공급시기이후에 교부된 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분

○○○세무서장이 2007.11.19. 청구인에게 한 2006년 제2기 부가가치세 21,865,910원의 부과처분은 청구인이 2006.7.25. 주식회사 ○○○○○로부터 교부받은 공급가액 487,643,000원의 세금계산서와 2006.10.12. ○○건설로부터 교부받은 공급가액 86,100,000원의 세금계산서상 매입세액을 공제하여 그 세액을 경정한다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 000-00 소재 주식회사 ○○○○ 공장건물(이하 “쟁점건물”이라 한다) 2, 3층 증축공사(이하 “쟁점공사1”이라 한다)와 관련하여 2006.7.25. 주식회사 ○○○○○로부터 교부받은 공급가액 487,643천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서1”이라 한다) 및 쟁점건물 지하층 개보수공사(이하 “쟁점공사2”라 하고, 쟁점공사1, 2를 “쟁점공사”라 한다)와 관련하여 2006.10.12. ○○건설로부터 교부받은 공급가액 86,100천원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서2”라 하고, 쟁점세금계산서1, 2를 “쟁점세금계산서”라 한다)를 각각 교부받고, 2006년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서 관련매입세액을 공제하여 신고․납부하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 2007.11.9. 청구인에게 2006년 제2기 부가가치세 21,865,910원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법상 완성도기준지급조건부용역이라 함은 당해 건설용역의 제공이 완료되기 전에 그 대가를 완성도에 그 대가를 분할하여 받기로 하는 약정에 의하여 공급하는 것을 말하고, 중간지급조건부용역이라 함은 용역을 공급하는 경우 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날로부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우인 바, 쟁점공사1은 실제 공사기간이 2006.2.22.부터 2006.7.18.까지인 6개월 미만의 단기공사로 중간지급조건부공사가 아니고, 또한 대금지급일자 등이 명시되어 있지 아니하고 공사기성고의 확인절차없이 대금을 지급한 것으로 자금지원목적의 선급성 금액이며, 이는 완성도기준지급조건부 공사로도 볼 수 없는 것이므로 쟁점세금계산서1은 용역의 제공이 완료된 때에 교부받은 정당한 세금계산서이며, 한편, 쟁점공사2는 실제 공사기간이 1년 이상이 소요되었으나 지하층의 특수성으로 인하여 누수 및 결로현상이 발생하여 수차례의 보수공사에 따른 부득이한 사유로 인하여 공사계약서상 공사기간보다 지연된 것이므로 당해 공사는 중간지급조건부 또는 완성도기준지급조건부 공사로 볼 수 없고, 따라서 쟁점세금계산서2는 용역의 제공이 완료된 때에 교부받은 정당한 세금계산서이므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점공사1의 경우 청구인이 2006.2.21. 주식회사 ○○○○○과 쟁점건물 2, 3층 증축공사계약을 체결한 후, 기계설비 설치를 포함한 공사를 2006.5.3. 이전에 완료하고 2006.5.3. 임차인과 임대차계약을 체결한 바, 도급계약서상 실질적인 용역이 2006.4.30. 모두 완료되었음에도 사용승인이 지연된다는 이유로 잔금청산일인 2006.7.25. 교부받은 쟁점세금계산서1은 공급시기 이후 발행된 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 쟁점공사2는 청구인이 2005.12.9. ○○건설과 쟁점건물 지하층 개보수공사계약을 체결한 후, 2005년말 완공하여 임차인이 2005년말 입주하여 사용하였음에도 2006.10.12. 교부받은 쟁점세금계산서2는 공급시기 이후 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점건물 2, 3층 층축공사와 지하층 개보수공사를 실시하고 교부받은 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정된 것) 제9조【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우 (3) 부가가치세법 시행규칙 제9조【재화 또는 용역의 공급시기】① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점공사와 관련하여 2006.7.25. 주식회사 ○○○○○로부터 교부받은 쟁점세금계산서1 및 2006.10.12. ○○건설로부터 교부받은 쟁점세금계산서2를 각각 교부받아 2006년 제2기 부가가치세 신고시 관련매입세액을 공제하여 신고․납부하였고, 처분청은 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 이 건 부가가치세를 경정․고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점공사1은 공사기간이 6개월 미만인 단기공사로서 동 공사계약은 건축공사표준계약서에 의하여 작성된 것이고, 공사대금을 착공시, 골조완료시 및 사용승인허가 완료 후로 분할하여 지급하였으나, 대금지급일자 등이 구체적으로 명시되어 있지 아니하고 공사대금은 공사기성고의 확인절차없이 지급한 자금지원목적의 선급금 형식으로서 쟁점공사1계약은 중간지급조건부계약 또는 완성도기준지급조건부계약으로 볼 수 없으며, 쟁점공사2는 실제 공사기간이 1년 이상 지연되었으나 지하층 공사의 특수성으로 인하여 수차례의 보수공사를 실시한 부득이한 사유로 인하여 공사가 지연된 것이므로 쟁점공사2계약은 중간지급조건부계약 또는 완성도기준지급조건부계약으로 볼 수 없으므로, 쟁점세금계산서는 용역의 제공이 완료되는 때에 교부받은 정당한 세금계산서라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점공사의 표준도급계약서 내용을 살펴보면, 쟁점공사1계약서에는 공사명은 쟁점건물의 증축공사이고, 공사기간은 2006.2.22.부터 2006.4.30.까지의 기간이며, 계약금액은 480,000천원(확정금액 487,643천원)으로 대금지급조건은 공사착공시 20%를, 골조공사 완료시 50%를, 사용승인허가 완료 후 30%를 지급한다고 약정되어 있으며, 쟁점공사2계약서에는 공사명은 쟁점건물 지하층 개보수공사이고, 공사기간은 2005.12.9.부터 2005.12.31.까지의 기간이며, 계약금액은 86,100천원으로 대금지급조건은 선금 30%를, 기성금 50%를, 완공시 20%를 지급한다고 기재되어 있다. (나) 청구인이 2006.7.25. 주식회사 ○○○○○ 및 2006.10.12. ○○건설로부터 각각 교부받은 쟁점세금계산서 및 공사대금지급현황을 살펴보면 아래와 같으며, 쟁점공사1은 계약서상 공사기간이 2006.2.22.부터 2006.4.30.까지로 되어 있으나 공사가 지연되어 2006.7.25.에 잔금이 지급된 것으로 나타나고, 쟁점공사2는 계약서상 공사기간이 2005.12.9.부터 2005.12.31.까지로 되어 있으나, 공사가 지연되어 2006.11.9.에 잔금이 지급된 것으로 나타난다.

○○○ (다) 청구인과 주식회사 ○○○○간에 체결된 쟁점건물의 임대차계약내용을 살펴보면, 2004.7.10. 1차 임대차계약은 임대차기간은 2004.7.31.부터 2008.7.31.까지의 기간이고, 임대물건은 쟁점건물 1층(977㎡), 2층(375㎡)이며, 보증금은 80,000천원, 월임대료은 8,000천원으로 되어 있고, 2005.12.9. 2차 임대차계약은 임대차기간은 인도일로부터 24개월이고, 임대물건은 쟁점건물 지하1층(123평), 2층 신축부분(200평)이며, 보증금은 72,300천원, 월임대료은 7,230천원으로 지하1층은 2005년 12월중, 2층 신축부분은 2006년 2월중에 사용할 수 있도록 노력한다고 되어 있으며, 2006.5.3. 3차 임대차계약은 임대차기간은 가사용승인일부터 24개월이고, 임대물건은 쟁점건물 3층 신축부분 전체(240평)이며, 보증금은 60,000천원, 월임대료는 6,000천원으로 임대료 기산일은 2차 임대차계약서 체결부분(200평)을 포함하여 가사용승인일로 한다고 약정되어 있다. (라) 쟁점건물의 부가가치세 신고내역 및 임대료 입금내역서는 아래표와 같으며 이를 보면, 쟁점건물의 2, 3층 신축부분은 2006.7.18.부터 임대한 것으로 나타난다.

○○○ (마) 청구인은 쟁점건물 증축과 관련하여, 2006.7.7. ○○도 ○○시 ○○○청장으로부터 임시사용승인서를 교부받은 것으로 임시사용승인서에 나타나고, 쟁점건물의 증축 완공일로부터 20일 이내인 2006.8.7. 취득세 10,851,250원을 납부한 사실이 납부영수증에 의하여 확인된다. (바) 쟁점건물 임차인인 주식회사 ○○○○ 대표이사 이○○이 2007년 12월에 작성한 사실확인서 내용에 의하면, 2005.12.9. 청구인과 2차 임대차계약(지하층 및 2층 신축부분)을 체결하면서 2006년 2월중에 사용할 수 있도록 계약하였으나, 공사지연으로 인하여 실제 사용을 못하였고, 2006.5.3. 3차 임대차계약(지상 3층 신축)을 체결하였으나 공사지연으로 사용을 못하고 2006.7.7. 임시사용승인을 받았다는 내용이 나타난다. (사) 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은 법 시행령 제22조에서 용역의 공급시기를 구분하여 통상적인 용역의 공급인 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때로, 완성도기준지급조건부․중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 규정하고 있고, 건설용역을 공급함에 있어 건설공사기간에 대한 약정만 체결하고 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우 용역의 공급시기를 당해 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때(부가가치세법 기본통칙 9-22-3 참고)로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 쟁점공사 계약당시 예정한 공사기간이 6개월 이내에 불과한 점, 계약서에 계약금 외에 기성금을 지급하는 것으로 기재되어 있으나 기성고 지급조건인 경우 공사진척도를 확인하고 이에 따라 공사대금을 청구하여야 하나 건축공사표준계약서에 의하여 작성한 쟁점공사계약에는 대금지급일자 등이 구체적으로 명시되어 있지 아니한 점, 공사완료 전에 지급한 공사대금도 공사기성고에 대한 확인신청 및 그에 대한 확인절차없이 지급한 금액으로 자금지원목적의 선급금으로 보이는 점, 쟁점공사1은 2006.7.25.에 공사잔금이 지급되고, 쟁점공사2는 지하층 공사의 특수성․쟁점공사1의 지연으로 인하여 2006.8.7. 공사잔금(부가가치세만 2006.11.9. 정산)이 지급된 것으로 보아 공사를 지연한 불가피한 사유가 있었다고 인정되는 점, 쟁점건물 2층(신축부분), 3층에 대한 임대료가 임시사용승인일(2006.7.7.) 이후인 2006.7.18.부터 발생한 점, 쟁점공사와 관련한 취득세가 완공 후 20일 이내인 2006.8.7. 납부된 점 등을 감안하면, 쟁점공사는 완성도기준지급조건부 또는 중간지급조건부 공사가 아니라 통상적인 공사용역의 공급에 해당하는 것으로 보이는 만큼 역무의 제공이 완료되는 때로 인정되는 잔금지급일인 2006.7.25. 교부받은 쟁점세금계산서1은 정당한 세금계산서이고, 마찬가지로 역무의 제공이 완료된 때로 보이는 잔금지급일(2006.8.7.) 이후이고 당해 공급시기가 속하는 과세기간내인 2006.10.12. 교부받은 쟁점세금계산서2 또한 정당한 세금계산서에 해당되어 결국 쟁점세금계산서상 매입세액은 공제대상이다.

(4) 그렇다면, 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.