가산세 감면의 정당한 사유에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

가.청구인은 2001.6.14. ○○○번지 소재 대지 379.5㎡ 및 건물 235.64㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 2001.6.21.부터 청구인이 대표이사로 근무하고 있는 주식회사 ○○○(이하 “○○○”라 한다)에게 임대하고 있었다. 나.○○○는 2003년 3월 쟁점건물을 개보수하기 위해 공사비 3억원(이하 “쟁점공사비”라 한다)을 지출하였고, 처분청은 쟁점공사비가 자본적지출에 해당하므로 ○○○가 청구인에게 쟁점공사비상당액의 용역을 공급한 것으로 보아 ○○○에게 부가가치세 및 법인세를 부과하였으며, ○○○는 이에 불복하여 심판청구를 거쳐 2005년 ○○○에 행정소송을 제기하였다. 다.청구인은 ○○○의 행정소송이 진행되던 중 2006.3.31. 쟁점부동산을 양도하고, 2006.5.31. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고시 쟁점공사비를 필요경비로 공제하였다. 라.처분청은 2006.6.7. ○○○이 쟁점공사비를 자본적지출액으로 보고 부가가치세를 부과한 처분이 부당하다는 취지로 ○○○에게 승소판결을 하자, 쟁점공사비 내역을 재조사하여 쟁점공사비 중 1억6,688만9,127원만 자본적지출에 해당하므로 나머지 1억3,311만873원을 필요경비에서 차감하여 청구인에게 2008.9.5. 가산세 1,117만860원을 포함하여 2006년도 양도소득세 59,090,780원을 경정·고지하였다. 마.청구인은 처분청이 가산세를 부과한 것는 부당하다는 취지로 2008.12.1. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 처분청이 쟁점공사비를 자본적지출로 보아 ○○○에게 부가가치세를 과세하였으므로 2006.3.31. 쟁점부동산을 양도하고 쟁점공사비를 필요경비로 공제한 것이다. 이후 2006.6.7. ○○○이 처분청의 부가가치세 과세처분이 잘못되었다는 취지의 판결을 하였고, 처분청이 쟁점공사비를 재조사하여 자본적지출액을 1억6,688만9,127원으로 확정한 후 청구인에게 양도소득세를 부과하였다. 이는 청구인이 양도소득세 신고시 쟁점공사비를 필요경비로 공제한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하여 국세기본법 제48조 제1항 의 규정에 의한 가산세 감면사유에 해당하고, 그 사례로 인정하고 있는 ‘신고당시 적법하다고 보이던 신고가 그 후의 사정 변경에 의하여 납세자의 고의 과실에 근거하지 않고 당해 신고세액이 과소로 된 경우’ 또는 ‘과세관청의 과세사실에 대한 태도 변경으로 인하여 납세의무자가 그 의무를 제때 이행하지 못하는 경우’○○○에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2006.3.31. 쟁점부동산을 양도한 후 2006.5.31. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고를 하였던 것이고, 2006.6.7. ○○○의 판결 후 2007.5.31.에 쟁점부동산에 대한 양도소득세 확정신고기한이 도래하였는 바, 청구인은 2008.9.5. 처분청이 이 건 양도소득세를 과세하기 전에 확정신고 또는 수정신고를 할 수 있었음에도 이를 이행하지 않았으므로 이 건 가산세 부과는 정당하다.

• 가. 쟁점 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제48조 (가산세의 감면 등) ①정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인이 2006.3.31. 쟁점부동산을 양도하였고, 2006.5.31. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고를 하였으며, 동 신고시 쟁점공사비를 필요경비로 공제받은 사실이 심리자료에 나타난다. (2)처분청은 2006.6.7. ○○○의 판결내용을 이행하고 난 후 청구인의 양도소득세 신고내용을 조사하면서 청구인이 2008.7.17. 처분청에 제출한 “세무조사연기신청에 따른 소명자료”의 자본적지출액 1억6,688만9,127원을 인정하여 동 금액을 자본적지출액으로 확정한 사실이 나타나고, 2008.9.5. 이 건 양도소득세를 경정·고지하기 전에 청구인이 확정신고 또는 수정신고서를 제출한 사실은 나타나지 아니한다.

(3) 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구인은 양도소득세 신고시 청구인이 쟁점공사비를 필요경비로 공제한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하므로 국세기본법 제48조 제1항 의 규정에 의한 가산세 감면사유에 해당한다는 의견이나, 청구인이 2006.3.31. 쟁점부동산을 양도한 후 2006.5.31. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고를 하였고, 2006.6.7. ○○○의 판결 후 2007.5.31.에 쟁점부동산에 대한 양도소득세 확정신고기한이 도래하였는 바, 2008.9.5. 처분청이 이 건 양도소득세를 과세하기 전에 청구인이 확정신고 또는 수정신고를 할 수 있었음에도 이를 이행하지 않았으므로 이 건 가산세 부과처분은 적법한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.