토지구획정리사업의 각 사업지구는 독립된 사업계획을 수립하여 사업지구별로 인・허가, 자금조달, 수익평가를 실시하고 있는 사실, 사업시행인가와 환지예정지 지정공고가 각 사업지구별로 시행되는 사실, ○○1・2지구만 서로 연접하고 다른 사업지구는 연접하지 아니한 사실 등이 확인되므로 쟁점농지는 대규모 개발사업지역내에 소재하는 농지에 해당하지 않으므로 처분청이 쟁점농지에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당함.
토지구획정리사업의 각 사업지구는 독립된 사업계획을 수립하여 사업지구별로 인・허가, 자금조달, 수익평가를 실시하고 있는 사실, 사업시행인가와 환지예정지 지정공고가 각 사업지구별로 시행되는 사실, ○○1・2지구만 서로 연접하고 다른 사업지구는 연접하지 아니한 사실 등이 확인되므로 쟁점농지는 대규모 개발사업지역내에 소재하는 농지에 해당하지 않으므로 처분청이 쟁점농지에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당함.
심판청구는 이를 기각합니다.
청구인은 1996.1.30. 취득한 ○○광역시 ○○구 ○○동 23-1 전 615㎡, 같은 동 23-3 전 276㎡, 같은 동 171 답 274㎡ 및 같은 동 172 답 424㎡, 합계 1589㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2002.4.3. 양도한 후, 쟁점 농지가 1998.6.12. 주거지역으로 편입되어 양도당시 3년이 경과되었으나 조세특례제한법 제69조 의 규정상 양도소득세가 감면되는 대규모 개발사업지역{사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 또는 토지면적이 100만㎡ 이상(택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택건설촉진법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터)으로 이하 “대규모 개발사업지역”이라 한다} 내의 토지로 보아 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 신청하였다. 처분청은 쟁점농지가 8년 이상 자경한 농지이고, 주거지역에 편입된 날부터 3년이 경과되었으나 대규모 개발사업지역내의 농지로 보아 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용한 후 국세심판원 및 대법원에서 쟁점농지가 소재하는 ○○지구를 비롯한 ○○ 1지구 등은 대규모 개발사업지역에 해당되지 아니한다고 결정 및 판결함에 따라 쟁점농지도 자경농지에 대한 양도소득세의 감면대상이 아닌 것으로 보아 2007.10.4. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 136,897,710원을 경정하여 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.28. 이 건 심판청구를 제기하였다.
(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세.감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 도시계획법에 의한 주거지역.상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
(2) 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년 이상 다음 각 호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시.군.구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시.군.구안의 지역
② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1. 양도일 현재 특별시.광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방지치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도.농복합형태의 시의 읍.면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역.상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역.상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.
2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지
③ 제2항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지 예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.④ ~ ⑥ (생략)
(3) 조세특례제한법시행규칙(2003.3.24. 재정경제부령 제306호로 개정되기 전의 것) 제27조 【농지의 범위 등】
① 영 제66조 제2항의 규정에 의한 농지는 전.답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막.퇴비사.양수장.지소.농도.수로 등을 포함하는 것으로 한다.
② 영 제66조 제2항의 규정에 의한 토지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다.
1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것
2. 주민등록표등본, 시.구.읍.면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것
③ 영 제66조 제2항 제1호 나목에서 “재정경제부령이 정하는 규모”라 함은 100만 제곱미터로 하되, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택건설촉진법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다.
(4) 국세기본법/92002.12.18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】
① 세법의 해석. 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득.수익.재산.행위 또는 거래에 대하는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정단한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
⑤ 세법 이외의 법률 중 국세의 부과.징수.감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항 내지 제3항의 규정의 적용에 있어서 이를 세법으로 본다.
(1) 청구인이 쟁점농지를 1996.1.30. 취득하고, 2002.4.3. 양도한 사실, 쟁점농지가 1998.6.12.주거지역으로 편입된 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.
(2) 청구인은 쟁점농지가 소재하는 ○○지구를 국세심판원의 선결 정례(국심2003서1754, 2004.1.9. 외)에서 대규모 개발사업지역에 해당한다고 결정한 후, 그 후의 국세심판원 걸정례(국심2004중55, 2004.11.16.) 및 대법원 판례(2006두 17888, 2007.1.25.)에서 대규모 개발사업지역에 해당되지 아니한다고 결정 및 판결하였다 하여 쟁점농지에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 배제하여 양도소득세를 과세하는 것은 소급과세금지원칙에 벗어나는 위법.부당한 처분에 해당하므로 쟁점농지에 대한 양도소득세의 과세처분을 취소하여야 한다고 주장하고 있다.
(3) 대규모 개발사업지역이라 함은 조세특례제한법 시행령 제66조 제3항 제1호 단서 및 조세특례제한법 시행규칙 제27조 에서 사업인정 고시일이 동일한 하나의 사업시행지역으로서 사업시행지역안의 토지 소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 100만㎡이상(택지개발사업 또는 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터)인 사업지역으로 규정하고 있다.
(4) 쟁점농지가 소재하는 ○○지구가 대규모 개발사업지역에 해당되는지 여부에 대하여 살펴보면, ○○지구 등의 7개의 ○○지구 토지구획정리사업은 1998.6.12. 고시된 사업지구로 대규모 개발사업지역에 해당되는지 여부에 대하여 ○○광역시장에게 조회한 결과 이는 ○○광역시 고시내용(1998-118호, 199.6.12.)중 4.-1) 토지구획정리사업 지구 결정(변경)조서 상에 7개 토지구획정리사업지구의 합계면적을 기재하지 아니한 사실, 사업지역이 100만㎡ 이상인 대규모 개발사업지역은 건설교통부장관의 사업계획승인을 받거나 협의를 거쳐야 하는데 그러한 절차를 밟지 아니한 사실 등이 확인되며, ○○지구 토지구획정리사업은 토지면적기준과 관계없이 토지구획정리사업법에 의하여 인가 및 시행되고 있어 사업인정고시 당시 편의상 일괄기안하여 동시에 고시된 것일 뿐이고 하나의 사업지역이 아니라 별개의 사업지역이라고 확인하고 있고, 국세심판원 현지확인자료와 ○○광역시 ○○개발사업소가 제시하는 자료에서도, ○○지구 토지구획정리사업의 각 사업지구는 독립된 사업계획을 수립하여 사업지구별로 인․허가, 자금조달, 수익평가를 실시하고 있는 사실, 사업시행인가와 환지예정지 지정공고가 각 사업지구별로 시행되는 사실, ○○1․2지구만 서로 연접하고 다른 사업지구는 연접하지 아니한 사실 등이 확인되므로 쟁점농지는 대규모 개발사업지역내에 소재하는 농지에 해당하지 않는 것으로 판단된다.
(5) 또한, 쟁점농지에 대한 양도소득세의 부과처분이 소급과세금지 원칙에 위배되는 지 여부에 대하여 살펴보면, 소급과세금지원칙은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 비록 잘못된 해석 또는 관행이더라도 불특정 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라 인정될 정도에 이르게 되는 경우에 적용하는 것으로, ○○지구 등 ○○지구 토지구획정리사업지역이 대규모 개발사업에 해당한다는 국세심판원의 선결정례가 있었다 하더라도 이는 개별 심판청구사건에 대한 결정일 뿐 공적 견해표명이라 할 수 없어 쟁점농지에 대하여 양도소득세를 과세한 것은 소급과세금지원칙에 위배되지 아니한 것으로 보여진다(국심2004중55, 2004.11.16. 외 다수 같은 뜻임) 따라서, 처분청이 쟁점농지를 대규모 개발사업지역 내의 농지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.