가공거래로 본 처분에 대해 실제운송용역을 제공받았다는 주장의 당부

1. ○○세무서장이 2007.12.13. 청구인에게 한 부가가치세 1999 년 제1기분 29,369,540원, 1999년 제2기분 27,048,450원, 2000년 제2기분 34,493,810원 및 1999사업연도 법인세 119,710,140원의 부과처분은 이를 취소하며, 같은 날 청구인에게 한 2000년 제1기 부가가치세 47,433,200원 및 2000사업연도 법인세 192,201,970원의 부과처분은 청구인이 주식회사 ○○○○으로부터 교부받은 공급가액 78,622,149원의 세금계산서의 해당 매입세액을 공제하고 그 공급가액을 손금산입하여 2000년 제1기 부가가치세 및 2000사업연도 법인세의 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.1.1. ○○시 ○구 ○동에서 개업하여 화물운송주선업을 주업으로 영위하고 있는 계속사업자로서 2000년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 ○○운수로부터 공급가액 101,165,000원, 주식회사 ○○통운(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 78,622,149원, 1999년 제1기․제2기 및 2000년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 ○○통운으로부터 공급가액 338,560,244원(1999년 제1기 103,963,063원, 1999년 제2기 99,104,090원, 2000년 제2기 135,493,091원), 합계 518,347,393원 상당의 운송용역을 제공받은 것으로 하여, 세금계산서 22매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 해당 매입세액을 공제하고 그 공급가액을 손금산입하여 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 부가가치세 1999년 제1기부터 2000년 제2기 과세기간동안 쟁점거래처로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 2007.12.13. 청구인에게 부가가치세 138,345,000원(1999년 제1기 29,369,540원, 1999년 제2기 27,048,450 원, 2000년 제1기 47,433,200원, 2000년 제2기 34,493,810원) 및 법인세 311,912,110원(1999사업연도 119,710,140원, 2000사업연도 192,201,970원)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 운송주선업자인 김○○는 1997.9.30. ○○통상을 상호로 개업하여 2004.6.30. 폐업하였으며, 김○○의 남편인 이○○는 ○○통상에서 소장의 직함으로 배차업무를 담당하던 중, 청구인의 요청을 받고 쟁점거래처로부터 차량을 지원받아 2년여 기간 동안 화주인 ○○주식회사로부터 청구인이 의뢰받은 ○○신공항 기반공사 현장의 화물운송용역을 알선하고, 용역대금은 당시 거래관행에 따라 매월 말일 경에 청구인의 계좌에서 인출하여 쟁점거래처에 현금으로 지급하고, 쟁점세금계산서를 정상적으로 교부받았으며, 이와 같은 사실은 증빙으로 제출한 거래명세서, 세금계산서, 입금표, 청구인계좌의 입출금 사본 및 ○○중공업 당시 현장소장이 공사현장별로 작성한 반입확인서 등에 확인되는 바, 처분청이 경기통운 대표의 허위진술만을 이유로 하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

○○통운 대표 김○○은 처분청의 자료상 조사시 제출한 전말서에서 청구인과의 거래사실을 부인하였으며, ○○통운이 처분청에 가공매입자료와 관련하여 고충민원을 청구하면서도 청구인 및 ○○통상과의 거래에 대하여는 실거래를 주장하지 아니하였고, ○○통운이 ○○은행계좌를 거래계좌로 사용한 사실이 확인되므로, 고액의 용역대금을 현금으로 지급하였다는 청구주장은 인정하기 어려우며, 청구인이 제출한 대금지급증빙, 거래사실확인서 및 진술서는 청구주장을 입증할 만한 객관적인 증빙으로 보기 어려운 바, 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 실지 제공받은 운송용역에 대하여 대금을 지급하고 쟁점세금계산서를 교부받았는지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(단서 생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항 의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호 의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(단서 생략)

○ 부가가치세법 시행령 제58조 【위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 교부】

② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.

⑦ 용역의 공급에 대한 주선․중개의 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 화물자동차운수사업법 제23조 【운송주선사업자의 준수사항】

① 운송주선사업자는 자기의 명의로 운송계약을 체결한 화물에 대하여 당해 계약금액 중 일부를 제외한 나머지 금액으로 다른 운송주선사업자와 재계약하여 이를 운송하도록 하여서는 아니된다.

② 운송주선사업자는 화주로부터 중개 또는 대리를 의뢰받은 화물에 대하여 다른 운송주선사업자에게 수수료 기타 대가를 받고 중개 또는 대리를 의뢰하여서는 아니된다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 이 건 관련 부가가치세 과세기간 동안의 법인세․부가가치세 신고내역 및 쟁점거래처 매입분 ○○중공업 매출분 신고내역은 아래 표와 같다.

(2) ○○세무서장이 ○○통운에 대하여 실시한 자료상혐의자 조사복명서(2005년 6월)에 의하면, 조사대상기간(1999년 ～ 2003년) 중의 총 매출세금계산서 교부액 9,731,354천원 중 1,385,977천원(전체의 14%)이 가공매출세금계산서인 것으로 조사된 바, ○○통운이 자료상 행위자에는 해당되지 아니하나, 김○○은 ○○세무서장에게 제출한 전말서(2006. 6.10.)에서 ○○통상의 김○○, 이○○ 및 청구인과는 거래한 사실이 전혀 없으며, ○○통상 대표 김○○에게 교부한 공급가액 124백만원 및 청구인에게 교부한 이 건 쟁점세금계산서 공급가액 417백만원의 쟁점세금계산서가 교부된 경위를 알지 못한다고 진술한 것으로 되어있다.

(3) 중부지방국세청장이 ○○운수에 대하여 실시한 자료상조사 종결보고서(2005년 11월)에 의하면, ○○운수의 매출처에 대한 소명내용을 검토한 바, 실지 운반용역은 이루어졌으나, 상대방 거래처에 대한 대금지급 관계가 명확하지 아니한 경우가 대부분이고, 운반비에 대한 현금거래가 운수․화물업계의 구조적인 관행으로 제도개선이 선행되어야 자료상 행위가 줄어들 것으로 판단되므로 ○○운수의 2000사업연도 매출액 중 쟁점세금계산서 거래분을 포함한 86.9%를 가공거래로 확정하여 ○○운수와 실행위자를 자료상행위자로 고발조치한 것으로 되어 있다.

(4) 청구인은 김○○ 본인이 청구인의 ○○중공업 공사현장에 투입한 차량에 대하여는 본인 명의의 세금계산서를 발행하였으나,화물자동차운수사업법제23조(운송주선업자의 준수사항)에서 규정하는 바, 운송주선업자가 운송계약을 체결한 화물에 대하여 다른 운송주선사업자에게 재알선하는 것을 금지하고 있으며 이를 위반시 영업정지 및 과태료 등의 처분을 받기 때문에 쟁점거래처가 투입한 차량에 대하여는 쟁점거래처 명의의 세금계산서를 청구인에게 직접 발행하도록 한 것이며, 김○○이 청구인 및 김○○와의 거래를 부인한 것에 대하여는 ○○통운과 김○○가 거래한 사실이 김○○가 폐업(2004.6.30.)한 직후인 2004.7.23.까지 ○○통운으로 용역대금을 입금받은 사실이 금융증빙에 의하여 확인되는 점 등에 비추어, 김○○이 이미 폐업한 사업자인 김○○의 요청으로 청구인에게 공급한 용역대가에 대하여만 이를 고의로 부인하는 허위진술을 한 것이므로, 이에 근거하여 과세한 이 건 부과처분은 부당하다고 주장하면서 관련 증빙을 제출한 바, 이에 대하여 본다. (가) 김○○의 구 ○○은행 및 ○○은행의 요구불 거래내역 등에 의하면, 1999.9.14.부터 2004.7.23.까지 36회에 걸쳐, 총 67,237,060원이 ○○통운으로부터 입금된 것으로 나타난다. (나) 청구인이 1999.4.26.부터 2000.11.30.까지 김○○의 구 ○○은행 계좌에 11회에 걸쳐 총 44,426,680원을 입금한 사실이 무통장입금증 등에 의하여 확인되는 바, 청구인은 이 금액이화물자동차운수사업법상 운송주선업자간에 화물운송 재알선이 금지되어 있어 세금계산서를 직접 교부할 수 없는 김○○에게 이 건 거래 당시 직접 운송비의 현금거래관행에도 불구하고, 쟁점거래처의 차량을 알선해 준 것에 대한 대가로 지급한 운송주선료라고 주장한다. (다) 청구인은 쟁점거래처로부터 실지 운송용역을 제공받았다고 주장하면서, 각 쟁점세금계산서(22매)에 대하여 이○○의 거래사실확인서, ○○통운의 명판이 날인된 거래사실확인원 및 거래명세서, ○○중공업 당시 현장소장이 공사현장별로 작성한 반입확인서, 김○○ 및 이○○가 서명한 입금표, 청구인의 계좌 ○○은행 입출금 내역이 나타난 통장 사본 및 금전출납부 사본 등을 증빙으로 제출한 바, 위 증빙 등에 나타나는 거래내역은 아래 표와 같으며, 통장사본, 금전출납부(1999 ～ 2000년), 입금표 및 현금장(2000년)에는 매월 말일 경에 청구인의 구 한빛은행 계좌에서 현금을 인출하여 같은 날짜에 현금으로 지급한 것으로 작성되어 있다. (라) 한편, 거래명세서에는 월별․거래일자별 쟁점거래처 소유차량번호, 출발지, 도착지 및 차량별․일자별 운송요금이 별도로 표시되어 있고, 거래명세서상 거래내역에 대하여 화물운송발주자인 ○○중공업이 작성한 반입확인서에는 공사명, 공사구간, 반출일자, 품명 및 규격, 수량, 단위, 중량, 반출처 및 차량번호가 기록되어 있으며, 입금표를 보면, ○○통운 거래분은 대표자 김○○ 명의로 영수인이 기재되어 있고, ○○운수 거래분은 ○○통상의 실질사업자 이○○ 명의로 기재되어 있다. (마) 이○○는 거래사실확인서(2007.9.10.)에서 청구인의 이 건 ○○통운 및 ○○운수 매입관련 배차를 직접 담당하였다고 진술하였으며, 진술서(2007.10.6.)에서 청구인의 전 대표자인 최○○와 알던 사이로 최○○의 승낙을 받아 ○○통상을 상호로 배우자인 김○○ 명의로 사업자등록을 하고, 청구인으로부터 운송알선을 의뢰받아 쟁점거래처로부터 차량을 지원받아 배차한 바, ○○통상 개인사업자 명의로 청구인에 매출세금계산서를 교부하였어야 하나, 운송주선업의 재알선 금지조항(화물자동차운수사업법제23조) 위반시 영업정지 및 과태료가 부과되므로 쟁점거래처로부터 청구인을 공급받는 자로 하여 쟁점세금계산서를 수취하여 청구인에게 교부하였으며, 대금은 청구인으로부터 현금으로 받아 쟁점거래처에 지급하였다고 진술하였다. (바) 청구인이 김○○를 피고로 하여 ○○지방법원에 제기한 손해배상청구의 소의 청구원인을 보면, 이 건 과세와 관련하여 김○○가 청구인으로부터 의뢰받은 운송을 완료하고 그에 따른 운송비를 수령하면서, 쟁점거래처로 하여금 공급받는 자를 청구인으로 하여 세금계산서를 청구인에게 교부하게 하여 처분청으로부터 이 건 부가가치세 및 법인세를 추징당하여 이를 납부한 바, 김○○는 이에 대한 손해를 배상할 책임이 있다고 되어 있으며, 위 소의 피고 김○○는 청구인의 청구취지에 대하여 인낙한 사실이 인낙조서에 의하여 확인된다.

(5) 살피건대, 처분청은 청구인이 대금을 실지 지급하였는지가 확인되지 아니하며, 쟁점거래처 중 김○○이 전말서를 통하여 청구인 및 김○○와 운송용역에 관한 일체의 거래를 한 사실이 없다고 진술한 바, 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 중부지방국세청장이 ○○운수에 대하여 실시한 자료상 조사 결과를 보면, 운반비에 대한 현금거래가 운수․화물업계의 구조적인 관행이었던 사실이 인정된 점, 청구인이 김○○를 상대로 제기한 손해배상청구의 소에 대하여 김○○가 청구인으로부터 의뢰받은 운송용역을 쟁점거래처가 최종적으로 수행하고 쟁점거래처 명의의 쟁점세금계산서를 교부받아 청구인에게 전달한 사실을 인정한 점, 청구인이 ○○중공업의 공사현장의 화물을 쟁점거래처의 차량을 이용하여 운송하고 대금을 현금으로 지급한 것에 대하여 ○○중공업이 작성한 반입확인서, 거래명세서, 입금표 및 청구인의 은행계좌 통장 사본 등의 증빙을 통하여 입증하고 있는 점 및 이 건 과세기간에 청구인의 ○○중공업에 대한 매출분이 신고된 점 등에 비추어, 김○○가 쟁점거래처로 하여금 청구인에게 실제 운송용역을 제공하도록 알선하고 그 대가로 운송주선료를 입금받았고, 청구인에게는 실제 용역을 제공한 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 청구인에게 준 것이라는 청구인의 주장이 신빙성이 있는 것으로 보이는 반면, 김○○이 전말서에서 일체의 거래사실을 부인한 것과는 달리, 1999년부터 2004년까지 김○○와 거래하고 운송대금을 입금한 한 사실이 김○○의 은행계좌 거래내역에 의하여 확인되는 점 및 청구인이 김○○를 피고로 하여 ○○법원에 제기한 손해배상청구의 소와 관련한 사실 등에 비추어 보면, 김○○의 진술의 신빙성이 있다고 보기 어려워 보인다. 다만, 쟁점거래처 중 ○○운수는 중부지방국세청장의 조사결과, 쟁점세금계산서를 교부한 2000년 제1기 및 제2기 과세기간동안의 매출액 대부분이 가공자료로 확정되어 자료상으로 고발된 점에 비추어, 청구인이 ○○운수로부터 교부받은 쟁점세금계산서에 대하여는 이를 실지 거래가 있었다고 보기 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 청구인이 ○○운수로부터 교부받은 공급가액 101,165,000 원의 세금계산서는 이를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것이 타당하다고 할 것이나, ○○통운으로부터 받은 쟁점세금계산서에 대하여는 처분청이 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구인에게 1999년 제1기․제2기, 2000년 제1기․제2기 부가가치세 및 1999․2000사업연도 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.