건물을 과세사업에서 면세전용한 것으로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2006.1.1. 부동산임대사업자로 등록한 개인사업자로서, 2006년 1월 ○○○호를 취득(가액 379,421,000원, 이하 “쟁점1건물”이라 한다)하여○○○에게 임대하다가, 2006.12.1. 쟁점병원을 청구인과 이세영이 공동으로 운영하는 공동사업자로 사업자등록을 정정하였고, 2007년 1월에 같은 건물의 401호~404호·406호·409호·410호·501호~510호를 취득(가액 1,573,823,340원, 이하 “쟁점2건물”이라 한다)하여 쟁점병원 등에 임대한 후, 2006.1기 및 2007.1기 과세기간 중 쟁점1·2건물의 취득과 관련한 매입세액(2006.1기 37,942,100원 및 2007.1기 157,382,340원)을 공제받는 것으로 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 부가가치세 현지확인조사를 실시하여 쟁점병원의 공동사업자 이○○○이 2007.4.2. 탈퇴하였으므로 청구인 단독으로 병원을 운영하는 것으로 보아 2006.1기 및 2007.1기 과세기간 중 공제받은 매입세액에 대해 면세전용비율에 의해 재계산하여 매출세액에서 불공제하고 신고누락한 임대수입금액에 대한 과세표준을 산정하여 2007.10.11. 청구인에게 2007.1기 부가가치세 156,829,620원을 결정고지하였다(심판청구기간 중 타인소유 건물로 확인된 면적을 재계산하여 세액 14,888,370원을 감액 경정함). 청구인은 이에 불복하여 2008.1.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2006년 1월 취득한 건물을 쟁점병원(대표자 이○○○)에 임대하고 차후 병원의 공동사업자로 참여하기로 하였는데 의원급에서 병원급의 확장에 필요한 건물(5층)을 용도변경하기 위해서는 구분건물주들의 동의(85%)를 받는 등 많은 시일이 소요되고, 2007년 4월 공동사업자 이○○○이 개인병원을 개설하기 위한 갑작스럽게 탈퇴하여 현재의 공동사업자 하○○○과 공동사업에 대한 약정을 맺고 296백만원의 출자를 받아 추가로 건물을 취득하였는데 용도변경승인일이 불확정하여 하○○○을 폐업하지 못하여 공동사업자로 등록을 하지 못하였으며, 2007.7.6. 용도변경이 승인되어 상호를 ○○○으로 변경하고 2007.10.18. ○○○을 폐업한 후 공동사업자로 등록을 정정하였는 바, 처분청이 현지확인조사시 명의가 공동사업자로 되어 있지 않았다 하여 취득한 건물을 면세사업전용재화로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 부동산임대업을 영위하는 사업자로서 쟁점병원에 대해 공동사업자로 등록하여 쟁점병원을 운영하다가 2007.4.2. 청구인이 단독으로 운영하는 것으로 사업자등록을 정정하였고, 2007년 8월 현지확인시에도 변동사항없이 운영 중이었으며, 2007.10.18. 보건소에, 2007.10.30. 처분청에 청구인의 동생 하○○○을 공동사업자로 하여 등록을 정정하였는 바, 2007.4.2. 하○○○과 작성한 약정서는 공증을 받지 않아 실질적인 것인지가 불투명하고 하○○○은 2006.12.1.부터 2007.7.10.까지 같은 건물의 505호·506호·507호에서 ○○○을 운영하여 2007년 6월말까지 신용카드매출액이 발생하였으며, 2007.4.2.부터 쟁점병원의 공동대표자로 사업을 영위한 사실을 확인할 수 있는 입증자료가 없으므로, 이 건 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점병원을 공동으로 운영하다가 2007.4.2.부터 단독으로 운영하였음을 전제로 쟁점건물을 과세사업(부동산임대업)에서 면세사업(병원)으로 전용한 것으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제15조 【자가공급의 범위】

① 법 제6조 제2항에 따라 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. (2006.12.30. 신설)

○ 부 칙(2006.12.30. 법률 제8142호) 제4조【면세사업에 사용되는 감가상각자산을 과세사업에 사용시 매입세액 공제에 관한 적용례】 제17조 제6항의 개정규정은 면세사업에 사용ㆍ소비되는 감가상각자산을 이 법 시행 후 최초로 과세사업에 사용ㆍ소비하는 분부터 적용한다.

○ 부가가치세법 시행령 제49조 【자가공급 등에 대한 과세표준의 계산】

① 과세사업에 공한 재화가 소득세법 시행령제62조 또는 법인세법 시행령제24조에 규정된 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산된 금액을 당해 재화의 시가로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제3조의 규정에 의한 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과하는 때에는 20으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다.

당해 재화의 취득가액×(1－5/100)×경과된 과세기간의 수＝시가

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부가가치세 신고서 및 국세통합전산조회자료 등에 의하면, 청구인은 2006.1.1. 부동산임대사업자로 등록하고 2006년 1월에 취득한 쟁점1건물을 이○○○이 운영하는 쟁점병원에게 임대보증금 650백만원에 임대한 후 2006.12.1. 청구인과 이○○○이 공동으로 쟁점병원을 운영하는 공동사업자로 사업자등록을 정정하였으며(지분: 청구인 30%, 이○○○ 70%), 청구인은 2007년 1월에 취득한 쟁점2건물을 쟁점병원, ○○○(임차인: 하○○○)’ 및○○○에게 각각 임대하였고, 2007.4.2. 쟁점병원의 공동사업 구성원인 이○○○의 탈퇴에 따라 청구인 단독의 사업자로 사업자등록을 정정하였다가, 2007.10.30. 청구인과 하○○○(쟁점2건물을 임차하여 ○○○을 운영하다 2007.7.10. 폐업)이 쟁점병원의 공동사업자로 사업자등록을 정정한 사실이 확인된다.

(2) 쟁점병원과 관련한 의료기관개설허가증○○○ 등을 보면, 2005.12.12. 이○○○이 쟁점병원에 대한 개설허가를 득하였고, 2006.12.12. 청구인이 공동개원의사로 추가되었다가 2007.3.29. 대표자가 청구인 1인으로 변경되었으며(이○○○ 탈퇴), 2007.10.28. 하○○○이 공동사업자로 추가된 것으로 나타난다.

(3) 부가가치세 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 청구인이 2006.1기 및 2007.1기 과세기간 중 쟁점1·2건물의 취득과 관련한 매입세액을 공제로 신고하여 환급받은 데 대해 부가가치세 현지확인조사를 실시하여 2007.4.2. 청구인이 쟁점병원을 단독으로 운영하는 것으로 사업자등록을 정정하고 공동사업을 하지 않는 사실이 확인된다 하여 쟁점1·2건물을 면세사업(병원)에 전용하는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였음이 확인된다.

(4) 청구인은 2006년 12월부터 쟁점병원을 이○○○과 공동으로 운영하였으나 이○○○의 갑작스런 탈퇴로 2007.4.2. 청구인 단독의 사업자로 사업자등록을 정정하였을 뿐 곧바로 현재의 공동사업자와 공동사업에 관한 약정을 맺고 출자를 받아 쟁점2건물을 취득한 것이고, 쟁점1·2건물의 용도변경 등에 장기간이 소요되어 하○○○이 운영하던 ○○○을 폐업할 수 없어 2007.10.30.에야 공동사업자로 사업자등록을 정정한 것일 뿐 계속하여 쟁점병원을 공동으로 운영한 것이라고 주장하나, 2007.4.2. 이후부터 공동사업자로 사업자등록을 다시 정정한 2007.10.30.까지의 기간은 청구인과 청구인의 동생 하○○○이 각자 독립적으로 쟁점병원과 ○○○을 운영한 것이지 공동사업을 영위한 것이 아니므로 면세전용으로 전환된 것으로 보여진다.

(5) 살피건대, 부가가치세는 원칙적으로 사업장별로 과세하는 것인 바, 임대용부동산을 취득하여 다른 사람과 공동으로 영위하는 면세사업자(병원)에게 건물을 임대하는 경우 임대사업자의 지위에서 면세사업자에게 임대하는 것으로 보는 것이고○○○, 공동사업 구성원의 탈퇴에 따라 사실상 동 건물을 면세전용한 경우에는 부가가치세법 시행령 제15조 (자가공급의 범위) 제1항 제1호의 규정에 의한 재화의 자가공급으로 봄이 타당하다 할 것이며, 또한 면세전용으로 과세된 감가상각자산을 2007.1.1. 이후 과세사업에 사용하게 되는 경우 그 과세사업에 사용하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다 할 것이다. 이 건의 경우, 청구인이 임대목적으로 취득한 쟁점1·2건물을 청구인과 공동으로 운영하는 면세사업자에게 임대하였다가 2007.4.2. 공동사업 구성원의 탈퇴에 따라 면세전용된 것이므로, 처분청이 2007년 1기에 관련매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(다만, 처분청이 2007년 2기에 다시 공동사업자로 사업자등록이 정정된 사실을 확인한 결과에 따라 동 과세기간의 매입세액 공제로 경정하는 것은 별론임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.