법원조정 판결에의하여 확정된 감액 매입세금계산서를 신고누락하였다하여 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1996.4.16. 주택 건설업으로 사업자등록한 법인사업자이고, 처분청은 2006.2기 과세기간에 세금계산서 불부합자료의 발생에 따라 청구법인이 ○○○○개발주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)가 발행한 공급가액 980,106,096원의 감액 수정세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 신고누락한 것으로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제할 매입세액에서 차감하여 2008.3.12. 청구법인에게 2006.2기 부가가치세 130,814,790원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.5.13. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1999.12.29. 청구외법인과 아파트건설사업에 필요한 도로개설부지의 매입 및 개설비용 중 일부를 부담하기로 한 약정에 따라 청구외법인이 2000.2.14. 공급가액 1,207,378,824원의 매출세금계산서를 교부하였는데, 청구법인의 주택건설사업계획 승인신청이 2000.7.21. ○○의 반려처분에 따라 청구법인의 도로개설분담금 지급거절로 청구외법인이 청구법인을 상대로 소송을 제기하여 2006.6.30. ○○고등법원의 조정결정에 의해 청구금액 중 250,000,000원을 청구법인이 지급하고, 청구외법인은 진입도로와 관련하여 손해배상, 부당이득 기타 일체의 청구를 포기하도록 결정되었는 바, 청구외법인이 2006.7.18. 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행․교부한 것은 부가가치세 98,010,610원의 추가부담을 의미하므로 법원의 조정결정내용에 위배되어 쟁점세금계산서를 반송하였으며, 거래당사자의 동의없이 일방적으로 발행된 쟁점세금계산서는 적법한 수정세금계산서에 해당하지 않으므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 당초 청구외법인과의 도로개설분금 약정에 따라 매입세금계산서를 수취하여 동 매입세액을 매출세액에서 공제받은 후, 대가를 지급하지 않고 있던 중 청구외법인의 소송 제기에 따라 2006.7.18. 그 금액이 250,000,000원으로 최종 확정되었으므로 쟁점세금계산서는 공급가액이 확정되는 날이 속하는 때의 매입세액에서 차감하는 것이 타당하고, 법원의 조정결정은 청구법인과 청구외법인의 채권채무관계에 대한 결정으로 청구외법인의 경우 매출액 중 일부를 회수한 것이므로 차액에 대하여 감액세금계산서를 발행한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구외법인이 청구법인에게 발행한 쟁점세금계산서를 도로개설분담금 약정금액의 감액에 따른 적법한 수정세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하󰡒세금계산서󰡓라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부가가치세 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 청구법인이 20006.2기 과세기간에 청구외법인 발행의 공급가액 98,106,096원의 감액 수정세금계산서(쟁점세금계산서)의 매입세액을 공제할 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니함에 따라 불부합자료가 발생하자, 청구법인의 소명을 거쳐 쟁점세금계산서를 적법하게 발행된 감액 수정세금계산서를 청구법인이 신고누락한 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였음이 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점세금계산서가 청구외법인이 일방적으로 발행한 부적법한 감액 수정세금계산서에 해당한다는 주장이고, 처분청은 청구법인과 청구외법인의 도로개설분담금에 관한 당초 약정금액이 법원의 조정결정에 의해 최종 확정되었으므로 그 차액에 대한 감액 수정세금계산서의 발행은 정당하다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인과 청구외법인이 1999.12.29. 작성한 약정서 등에 의하면, 청구법인이 청구외법인의 개설예정인 도로를 공동으로 사용할 것을 요청함에 따라 분담금 납부에 관한 사항을 약정한다고 되어 있고, 제2조(비용분담)에서 청구법인이 지급할 도로비용분담금은 2000.1.10. 계약금 250,000,000원과 2000.1.31. 잔금 942,105,000원 합계 1,192,105,000원(부가가치세 별도)으로 되어 있으며, 제3조(청구외법인의 의무사항)에서 청구외법인은 약정과 동시에 사업승인용 도로사용승낙서를 발급해 주기로 한다고 되어 있고, 제6조(해약 및 손해배상)에서는 청구외법인이 약정내용을 이행하지 않을 경우 계약금의 2배를 배상하기로 하며, 청구법인이 이행하지 않을 경우 기지불된 계약금은 청구외법인에 귀속한다고 되어 있으며, 청구법인은 동 약정에 근거하여 2000.2.14. 청구외법인으로부터 공급가액 1,207,378,824원의 세금계산서를 수취하여 2000.1기 과세기간의 매입세액 공제로 신고한 사실이 확인된다. (나) 이 건 소송관련자료 등에 의하면, 청구법인은 주택건설사업계획승인신청이 반려처분(1999.5.27. ○○도 ○○시)됨에 따라 도로개설분담금을 지급하지 않던 중 청구외법인이 청구법인을 상대로 도로개설비용분담금의 청구소송을 제기한 사실이 확인되고, ○○고등법원 민사6부의 조정내용(2005나00000, 2006.6.30.)을 보면, “청구법인이 청구외법인에게 250,000,000원을 지급하고, 청구외법인은 청구법인에 대한 진입도로의 사용승낙을 철회할 수 없고 청구법인에 대하여 진입도로와 관련한 손해배상, 부당이득 기타 일체의 청구를 포기한다”고 결정(2006.7.18. 상고 포기로 확정)하여 청구법인은 당초의 약정내용대로 청구외법인의 개설도로를 계속 공동사용할 수 있음을 알 수 있다. (다) 청구법인의 회계처리 및 부가가치세 신고서 등에 의하면, 청구법인은 2006.7.31. 도로사용분담금 조정금액 250,000,000원을 청구외법인에게 지급하였고(동 주택건설사업부지는 2007사업연도의 재고자산 계상), 청구외법인은 2006.7.18. 청구법인에게 2000.1기에 교부한 세금계산서의 공급대가 1,328,116,706원에서 조정금액 250,000,000원을 차감한 공급가액 상당액 980,106,096원의 감액 수정세금계산서(쟁점세금계산서)를 발행하여 당해 과세기간의 매출세액에서 차감하여 신고한 사실이 확인된다. (라) 살피건대, 사업자가 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 법원의 조정결정판결 등으로 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 같은법 시행령 제59조 단서의 규정에 의하여 그 조정결정일에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것인 바, 앞 서 살펴본 바와 같이 청구법인이 2000.1기 과세기간에 수취한 세금계산서의 공급가액에 법원의 조정결정에 의하여 차감되는 금액이 발생한 것이므로, 청구외법인이 2006.2기 과세기간에 발행한 쟁점세금계산서는 일방적으로 발행된 부적법한 수정세금계산서가 아니라 쌍방합의(법원의 조정결정)에 따라 발행된 적법한 수정세금계산서로 보여진다. 따라서 청구법인이 청구외법인의 2006.7.18. 발행 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제할 매입세액에서 차감하여 신고하지 않은데 대해 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.