양도세가 감면되는 5년간 발생한 양도소득금액의 계산시 5년이 되는날의 기준시가에 당해연도 가격상승분을 반영하여야 하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는 서울특별시 ○○○를 2001.12.29. 259,570천원에 취득하여 2008.6.17. 920,000천원에 양도하였는 바, 쟁점아파트는 1세대1주택 양도소득세의 비과세 요건을 충족하는 고가주택에 해당하여 6억원 이하에 상당하는 양도차익은 비과세, 6억원을 초과하는 분에 상당하는 양도차익에 대하여는 조세특례제한법 제99조의3 에 의하여 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대하여 감면을 적용하여 2008년 8월 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 청구인은 감면대상인 쟁점아파트의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 기준시가를 기준으로 한 감면소득금액 산출방법은 부당하다고 주장하며 쟁점아파트에 대한 양도소득세 예정신고에 대하여 2008.9.12. 경정청구를 제기하였으나 처분청은 쟁점아파트의 양도소득세 계산방식은 조세특례제한법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에 의하여 정당하게 산정된 것으로 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 2008.11.6. 청구인에게 통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점아파트의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 관련한 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 규정을 적용함에 있어 취득일로부터 5년이 되는 날은 2006.12.29.인데 2006.12.29. 현재 고시된 기준시가가 없다는 이유로 2006.1.1.을 기준으로 2006.4.28. 고시된 기준시가를 적용하여 계산한 것은 기준시가 기준일 이후의 가격변동 내용을 전혀 반영하지 아니하여 납세의무자의 권익을 침해하는 무효의 규정이고, 가격상승분을 반영하여 재계산하는 경우 납부할 양도소득세가 없으므로 처분청에서 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률제18조에 의한 기준시가는 주택시장의 가격정보를 제공하고 국가․지방자치단체 등의 기관이 과세 등의 업무와 관련하여 주택의 가격을 산정하는 경우에 그 기준으로 활용될 수 있는 것으로 청구인의 쟁점아파트 양도와 관련한 감면소득금액의 계산은 조세특례제한법 제99조의3 및 같은법 시행령 제40조 제1항의 규정에 따라 정당하게 산정된 것이므로 청구인의 경정청구는 이유가 없으므로 이를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 양도소득세가 감면되는 5년간 발생한 양도소득금액의 계산시 5년이 되는 날의 기준시가에 당해연도 가격상승분을 반영하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(괄호생략)․(단서생략)

○ 조세특례제한법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것)제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세 등의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

○ 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

○ 소득세법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조 제2항 의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 지방세법 제111조 제2항 제1호 단서의 규정에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 지적법에 의한 신규등록토지

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)

② 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 각종 개발사업 등으로 지가가 급등하거나 급등우려가 있는 지역으로서 국세청장이 지정한 지역을 말한다.

③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은조세특례제한법제99조의3에 의한 “신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례”가 적용되는 쟁점아파트를 2001.12.29. 259,570천원에 분양받은 후, 2008.6.17. 920,000천원에 양도하였다. (2)조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택은 그 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(이하 “감면대상 양도소득금액”이라 한다)을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 쟁점아파트는 양도일 현재 1세대1주택 양도소득세의 비과세요건을 충족한 고가주택으로서 6억원이하에 상당하는 양도차익은 비과세하고, 6억원 초과분에 상당하는 양도차익에 대하여는 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 잔액에 대하여만 양도소득세를 신고납부하였다.

(3) 청구인은 감면대상 양도소득금액의 계산함에 있어 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득당시의 기준시가를 차감하도록 규정하고 있으나, 취득일부터 5년이 되는 날인 2006.12.29. 고시된 기준시가는 2006.1.1.을 기준일로 하여 고시된 기준시가이므로 2006.1.2.부터 2006.12.29.까지의 양도소득금액은 감면대상에서 제외되어 실질적으로 4년간 발생한 양도소득금액만이 감면되는 불합리한 점이 발생하므로 2006.1.1. 기준시가 584,000천원에서 2007.1.1. 기준시가 736,000천원의 가격상승율을 감안하여 5년이 되는 날의 기준시가를 적용하여 달라는 취지의 경정청구를 처분청에 제기하였다.

(4) 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 조세특례제한법제99조의3에서 신축주택의 취득자에 대하여는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 과세대상에서 제외하고 있고, 5년간 발생한 양도소득금액의 계산에 대하여는 조세특례제한법 시행령제99조의3 및 제40조에 위임하고 있는 바, 현행규정상 기준시가는 5년이 되는 날에 고시되어 있는 기준시가를 적용하는 것이고, 청구인의 주장과 같이 가격상승율을 반영하여 계산하는 등에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하므로 이유없다고 판단하여 거부처분한 사실이 확인된다.

(5) 살피건대, 기준시가에 의한 양도차익을 계산함에 있어 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목 및 같은법 시행령 제164조 제3항의 규정에 의하여 이를 적용하는 날 현재 고시되어 있는 기준시가를 적용하는 것이며, 이러한 기준시가 자체가 부당하다는 이유로 이를 기준으로 하여 계산한 양도소득세의 부과처분에 대하여는 이를 다툴 수 없다고 판단○○○된다. 또한, 청구인의 주장과 같이 당해연도 가격상승률을 감면대상 양도소득금액 계산시 이를 반영하기 위하여는 별도의 규정이 필요한 것으로 보이나 현재 이러한 규정이 없고, 가격상승률을 반영하는 규정을 신설하는 경우 기준시가가 하락하거나, 기준시가가 상승하게 되더라도 양도소득세 과세를 목적으로 하는 경우에는 납세의무자에게 불리하게 적용될 소지도 있으므로 청구인의 경정청구에 대하여 이를 거부한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.