부가가치세법에 의하면 과세사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 공제하지 아니하는 것인 바, 부가가치세 과세사업과 관련이 없는 면세공급가액에 과세사업과 관련이 없는 고유목적사업의 재원인 국고보조금을 포함하여 공통매입세액 안분계산하는 것이 타당함
부가가치세법에 의하면 과세사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 공제하지 아니하는 것인 바, 부가가치세 과세사업과 관련이 없는 면세공급가액에 과세사업과 관련이 없는 고유목적사업의 재원인 국고보조금을 포함하여 공통매입세액 안분계산하는 것이 타당함
○○세무서장이 2008.3.11. 청구법인에게 한 부가가치세 942,452,170원(2003년제1기분97,409,910원, 2003년 제2기분 64,570,970원, 2004년 제1기분 104,205,520원, 2004년 제2기분 107,594,600원, 2005년 제1기분 174,056,160원, 2005년 제2기분 66,545,140원, 2006년제1기분 97,662,370원, 2006년 제2기분 144,149,790원, 2007년 제1기분 86,257,710원)의 부과처분은
1. 2003년 제1기, 제2기 및 2004년 제1기 과세기간에 대한 신고 및 납부(환급)불성실가산세 부과처분은 이를 취소하고,
2. 2004년 제2기 과세기간에 대한 신고 및 납부(환급)불성실가산세는 청구법인이 당초 부가가치세 신고시의 환급세액(67,003,043원)과 이 건 과세처분시의 환급세액(4,037,763원)과의 차액을 초과환급(신고)세액으로 하여 이를 경정하며,
3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(1) 청구법인이 수령한 쟁점국고보조금은 재화 또는 용역을 제공하고 받는 대가가 아니라 보조금 제공에 따른 반대급부를 제공할 필요가 없는 원조 목적의 교부금에 불과하여 이를 면세사업의 공급가액에 포함시킬 수 없는 것이고, 처분청과 같이 국고보조금을 공통매입세액 안분기준에 반영하는 것은 공통으로 사용된 재화 및 용역의 각 사업에 대한 기여도를 고려한 것이 아니라 공통매입세액에 대한 자금의 원천을 중요시 하는 것인 바, 국고보조금을 공통매입세액 안분기준에 반영하여 과세한 처분은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에서 규정하고 있는 안분기준에 위배되므로 부당하다.
(2) 2003년 제1기 ∼ 2004년 제2기 부가가치세의 경우, 청구법인은 공통매입세액 안분계산시 국고보조금을 면세사업인 박물관업의 공급가액에 포함하지 아니하는 것으로 하여 경정청구를 하였고, 처분청은 이를 받아들여서 환급하여 준 사실이 있다. 그렇다면 이는 청구법인의 안분기준에 대한 논리를 받아들인다는 내용의 공적인 견해 표명이 있었다고 보아야 함에도 처분청이 이미 환급하여 준 세액에 대하여 추징 등을 하면서 과세한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 반한다.
(3) 가산세는 세법상 의무불이행에 대한 행정상 제재의 성격이 있어서 가산세를 부과하기 위하여는 납세자가 세법상 의무를 위반하였음이 전제되어야 하는데, 처분청이 청구법인의 경정청구를 받아들여서 스스로 환급하여 준 부분 및 처분청의 견해를 신뢰하고 신고한 부분에 대하여 신고 및 납부불성실가산세를 부과함은 부당하다.
(1) 부가가치세법제17조 제2항 제2호에 의하면 과세사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 공제하지 아니하는 것인 바, 부가가치세 과세사업과 관련이 없는 면세공급가액에 과세사업과 관련이 없는 고유목적사업의 재원인 국고보조금을 포함하여 안분계산하는 것이 타당하다.
(2) 국세청 예규에 의하면 ‘납세자의 경정청구를 받아들여 환급결정을 하였으나, 당해 경정청구의 오류가 있어 재경정하는 것은 신의성실의 원칙과 소급과세 금지의 원칙에 위반되지 아니한다’ 할 것이고, 과세관청의 공식적인 견해를 표명하고 있는 국세청 예규에서 국고보조금과 성격이 유사한 출연금을 면세공급가액에 포함하고 있었던 바, 처분청이 경정청구의 내용대로 환급하였다 하여 이를 과세관청의 공식적인 견해로 볼 수는 없다.
(3) 청구법인은 세법에 규정된 신고내용대로 신고 및 납부를 하지 아니하였고, 납부불성실가산세는 이자상당액을 추징하는 것이므로 가산세 부과처분은 적법하다.
① 쟁점국고보조금을 면세공급가액(면세사업에 대한 수입금액)에 포함하여 공통매입세액 가운데 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액을 안분계산한 처분의 당부
② 처분청이 면세사업 관련 매입세액을 안분계산하면서 박물관업의 공급가액에 쟁점국고보조금이 포함되지 아니한다고 보아, 청구법인의 2003년 제1기∼2004년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 경정청구를 받아들여 환급을 한 후에 이를 다시 포함되는 것으로 보아 2003년 제1기 ~ 2007년 제1기 과세기간에 대하여 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 반한다는 청구주장의 당부
③ 쟁점②에서 본 바와 같이 경정청구를 받아들인 후 이를 번복하여 경정 및 재경정하면서 신고 및 납부(환급)불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
○ 부가가치세법 제12조 【면세】
① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
15. 도서관ㆍ과학관ㆍ박물관ㆍ미술관ㆍ동물원 또는 식물원에의 입장
○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액
○ 부가가치세법 제22조 【가산세】
⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.
1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액
2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액
- 가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율
- 나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율
○ 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】
① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액
○ 부가가치세법시행규칙 제18조의2 【매입세액의 안분계산】
① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.
○ 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
○ 국세기본법 제47조의3 【과소신고가산세】
① 납세자(부가가치세법 제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반과소신고가산세액”이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의 2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
○ 국세기본법 제47조의4 【초과환급신고가산세】
① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의 3의 규정을 적용한다. 다만, 부가가치세법 제17조 의 2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
○ 국세기본법 제47조의5 【납부․환급불성실가산세】
① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 인지세법 제8조 제1항 의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다. 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율
② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 먼저 이 건 과세처분에 이른 경위에 대하여 본다. 청구법인은 박물관업, 부동산임대업 등 과세사업과 면세사업을 겸영하는 법인사업자로서 ○○기념관법 제13조 제1항에 따른 국고보조금을 받고 있는데, 2003년 제1기 ∼ 2004년 제2기 부가가치세 신고시에는 공통매입세액을 관련 매출세액에서 공제하지 아니하였고, 이후 국고보조금을 면세사업인 박물관업의 공급가액에 포함하지 아니한 채 공통매입세액 가운데 관련 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액을 산정하여 2003년 제1기 ∼ 2004년 제2기 부가가치세 경정청구시 계 249,280,010원을 환급받았다. 또한, 청구법인은 2005년 제1기 ∼ 2007년 제1기 부가가치세 신고시부터는 국고보조금을 면세사업인 박물관업의 공급가액에 포함하지 아니하고 공통매입세액 가운데 관련 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액을 산정하였다. 이에 반해 처분청은 2007.10월 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시하고, 면세사업에 관련된 매입세액을 안분계산함에 있어 쟁점국고보조금을 면세공급가액에 포함하여야 한다고 보아 2008.3.11. 청구법인에게 이 건 과세처분을 하였다.
(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인의 법인등기부등본 및 정관상 고유목적 업무는 ①기념관 자료의 수집·보존·관리 및 전시, ②기념관 자료의 조사연구, ③기념관 자료의 전시와 관련된 국민 교육의 실시, ④기념관 자료에 관한 홍보와 이에 관한 각종 간행물의 제작 및 배포, ⑤기념관 시설의 관리 및 확충, ⑥기념관 운영재원 조달을 위한 사업 및 출자, ⑦제1호 내지 제6호의 업무에 부대되는 업무 등으로 되어 있다. (나) 청구법인의 사업수입내역을 보면 임대수입, 주차수입, 기념품 판매수입 등 과세사업에서 발생하는 수입과 ○○기념관 입장료 수입과 같은 면세사업에서 발생하는 수입이 있으며, 그 외에 국가보훈처장 및 문화관광부장관으로부터 인건비, 일반관리비, 시설유지관리비, 청소년 해외독립운동유적지 탐방 등 사업비, 경영혁신비, 예비비 등 청구법인의 세출예산에 대응하는 세입예산의 일부로 국고보조금을 지급받고 있다. (다) 청구법인은 2003년 제1기 ~ 2004년 제2기 부가가치세 경정청구시 공통매입세액 가운데 관련 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액을 안분계산함에 있어서 쟁점국고보조금을 고려하지 아니한 채 공통매입세액에 곱하는 안분비율을 ‘입장료 수입(면세사업 수입금액)을 입장료 수입(면세사업 수입금액)과 과세사업 공급가액의 합계액으로 나눈 비율’로 하였고, 처분청은 이 건 재경정 및 경정처분을 하면서 쟁점국고보조금을 면세공급가액(면세사업 수입금액)에 포함하여야 한다고 보아 위 청구법인의 안분계산식의 분자와 분모에 쟁점국고보조금을 각각 가산하였음이 청구법인의 경정청구서 및 처분청의 결의서 등에 의하여 확인된다. (라) 청구법인은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2에 의하면 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액은 공통매입세액에 면세공급가액을 곱한 금액을 총공급가액으로 나누는 방법으로 계산하고, 이때 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 의미한다 할 것인 바, 쟁점국고보조금이 위 안분계산식의 면세공급가액에 포함된다고 보기 위해서는 동 국고보조금이 면세사업 관련 용역의 공급에 대한 직접적인 대가로 지급되었다고 볼 수 있어야 함에도 쟁점국고보조금은 청구법인이 재화 또는 용역을 제공하고 받는 대가가 아니라 보조금 제공에 따른 반대급부를 제공할 필요가 없는 원조 목적의 교부금에 불과하여 이를 면세사업의 공급가액에 포함시킬 수 없으므로 쟁점국고보조금을 면세사업인 박물관업의 공급가액에 포함하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. (마) 살피건대, 부가가치세법 제17조 제1항 및 제2항에 의하면, 사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되도록 하되, 면세사업을 위하여 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 공제되지 아니한다고 규정하고 있는 바, 이에 따라 동일한 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에도 납부세액의 계산원리에 따라 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 매입세액은 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을 계산하여야 하고, 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액이 없으므로 매입세액도 공제되지 않도록 되어 있으며, 다만 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 과련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등에 대하여 규정하고 있다. 그런데 부가가치세법 제17조 제1항 에 의하여 공제되는 매입세액은 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 것이어서 부가가치세 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 세액은 이러한 공제대상 매입세액에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 이 점에 있어서 부가가치세 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 아무런 차이가 없다 할 것이고, 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 세액 중 실지귀속을 구분할수 없는 공통세액이 있다면 그 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되는 매입세액과 비과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되지 아니하는 세액을 합리적으로 배분하기 위한 일용의 방법이 필요하다는 점 등을 종합적으로 고려하면, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 의 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추적용 된다고 봄이 상당하다(대법원 200두13288, 2006.10.27. 및 서울행정법원 2006구합45401, 2008.12.17. 참조). (바) 그렇다면 부가가치세법 시행령 제61조 는 공통매입세액 가운데 관련 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액만을 계산하기 위한 규정이 아니라 공통매입세액 중 사업자의 과세사업과 관련이 있는 매입세액을 산출하는데 유추적용될 수 있다고 할 것인 바, 위에서 본 바와 같이 과세 및 면세사업에서 발생하는 수입외에 국가로부터 국고보조금을 지급받고 있는 청구법인의 경우 쟁점국고보조금을 고려하지 아니하고 공통매입세액을 안분계산하는 경우에는 과세사업의 매출과 관련이 없는 사업과 관련된 매입세액 부분까지 매출세액에서 공제됨으로써 청구법인이 그만큼 부당하게 세액을 환급받는 결과를 초래하게 된다고 할 것이다. 따라서 청구법인의 공통매입세액 가운데 과세사업과 관련이 있는 매입세액은 총수입금액(과세 및 면세사업에서 발생한 수입과 쟁점국고보조금)에 대한 과세사업에서 발생한 수입의 비율을 공통매입세액에 적용하여 산정(처분청과 같이 위 시행령 제61조에서 규정하고 있는 안분계산식의 면세공급가액에 쟁점국고보조금을 포함하여 계산하여도 같은 결과에 이르게 됨)하는 것이 타당하므로 이 건 공통매입세액의 안분계산시 쟁점국고보조금을 안분기준에서 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 공통매입세액 안분계산시 쟁점국고보조금을 면세사업인 박물관업의 공급가액에 포함하지 아니하는 것으로 하여 2003년 제1기 ∼ 2004년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 경정청구를 하였고, 처분청이 이를 받아들여서 환급하여 준 사실이 있는 바, 이는 청구법인의 안분기준에 대한 논리를 처분청이 받아들인다는 공적인 견해 표명을 한 것으로 보아야 함에도 이미 환급하여 준 세액을 추징하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다고 주장하고 있다. (나) 청구법인은 위에서 본 바와 같이 2003년 제1기 ∼ 2004년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 경정청구를 하여 계 249,280,010원을 환급받았고, 2005년 제1기 ∼ 2007년 제1기 부가가치세 과세기간에 대하여는 신고시부터 국고보조금을 면세사업인 박물관업의 공급가액에 포함하지 아니하고 공통매입세액 가운데 관련 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액을 산정하였다. (다) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ①과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, ②납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④과세관청이 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것이다(국심 2006서586, 2006.11.15. 등 다수 같은 뜻). (라) 살피건대, 청구법인은 처분청이 청구법인의 2003년 제1기 ∼ 2004년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 경정청구를 받아들인 사실을 들어 처분청의 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 주장하고 있으나, 과세관청이 납세자의 경정청구를 받아들여 환급결정을 한 후, 당해 경정청구의 결정에 오류가 있음을 사후에 발견하고 납세의무성립일 당시의 조세법령에 근거하여 재경정하거나 당초 부과처분 당시 법령해석에 오류가 있음을 이유로 취소하였다가 다시 부과처분을 할 수 있는 것으로, 처분청이 일정 과세기간에 대한 청구인의 경정청구를 받아들인 적이 있다는 사유만으로 이 건 과세처분과 같은 (재)경정처분을 하지 아니하겠다는 처분청의 공적인 견해표명이 있었다고 볼 수 없는 바, 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 반한다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다.
(4) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 처분청이 이 건 과세처분시 부과한 신고 및 납부불성실가산세의 내역은 아래 <표1>과 같고, 청구법인이 경정청구를 하였던 과세기간인 2003년 제1기 ∼ 2004년 제2기의 경우 청구법인의 납부세액은 아래 <표2>와 같은 증감이 있었으며 당해 과세기간에 대한 재경정시 처분청은 청구법인의 경정청구로 인한 환급시의 납부세액과 이 건 재경정시의 납부세액과의 차액에 대하여 가산세를 부과하였다. <표1> 가산세 부과내역 (단위: 원) 구분 2003년제1기 2003년제2기 2004년제1기 2004년제2기 과소(초과환급) 신고가산세 7,200,880 4,773,311 7,703,236 7,953,769 납부(환급) 불성실가산세 18,200,226 12,064,545 19,469,929 20,103,151 (단위: 원) 구분 2005년제1기 2005년제2기 2006년제1기 2006년제2기 2007년제1기 과소(초과환급) 신고가산세 12,601,350 5,018,298 7,679,369 11,849,064 7,841,610 납부(환급) 불성실가산세 35,441,297 11,343,864 13,189,316 13,810,085
• <표2> 납부세액 내역 단위: 원 구분 신고시 경정청구로 인한 환급결정시 (재)경정처분시 2003년제1기 97,228,808 6,743,418 78,752,225 2003년제2기 10,952,775 -45,289,365 2,443,751 2004년제1기 98,634,222 12,630,735 89,663,095 2004년제2기 -67,003,043 -83,575,451 -4,037,763 (나) 청구법인은 가산세는 세법상 의무불이행에 대한 행정상 제재이므로 가산세를 부과하기 위하여는 납세자가 세법상 의무를 위반하였음이 전제되어야 함에도 이 건의 경우, 처분청이 청구법인의 부가가치세 경정청구를 받아 들여서 환급을 하였고, 청구법인은 이러한 처분청의 견해를 신뢰하고 이후 부가가치세 신고를 하였음에도 처분청이 당초의 견해를 번복하고 다시 과세하면서 신고 및 납부(환급)불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (다) 세법상 가산세는 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 할 것이다 (라) 이 건 과세처분에 이른 경위를 보면, 당초 청구법인은 2003년 제1기 ∼ 2004년 제2기 부가가치세 신고시에는 공통매입세액을 관련 매출세액에서 공제하지 아니하였다가 경정청구시에는 국고보조금을 면세사업인 박물관업의 공급가액에 포함하지 아니한 채 공통매입세액 가운데 관련 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액을 산정하여 계 249,280,010원을 환급받았고, 이후 2005년 제1기 ∼ 2007년 제1기 부가가치세 신고시부터는 경정청구시와 마찬가지로 국고보조금을 면세사업인 박물관업의 공급가액에 포함하지 아니하고 공통매입세액 가운데 관련 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액을 산정하였는데, 처분청은 2007년 10월 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시하고 나서 경정청구시와는 달리 쟁점국고보조금을 면세공급가액에 포함하여야 한다고 보아 이 건 과세하면서 가산세를 부과하였다. (마) 그렇다면 당초 처분청이 청구법인의 경정청구 내용대로 환급결정을 하였다가 공통매입세액의 안분계산식을 달리하여 재경정 하면서 납세자가 당초 과소하게 신고·납부하거나 초과하여 환급받았다고 보아 가산세를 부과한 처분은 경정처분의 주체가 과세관청임에도 동 처분의 잘못에 따른 책임을 납세자에게 귀속시키는 결과가 되어 부당하다고 판단되는 바(국심 2005중609, 2005.6.21. 같은 뜻), 당초 부가가치세 신고시의 납부세액이 이 건 경정처분시의 납부세액보다 커서 과소신고·납부세액이 없는 과세기간(2003년 제1기 ~ 2004년 제1기)에 대한 신고 및 납부(환급)불성실가산세 부과처분은 이를 취소하고, 2004년 제2기 과세기간의 경우에는 처분청은 경정청구로 인한 환급결정시의 환급세액(83,575,451원)과 이 건 과세처분시의 환급세액(4,037,763원)의 차액에 대하여 신고 및 납부(환급)불성실가산세를 부과하였으나, 당초 부가가치세 신고시의 환급세액(67,003,043원)과 이 건 과세처분시의 환급세액(4,037,763원)과의 차액(62,965,280원)을 초과환급(신고)세액으로 하여 신고 및 납부(환급)불성실가산세를 부과하는 것으로 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. 그러나 이 건 과세처분의 나머지 과세기간(2005년 제1기 ~ 2007년 제1기)에 있어서는 처분청이 청구법인의 신고내용을 신고시인하였을 뿐이어서 2003년 제1기 ~ 2004년 제1기 과세기간과는 달리 잘못된 신고 및 납부(환급)에 대한 책임을 처분청에 묻기 어렵다고 할 것이고, 나아가 청구법인에게 신고 및 납부불성실가산세를 면할 정당한 사유가 달리 있는 것으로도 보이지 아니하므로 이 건 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.