고객관리프로그램 매입의 공급가액이 사실거래인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 통신기기 도소매 업체인 청구법인은 2000년 제2기에 ○○○(이하 ○○○”라 한다)로부터 공급가액 390,180,000원의 세금계산서를 수취하였으며, 2001년 제1기에 ○○○부터 공급가액 1,126,739,000원의 세금세금계산서를 수취하고, ○○○ 외 2개 업체에게 공급가액 531,876,000원의 세금계산서를 교부하였으며, 2002년 제2기에 ○○○부터 공급가액 47,754,000원의 세금계산서를 수취하고, ○○○에게 공급가액 842,727,000원의 세금계산서(이하 위 세금계산서들을 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부하고 이를 부가가치세 및 법인세에 포함하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인을 부분자료상(가공거래비율 18.5%)으로 확정하고 쟁점세금계산서 등을 가공세금계산서로 보아, 2008.5.6. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 242,542,490원, 2000년 제2기 부가가치세 95,457,530원, 2001년 제1기 부가가치세 75,822,600원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.8.5. 이의신청을 거쳐 2008.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 ⑴ 2000년 제2기 ○○○로부터의 매입 공급가액 390,180,000원 중 고객관리프로그램 매입 공급가액 105,000,000원은 사실거래이다 ⑵ 위 매입 공급가액 390,180,000원 중 사실거래인 공급가액 105,000,000원을 제외한 나머지 소프트웨어용역 및 서버 매입액 공급가액 285,180,000원은 가공매입임을 인정하며, 2000년 제2기의 ○○○에 대한 매출 공급가액 294,000,000원은 위 가공매입에 대응하는 가공매출이므로, 동 가공매입과 가공매출의 차액만을 법인세 및 부가가치세 과세대상으로 하여야 한다. ⑶ 2001년 제1기 및 2001년 제2기의 ○○○와의 거래분 매입 공급가액 1,174,493,000원 및 매출 공급가액 1,187,767,000원은 가공거래임을 인정하며, 동 가공매출과 가공매입의 차액만을 과세대상으로 하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 ⑴ 청구법인이 정상거래라고 주장하는 2000년 제2기 ○○○부터의 매입 공급가액 105,000,000원은 관련 증빙이 제시되지 아니하여 사실거래여부를 판단할 수 없다. ⑵ 청구법인이 인정하는 가공매입이 가공매출에 직접 대응하는 원가인지 여부도 관련 증빙이 제출되지 아니하여 확인이 불가능하므로, 쟁점거래를 가공거래로 판단하여 법인세 및 부가가치세를 경정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 2000년 제2기 ○○○로부터의 고객관리프로그램 매입 공급가액 105,000,000원이 사실거래인지 여부

② 2000년 제2기 ○○○에 대한 매출 공급가액 294,000,000원이 온디지털테크로부터의 가공매입 공급가액 285,180,000원에 직접 대응되는 가공매출인지 여부

③ 2001년 제1기 및 제2기 ○○○부터의 가공매입 공급가액 1,174,493,000원이 가공매출 공급가액 1,187,767,000원에 직접 대응하는 매입인지 여부

• 나. 관련 법령 ⑴ 부가가치세법(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. ⑵ 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 2000년 제2기 ○○○로부터의 매입 공급가액 390,180,000원 중 공급가액 105,000,000원을 사실거래라고 주장하면서, 2000.10.2. 청구법인과 ○○○ 간에 체결된 ‘고객관계관리(CRM) 프로그램개발 및 공급계약서’ 및 청구법인이 2001.7.5. ○○○ 계좌(기업은행)에 115,500,000원을 입금한 통장 사본을 제출하였으나, ○○○가 위 매입금액 390,180,000원을 포함하여 사실거래를 주장하는 취지의 심판청구(조심 ○○○, 2008.12.31.)가 기각결정되어 가공거래로 확정된 사실이 있는 바, 청구법인이 2000년 제2기 ○○○로부터 매입한 공급가액 105,000,000원의 거래는 사실거래로 인정되기 어렵다 할 것이다. ⑵ 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 2000년 제2기 ○○○에 대한 매출 공급가액 294,000,000원에 대하여, 같은 과세기간의 ○○○부터의 매입 공급가액 390,180,000원 중에서 사실거래라고 주장하는 공급가액 105,000,000원을 제외한 285,180,000원에 대응하는 가공매출이라고 주장하나, 가공매입에 대응하는 가공매출임이 객관적 증빙에 의하여 확인되지 아니하므로 청구법인의 주장을 인정하기 어렵다. ⑶ 쟁점③에 대하여 본다. 청구법인은 2001년 제1기 및 제2기 ○○○로부터 가공매입 공급가액 1,174,493,000원을 가공매출 공급가액 1,187,767,000원에 직접 대응하는 매입이라고 주장하나, 가공매입과 가공매출이 서로 대응하는 거래임을 입증하는 객관적 증빙은 제출되지 아니하여 청구법인의 주장을 인정하기 어렵다. ⑷ 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.