래처)으로부터 매입세금계산서를 수취하고, 동 물량의 실물은 자료상 혐의가 있는 대리점을 대신하여 정유회사에 주문한 업체(실제공급자)를 통하여 매입하였으며, 매출은 실제공급자가 주문한 석유류를 대한송유관공사의 각 지사 및 정유회사에서 출하받아 정유회사의 출하전표에 기록된 차량으로 매출처(각 주유소)로 운반하였다. ㈏ 매출처인 각 주유소에 석유류의 운반이 완료되면 운반기사가 출하전표에 인수자의 날인을 받아 매월 운송료 세금계산서와 함께 청구법인에게 제출(일부는 미제출)하였고, 정유회사의 출하전표에는 출하처(저유소), 도착지(주문자), 차량번호 등이 기재되어 있으므로 동 출하전표에 의하여 쟁점유류의 실제공급자(정유회사에 대한 주문자)를 다음과 같이 확인하였다.

1. 주식회사 프〇〇오일(이하 ‘프〇〇오일’이라 한다)에서 수취한 공급가액 5,970백만원 상당의 매입세금계산서 중 정상거래는 920백만원이고, 2006년 1기 2,335백만원, 2006년 제2기 2,715백만원의 실제공급자는 주식회사 국〇에너지(3,927백만원)과 주식회사 〇〇석유〇〇지점외 12개 업체(1,123백만원)으로 확인되었다.

2. 주식회사 한〇에너지(이하 “한〇에너지”라 한다)로부터 수취한 공급가액 3,911백만원 상당의 매입세금계산서 중 정상거래는 1,440백만원이고, 2007년 제1기 2,471백만원의 실제공급자는 주식회사 도〇에너지(1,623백만원)와 주식회사 청〇에너지외 16개 업체(848백만원)로 확인되었다.

3. 주식회사 두〇에너지(이하 “두〇에너지”라 한다)로부터 수취한 공급가액 2,994백만원 상당의 매입세금계산서 중 정상거래는 없고, 2006년 제2기 2,324백만원, 2007년 제1기 670백만원의 실제공급자는 주식회사 도〇에너지(1,216백만원)와 주식회사 국〇에너지(833백만원) 및 오〇〇코리아외 15개(945백만원)로 확인되었다.

4. 주식회사 대〇에너지(이하 “대〇에너지”라 한다)로부터 수취한 공급가액 2,299백만원 상당의 매입세금계산서 중 정상거래는 133백만원이고, 2006년 제2기 1,045백만원, 2007년 제1기 1,121백만원의 실제공급자는 주식회사 이〇석유(369백만원)와 주식회사 세〇에너지외 35개 업체(1,797백만원)로 확인되었다.

5. 주식회사 정〇에너지(이하 “정〇에너지”라 한다)로부터 수취한 공급가액 339백만원 상당의 매입세금계산서 중 정상거래는 18백만원이고, 2006년 제1기 321백만원의 실제공급자는 〇〇주유소외 7개 업체로 확인되었다.

6. 주식회사 중〇오일(이하 “중〇오일”이라 한다)로부터 2005년 제1기에 수취한 공급가액 397백만원 상당의 매입세금계산서에 대하여 조사한 바, 중〇오일의 실질적인 자료상 행위자인 박〇〇는 세금계산서 교부의무 및 수취의무 위반으로 〇〇〇〇경찰서에 고발된 자이고 청구법인이 중〇오일의 계좌에 436백만원을 송금하였으나, 동 금액이 즉시 출금되어 슈〇〇〇주식회사의 계좌로 입금되었으며, 이후 제3자에 대한 출금사항이 현금거래로 자금의 흐름 추적이 불가능하므로 실제공급자를 슈〇〇〇오일주식회사로 보았다.

7. 주식회사 금〇에너지(이하 “금〇에너지”라 한다)로부터 2005년 제1기에 수취한 공급가액 85백만원 상당의 매입세금계산서에 대하여 조사한 바, 금〇에너지의 실질적인 자료상 행위자 박〇〇는 세금계산서 교부의무 및 수취의무 위반으로 〇〇〇〇경찰서에 고발된 자이고 쟁점세금계산서는 박〇〇가 주식회사 금〇에너지의 명의를 대여받아 발행한 세금계산서로 확인되었으므로 실제공급자를 박〇〇로 보았다.

(2) 조사관서가 쟁점거래처에 대하여 현지확인을 실시하고 작성한 ⌜거래처 현지확인 복명서(2007.12.)⌟에는 쟁점거래처에 대한 조사내용이 다음과 같이 기재되어 있다. ㈎ 프〇〇오일의 경우, 대표이사 김〇〇은 자료상(세금계산서 교부의무 및 수취의무 위반) 혐의로 〇〇지방검찰청에 고발된 자이고, 사업자 기본사항 및 금융흐름 조사, 정유사를 통한 실지출하자 등을 확인한 바, 실지출하자로 확인된 주식회사 〇〇에너지외 17개 업체는 각 정유사로부터 매입세금계산서를 정당하게 수취하였으나 프〇〇오일에게 매출세금계산서를 발행한 사실은 없는 것으로 확인되고, 실물은 청구법인 등에게 인도하면서 매출세금계산서는 제3자에게 가공으로 발행한 것으로 확인되었다. ㈏ 한〇에너지의 경우, 출하전표 등을 통하여 실지출하자로 확인된 주식회사 도〇에너지외 17개 업체는 각 정유사로부터 매입세금계산서를 정당하게 수취하였으나 한〇에너지에게 매출세금계산서를 발행한 사실은 없는 것으로 확인되고, 실물은 청구법인 등에게 인도된 것으로 확인되었다. ㈐ 두〇에너지의 경우, 2006.12.31. 폐업한 업체로 2007.5.14.부터 7.18.까지 자료상 조사를 하여 고발후 종결하였으므로 관련인을 상면할 수 없으나, 출하전표 등에 의하여 실지출하자로 확인된 국〇에너지외 17개 업체는 각 정유사로부터 매입세금계산서를 정당하게 수취하였으나 두〇에너지에게 매출세금계산서를 발행한 사실은 없는 것으로 확인되고, 실물은 청구법인 등에게 인도하면서 매출세금계산서는 제3자에게 가공 발행한 것으로 확인되었다. ㈑ 대〇에너지의 경우, 출하전표 등을 통하여 실지출하자로 확인된 주식회사 서〇석유외 28개 업체는 각 정유사로부터 매입세금계산서를 정당하게 수취하였으나 대〇에너지에게 매출세금계산서를 발행한 사실은 없는 것으로 확인되고, 실물은 청구법인 등에게 인도하면서 매출세금계산서는 가공 발행한 것으로 확인되었다. ㈒ 정〇에너지의 경우, 청구법인이 정〇에너지의 통장에 입금한 금액은 전부 주식회사 〇〇프라자오일의 계좌로 이체되었고 〇〇세무서의 〇〇프라자오일에 대한 조사내용을 검토한 바, 정〇에너지가 무자료 유류 판매를 위하여 〇〇프라자의 계좌를 사용한 것으로 확인되었으며 출하전표를 확인한 바, 청구법인이 정원에너지로부터 매입하였다고 신고한 유류는 〇〇주유소 및 주식회사 서〇석유 등으로부터 출하된 무자료 유류로 확인되었다. ㈓ 중〇오일의 경우, 무단폐업하여 2004.12.31.자 〇〇〇세무서장으로부터 직권폐업된 법인이고, 실질적인 대표자 박〇〇는 세금계산서 교부의무 및 수취의무 위반으로 〇〇북부경찰서에 고발된 자로서 사실상 확인조사가 불가능하나, 금융흐름을 추적한 결과 청구법인이 중〇오일의 계좌에 송금한 금액이 즉시 출금되어 슈퍼〇〇주식회사의 계자로 입금되었다. ㈔ 금〇에너지의 경우, 계속사업자로 대표자 최〇〇에게 확인한 결과, 박〇〇 등이 금〇에너지의 유류저장시설 일부(20만 ℓ)를 임대받아 자료상 행위에 금〇에너지의 명의를 사용한 것일 뿐, 자신은 청구법인을 알지도 못한다는 취지로 소명한 내역이 기재되어 있다.

(3) 한편, 조사관서가 청구법인의 대표이사 김〇〇으로부터 받은 전말서(2007.12.5.)에는 이 건 거래과정 및 과세의 근거가 된 출하전표의 기재내역과 관련하여 ‘청구법인은 쟁점거래처에 유류를 주문하고, 거래대금도 쟁점거래처의 계좌로 입금하였기 때문에 세금계산서도 쟁점거래처로부터 받을 수 밖에 없었고, 쟁점거래처의 계좌로 입금된 금액이 어디로 흘러갔는지 여부에 대하여는 알지 못하고 알 필요도 없었으며, 출하전표에는 기재된 출하자가 누구인지 여부에 대하여는 생각해 보지도 않았다’는 취지로 답변한 내역이 기재되어 있다.

(4) 이상의 조사내용에 기초하여 처분청은 석유류 판매사업자라면 누구나 알아야 하는 석유 및 석유대체연료사업법 제39조 제1항 제7호 (행위의 금지) 및 같은 법 제46조 제10항(벌칙), 같은 법 시행령 제2조 제1항(일반대리점의 정의), 같은 법 시행령 제43조 제1항 제1호(유통질서 저해행위)에 의하여 청구법인과 같은 일반대리점의 경우 석유정제업자 또는 석유수출입업자로부터 석유류 제품을 공급받아 이를 일반주유소·일반판매소 또는 실소비자에게 판매하여야 하며, 동일지위의 일반대리점으로부터의 석유류 매입이 금지되어 있으므로 청구법인이 조금만 더 주의를 기울여 출하전표를 확인하였다면, 청구법인에게 공급된 석유류의 실제공급자와 쟁점세금계산서상의 공급자와 다르다는 사실을 충분히 알수 있었음에도 청구법인이 선량한 관리자로서의 주의를 다하여 이를 확인하였다고 볼 수 없다고 보아 공급자가 사실과 다른 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하지 아니하였음을 알 수 있다.

(5) 이에 대하여 청구법인은 선의의 거래대상자에 해당된다고 주장하면서, 조사관서의 실매입처 조사보고서, 세무조사결과통지서, 청구법인의 일일매출결산서와 함께 조사관서가 청구법인의 대표이사 김〇〇으로부터 받은 전말서(2007.12.5.)등을 제출하였으며, 추가 항변자료를 통하여 ‘처분청은 김〇〇이 20여년간 〇〇정유주식회사 출하실에서 출하전표 발행과 관련된 업무를 담당한 사실이 김〇〇에 대한 경찰 조사자료에서 확인되고 있으므로 청구법인이 출하전표의 중요성에 대하여 알지 못하였다는 청구주장은 설득력이 없다는 의견이나, 김〇〇은 〇〇정유주식회사에서 차량배차와 영업소 관리업무를 담당하였을 뿐이므로 출하전표의 중요성을 알 수 없었다’는 취지의 추가주장과 함께 ‘청구법인은 거래시마다 사업자의 주의를 다하여 거래상대방을 확인하였으나 거래상대방이 자료상이라는 사실은 전혀 알 수 없었다’는 취지의 추가주장을 하였으나, 청구주장이 사실임을 입증할 객관적이고, 신빙성있는 증빙자료는 제시하지 못하고 있다.

(6) 살피건대, 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 할지라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 등이 불이익한 처분을 받지 않는 것이 타당하다 할 것이나(부가가치세법기본통칙 21-0-1 참조), 이 건의 경우 청구법인과 같은 일반대리점의 경우 석유정제업자 또는 석유수출입업자로부터 석유류 제품을 공급받아 이를 일반주유소·일반판매소 또는 실소비자에게 판매하여야 하며, 동일지위의 일반대리점으로부터의 석유류 매입이 금지되어 있고, 석유류 매입시 정유사에서 교부하는 출하전표에는 출하처(저유소), 도착지(주문자), 차량번호 등이 기재되어 있으므로 청구법인의 경리직원 및 관리직원이 조금만 더 주의를 기울여 출하전표를 확인하였다면, 청구법인에게 공급된 석유류의 실제공급자와 쟁점세금계산서상의 공급자와 다르다는 사실을 충분히 알 수 있었음에도 청구법인은 이를 확인하지 않았다는 것으로 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여 거래상대방을 확인하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인을 선의의 거래상대자로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.