조세감면결정을 받지 않은 부분에 대해 조세감면을 받았다 하여 법인세 및 배당소득세를 고지한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1998.7.10. 개업하여 휴대폰용 축전지 제조업을 영위하던 외국인투자기업으로서, 재정경제부장관으로부터 2000.1.24. 전지보호회로모듈(PCM: Protection Circuit Module, 이하 “PCM”이라 한다)에 대해, 2003.10.29. 내장형 휴대폰 배터리팩(이하 “내장형배터리”라 한다)에 대해 외국인투자에 대한 조세감면사업으로 결정을 받아 위 기술이 적용된 생산제품의 소득에 대해 법인세 감면을 계산하여 각 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였고, 외국인투자가에 대한 배당소득세 감면을 계산하여 원천징수분 배당소득세를 신고하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 청구인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 재정경제부의 조세감면결정서에 따라 감면대상사업은 PCM 및 내장형배터리 제조부분임에도 불구하고, 외장형 휴대폰 배터리팩(이하 “외장형배터리”라 한다) 제조 및 임가공수입 등 감면받지 않은 사업부분의 소득까지 감면받은 사실을 확인하여 처분청에 통보하였고, 처분청은 2008.8.8. 외국인투자기업 증자관련 조세감면세액 312,109,567원 및 외국인투자가 배당소득세 감면세액 34,925,811원 등에 대하여 2003～2006사업연도 법인세 543,260,530원 및 2004, 2005, 2007년 귀속 원천징수분 배당소득세 38,418,380원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 2000.1.24. PCM 제조에 대해 조세감면결정을 받았을 당시에는 휴대폰 축전지 장착방식이 외장형이었으나, 2003.10.29. 내장형배터리 기술을 개발하여 감면결정을 받은 것이다. 처분청은 PCM 제조만 감면대상으로 하고 PCM 제조기술이 투여된 외장형배터리에 대하여는 조세감면을 부인하였으나, 청구인이 생산하는 내장형배터리와 외장형배터리의 모든 제품에는 PCM 제조기술이 필수적으로 적용되고 있다. 청구인은 PCM 제조기술에 대해 조세감면결정을 받았으므로 PCM 제조기술로 생산된 외장형배터리 제품 매출액 전체가 감면대상이 되며, 처분청이 PCM 제조기술의 제조공정을 제한적이고 부분적으로 해석하여 경정고지한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2000.1.24. PCM 제조, 2003.10.29. 내장형배터리 제조부분에 대하여 각각 조세감면결정을 받았으나, 감면대상사업이 아닌 외장형배터리 제조 및 기타 임가공, 상품매출 관련 소득까지 감면대상소득으로 보아 법인세 신고를 하였고, 동 구분손익계산에 따라 외국인투자가에 대한 배당소득세 감면을 받았다. PCM은 휴대폰 배터리팩 판매가액의 약 10%를 차지하는 부품으로서, 휴대폰 배터리 제조공정에 포함되기는 하나 완제품인 휴대폰 배터리와는 별도의 공정으로 생산되는 독립된 제품인 바, 청구인은 PCM 제조기술을 도입하여 생산된 제품 일부는 청구인의 휴대폰 배터리팩 제조공정에 투입하였으며, 일부는 거래처에 별도의 독립적인 제품으로 판매하였다. 청구인이 제출한 구분손익계산서에서도 PCM 제조관련 소득과 외장형배터리 제조관련 소득이 합리적으로 구분이 가능하므로 재정경제부 예규(재경총 41500-495, 2000.9.8.) 등에 따라 감면결정을 받지 않은 외장형배터리 제조관련 소득 가운데 감면대상인 PCM 제조관련 소득을 차감한 잔여소득에 대하여 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 조세감면결정을 받지 않은 부분에 대해 조세감면을 받았다 하여 법인세 및 배당소득세를 경정고지한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제121조의 4【증자의 조세감면】① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의 2 및 제121조의 3의 규정을 준용한다. (단서 생략) 제121조의 2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호 의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업" 이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

③ 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제5호 의 규정에 의한 외국투자가(이하 이 장에서 “외국투자가”라 한다)가 취득한 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 "주식 등" 이라 한다)에서 생기는 배당금에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 외국인투자기업의 각 과세연도의 소득에 대하여 그 기업이 제1항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하되, 제2항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세의 감면대상세액의 전액이 감면되는 동안에 있어서는 세액의 전액을, 법인세 또는 소득세 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 동안에 있어서는 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. (단서 생략)

⑧ 재정경제부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. (단서 생략) 제143조【구분경리】① 내국인은 제6조, 제7조, 제30조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항，제55조의 2 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조，제102조, 제104조의 9, 제121조의 2, 제121조의 4, 제121조의 8，제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 제122조, 제122조의 2와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

(2) 외국인투자 등에 대한 조세감면규정【별표1】 제1편. 고도기술 수반산업

1. 전자․정보 및 전기 분야 1-17. 기타 전자ㆍ전기관련 부품 및 재료 제조

○ 무공해 고성능 2차전지 및 관련부품ㆍ소재ㆍ장비(산업자원부, 정보통신부)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 서울지방국세청장은 청구인에 대한 법인세 통합조사에서 조세감면결정을 받지 않은 사업부분의 소득까지 감면받은 사실을 확인하여 처분청에 통보하였고, 처분청은 위 과세자료에 따라 외국인투자기업 증자관련 조세감면세액 및 외국인투자가 배당소득세 감면세액 등을 재계산하여 이 건 법인세 및 원천징수분 배당소득세를 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 재정경제부로부터 PCM 제조기술에 대해 조세감면결정을 받았으므로 PCM 제조기술로 생산된 외장형배터리 제품 매출액 전체가 감면대상이라고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 서울지방국세청 조사공무원이 작성한 법인사업자 조사종결 보고서(2008.5.)에 따르면, 청구인에 대한 정기법인세 통합조사에서 PCM 등 감면사업에 대한 구분손익계산 오류에 따른 과다감면액 312백만원과 배당감면율 재조정에 따른 38백만원을 적출한 것으로 나타난다. (나) 청구인이 제출한 재정경제부의 조세감면결정 통보 공문에 따르면, 청구인은 2000.1.24. 2차전지 관련부품 제조[전지보호회로모듈(PCM: Protection Circuit Module)]에 대해, 2003.10.29. 축전지(2차전지) 제조(내장형 휴대폰 배터리 팩)에 대해 조세감면결정을 받은 것으로 나타난다. (다) 처분청이 제출한 확인서(2008.5.21.)에 따르면, 청구인 대표이사 박○○○는 2003～2006사업연도 소득감면을 위한 구분경리시, 감면대상사업이 PCM제조 및 내장형 배터리 제조임에도 불구하고, 감면승인받지 않은 외장형 배터리 등 제조관련손익 전체를 대상으로 계산하여 외국인투자기업의 증자세액감면액 312,109,567원 및 외국인투자가 배당소득관련 감면액 34,925,812원을 과다하게 감면받았음을 확인하고 있는 바, 첨부된 품목별 구분손익계산서에 따르면 청구인의 매출액은 아래 <표>와 같이 구분할 수 있는 것으로 나타난다. <표> 품목별 구분손익계산서 주요 내역 (단위: 백만원) 사업연도 감면대상매출액 기타 매출액 매출액 합 계 내장형 배터리 외장형배터리의PCM PCM 소계 외장형 배터리 기타 소계 2003 6,395 6,592 1,213 14,199 52,828 693 53,521 67,720 2004 11,714 4,272 630 16,616 31,579 744 32,324 48,940 2005 14,398 1,886 94 16,378 13,724 469 14,193 30,571 2006 12,503 0 0 12,503 6,648 274 6,922 19,425 합 계 45,010 12,749 1,937 59,696 104,779 2,181 106,960 166,656 (라) 살피건대, 청구인은 PCM 제조기술에 대해 조세감면결정을 받았으므로 PCM 제조기술로 생산된 외장형배터리 제품 매출액 전체가 감면대상이라고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 제121조 의 2 제2항에서 외국인투자기업에 대한 법인세 또는 소득세는 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구인은 재정경제부장관으로부터 PCM 및 내장형배터리 제조에 대해서만 감면결정을 받았고, 일부 PCM을 독립적인 제품으로 판매하였으며, 외장형배터리에 포함된 PCM 제조관련 소득이 구분가능한 것으로 나타나므로 외장형배터리에 포함된 PCM만을 감면대상으로 보아야 할 것으로 판단된다(재경총41500-495, 2000.9.8.참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.