영업보상금에 대한 수정신고가 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것인지 여부.

○○세무서장이 2007.12.11. 청구법인에게 한 2005~2006사업연도 법인세 수정신고(경정청구)를 거부한 처분은 취소한다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 산00 (이하 ‘쟁점사업장’ 이라 한다) 소재에서 (주)○○석유라는 상호로 석유, 도 ․ 소매업을 영위하는 법인으로서 2005사업연도에 영업권 등 329,400천원(이하 ‘쟁점영업보상금’ 이라 한다)을 ○○공사로부터 지급받고 2005사업연도 법인세 신고시 누락하였다가 2007.3.21. 청구법인의 대표자로부터 등 금액을 회수하고 그에 따른 회계처리와 수정신고(2007. 3.31. 매출누락 익금산입, 대표자 상여처분)를 하고 세액을 납부하였다. 또한, 청구법인은 2007.11.14. 청구법인의 대표자가 쟁점영업보상금을 법인통장에 입금(입금일자: 2007. 3.21)한 사실을 근거로 소득처분을 유보로 변경하여 2005~2006사업연도 법인세 과세표준 수정신고서(경정청구)를 제출하였다. 처분청은 청구법인이 매출누락에 대한 소명안내를 받은 이후에 법인의 대표자로부터 해당금액을 회수한 것이므로 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것으로 보아 2007.12.11. 수정신고(경정청구)를 거부하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 처분청으로부터 쟁점영업보상금 매출누락에 대하여 경정이 있을 것을 미리 알만한 어떠한 형식의 공문이나 연락을 받은 사실이 없고, 청구법인 스스로 사외유출된 쟁점영업보상금을 대표자로부터 회수한 것으로 소득처분을 유보로 하여 제출한 2005~2006사업연도 법인세 과세표준 수정신고서와 원천징수세액 환급 신청은 정당함에도 이를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점영업보상금의 매출누락과 관련하여 처분청으로부터 어떠한 공문이나 관련사실을 통보받은 사실이 없다고 주장하고 있으나, 2007. 3. 6.부터 실시된 ○○지방국세청에 대한 감사원 감사 지적사항 처분 지시로 쟁점영업보상금 과세자료가 내려옴에 따라 2007. 3.13. 청구법인에게 유선으로 통화 후 팩스로 쟁점영업보상금 내역서를 발송하고 당시 법인 고문으로 있던 김○○에게 소명 요청한 바, 청구법인으로부터 쟁점영업보상금에 대하여 2005사업연도 법인세 과세표준 신고시 누락하였으며, 동 금액이 대표자에게 귀속되었음을 확인하였으며, 이에 2007. 3.31.까지 수정 신고할 것을 안내하였으므로 청구법인이 쟁점영업보상금을 대표자로부터 회수하고 수정신고를 제출한 것은 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입한 경우에 해당하므로 청구법인의 수정신고(경정청구)를 거부한 이 건 처분에 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점영업보상금에 대하여 수정신고 한 것은 경정이 있을 것을 미리 알고 한 것이라고 보아 수정신고(경정청구)를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준 신고서를 법정신고 기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

② (삭제, 1994. 12. 22.)

③ 과세표준 수정신고서의 기재사항 및 신고절차에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준 신고서를 법정신고 기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 후 2년 이내에 최초신고 및 수정 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 결정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준 신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (3) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타 사외유출 ․ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (4) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

④ 내국법인이 국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 법인세법시행령 부칙 제7조 【소득처분에 관한 적용례】(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호) 제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 처분청으로부터 쟁점영업보상금 매출누락에 대하여 경정이 있을 것을 미리 알만한 어떠한 형식의 공문이나 연락을 받은 사실이 없고, 청구법인 스스로 사외 유출된 쟁점영업보상금을 대표자로부터 회수한 것이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 2005. 7. 8. 청구법인은 쟁점영업보상금을 ○○공사로부터 수령하고 청구법인의 예금통장에 입금하였다가 2005. 7.19. 청구법인의 대표자인 한○○이 인출하여 개인통장에 입금하고도 2005사업연도 법인세 신고 시 누락하였다가 2007. 3.21. 청구법인의 대표자인 한○○으로부터 쟁점영업보상금을 회수하여 청구법인의 예금계좌로 이체한 후 2007. 3.31. 쟁점영업보상금 회수에 따른 세무조정 및 수정신고(매출누락 익금산입, 대표자 상여처분)한 후 2007.11.14. 청구법인이 대표자인 한○○으로부터 쟁점영업보상금을 회수한 사실을 근거로 대표자 상여처분을 사내유보로 하여 수정신고한 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다. (나) 2007. 3. 6.부터 2007. 3.31까지 감사원에서 ○○지방국세청에 대하여 업무감사를 실시한 사실이 확인된다. (다) 처분청이 쟁점영업보상금에 대하여 소명을 요구하였다는 김○○은 청구법인의 고문 및 종업원이 아닌 사실이 청구법인의 등기부등본, 근로소득원천징수부, 근로소득지급조서 등에 의하여 확인된다. (라) 처분청은 2007년 3월 중에 청구법인에게 유선 및 팩스로 쟁점영업보상금에 대하여 소명요구 하였다고 하나, 그 사실을 입증할 수 있는 근거서류인 통신기록 등을 제시한 사실이 없다. (마) 법인세법 시행령 제106조 제4항 에 의하면 ‘내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나, 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다’ 고 규정하고 있음을 알 수 있다.

(2) 위 사실 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인이 당초에 수정신고한 시점이 감사원에서 ○○지방국세청에 대하여 업무감사한 기간에 속하는 점으로 보아 어떤 형태로든 통보가 있었던 것으로 볼 정황은 있어 보이나, 처분청이 쟁점영업보상금에 대하여 소명을 요구하였다는 김○○은 청구법인의 고문 및 종업원이 아닌 사실이 청구법인의 등기부등본, 근로소득원천징수부, 근로소득지급조서 등에 의하여 확인되고, 청구법인에게 유선 및 팩스로 쟁점영업보상금에 대하여 소명을 요구 하였다는 처분청이 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관한 입증책임이 있음에도 청구법인에게 쟁점영업보상금에 대한 매출누락 여부에 대한 소명을 요구한 사실을 입증할 수 있는 통신기록 등의 제시가 없어 과세근거가 미약하다. 따라서 처분청은 청구법인이 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 청구법인의 수정신고(경정청구)를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.