세무조사결과통지서를 받고 수정신고하자 이를 불인정하고 실지거래가로 과세한 처분

심판청구를 기각합니다.

청구인은 ○○광역시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○○-○외 3필지의 토지 (같은리 ○○○-○ 전 2,681㎡, 같은리 ○○○-○ 답 1,478㎡, 같은리 ○○○-○ 답 992㎡, 같은리 ○○○-○ 전○○○㎡, 이하 󰡒쟁점토지󰡓라 한다)를 1989.6.4. 취득하여 2004.8.20. 양도한 후 실지거래가액으로 양도차익을 산정(양도가액 144,000천원, 취득가액 132,000천원, 양도차익 12,000천원)하여 2004.10.31. 2004년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였고, 처분청은 쟁점토지를 청구인으로부터 양수한 정○○의 양도소득세 신고내용을 근거로 쟁점토지의 양도당시 실지거래가액이 509,000천원인 사실을 확인하고 2007.10.2. 위 실지양도가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세할 것을 내용으로 하는 세무조사결과 통지서를 청구인에게 발송하였다. 청구인은 2007.10.31. 기준시가로 양도차익을 산정(양도가액 143,944천원, 취득가액 30,902천원, 양도차익 112,114천원)하여 2004년 귀속 양도소득세 수정신고를 하였고, 처분청은 이를 거부하고 2007.11.9. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 111,539,220원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.5. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 양도소득세 예정신고시 사실과 다른 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 과세표준 신고 후 법정 수정신고기한내에 기준시가에 의한 방법으로 정정 계산한 과세표준을 수정신고하였으나, 처분청이 이를 무시하고 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 당초 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 하였으나 처분청이 2007년 9월 청구인에 대한 양도소득세 조사를 착수하여 실계약서에 의해 2007.10.2. 과세예고통지한 후 청구인이 기준시가로 수정신고한 것은 허위계약서가 발각된 것을 인지하여 기준시가로 수정신고한 것이며 양도소득세 확정신고기간은 이미 경과하였으므로 허위계약서 발각을 인지하고 확정신고기한 경과후 기준시가로 양도차익계산방법을 변경하는 것은 수정신고 대상이 되지 아니하므로 소득세법 제114조 의거하여 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 실지거래가액에 의하여 양도소득세 예정신고를 하였다가 세무조사결과통지서를 받고 기준시가에 의하여 한 양도소득세 수정신고를 거부하고 처분청이 확인한 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

○ 소득세법 제96조 【양도가액】(2004.12.31 법률 제7319호로 개정되기 전의 것)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하󰡒실지거래가액󰡓이라 한다)에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정･경정 및 통지】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장은 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득세과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득세과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2004.8.20. 쟁점토지를 양도한 후 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2004년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다가 확인된 실지양도가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세할 것이라는 처분청의 세무조사결과통지서 발송(2007.10.2.후인) 2007.10.31. 기준시가로 양도차익을 산정하여 2004년 귀속 양도소득세 수정신고를 하였으나, 처분청이 이를 거부하고 청구인에게 양도소득세를 경정고지한 사실이 처분청 심리 자료에 나타난다.

(2) 청구인은 양도소득세 예정신고시 사실과 다른 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 과세표준 신고후 법정 수정신고기한내에 기준시가에 의한 방법으로 정정 계산한 과세표준을 수정신고하였으나, 처분청이 이를 무시하고 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 거주자는 소득세법 제96조 제1항 본문이 적용되는 기준시가 과세대상 부동산이라 하더라도 소득세법 제96조 제1항 제6호 에 따라 실지거래가액에 의하여 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 할 수 있고, 이때 납세지 관할 세무서장은 당해 신고가액과 다른 실지거래가액이 확인되면 소득세법 제114조 제4항 단서규정에 따라 그 확인된 가액으로 양도소득 과세표준과 세액을 경정할 수 있는 것이므로, 청구인이 실지거래가액에 의하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 기준시가에 의하여 양도소득 과세표준 수정신고를 하였다고 하더라도 처분청으로서는 확인된 실지거래가액에 의하여 쟁점토지의 양도소득 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것이다(국심2006전936, 2006.9.6. 합동회의결정 참조).

(4) 따라서, 처분청이 청구인의 수정신고를 인정하지 아니하고 확인한 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.