기한후 신고시 조세특례제한법에 의한 법인세 감면적용 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 농업∙농촌기본법에 따라 설립되어 2005.4.1부터 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 소재에서 곡물가공업을 영위하는 법인으로 2006.1.1.~2006.12.31. 사업연도(이하 “2006사업연도”라 한다)의 법인세과세표준을 법정신고기간(2007.3.31.)이 경과한 2007.5.4. 신고하면서 조세특례제한법 제68조 (농업회사법인에 대한 법인세의 면제등)의 규정에 의거 감면신청을 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.3.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제68조 의 농업회사법인에 대한 조세지원의 취지는 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나, 생산된 농산물을 유통∙가공∙판매함으로써 농업의 부가가치를 높이기 위하여 농업소득에 대하여 법인세를 면제하는 혜택을 주어 이를 장려하기 위한 것임에도 처분청이 법인세를 기한후 신고하였다는 이유만으로 농업회사법인에 대한 조세지원을 배제하는 것은 본래의 농업회사법인에 대한 조세지원취지에 어긋나는 가혹한 부담이므로 법인세를 면제함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2006사업연도 법인세를 기한후 신고하면서 조세특례제한법 제68조 의 규정에 의거 농업회사법인에 대한 법인세의 면제를 신청하였으나, 조세특례제한법 제128조 (추계과세시 등의 감면배제)에 의하면 기한후 신고한 경우 감면을 배제하도록 규정하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법인세 법정신고기간을 경과한 후에 신고하였다는 이유로 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 배재한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인 등에 대한 법인세의 면제등】① 농업∙농촌기본법에 의한 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다.

④ 제1항 및 제3항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】 ② 소득세법 제80조 제1항 또는 법인세법 제66조 제1항 의 규정에 의하여 결정을 하는 경우와 국세기본법 제45조 의 3의 규정에 의하여 기한후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제30조의 2, 제31조 제4항∙제5항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조내지 제68조, 제102조, 제121조의 8 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항 및 법률 제5581호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 농업∙농촌기본법에 따라 설립된 농업회사 법인인 사실 및 2006사업연도 법인세를 기한후 신고한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구법인이 조세특례제한법 제68조 의 적용을 받는 농업회사법인에 해당되나, 2006사업연도 법인세를 법정신고기한(2007.3.31.)이 경과한 2007.5.4. 신고하였다 하여 조세특례제한법 제128조 의 규정에 의거 감면을 배제하고 이 건 법인세를 과세한 사실이 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(3) 관련법령인 조세특례제한법 제68조 에 의하면, 농업회사법인의 농업소득 등은 2006.12.31. 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세를 면제하도록 규정하고 있고, 조세특례제한법 제128조 의 규정에 의하면 추계결정하는 경우와 국세기본법 제45조 의 3의 규정에 의한 기한후 신고를 하는 경우에는 조세특례제한법 제68조 에 의한 감면을 배재하도록 규정하고 있으며, 국세기본법 제45조 의 3에 의하면 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지는 기한 후 과세표준신고서를 제출할 수 있도록 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 농업회사법인의 농업소득 등에 대한 법인세는 조세특례제한법 제68조 에 의하여 원칙적으로 감면대상이나, 다만, 법인세 과세표준을 추계결정하는 경우와 법정신고기한을 경과하여 기한후 신고하는 경우에는 조세특례제한법 제128조 에서 감면을 배제한다고 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인이 2006사업연도 법인세 과세표준을 기한후 신고한 사실에 대하여는 다툼이 없으므로 처분청에서 관련법령의 규정에 의하여 농업회사법인에 대한 법인세 면제규정을 배재하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.