청구인이 보유하던 피합병법인의 주식(4.28% 지분)을 반납한 대가로 합병법인의 주식(0.53% 지분)을 교부받고 그 사업연도에 교부받은 합병법인의 주식 중 일부 주식을 양도한 경우 「소득세법」 제94조 제 1항 제3호 가목에 규정한 대주주가 주식을 양도한 경우로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.11.30. ~ 2005.9.4. 기간 중 비상장법인인 ○○제약 주식회사(이하 "○○제약"이라 한다)의 보통주식 207，330주(발행주식 총수의 4.28%)를 취득하여 보유하다가 2006.11.22. ○○제약이 주권상장법인인 ◆◆◆◆ 주식회사(이하 "◆◆◆◆"이라 한다)에 합병비율 1:0.61의 비율로 흡수 합병됨에 따라 피합병법인인 ○○제약의 주식을 반납하고， 그 대가로 ◆◆◆◆의 보통주식 126，654주(발행주식총수의 0.53%)를 교부받고 그 중 59，525주(이하 "쟁점양도주식"이라 한다)를 2006년 12월중 장내에서 매도한 후， 2007.5.31. 쟁점양도주식의 양도에 대하여소득세법제94조 제1항 제3호 가목의 규정에 의거 대주주가 주식을 양도한 것으로 하여 그 양도차익에 대한 양도소득과세표준 및 자진납부세액을 921，728천원 및 184，345，790원으로 하여 양도소득과세표준 및 세액을 자진신고 ․ 납부하였다가 2008.6.26. 쟁점양도주식의 양도당시 청구인이 대주주에 해당되지 아니한다고 하여 자진신고 ․ 납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고， 2008.8.5. 처분청은 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점양도주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업 연도 종료일 현재에는 쟁점양도주식을 발행한 ◆◆◆◆의 발행주식을 전혀 보유한 사실이 없고， 다만 ○○제약의 주식 207，330주(발행주식 총수의 4.28%)만을 보유하다가 동 법인이 2006.11.22. ◆◆◆◆에 흡수합병됨에 따라 동 법인의 구주식을 제출하고 ◆◆◆◆의 신주식 126，654주(발행주식총수의 0.53%)를 교부받고， 2006년 12월 중 쟁점 양도주식을 양도하였다. 따라서， 청구인이 양도한 쟁점양도주식은 피합병법인인 ○○제약의 주식이 아니라 합병법인인 ◆◆◆◆의 주식으로 청구인은 쟁점양도 주식을 2006.11.22. 최초 취득하였고 지분율도 0.53%에 불과하여 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 및 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호 의 규정에 정한 대주주에 해당되지 아니하므로 이 건 경정 청구 거부처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 피합병법인(비상장법인)의 주주가 흡수합병으로 인하여 소유하고 있던 주식을 반납하고 그 대가로 교부받은 합병법인(주권상장법인)의 주식을 양도한 경우로서 당해 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 피합병법인의 주식 중 100분의 3 이상을 소유하고 있는 경우에는 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호 의 규정에 의한 대주주의 범위에 포함되는 것이므로(국세청 서면 4팀 -1116， 2007.4.6.)경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 보유하던 피합병법인의 주식(4.28% 지분)을 반납한 대가로 합병법인의 주식(0.53% 지분)을 교부받고 그 사업연도에 교부받은 합병법인의 주식 중 일부 주식을 양도한 경우 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에 규정한 대주주가 주식을 양도한 경우로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생 한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(선주인수권을 포함 한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율 ․ 시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장" 이라 한다)에 서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 증권거래법에 의한 코스닥상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법 에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니 하고 양도하는 것
• 다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식 등 (2) 소득세법 시행령 제157조 【대주주의 범위】

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령이 정하는 대주주"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타 주주" 라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3(코스닥상장 법인의 주식 등 및 증권거래법 시행령 제84조 의 27 제5항의 규정에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식 등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다) 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억 원(코스닥상장법인의 주식 등 및 증권거래법 시행령 제84조 의 27 제5항의 규정에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식 등의 경우 에는 50억 원) 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주

⑥ 제4항 제2호의 규정에 의한 시가총액은 다음 각 호의 금액에 의한다. 1. 주권상장법인 및 코스닥상장법인의 주식 등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세 가액. 다만， 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2005.12.31.~2006.12.31. 기간 중 ○○제약 및 ◆◆◆◆의 주식(지분)을 보유한 현황 및 양도한 내역 등을 보면， 아래 <표>와 같다. <표> 청구인의 주식 취득 내역 (단위: 주) 일자 주식명 증가 감소 재고 지분율 비고 05.12.31.

○○제약 207.330 4.28% 06.4.11.

○○제약 -10 06.11.22.

○○제약 -207.320 0 구주제출 06.11.22. ◆◆◆◆ 126,654 0.53% 신주교부 06.12월 ◆◆◆◆ -59.525 쟁점양도주식 03.12.31. ◆◆◆◆ 67,129

(2) 처분청의 심리자료 등에 의하면， 청구인은 쟁점양도주식을 양 도한 후에 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 및 소득세법시행령 제157조 제4항 제1호 에 의거 당해 주식을 대주주가 양도한 주식으로 보아 그 양도차익에 대하여 양도소득과세표준 및 세액을 자진신고 ․ 납부하였다가， 청구인이 쟁점양도주식을 양도할 당시 동 주식을 발행한 ◆◆◆◆의 대주주에 해당되지 아니한다고 하여 자진신고 ․ 납부한 양도소득세를 환급할 것을 구하는 내용의 경정청구를 제기하였고， 처분청은 흡수합병으로 인하여 피합병법인의 주주가 소유주식을 반납하고 그 대가로 교부받은 합병법인의 주식을 양도한 경우에 당해 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 피합병법인의 주식의 합계액의 100분의 3 이상을 소유하고 있는 경우에는 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호 의 규정에 정한 대주주의 범위에 포함된다고 해석한 국세청 예규(서면 4팀-1116， 2007.4.6.)를 근거로 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다. (3) 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 대통령령이 정하는 대주주가 양도하는 주권상장법인의 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상 양도소득으로 한다고 규정하고 있고， 소득세법 시행령제157조 제4항 제1호에서 "대통령령이 정하는 대주주"라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주를 말하고， 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다고 규정하고 있다.

(4) 살피건대， 2개 이상 회사의 합병으로 인하여 소멸하는 법인의 주주는 매수청구권을 행사하는 등과 같은 특별한 경우를 제외하고는 원칙적으로 피합병법인의 주식을 반납하는 대신 합병계약서상의 합병 비율과 배정방식에 따라 합병법인의 주주권을 취득하여 합병법인의 주주가 되는 것이고， 이 경우 객관적인 경제적 가치를 산정하여 교환한 소멸법인의 주식과 합병법인의 주식은 합병에 불구하고 그 경제적 실질은 사실상 동일한 것으로 인정하는 것이 타당한 바， 이 건과 같이 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인인 합병법인의 주주가 당해 법인주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 피합병법인의 주식을 100분의 3이상 소유한 경우에는 대주주에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(5) 그렇다면， 처분청이 쟁점양도주식을 대주주가 양도한 주식으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 일부 이유 있으므로 국세 기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.