토지・건물가액의구분이 불분명한것으로 보아 감정가액으로 안분하여 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2007.11.5. 청구법인에게 한 2007년 제1기 부가가치세 60,132,660원의 부과처분은 청구법인이 취득한 ○○남도 ○○시 ○○읍 ○○리 384-5번지 등 토지 7필지상에 위치한 지상건물 3,250.8㎡의 공급가액을 1,550,000,000원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 유․무선휴대용 저장장치를 제조하는 사업체로 2007.4.24. ○○남도 ○○시 ○○읍 ○○리 384-5번지 등 7필지의 토지 5,868㎡ 및 그 지상건물 3,250.8㎡(이하 토지 및 건물을 “쟁점부동산”이라 하고 건물을 “쟁점건물”이라 한다)를 (주)○○○로부터 24억원에 양수하고 2007년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점건물의 부가가치세 공급가액을 15억 5,000만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 신고하였다. 처분청은 부가가치세 환급 현지확인을 실시하여 ○○감정원이 2006.12.21. 감정평가한 쟁점부동산의 감정가액을 기준으로 쟁점건물의 공급가액을 1,018,276,000원으로 안분계산한 후 2007.11.5. 청구법인에게 2007년 1기 부가가치세 60,132,660원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.1.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 인근시세 토지의 경우 평당 40～50만원 정도이고 공시지가는 평당 42만원이며 공장건물의 신축 예상비용은 평당 250～300만원으로서 쟁점부동산의 토지는 평당 약 48만원, 건물은 약 157만원에 거래되었는바, 청구법인은 양도인과 상호합의하에 쟁점건물의 공급가액을 15억 5000만원으로 계약하여 세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고한 점, ○○시청에서 토지거래허가를 득하여 거래한 점, 기존의 인테리어 및 냉난방 등의 집기류를 인수하였는데도 이를 감정평가시 반영하지 않은 점, 청구법인이 건물가액을 높게 할 이유가 없고 양도인이 원하는 금액으로 하여 취득할 수 밖에 없는 것이 현실인 점, 양도인이 쟁점금액을 부가가치세 매출세액으로 신고납부한 사실이 있는데도 쟁점부동산의 토지와 건물가액 구분이 불분명하다 하여 쟁점건물의 공급가액을 감정가액으로 안분한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 ○○시청이 교부한 토지거래허가서에 실질거래금액이 기재되어 있다고 주장하나 관할 부서에 문의한 결과 토지거래허가서에 기재된 금액은 신청인이 기재하는 것으로 관할 지방자치단체가 별도로 검증한 금액이 아니므로 임의기재가 가능하고, 2층 사무실의 냉난방기 등 집기를 그대로 사용하는 조건으로 취득했다고 주장하나, 부동산매매계약서에 의하면 쟁점부동산 지상에 현존하는 기타자산은 명도일 전일까지 모두 이전완료하는 것으로 약정하고 있으며, 청구법인이 신고한 토지 대 쟁점건물의 금액비율은 35.5: 64.5이나 감정가액의 비율은 58.5: 41.5로 확인되는 등 쟁점금액을 정상적인 거래가액으로 볼 수 없으므로 부가가치세법 시행령 제48조의2 에 의해 안분계산하여 쟁점건물의 가액을 산정한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 양수한 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 감정가격에 의한 안분가액으로 건물가액을 산정하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 (주)○○○ 사이에 2007.4.4. 체결한 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 쟁점부동산의 매매가액을 24억원〔토지 8억 5,000만원, 건물 15억 5,000만원(부가가치세 별도)〕으로 하였고, (주)○○○는 쟁점부동산의 지상에 현존하는 자재․중기 등 (주)○○○의 자산 및 기존 입주업체의 이전을 명도일 전일까지 완료(제5조의 3)하며, 청구법인은 쟁점부동산을 현재 상태로 인수(제5조의 5)하기로 약정하였다.

(2) 쟁점부동산 및 쟁점부동산에 위치한 기계류에 대하여 ○○감정원이 2006.12.21.자를 감정시점으로 감정한 평가서에 의하면, 쟁점부동산의 감정가액을 2,448,050,400원(토지 1,431,900,000원, 건물 1,016,150,400원)으로 평가하면서 쟁점건물 전부를 공장으로 평가하였으며, 기계기구 및 공작물의 감정가액을 405,375,000원(수전설비 5,375,000원, LCD TV 생산 LINE 400,000,000원)으로 평가하였다.

(3) 우리 심판원에서 알아본 바에 의하면, (주)○○○는 쟁점부동산을 양도한 후 쟁점부동산매매계약서상의 쟁점건물 공급가액 15억 5,000만원에 대해 부가가치세를 신고․납부하였고, ○○감정원의 건물 평가시 통상 건물에 부착된 에어컨 등은 평가대상에 포함되지 아니하며, 쟁점부동산 중 토지부분의 2006년 공시지가의 평균액은 128,449원/㎡이고 청구인이 신고한 토지가액은 144,853원/㎡이었던 것으로 나타난다

(4) 살피건대, 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】를 보면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하고, 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있는바, 이는 매매계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 국세청 기준시가나 감정평가가액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이 위 규정의 취지라 할 것이다(국심2005중18, 2005.9.28외 다수 같은뜻임) 이 건의 경우, 청구법인과 특수관계자에 해당하지 아니하는 (주)○○○는 쟁점부동산의 매매계약에 의하여 책정된 쟁점건물의 공급가액 그대로 부가가치세를 신고납부한 점, 쟁점건물에 부착된 에어컨 등은 평가가액에 포함되지 아니하였고 쟁점건물 중 일부는 사무실 용도로 사용되었으며 기계류 및 공작물 중 수전설비는 이전대상이 아니라 청구법인이 계속 사용할 재산이라는 점, 쟁점부동산 중 토지가액이 기준시가보다 높게 신고된 점 등을 종합해 볼 때 쟁점부동산 매매계약서상의 쟁점건물가액이 감정평가서상의 감정가액보다 높다하여 토지 및 건물의 구분가액이 불분명한 것으로 본 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.