쟁점아파트를 신축주택취득기간(2001.5.23.˜2003.6.30.) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 후 취득한 것으로 보아 양도소득세를 감면할 수 있는지 여부

○○○세무서장이 2008.10.10. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 146,377,470원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 서울특별시 ○○○(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2006.12.20. 양도한 후 조세특례제한법 제99조의3 규정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면신청을 하고 농어촌특별세 30,923,730원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점아파트의 당초 시행사인 주식회사 ○○○의 부도로 매수자들로 구성된 ○○○가 토지를 경매 취득하여 분양한 것은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 하여 2008.10.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 177,301,200원에서 기납부한 농어촌특별세 30,923,730원을 양도소득세에 충당한 후 잔여세액 146,377,470원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 ○○○과 쟁점아파트 매매계약을 체결하고 계약금 및 중도금을 납부하던 중 ○○○의 부도로 다른 매수자와 공동으로 별도의 실체인 추진위원회를 구성하여 ○○○ 소유의 토지를 경매로 취득한 후 당초 시공사인 ○○○(주)와 기존계약내용에서 미진행 시공부분을 그대로 승계하는 조건으로 재계약하여 쟁점아파트를 신축하였다. 따라서, ○○○과 추진위원회간에는 실질적으로 포괄양수도한 것에 해당하여 청구인이 ○○○과 쟁점아파트 분양계약서를 작성하고 계약금을 지불한 2002.5.27.에 최초 매매계약체결 및 계약금을 납부한 경우에 해당하고 그 날은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 의 2001.5.23.～2003.6.30. 신축주택취득기간내에 있으므로 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2002.5.27. ○○○과 분양계약을 체결한 후 2005.1.27. ○○○ 소유의 토지를 경매취득한 추진위원회와 다시 분양계약을 체결하였으므로 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 의 2001.5.23.～2003.6.30. 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결한 경우에 해당하지 않는다. 쟁점아파트는 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 사실이 없으므로 같은조 같은항 제2호의 자기건설주택에도 해당되지 아니하여 청구인의 쟁점아파트 양도에 대하여 양도소득세 감면을 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점아파트를 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 후 취득한 것으로 보아 양도소득세를 감면할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특 례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상 소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점아파트를 취득한 경위에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점아파트가 소재한 ○○○로 구성된 1개 동의 주상복합아파트로, ○○○을 매도인겸 시행사, ○○○(주)를 시공사로 하여 2002.5.27. 청구인은 총공급금액을 561백만원으로 하여 쟁점아파트 공급계약을 체결하였다. (나) 청구인은 ○○○과의 아파트공급계약 체결시 계약금 56백만원을 포함하여 3차 중도금까지 224백만원을 지급하였으나 2003.7.22. 매도인겸 시행사인 ○○○의 부도발생으로 공사가 중단(공사진행률 약 40%)됨에 따라 2003.12.20. 매수인들로 구성된 추진위원회를 구성하여 2004.3.13. 공사시행중이던 ○○○ 소유 토지를 4,735백만원에 경매로 취득한 후 2004.11.20. ○○○에게 조정합의금 5억원을 지급하고 건축주를 추진위원회로 변경하였다. (다) 추진위원회는 박○○○외 114명을 공동사업자로 하고 사업의 종류를 건설/주택신축판매업으로 하여 2004.12.17. 일반과세자로 사업자등록(개업일: 2004.2.19.)을 한 후 2004.12.21. 자신을 시행사로 하여 ○○○(주)와 건설공사도급계약을 체결하면서 공사목적물은 ○○○이 최종 건축허가를 득한 최종 설계도서의 건축시설로 하고, 공사금액은 ○○○(주)에게 기지급한 공사금액을 제외한 19,187백만원(부가가치세 별도)만 지급하며, 기존계약에서 미진행 시공부분은 그대로 승계하는 조건으로 하였다. (라) 청구인은 2005.1.27. 매도인겸 시행사를 추진위원회로 하는 쟁점아파트 공급계약을 재차 체결하면서 당초 ○○○과 계약한 총공급금액 561,300,000원에서 ○○○에게 기지급한 224,000,000원을 제외한 337,300,000원을 지급하기로 하였다. (마) 쟁점아파트는 2006.7.3. 건물사용승인을 받아 2006.8.10. 추진위원회가 소유권보존등기를 한 후 2006.10.17. 청구인 명의로 소유권이전등기를 하였다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정에 의하면, 신축주택취득기간(쟁점아파트 소재지: 2001.5.23.～2002.12.31.) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 감면하도록 되어 있는 바, 처분청은 청구인이 추진위원회와 계약체결한 2005.1.27.을 최초 매매계약체결일 및 계약금 납부일로 보아 양도소득세 감면을 배제한 반면, 청구인은 당초 ○○○과 계약체결한 2002.5.27.을 최초 매매계약체결일 및 계약금 납부일로 보아 양도소득세 감면대상임을 주장한다.

(3) 추진위원회의 성격에 대하여 살펴보면, 추진위원회는 ○○○의 부도로 ○○○가 중단됨에 따라 그 매수자들로 결성된 단체로서, ○○○에게 조정합의금 5억원을 지급하고 ○○○의 건축주 및 건축허가를 자기명의로 변경한 점, 업종을 건축/주택신축판매업으로 사업자등록한 점, 자신을 시행사로 하여 ○○○(주)와 건설공사도급계약을 체결하고 건축공사 완료 후 건물사용승인을 받은 점, 자기 명의로 소유권 보존등기와 ○○○ 관련 부가가치세를 신고ㆍ납부한 점 및 대표자인 박○○○과 총무과장 이○○○를 채용하고 급여를 지급한 점 등 ○○○의 신축ㆍ분양을 목적으로 구성된 매수자들과는 별도의 실체인 사업자에 해당한다고 볼 수 있다○○○.

(4) 추진위원회가 ○○○의 신축ㆍ분양과 관련하여 ○○○으로부터 사업을 포괄양수하였는지에 대하여 살펴본다. (가) 사업의 포괄양수라 함은 매수인이 매도인으로부터 그의 모든 사업시설뿐만 아니라 영업권 및 그 사업에 관한 채권, 채무 등 일체의 인적, 물적 권리와 의무를 양수함으로써 매도인과 동일시되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계하는 것을 의미하는 것이므로, 사업을 포괄적으로 매도ㆍ매수하려는 의도로 매수인이 사업용 자산의 일부를 실질상 매매에 해당하는 임의경매 절차에 의하여 낙찰받아 취득하면서 나머지 사업용 자산, 영업권 및 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 매도인과 별도의 매매계약에 의하여 연달아 취득하는 등으로 사회통념상 전체적으로 보아 매도인과 동일시되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계한 것으로 볼 상황이라면, 이는 사업의 포괄양수에 해당한다고 볼 수 있다○○○. (나) 추진위원회는 ○○○으로부터 ○○○ 토지를 경매로 취득한 사실이 있으나, ○○○으로부터 ○○○의 건축사업에 관한 사업시행권 등 제반권리를 취득하였고, 시공사인 ○○○(주)와 도급계약을 체결하면서 총 공사금액 중 기시공부분의 공사금액은 인정하고 미시공부분에 대하여만 대금을 지급하기로 하였으며, 청구인을 포함한 매수인들과의 관계에 있어서 ○○○과의 계약내용은 대금정산 이외에 대부분 동일하고 대금정산과 관련하여서도 당초 계약한 총매매대금 중에서 기납부액을 제외한 잔액만 지급하는 것으로 하면서 ○○○에게 지급한 계약금을 당초의 계약금으로 한 점에 비추어 추진위원회는 ○○○ 신축ㆍ분양사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 취득함으로써 사회통념상 전체적으로 보아 ○○○과 동일시되는 정도로 법률상 지위를 그대로 승계한 것으로 봄이 타당하다. (다) 추진위원회가 ○○○으로부터 사업을 포괄양수한 것에 관하여는 ○○○의 과세쟁점자문위원회 의결결과○○○에서도 인정하고 있는 사항임이 처분청 제시자료에서 확인된다. (라) 그러하다면, 청구인이 추진위원회와 2005.1.27. 쟁점아파트 공급계약을 재차 체결하였으나, 추진위원회는 ○○○으로부터 사업을 포괄양수받아 청구인과 ○○○간의 당초 아파트 공급계약도 승계되었다 할 것이므로 청구인이 ○○○과 쟁점아파트 공급계약체결 및 계약금을 납부한 2002.5.27.이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 의 “주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부”한 경우에 해당한다고 볼 수 있다.

(5) 또한, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 에서 “건설업자와 ‘최초’로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자”가 취득한 신축주택에 대하여 양도소득세를 감면하는 취지는 신축주택 수요창출을 통하여 건설경기 및 부동산경기를 회복하는데 있으므로 신축주택 매수자의 귀책사유 없이 주택건설업자의 부도 등 부득이한 사정에 의하여 동 업체로부터 포괄양수한 사업자와 매수자들이 재계약을 체결한 경우까지 그 재계약 시점을 위 법의 ‘최초’로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 것으로 보기는 어렵다.

(6) 따라서, 청구인과 ○○○간에 최초로 매매계약체결 및 계약금을 납부한 2002.5.27.은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 의 신축주택취득기간(2001.5.23.～2002.12.31.) 내에 있으므로 처분청이 청구인의 쟁점아파트 양도에 대하여 양도소득세 감면을 배제한 것은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다