1세대1주택 비과세 판정시 재건축조합원 입주권을 주택수에 포함하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 1999.11.30. 취득한 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○아파트 105동 1803호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2006.9.19. 양도하고 양도소득세 42,885,720원을 신고·납부하였다가, 2007.8.28. 쟁점아파트의 양도소득이 1세대 1주택의 양도로 인하여 발생한 비과세양도소득에 해당한다고 주장하면서 동 납부세액을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시 청구인의 배우자 조○○(이하 “조○○”이라 한다)이 2006.6.29. ○○○○주택 재건축정비사업관리처분계획이 인가된 경기도 ○○시 ○○동 ○○○빌라 5동 206호(이하 “쟁점외아파트”라 한다)의 조합원입주권을 보유하고 있었으므로 청구인 세대가 2주택을 보유한 상태에서 쟁점아파트를 양도한 것으로 보고 2007.10.15. 청구인의 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.31. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2005.5.31. 개정되기 이전의 소득세법시행령 제155조 제16항 및 제166조 제5항에서 재건축은 재개발과 달리 “사업시행인가일”을 기준으로 조합원의 지위를 얻는 것으로 판단하였으나, 2005.5.31. 개정된 이후 동 법시행령 제155조 제16항 및 제166조 제5항에서 재건축도 재개발과 같이 “사업시행인가일”에서 “관리처분계획의 인가일‘로 변경하였고, 동법시행령 개정시행령 부칙 제4항의 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치에서 “이 영 시행전에 토지 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.“라고 규정하고 있으므로 쟁점외아파트 지역 주택재건축사업은 개정시행령 시행일인 2005.5.31. 이전인 2005.5.16. 도심 및 주거환경정비법 제28조의 규정에 의하여 사업시행인가를 받았으므로 개정규정이 아닌 종전규정을 적용받아 도시 및 주거환경정비법 제28조 의 사업시행인가일에 조합원의 지위를 취득한 것으로 보아야 하고, 따라서 쟁점아파트는 1세대 1주택 양도소득세 비과세요건을 갖춘 것으로 보아 이 건 양도소득세는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 2005.12.31. 개정된 소득세법 제89조 제2항 및 같은법 부칙 제12조에서 1세대 1주택 비과세 판단시 2006.1.1. 이후에 관리처분계획인가를 받았거나 조합원입주권을 취득한 경우 조합원입주권도 주택수에 포함되도록 규정하고 있고, 재건축사업의 경우 도시정비법 규정에 의거 2003.7.1.부터 2005.5.30.까지는 ‘사업시행인가일’이, 2005.5.31. 이후에는 ‘관리처분계획인가일’이 권리변환시기로 되어 있으며, 청구인의 경우와 같이 사업시행인가일과 관리처분계획인가일이 서로 다른 경우 개정 소득세법에서 별도로 정한 경과규정이 없는 바, 쟁점아파트의 양도 당시 청구인 세대의 주택수는 쟁점아파트외에 조합원입주권을 포함시켜 1세대 2주택인 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당한 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점아파트 양도당시 배우자가 소유하고 있던 재건축조합원입주권을 주택수에 포함하여 쟁점아파트의 양도를 1세대 2주택의 양도로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 신설) (2) 소득세법 부칙 (2005. 12. 31. 법률 제7837호) 제1조 【시행일】 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제12조 【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다 (3) 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (4) 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

(17) 법 제89조 제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 1개 소유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우 (5) 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 이전의 것)

(16) 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. (6) 소득세법시행령 개정시행령 부 칙 (2005. 5. 31. 대통령령 제18850호)

① 【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

④ 【주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치】 이 영 시행전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점아파트를 2000.1.15. 취득하여 2006.9.19. 양도한 사실 및 청구인의 배우자 조○○이 쟁점외아파트를 2002.5.2. 취득하여 보유하다가 2006.3.3. ○○주택 재건축정비사업조합에 신탁한 사실이 각각의 등기부등본에 의하여 확인되고, 청구인 세대가 쟁점아파트를 양도할 때까지 쟁점외아파트의 조합원입주권을 보유하고 있었다는 사실에는 처분청과 다툼이 없다.

(2) 청구인이 1999.12.6. 쟁점아파트에 전입하여 2006.9.18.까지 거주한 사실이 주민등록표에 의하여 확인된다.

(3) 경기도 ○○시장이 도시 및 주거환경정비법 제28조, 제48조 및 제49조의 규정에 따라 2005.5.16. ○○○○주택 재건축정비사업시행을 인가한 사실이 ‘○○시 고시 제2005-○○호’에 의하여 확인되고, 2006.6.29. ○○○○주택재건축정비사업 관리처분계획을 인가한 사실이 ‘○○시고시 제2006-○○호’에 의하여 확인된다.

(4) 살피건대, 청구인 세대는 쟁점아파트를 양도한 2006.9.19.까지 동 아파트와 쟁점외아파트의 조합원입주권을 각각 보유하고 있었으므로 2005.12.31. 개정된 소득세법 제89조 제2항 및 같은 법 부칙 제12조가 적용되어야 하고 동 법은 1주택을 소유하던 1세대가 동 주택을 양도한 경우 그 양도소득에 대한 비과세 적용여부를 판단할 때에는2006.1.1. 이후에 재건축정비사업 관리처분계획인가를 받았거나 조합원입주권을 취득한 경우 조합원입주권도 주택수에 포함하도록 규정하고 있으며, 재건축사업의 경우 도시정비법 규정에 의거 2005.5.31. 이후에는 조합원입주권이 주택으로 전환되는 시점이 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획인가일로 규정하고 있는 바, 쟁점외아파트 관련 주택재건축사업의 관리처분계획이 2006.6.29. 인가되었으므로 청구인이 쟁점아파트를 양도한 2006.9.19. 당시에 청구인 세대는 쟁점아파트와 조합원입주권이 주택으로 전환된 다른 주택을 소유한 것으로 확인되기 때문에 소득세법시행령 제155조 제16항 등의 규정에 의하여 청구인 세대가 1세대 1주택을 양도하였으므로 쟁점아파트의 양도소득에 대하여 비과세하여야 한다는 청구인의 주장은 받아 들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.