토지 임대용역을 부당하게 낮은 이율로 제공하였는지 여부

○○세무서장이 2007.12.24. 청구인에게 한 2002년 2기분 부가가치세 4,172,790원 2003년 1기분 부가가치세 3,081,310원, 2003년 2기분 부가가치세 3,042,370원 2004년 1기분 부가가치세 2,879,890원, 2004년 2기분 부가가치세 2,327,620원 2005년 1기분 부가가치세 3,012,820원, 2005년 2기분 부가가치세 2,952,830원, 2006년 1기분 부가가치세 3,728,780원, 2006년 2기분 부가가치세 3,646,000원 과세처분은 부가가치세법 제13조 제1항 제3의2호의 규정에 따른 쟁점토지 임대용역의 공급에 대한 시가 산정시 쟁점토지 중 청구인이 특수관계에 있는 주식회사 ○○교통 및 ○○교통주식회사에게 제공한 부분(특수관계에 있지 아니한 합자회사 ○○여객에게 임대한 부분을 제외) 및 쟁점토지의 2003.8.18. 이후 면적을 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 주식회사 ○○교통(이하 “청구외법인”이라 한다)의 대표이자 ‘○○극장’이라는 상호로 부동산임대업을 영위하는 사업자로. 2002.1.1 ~2006.12.31. 청구외법인에게 청구인 소유의 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 대 1,111㎡(2003.8.18. 이전에는 1,270㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 임대하고, 부가가치세 신고시 과세표준을 2004.12.31.까지는 월 800,000원 이후부터 2006.12.31.까지는 월 880,000원으로 산정하였다.
• 나. 처분청은 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 특수관계에 있는 자인 청구외법인에게 쟁점토지를 부당하게 낮은 대가를 받고 공급하였다고 보아, 부가가치세법 제13조 제1항, 동법 시행령 제50조 제1항 제2호 제52조 제1항에 따라 아래 표와 같이 쟁점토지에 대한 개별공시지가의 100분의 50에 정기예금이자율(3.6~4.6%)을 곱하여 산출한 금액으로 과세표준을 계산하여 2007.12.24. 청구인에게 2002년2기분 부가가치세 4,172,790원, 2003년 1기분 부가가치세 3,081,310원, 2003년 2기분 부가가치세 3,042,370원, 2004년 1기분 부가가치세 2,879,890원,2004년 2기분 부가가치세 2,327,620원, 2005년 1기분 부가가치세 3,012,820원, 2005년 2기분 부가가치세 2,952,830원, 2006년 1기분 부가가치세 3,728,780원, 2006년 2기분 부가가치세 3,646,000원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.9. 심판청구를 제기하였다. (표) 처분청의 부당행위계산 부인 내역 (단위: %, 원) 과세기간 공시지가 × 1/2 정기예금이자율 과세표준 2002년 1기 1,111,250,000 4.6 25,348,678 2002년 2기 25,768,822 2003년 1기 4.5 23,144,445 2003년 2기 23,528,055 2004년 1기 23,144,445 2004년 2기 3.6 20,166,904 2005년 1기 1,422,400,000 25,392,763 2005년 2기 25,813,637 2006년 1기 1,555,750,000 4.2 32,402,223 2006년 2기 32,939,277

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 특수관계에 있는 자인 청구외법인(사업자번호: ○○○-○○-○○○○○)에게 임대하면서 임대료를 2004.12.31.까지는 버스 1대당 월 40,000원(총 800,000원 = 40,000원 × 20대), 이후부터 2006.12.31.까지는 버스 1대당 월 44,000원(월 880,000원 = 44,000원 × 20대)으로 하였던 반면, 특수관계에 있지 아니한 합자회사 ○○여객(사업자번호: ○○○-○○-○○○○○, 이하 “비교①법인”이라 한다)에게 임대하면서 임대료를 2004.12.31.까지는 버스 1대당 월 30,000원(총 450,000원 = 30,000원 × 15대), 이후부터 2006.12.31.까지는 버스 1대당 월 33,000원(월 495,000원 = 33,000원 × 15대)으로 하였던바, 청구인은 특수관계에 있는 자인 청구외법인에게 오히려 고가로 임대하였다고 볼 수 있으므로 부당하게 낮은 이율로 대여하였다고 볼 수 없고, 청구외법인, 비교①법인 ○○교통주식회사(사업자번호: ○○○-○○-○○○○○,이하 “비교②법인”이라 한다)가 쟁점토지를 공동으로 임차하여 사용하였음에도 청구외법인이 모두 임차하였다고 보아 시가를 산정함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인, 비교②법인은 쟁점토지를 정류지 및 차고지로 이용하고 있는 반면, 비교①법인은 단지 버스승객의 단순 승하차 목적으로 쟁점토지 중 도로에 연접된 부분에 설치된 정류장 시설 일부만을 이용할 뿐이어서 비교①법인과의 거래를 유사한 거래내역으로 보기 어렵고, 청구인과 청구외법인, 비교②법인은 모두 특수관계에 있어서 안분계산할 실익이 없다 할 것이므로 이 건 과세처분은 정당하다, 처분청은 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 특수관계에 있는 자인 청구외법인에게 쟁점토지를 부당하게 낮은 대가를 받고 공급하였다고 보아, 부가가치세법 제13조 제1항, 동법 시행령 제50조 제1항 제2호, 제52조 제1항에 따라 쟁점토지(2002.1.1.~2006.12.31. 모두 1,270㎡로 계산)에 대한 개별공시지가의 100분의 50에 정기예금이자율(3.6~4.6%)을 곱하여 산출한 금액을 시가로 산정하여, 2007.12.24. 청구인에게 이 건 과세처분을 하였다.

• 가. 쟁 점 청구인이 특수관계에 있는 청구외법인에게 쟁점토지 임대용역을 부당하게 낮은 이율로 제공하였다고 보아 부당행위계산 부인을 함에 있어 적정하게 시가를 산정하였는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 (2) 부가가치세법 시행령 제50조【시가의 기준】

① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법 시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법 시행령제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격 제52조【부당대가 및 에누리 등의 범위】

① 법 제13조 제1항 제3호 및 제3호의 2에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 낮은 대가로 한다. (3) 소득세법 시행령 제98조【부당행위계산의 부인】

④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법 시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다. (4) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가 법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항 ․ 제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 1.유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

(5) 상속세 및 증여세법 제61조【부동산 등의 평가】

① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 청구외법인의 대표이자 ‘○○극장’이라는 상호로 부동산임대업을 영위하는 사업자로, 2002.1.1.~2006.12.31. 청구외법인에게 쟁점토지를 임대하면서 차임을 2004.12.31.까지는 월 800,000원, 이후부터 2006.12.31.까지는 월 880,000원으로 하여 부가가치세 신고시 과세표준으로 산정하였다. 처분청은 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 특수관계에 있는 자인 청구외법인에게 쟁점토지를 부당하게 낮은 대가를 받고 공급하였다고 보아, 부가가치세법 제13조 제1랑, 동법 시행령 제50조 제1항 제2호, 제52조 제1항에 따라 쟁점토지(2002.1.1.~2006.12.31. 모두 1,270㎡로 계산)에 대한 개별공시지가의 100분의 50에 정기예금이자율(3.6~4.6%)을 곱하여 산출한 금액을 시가로 산정하여, 2007.12.24. 청구인에게 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 청구외법인에게 임대하면서 임대료를 2004.12.31.까지는 버스 1대당 월 40,000원, 이후부터 2006.12.31.까지는 버스 1대당 월 44,000원으로 하였던 반면, 특수관계에 있지 아니한 비교①법인에게 임대하면서 임대료를 2004.12.31.까지는 버스 1대당 월 30,000원, 이후부터 2006.12.31.까지는 버스 1대당 월 33,000원으로 하였던바, 특수관계에 있는 청구외법인에게 오히려 고가로 임대하였다고 볼 수 있고, 청구외법인, 비교①법인, 비교②법인이 쟁점토지를 공동으로 임차하여 사용하였음에도 청구외법인이 모두 임차하였다고 보아 시가를 산정함은 부당하다고 주장한다.

(3) 살피건대, 부가가치세법 제13조 제1항, 동법 시행령 제50조 제1항 제2호, 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호, 같은 조 제4항, 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제1호 에 의하면 사업자가 특수관계 있는 자에게 부당하게 낮은 대가로 용역을 공급한 경우 처분청은 공급한 용역의 시가로 과세표준을 계산할 수 있고, 이 경우 용역의 시가는 당해 자산에 대한 공시지가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액으로 계산하여야 한다.

(4) 처분청이 제출한 법인사업자 조사종결보고서, 종합소득세 결의서, 부당행위계산의 부인내역, 쟁점토지 등기부등본에 의하면 처분청은 청구인이 특수관계자인 청구외법인, 비교②법인에게 부당하게 낮은 이율로 쟁점토지를 제공하였다고 보아 그 시가를 산정함에 있어서 쟁점토지의 공동임차인으로 청구인과 특수관계에 있지 아니한 비교①법인의 임차와 관련된 부분을 제외하지 아니하고 쟁점토지 전체 면적을 기준으로 한 사실, 쟁점토지의 면적은 1,270㎡에서 2003.8.18. 이후 1,111㎡로 변경되었음에도 처분청은 2003.8.18. 이후 분 시가산정시에도 쟁점토지의 면적을 1,270㎡로 산정한 사실이 확인되므로 처분청이 쟁점토지의 2003.8.18. 이후 면적을 1,270㎡로 하고. 쟁점토지 중 청구인이 특수관계 있는 자에게 제공한 부분을 포함하여 이 건 시가를 산정함은 부당하다고 보인다.

(5) 따라서, 이 건 과세처분은 쟁점토지 중 청구인이 특수관계에 있는 청구외법인, 비교②법인에게 제공한 부분(비교①법인에게 제공한 부분 제외) 및 쟁점토지의 2003.8.18. 이후 면적을 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.