쟁점주택이 양도소득세가 감면되는 신축임대주택에 해당하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2001.3.17. 취득한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 대지 198.65㎡ 및 건물 428.79㎡의 주택(지하 1 층․지상 3층 총19호의 다가구주택으로, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2007.2.23. 양도한 후 2007.3.30. 1세대 2주택의 보유자로서 중과세율(50%) 적용대상으로 하여 양도소득과세표준 예정신고(납부세액 36,652,090원)를 하였다. 그 후 청구인은 쟁점주택이 조세특례제한법 제97조 의 2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택으로 양도소득세 감면대상에 해당 한다 하여 기납부세액을 환급하여 달라는 경정청구서를 2007.5.8. 처분청에 제출하였고, 처분청은 청구인이 임대주택법상 임대사업자로 등록을 하거나 주택임대의 신고서를 제출한 사실이 없다 하여 2008.3.3. 청구인의 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.12. 이 건 심판청구를 제기하였

• 가. 청구인 주장 청구인은 2001.3.17. 신축 중인 쟁점주택을 취득한 후 계속하여 임대하다 양도하고 임대사업자로 등록을 하지 않았을 뿐 주택임대신고를 하여 왔는 바, 쟁점주택과 같이 건설교통부장관이 정하는 다가구용 단독주택의 건축기준에 의한 건축허가를 받아 건축된 다가구주택의 경우에는 1가구를 1호로 보는 것이고, 조세특례제한법 제97조 의 규정에 의하여 관할세무서장에게 주택임대에 관한 사항을 신고하지 아니한 경우에도 임대주택으로 보는 것인데도 불구하고, 사업자등록절차 등을 누락하였다 하여 감면대상에서 제외한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제97조 의 2에서 신축임대주택의 요건을 임대주택법에 의한 매입임대주택으로서 관할세무서장에게 주택임대신고서를 제출한 경우 양도소득세를 감면한다고 규정되어 있는 바, 청구인이 양도한 쟁점주택의 경우 임대주택법에 위한 임대사업자의 등록이 불가한 경우라도 주택을 임대한 사실을 관할세무서에 주택임대신고서에 의해 신고하거나 주택임대사업자로 등록을 하면 임대주택법에 의한 임대사업자등록을 한 것으로 갈음함에도 불구하고 이를 누락하였으므로 조세특례제한법 제97조 의 2에 의한 신축임대주택에 해당하지 아니한 것으로 보아 감면적용을 배제한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택이 양도소득세가 감면되는 신축임대주택에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제97조 의 2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서 “신축임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택

• 가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택
• 나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

2. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)

• 가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택
• 나. 제1호 나목에 해당하는 주택

② 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제97조 의 2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】① 법 제97조의 2 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의 2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② 신축임대주택의 주택임대사항의 신고ㆍ세액감면의 신청ㆍ임대기간의 계산 등에 관하여는 제97조 제2항 내지 제5항의 규정을 준용한다. 다만, 제97조 제4항의 규정을 준용함에 있어서 법 제97조의 2 제1항 제2호의 규정에 의한 매입임대주택의 경우에는 제97조 제4항 각호에 규정된 서류외에 매매계약서 사본과 계약금 지급일을 입증할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 소득세법제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

(4) 같은법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1.임대주택법제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

(5) 임대 주택법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “임대주택”이란 임대 목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입 임대주택을 말한다.

2. “건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 나.주택법제9조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조에 따른 임대사업자 등록을 마치고 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 임대하는 주택

3. “매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득 하여 임대하는 주택을 말한다.

4. “임대사업자”란 국가, 지방자치단체, 대한주택공사,지방공기업법제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이 하 “지방공사”라 한다), 제6조에 따라 주택임대사업을 하기 위하 여 등록한 자 또는 제7조에 따라 설립된 임대주택조합을 말한다.

(6) 임대 주택법 제6조 【임대사업자의 등록】① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

(7) 임대 주택법 시행령 제6조 【임대사업자의 범위 및 등록기준 등】① 법 제6조 제1항에서 “대통령령이 정하는 호수”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 호수 또는 세대를 말한다.

1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 5호, 공동주택은 5세대

(8) 임대 주택법 시행령 제7조 【임대사업자의 등록절차】① 법 제6조 제1항의 규정에 의하여 임대사업자로 등록을 하고자 하는 자는 국토해양부령이 정하는 바에 따라 등록신청서를 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다.

② 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항의 등록신청서를 접수한 때에는 신청인이 제6조 제2항의 등록기준에 적합한지 여부를 확인하고 적합한 요건을 갖추었다고 인정하는 경우에는 임대사업자등록부에 이를 등재하고, 등록증을 신청인에게 교부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본, 임대차계약서 및 경정청구관련자료 등에 의하면, 청구인은 2001.3.17. 신축 중인 신축 중인 쟁점주택(○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 대지 198.65㎡ 및 건물연면적 428.79㎡)을 취득하여 계속 임대하다 2007.2.23. 양도한 후, 2007.3.30. 1세대 2주택으로서 중과세율(50%) 적용대상자로 하여 양도소득과세표준예정신고를 하였다가, 2007.5.8. 쟁점주택이 조세특례제한법 제97조 의 2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택으로 양도소득세 감면대상에 해당한다 하여 납부세액(36,652,090원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 〈쟁점주택의 현황〉 (단위: ㎡) 층별 용도 면적 비고 지하1층 다가구용 단독주택(5가구) 113.39 착공: 2000.10.24 사용승인: 2001.6.2 지상1층 다가구용 단독주택(5가구) 113.39 지상2층 다가구용 단독주택(5가구) 114.37 지상3층 다가구용 단독주택(4가구) 87.64 처분청은 청구인이 임대주택법에 의한 임대사업자로 등록하거나 주택임대서의 제출사실이 없다 하여 2008.2.4. 청구인의 경정청구를 거부한 사실이 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점주택을 취득하여 계속 임대하다 양도한 것으로 임대사업자로 등록하지 않았을 뿐 관할세무서장에게 주택임대신고를 하였는데도 양도소득세 감면적용대상에서 제외하는 것은 부당하다는 주장인 바, 청구인이 임대주택법에 의한 주택임대사업자로 등록을 신청한 사실이 없을 뿐만 아니라 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출한 사실이 확인되지 아니한다(국세통합전산조회자료를 보면 청구인은 임대수입금액에 대해 2002년 및 2003년 종합소득세를 신고하고 그 이후에는 신고하지 않은 것으로 나타남).

(3) 살피건대, 조세특례제한법 제97조 의 2(신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례) 제1항 제2호는 거주자가 1999년 8월 20일 이후 신축된 국민주택으로서 임대주택법에 의한 매입임대주택을 취득하여 5년 이상 임대한 후 양도한 경우 그 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있고, 임대 주택법 제2조 및 제6조는 매입임대주택(단독주택은 5호, 공동주택은 5세대 이상)을 취득하여 임대사업을 하기 위하여는 시장․군수 또는 구청장에게 등록을 한 임대사업자로 규정하고 있는 바, 청구인이 임대주택법에 의한 임대사업자로 등록한 사실이 없어 쟁점주택은 임대주택법에 의한 임대주택에 해당하지 않을 뿐만 아니라 조세특례제한법 시행령 제97조 제3항 의 규정에 의하여 임대에 관한 사항을 ‘임대를 개시한 날’부터 3월 이내에 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 신고한 사실도 확인되지 않으므로, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 신축임대주택으로서 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심2006서3560, 2006.12.28. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.