사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

/000/세무서장이 2007.9.11. 청구법인에게 한 2006년 제2기분 부가가치세 49,139,680원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 /00광역시 00구 00동 000-0/에서 안테나, 콘텍트 등 핸드폰 부품 도금업을 영위하는 계속사업자로서, 2006.10.15.부터 2007.5.15.까지 주식회사 /0000종합건설/(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 공장신축공사용역(이하 “쟁점공사” 또는 “쟁점공사용역”이라 한다)을 제공받으면서 공급가액 385,500,000원 상당의 2차 기성부분(이하 “쟁점기성부분”이라 한다)에 대하여 2006.12.12.을 공급일자로 하여 청구외법인으로부터 위 공급가액 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 쟁점기성부분의 공급시기를 2006.12.20.로 보고 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2007.9.11. 청구법인에게 2006년 2기분 부가가치세 49,139,680원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.10.16. 이의신청을 거쳐 2008.3.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2006.8.28. 청구외법인과 쟁점공사계약을 체결하고 2006.10.15.부터 2007.5.15.까지 기성고기준지급조건부로 쟁점공사용역을 제공받았으며, 공장건설자금은 /0000은행/을 통해 집행되는 /중소기업진흥공단의 ‘00기업진흥/ 및 산업기반자금’을 배정받았는데, 동 자금은 00기업은행이 청구법인에 대출을 승인하는 동시에 직접 청구외법인에 지급하는 방식으로 집행되었다. 청구외법인은 2006.12.12. 청구법인과 /00기업은행 00공단지점/에 쟁점기성부분에 대한 기성청구서와 쟁점세금계산서를 제출하였고, 청구법인과 /00기업은행 00공단지점/은 기성고를 확인하였으나 00기업은행 본점에서 자금이 12월 20일 배정됨을 이유로 그 직전에 관련서류를 재접수할 것을 요청함에 따라 청구외법인이 기성청구서는 2006.12.18.자로 재작성하였으나 2006.12.12.자 쟁점세금계산서는 그대로 제출하여 이러한 문제가 발생한 것이다. 따라서 쟁점기성부분의 공급시기는 최초 기성청구서를 접수받은 2006.12.12.이고, 이러한 사실은 청구외법인이 보관중인 2006.12.12.자 기성청구서 기안문서, 00기업은행이 보관중인 2006.12.12.자 쟁점세금계산서에 ‘입력필’이라는 고무인이 찍혀있는 사실, /00기업은행 본점/의 ‘재정 및 기금대출한도 승인통보서’에 신청일자가 12.13.자로 기재되어 있는 사실 등에 의하여 확인된다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 제9조 제3항 에서 규정하는 선발행세금계산서 발행요건은 공급시기가 도래하기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 이와 동시에 지급받은 대가에 대하여 세금계산서를 교부하는 것이며, 이때 완성도기준지급조건부에서의 공급시기는 건설용역에 대하여 검사후 대가의 지급이 확정되는 때를 공급시기로 규정하고 있고, 청구법인의 공장신축은 공사기간이 6개월 이상의 장기공사이며 기성에 의한 완성도기준지급조건부의 건설용역으로 쟁점세금계산서는 2006.12.12. 발행되었으나 기성은 2006.12.20. 확정되고 같은 날 대금을 지급한 것으로 확인되므로 쟁점세금계산서는 그 교부시기에 있어 대가의 수수없이 공급시기 전에 발행된 것으로 선세금계산서 요건을 갖추지 못한 것이기에 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 부가가치세를 경정고지한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 (3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2006.12.12.이전에 쟁점기성부분의 공사진행상황을 확인한 후 2006.12.12. 청구외법인으로부터 기성청구서를 접수받았고 같은 날자를 공급시기로 하여 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 쟁점기성부분의 공급시기는 2006.12.12.이라는 주장이고, 처분청은 청구법인이 2006.12.18. 청구외법인으로부터 기성청구서를 접수받았고 2006.12.20. 공사신축자금을 대출하는 /00기업은행 00공단지점/이 기성을 확인하였으므로 쟁점기성부분의 공급시기는 기성확정일인 2006.12.20.임에도 쟁점세금계산서는 2006.12.12.자로 교부받았으므로 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라 하여 이 건 부가가치세를 경정고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 쟁점세금계산서는 작성연월일이 2006.12.12.로 기재되어 있고, 청구법인은 2006.12.18. 청구외법인으로부터 쟁점기성부분 관련 기성신청서를 접수받았으며, 중소기업은행 남동공단지점은 청구법인에 대한 공장신축 관련 기성고를 검사하여 쟁점기성부분과 같이 공사가 진척되었음을 확인(2006.12.20.자 기성고확인조서)한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 청구외법인으로부터 쟁점공사용역을 제공받으면서 기성청구서를 접수받기 이전에 공사공정예정표 및 공사현장을 확인하여 기성을 확정하였는데, 쟁점기성부분도 2006.12.12.이전에 기성을 확인한 후 2006.12.12.자로 기성청구서와 쟁점세금계산서를 교부받았으나 /00기업은행 00공단지점/에서 자금사정을 이유로 서류를 추후 제출할 것을 요구하여 2006.12.18.자로 기성신청서를 다시 제출받았을 뿐이므로 쟁점기성부분의 공급시기는 2006.12.12.이라고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인과 청구외법인이 2006.8.28. 체결한 것으로 나타나는 청구법인 고잔동 공장 신축공사 표준도급계약서(이하 “공사계약서”라 한다) 제22조[기성부분금]에 의하면, 청구외법인은 기성부분에 대한 검사를 요청할 수 있으며, 이때 청구법인은 지체없이 검사를 하고 그 결과를 청구외법인에게 통지하여야 하고 14일이내에 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 보며, 청구법인은 검사완료일로부터 14일이내에 검사된 내용에 따라 기성부분금을 청구외법인에게 지급하여야 한다는 내용이 나타난다. (나) 청구법인이 2006.10.15.부터 2007.5.15.까지의 기간동안 청구외법인으로부터 쟁점공사용역을 제공받으면서 교부받은 세금계산서 작성연월일 및 기성청구서 접수일 그리고 청구법인의 대금지급일(/00기업은행 00공단지점/이 대출금을 청구외법인에게 지급한 날)은 아래와 같은 것으로 심리자료 등에 나타난다. (단위: 원) 구분 세금계산서 기성청구서 대금지급 작성 연월일 공급가액 접수일 기성금액 (공급가액) 지급일 금액 (공급가액) 합계 2,570,000,000 2,570,000,000 2,570,000,000 1차 기성 2006.10.20 514,000,000 2006.10.20 514,000,000 2006.10.30 514,000,000 2차 기성 (쟁점부분) 2006.12.12 385,500,000 쟁점부분 385,500,000 2006.12.20 385,000,000 3차 기성 2007.2.6 365,000,000 2007.2.6 385,000,000 2007.2.12 365,000,000 4차 기성 2007.3.22 533,636,364 2007.3.22 530,000,000 2007.3.29 530,000,000 5차 기성 2007.4.25 771,863,636 2007.4.25 755,500,000 2007.4.27 250,000,000 2007.6.25 356,000,000 2007.7.24 170,000,000 (다) 청구외법인의 내부기안문서인 2006.12.12.자 제2회 기성청구서 (이하 “쟁점1 기성청구서”라 한다)에 의하면, 청구외법인이 청구법인과 계약하여 시공중인 “청구법인 고잔동 공장 신축공사”와 관련하여 제2회 기성청구를 하니 검토후 재가바란다는 내용이 나타나며, 문서번호(/0000 2006-204, 205호/), 시행일자(2006.12.12), 수신처(청구법인, /00은행 00공단지점장/)가 청구외법인의 문서발송대장에 기재된 문서번호, 시행일자, 수신처와 일치하는 것으로 나타나고, 청구외법인의 대리, 과장, 이사, 사장이 날인 또는 서명한 것으로 나타나고 있다. (라) 한편, 청구법인은 2006.12.18.에도 청구외법인으로부터 쟁점1 기성청구서와 동일한 내용의 제2회 기성청구서(이하 “쟁점2 기성청구서”라 한다)를 접수받은 것으로 나타나고, 청구외법인의 문서발송대장에도 2006.12.18. 쟁점2 기성청구서를 청구법인과 00은행 00공단지점에 각 발송한 것으로 나타나고 있는 바, 청구법인은 2006.12.12. 쟁점1 기성청구서를 접수받아 /00기업은행 00공단지점/에 제시하였으나 은행측에서 자금이 2006.12.20.경에 배정되니 그 직전에 기성청구서를 다시 제출할 것을 요구하여 2006.12.18.자로 쟁점2 기성청구서를 다시 접수받았고, 쟁점1 기성청구서는 필요없다고 보아 폐기하였다는 주장이다. (마) /00기업은행/의 2006.12.20.자 재정 및 기금대출한도 승인통보서(이하 “한도승인통보서”라 함)에 의하면 차주가 청구법인, 자금명이 중소기업진흥 및 산업기반기금, 신청일자가 2006.12.13. 신청금액이 385,000천원, 승인일자가 2006.12.20. 승인금액이 385,000천원으로 나타나며, 승인부점은 본점 여신기획부, 수신은 /00공단 부점장/으로 나타나는 바, 우리원에서 /00기업은행 00공단지점/에 확인한 결과 위 한도승인통보서가 /00기업은행/의 내부서류임이 사실이며, 위 자금은 중소기업진흥공단에서 /00기업은행 00/을 통해 지점에 내려오기 때문에 차주(청구법인) 및 공급자(청구외법인)가 지점에 세금계산서 및 기성신청서 등을 통해 기성부분에 대한 대출신청을 하면 지점은 본점에 자금신청을 하고, 본점은 다시 공단으로부터 자금을 배정받아 지점에 대출승인을 하는 형태로 집행되고 있으며 이러한 절차에 통상 일주일이 소요되고, 한도승인통보서에 신청일자가 2006.12.13.자로 기재되어 있다는 것은 그 이전에 은행이 차주 또는 공급자로부터 기성신청서 등을 제출받았다는 것을 의미하며, 지점에서 기성신청서 등도 없이 본점에 대출한도 확인신청을 하지는 않는 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 청구법인 직원이 공사예정공정표와 공사현장을 실사하고 청구법인과 청구외법인이 서로 기성부분에 상당하는 대가를 협의하여 기성을 확정한 후 청구외법인이 청구법인과 /00기업은행 00공단지점/에 문서로 기성신청서를 제출한다는 주장이고, 청구법인이 제시한 다수의 공사현장사진에 의하면 2006년 11월 및 12월 초에 공사가 진행되고 있는 모습이 나타나고 있으며, 쟁점공사 관련 여타의 세금계산서 교부일자와 기성신청서 접수일이 동일하고 쟁점기성부분 외에 여타의 기성부분도 기성을 확정하면서 기성검사조서 등 문서를 남겼다는 증빙은 나타나지 아니한 것으로 보아 청구법인과 청구외법인은 쟁점공사의 기성을 확정하면서 별도의 기성검사조서 등을 작성하지는 아니한 것으로 보인다. (사) 부가가치세법 시행령 제22조 제2호 의 규정에 의하면 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있고, 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 하는 것(부가가치세법 기본통칙 9-22…4 참조)인 바, 쟁점공사의 경우 청구법인과 청구외법인이 체결한 공사계약서에 의하면 기성부분에 대한 검사완료후 14일 이내에 기성대가를 지급한다고 약정되어 있으나, 쟁점공사와 관련한 기성신청서, 세금계산서 및 대금지급현황 등을 살펴보면 별도의 기성검사조서 등을 문서로 작성하지는 아니하고 공사공정예정표와 공사현장을 확인하여 구두 또는 묵시적으로 기성검사를 완료하고 기성부분에 대한 대가를 확정한 후 청구외법인이 청구법인에 기성신청서를 제출하는 것으로 나타나고 있고, 처분청이 근거로 제시한 00기업은행 00공단지점의 기성확인조서는 쟁점공사용역의 거래당사자가 아닌 제3자가 내부업무처리용으로 작성한 문서이므로, 쟁점기성부분의 공급시기는 기성신청서 접수일로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (아) 한편, 청구법인은 최초 기성신청서 접수일이 2006.12.12.이라고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴보면, 쟁점공사와 관련한 여타의 기성신청서 접수일 및 대금지급일을 보면 기성신청서 접수후 중소기업은행 남동공단지점에서 공사자금이 대출되어 청구외법인에 지급되기까지 통상 일주일 가량의 기간이 소요되는 것으로 나타나는 점, 청구법인이 제시하는 쟁점기성부분 관련 공사현장사진을 보면 2006년 11월부터 12월 초순경까지의 공사진행내용이 나타나고 있는 점, /00기업은행 본점/의 한도승인통보서에 대출신청일이 2006.12.13.로 나타나고 있는 점, 청구외법인의 쟁점1 기성신청서 기안문서가 제시되었고 청구외법인의 문서발송대장에 쟁점1 기성신청서가 2006.12.12. 청구법인에 발송된 것으로 나타나고 있는 점, 쟁점공사 관련 여타의 세금계산서 발행일자와 기성신청서 접수일이 동일한 것으로 나타나고 있는 점, 2006년 12월 중순경 쟁점기성부분이 발생한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없는 점 등을 종합해서 판단해 볼 때 청구법인은 2006.12.12. 청구외법인으로부터 쟁점1 기성신청서와 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 보는 것이 타당하다고 보인다. (자) 따라서, 쟁점기성부분의 공급시기는 검사 후 대가의 지급이 확정된 쟁점1 기성신청서 접수일, 즉 2006.12.12.이라고 할 것이므로, 처분청이 쟁점공사용역의 거래당사자가 아닌 중소기업은행 남동공단지점이 작성한 기성확인조서 작성일(2006.12.20)을 공급시기로 보고 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 불공제한 것은 잘못이 있다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.