계약당사자가 계약체결을 합의하기 위한 과정에서 작성한 분양잔금내역서상의 각 동・호수별 건물가액 및 토지가액을 합계하여 이를 곧바로 계약당사자가 합의한 쟁점건물 및 쟁점토지의 실지거래가액이라고 단정하기는 어려움
계약당사자가 계약체결을 합의하기 위한 과정에서 작성한 분양잔금내역서상의 각 동・호수별 건물가액 및 토지가액을 합계하여 이를 곧바로 계약당사자가 합의한 쟁점건물 및 쟁점토지의 실지거래가액이라고 단정하기는 어려움
○○○세무서장이 2008.7.16. 청구법인에게 한 2007년 제1기 부가가치세 4,997,579,740원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인과 ○○○이 합의하여 결정하고 계약서에 명시한 쟁점건물의 실지거래가액은 936억원이므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. 청구법인은 ○○○이 시행하는 ○○○ 주상복합건물(할인매장, 아파트, 오피스텔, 상가 등) 신축분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 시공회사이자 ○○○ 대출채무의 지급보증인으로서, ○○○이 대출금융기관이자 쟁점토지 관리수탁자인 주식회사 ○○○은행(이하 ○○○”이라 한다)에 부담하고 있는 280억원의 연체대출금을 2006.11.23. 대위변제하고, 신탁부동산 처분권을 보유한 ○○○으로부터 대위변제증서, 매매계약서 등을 교부받음으로써 쟁점토지의 소유권을 확보하여 2007.4.3. 청구법인 앞으로 소유권이전등기를 경료하였으며, ○○○과는 쟁점토지를 청구법인이 양수한 사실을 명확히 하기 위해 2007.3.30. 쟁점토지를 280억원에 양수하는 것으로 하는 내용의 합의서를 작성한 것이다. 쟁점사업 시행자인 ○○○이 위와 같이 은행대출금을 연체하는 등의 사유로 사업을 계속할 수 없게 되자 시공사인 청구법인이 쟁점사업을 인수하게 되었고, 청구법인이 쟁점사업을 인수할 경우 청구법인에게 유입될 금액, 즉 기분양된 부분으로부터 수령할 잔금 등의 예상금액과 미분양된 부분의 평가액을 합한 금액 1,216억원을 청구법인이 쟁점사업을 인수하여 얻을 수 있는 금액으로 보고, 그 1,216억원에서 기 소유권을 확보한 쟁점토지의 가액 280억원을 차감한 936억원을 쟁점건물의 매매가액으로 합의한 후 계약서에 이를 명시한 것이다. (2) 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 에 근거하여 저가나 무상거래의 경우에는 시가를 기준으로 과세표준을 증액 조정하여야 하나, 고가 거래의 경우에는 그러한 과세표준의 감액 조정을 할 수 없는 것이므로, 설령 처분청 의견대로 쟁점건물이 그 평가액 562억원보다 고가로 매매된 것이라고 하더라도 거래당사자간의 실지거래가액 936억원을 과세표준으로 하여야 한다. 처분청 의견대로 쟁점토지의 매매가액(280억원)을 처분청이 산정한 시가(464억원)보다 낮게 결정하고, 그 대신 쟁점건물의 매매가액(936억원)을 처분청이 산정한 시가(562억원)보다 높게 책정했다고 하더라도, 이는 부가가치세를 더 많이 납부하게 되는 결과를 가져와 조세회피행위가 없으므로 이 건 부가가치세 부과처분은 위법하다. 공급자인 ○○○이 청구법인으로부터 수령한 부가가치세액을 매출세액으로 납부하지 아니하였다고 하더라도 이는 공급자에 대한 납세징수의 문제이다.
(1) 청구법인과 ○○○이 실제 합의한 쟁점건물의 거래가액은 562억원이다. 청구법인과 ○○○은 입주자 모집공고 승인내역서상의 분양가액을 근거로 동·호수별로 분양분은 향후 수령할 것으로 예정되어 있는 잔금의 건물가액와 토지가액을, 미분양분은 분양예정가액의 90% 가액으로 건물가액과 토지가액을 일일이 산출하여 그 명세(엑셀문서 14장, 이하 “분양잔금내역서”라 한다)를 작성하고 이를 토대로 ‘채권현황총괄표’라는 제목의 문서 1장을 별도로 작성하여 이를 법인인감으로 상호 날인하여 쟁점건물과 쟁점토지의 가액을 확정하였고, 위 채권현황총괄표 및 분양잔금내역서를 계약서(제1차 합의서)에 근거서류로 첨부해 놓고서도 막상 계약서를 작성하면서는 쟁점건물의 가액을 936억원으로 사실과 달리 기재한 것이다.
(2) 청구법인은 마치 처분청이 청구법인과 ○○○ 사이의 실지거래가액을 부인하고 임의로 평가한 가액을 적용하여 부과처분한 것으로 오인하고 있으나, 처분청은 쟁점건물과 쟁점토지의 실지거래가액을 확인하여 과세한 것이지 실지거래가액을 부인하는 것이 아니다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가
4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가 (2) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.
④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.(이하 생략)
(1) 청구법인은 2003.3.5. ○○○이 시행하는 ○○○ 대지 8,593㎡ 위의 지상 20층 지하 6층 규모 주상복합건물 신축분양사업에 시공사로 참여하기로 하고, 시행사인 ○○○, 사업자금 관리사인 ○○○ 주식회사, 대출금융기관인 ○○○*/(이하 “○○○”이라 한다)과 사이에 사업약정서를 체결하였으며, 사업약정서 주요내용은 아래와 같다. (가) ○○○은 사업용 부지 확보, 설계 및 건축허가 업무, 토지관리처분신탁, 프로젝트파이낸싱을 통한 토지매입대금 및 공사비 조달, 분양책임 등의 업무를 수행하고, 청구법인은 시공사로서 공사도급계약에 따른 공사수행, ○○○의 대출금 850억원 중 1차 대출금 200억원에 대한 원리금 상환 지급보증 등의 업무를 수행하되, ○○○이 사업약정을 위반하거나 부도·화의신청·법정관리신청·파산신청 등으로 정상적인 사업을 수행할 수 없는 등의 경우에는 신탁된 쟁점토지의 소유권 및 사업시행권 등을 청구법인에게 이전한다. (나) ○○○과 ○○○은 2003.10.15. 900억원의 대출약정서를 체결하였고, 2003.10.16. ○○○을 위탁자로, ○○○을 수탁자로 하여 쟁점토지에 대한 ○○○부동산관리 및 처분신탁 계약을 체결하였다. (다) 위 사업약정서는 2003.10.15. 대출금액이 850억원에서 900억원으로 증액되면서 ○○○ 외에 추가 대출금융기관이 참여할 수 있도록 하고, 청구법인이 대출금 900억원 전체에 대한 원리금을 지급보증하며 소유권의 강제이전 사유로 3개월 이상의 원리금 연체 등의 조건이 추가되는 등 그 계약내용이 일부 변경되었고, 다시 2004.12.29. 대출금융기관이 ○○○에서 ○○○으로 변경되면서 ○○○의 모든 권리 등을 ○○○이 양수하고 쟁점토지의 관리처분신탁계약상 수탁자를 ○○○으로 하는 등 일부 계약조건이 변경되었다. (라) 사업약정서(변경된 사업약정서 내용 포함) 제12조(소유권의 강제 이전) ① ○○○은 아래 각호의 1의 사유가 발생하는 경우 ○○○이 ○○○(○○○)에 신탁한 토지의 소유권을 조건없이 청구법인에게 이전하고, 청구법인은 이를 수용하여야 한다. ○○○은 청구법인으로부터 해당사유를 근거로 소유권이전 요청을 받는 즉시 이의없이 청구법인의 명의로 소유권이전등기를 하여야 하며, 이때 ○○○의 토지에 대한 제권리는 당연 승계하는 것으로 하고 사업권리(인허가)의 양도문제도 이 약정 기명날인시 승낙한 것으로 간주한다. 이에 따라 발생되는 일체의 비용 및 제세금은 ○○○이 부담한다.
2. ○○○의 부도, 화의신청, 법정관리신청, 파산신청, 보전처분, 3개월 이상 원리금 연체, 기타 이와 동일시 할 수 있는 사유의 발생으로 ○○○이 정상적으로 본 사업을 수행할 수 없는 경우
② 제1항 각호의 1의 사유가 발생하는 경우 청구법인은 제1항에 따른 소유권이전 또는 사업시행권 인수와 상관없이 ○○○의 ○○○에 대한 대출채무를 사유발생일로부터 30일 내에 확정적으로 인수한다. (마) 사업약정서 제13조(사업시행권의 강제이전) ① ○○○은 제12조 제1항 각 호에 해당하는 사유가 발생하는 경우 토지소유권 뿐만 아니라 사업시행권을 조건없이 청구법인에게 이전하여야 한다. (바) 사업약정서 제14조(분양수입금 채권양도) ① 제12조에 의거 청구법인과 ○○○(자금관리자)가 협의하여 청구법인의 명의로 소유권이전과 동시에 ○○○이 이 사업의 수분양자에 대하여 가지고 있는 분양수입금 채권 일체는 청구법인에게 양도되는 것으로 한다.
(2) 쟁점사업 시행사인 ○○○은 2003.10.17. ○○○으로부터 쟁점사업과 관련하여 ○○○, 오피스텔 189호, 상가 149호*/에 대한 입주자 모집공고를 승인받아 분양을 개시하였으며, 수분양자들과의 분양계약에 따라 계약금, 중도금에 대하여 수분양자들에게 세금계산서 및 계산서를 발행하고 부가가치세 신고를 이행하는 등 쟁점사업을 진행하였다.
(3) 청구법인은 2004.5.13. ○○○과 사이에 쟁점건물 신축공사에 관하여 공사기간은 착공일로부터 31개월, 공사금액은 134,558,270,000원원(공급가액 122,325,700,000원, 부가가치세 12,232,570,000원) 등으로 하여 공사도급계약을 체결하였으며, 쟁점공사 도급계약서 제31조 제2항에 의하면, ○○○은 청구법인에게 지급하여야 할 공사대금·연체료·기타대금의 지급 및 청구법인의 프로젝트 금융자금의 연대보증에 따른 구상금을 담보하기 위하여 사업약정서에 근거하여 사업시행권 및 토지소유권의 양도를 위한 제소전 화해조서를 작성하도록 한다는 내용이 약정되어 있다.
(4) ○○○은 2004.11.9. ○○○(이하 ○○○”라 한다)로부터 100억원을 차입하면서 그 100억원을 쟁점토지 매수비용으로 사용하기로 하고 ○○○가 승인한 시중은행(○○○)에 예치하기로 하는 등의 내용으로 금전소비대차약정을 체결하였고, ○○○이 위 대여금을 인출하기 위해서는 ○○○가 부동산 매매에 관한 매매계약서 및 기타 매매대금 지급시기 등을 확인한 다음 각 매매계약서의 매도인에게 매매대금을 직접 입금하는 방식으로 승낙을 받아야 하고 그 인출 및 지급업무를 ○○○과 ○○○ 직원이 함께 수행하기로 약정한 사실이 나타나는바, 청구법인 주장에 의하면 위와 같은 약정에도 불구하고 ○○○은 칼라 스캐너 등으로 ○○○의 법인인감을 위조하는 등의 방법으로 대여금을 인출하여 다른 목적으로 유용하였고, 이에 ○○○는 2006.8.28. 위 대여금채권 등을 보전하기 위하여 공사중인 쟁점건물에 대한 가압류신청을 하였고(○○○은 채권자 ○○○, 채무자 ○○○, 청구채권 대여금 11,336,964,684원으로 하여 쟁점건물에 대한 가압류결정을 한 사실이 나타남, 2006.8.28. 부동산가압류 결정), 이에 따라 다른 수분양자들도 다수의 가압류집행을 하였고 쟁점토지 관리수탁자이자 대출금융기관인 ○○○은행도 2006.10.10. 이후 ○○○의 대출금 원리금 상환이 연체되자 채권회수절차에 착수하게 되었으며, 이에 따라 ○○○은 더 이상 쟁점사업을 시행할 수 없는 상황에 처하게 되었다는 것이다.
(5) ○○○은 청구법인에게 쟁점사업과 관련하여 ○○○ 앞으로 취급한 대출금이 2006.10.10. 만기가 도래하였으나 상환되지 아니하고 있다고 하면서, 연대보증인인 청구법인 앞 본건 대출금 중 만기도래분 280억원(외환 170억원, 경남 110억원)의 대위변제를 요청하니 2006.11.23.까지 대위변제하라는 내용으로 ○○○ 관련 쟁점사업 대출금 대위변제를 요청하였고, ○○○이 2006.11.23. 청구법인 앞으로 발행한 대위변제증서에 의하면 청구법인이 ○○○의 대출금 280억원을 전부 대위변제하였고, 2006.12.31.까지 신탁부동산(쟁점토지)을 처분방식을 통하여 소유권이전할 예정이라는 내용이 나타나며, 매도인이 ○○○, 매수인이 청구법인, 대상부동산은 ○○○ 대지 8,593.00㎡(쟁점토지), 매매대금은 280억원으로 작성된 부동산매매계약서가 작성된 것으로 나타난다.
(6) 청구법인과 ○○○은 2007.1.26. 쟁점건물의 건축주 명의를 ○○○에서 청구법인으로 변경하고, 쟁점사업의 시행사로서의 지위를 ○○○에서 청구법인으로 승계하였으며 이에 따라 건축중인 쟁점건물의 양수도 및 채권, 채무의 정산을 위하여 ‘자산양수도 및 채권, 채무 정산합의서’(이하 “1차합의서”라 한다)를 체결하였으며, 그 주요내용은 아래와 같다. (가) 1차합의서 제2조에 의하면 쟁점건물은 2007.1.26. ○○○로부터 청구법인으로 양수도되고 그 가액은 936억원(부가가치세 별도)으로 하고, 그 대금은 청구법인이 승계하는 ○○○의 채권, 채무 정산잔액과 상계하여 처리한다는 내용이며, 청구법인은 위 1차합의서에 따라 ○○○로부터 공급가액 936억원에 쟁점건물을 공급받았다는 내용의 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 나타난다. (나) 1차합의서에는 ‘채권채무 정산합의 세부내역’이라는 1장의 문서가 별첨되어 있고 당해 문서에는 청구법인의 미수채권금액은 159,298,005,270원(공사미수금 122,608,647,943원, 공사대금 지연이자 5,689,357,327원, ○○○ 대위변제 28,000,000,000원, 재판상 화해금 3,000,000,000원), ○○○의 순자산은 70,185,763,667원[채권 및 자산: 93,647,412,355원(기분양 미수잔금 건물분 58,425,741,416원, 미분양 물건 건물가액 35,221,670,939원), 채무: 23,461,648,688원(미완성건물 가압류 채무 등)]으로 기재되어 있다.
(7) 위 1차합의서 작성일(2007.1.26.)을 기준일로 하여 청구법인과 ○○○이 작성한 것으로 나타나는 분양잔금내역서(엑셀문서 14장) 및 그 집계표로 보이는 채권현황총괄표(1장)의 내용은 아래와 같다. (가) 채권현황총괄표에는 수금예정액이 79,964,988,080원, 미분양분 평가액이 41,682,424,275원으로 기재되어 있고, 미분양분 평가액은 상가를 10% 할인하여 산정하였다는 내용이 표시되어 있으며, 합계 121,647,412,355원이 취득가액(토지, 건물)으로 기재되어 있으나, 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액이 얼마인지는 구체적으로 구분되어 있지 아니한 것으로 나타난다. (나) 분양잔금내역서에 의하면, 쟁점사업 추진으로 건설되는 아파트, 오피스텔, 상가의 각 동·호수별 분양가액(분양금액, 건물가액, 대지가액이 구분되어 있음)과 잔금(건물가액, 대지가액이 구분되어 있음), 미분양분의 예정분양가액(건물가액, 대지가액이 구분되어 있음)이 산출되어 있으나, 각 동·호수별 건물가액과 토지가액을 합산한 금액이 기재되어 있지는 아니한 것으로 나타난다. (다) 위 채권현황총괄표 및 분양잔금내역서에 쟁점건물 가액, 쟁점토지 가액이 합계되어 명시되어 있지는 아니하나, 처분청은 아래 <표>와 같이 분양잔금내역서상의 각 동·호수별 분양가액 중 토지가액을 합산해보면 464억원, 건물가액을 합산해보면 562억원이고, 나머지는 기분양분 중 연체중인 중도금의 합계액 19,079,944,990원이라는 의견이다(합계는 121,647,412,354원으로 채권현황총괄표상의 취득가액 합계와 같으며, 연체 중도금은 건물가액에도 토지가액에도 포함되지 않는 별도의 채권으로 분류하였음). <표> 2007.1.26. 현재 ○○○ 소유 자산평가내역(처분청 집계) (단위: 백만원) 구분 대 지 건 물 연체중도금 합 계 비 고 분 양 분 아파트 11,528 14,303 3,404 29,235 대지 및 건물은 분양계약서상의 잔금가액임(회수기일 미도래분) 오피스텔 4,184 4,099 2,615 10,898 상가 11,944 14,827 13,061 39,832 소계 27,656 33,229 19,080 79,965 미 분 양 분 아파트 307 344 651 분양예정가액의 90%로 평가 오피스텔 166 154 320 상가 18,259 22,452 40,711 소계 18,732 22,950 41,682 합계 46,388 56,179 19,080 121,647 * 분양분은 중도금을 제외한 잔금만을 ○○○ 소유 자산으로 평가함
(8) 청구법인과 ○○○이 2007.3.30. 체결한 ‘자산양수도 및 채권, 채무정산합의서(이하 “2차합의서”라 한다) 주요내용은 아래와 같고, 청구법인은 2007.3.30. ○○○로부터 쟁점토지를 매입한 것으로 하여 공급가액 28,000,000,000원의 계산서를 교부받았다. (가) 제1조(목적): 이 합의서는 2003.3.5.자 사업약정서, 2003.10.15.자, 2004.12.29.자 각 변경사업약정서 등의 약정에 근거하여 쟁점사업의 시행주체가 ○○○로부터 청구법인으로 변경됨에 따라, 쟁점사업과 관련된 사업부지인 쟁점토지의 양수도 및 채권, 채무를 정산하기 위한 목적으로 작성된다. (나) 제2조(자산양수도): 쟁점사업 사업부지인 쟁점토지는 2007.3.30.부로 ○○○로부터 청구법인으로 양수도되고, 그 가액은 280억원으로 하며, 쟁점토지 매매대금은 ○○○에 대한 청구법인의 채권잔액과 상계하여 처리한다.
(9) 쟁점토지 등기부등본에 의하면 2004.12.29. ○○○(수탁자)이 신탁을 받았고, 2007.3.30. 신탁재산이 처분되어 청구법인이 매매를 원인으로 하여 2007.4.3. 쟁점토지의 소유권을 취득하였으며, 거래가액은 280억원이라는 내용이 등기되어 있다.
(10) 처분청이 제시하는 과세근거는 아래와 같다. (가) 청구법인과 ○○○은 1차합의서 제2조에서 쟁점건물의 가액을 936억원으로 기재하고, 그 산출근거로 ‘채권채무 정산합의 세부내역’을 제1차합의서 별첨서류로 첨부하고 있다. 1차합의서 작성과정에서 청구법인과 ○○○은 채권·채무 정산목적으로 양수도될 쟁점건물과 쟁점토지에 대하여 그 가액을 결정함에 있어 2003.10.17. ○○○으로부터 득한 입주자 모집공고 승인내역서를 근거로 평가하고 이를 ‘채권현황총괄표’(2007.1.26.)를 작성하여 구체화하였다. 청구법인과 ○○○은 2007.1.26. 현재 채권채무 정산목적으로 서로간에 양수도될 ○○○ 소유의 총자산가액을 1,216억원으로 합의하고 이를 채권현황총괄표 우측상단에 구체적으로 명기하고 있다. ○○○ 소유의 총자산가액 1,216억원은 ○○○으로부터 득한 입주자 모집공고 승인내역서를 토대로 기 분양분은 향후 수분양자들로부터 수납될 토지와 건물의 잔금가액으로, 미분양분은 분양예정 토지·건물가액의 90%로 하여 확정하고 여기에 기분양분의 중도금 중 회수기간이 도래하였으나 회수되지 아니한 연체 중도금을 더하여 산출한 것이며, 이렇게 확정된 ○○○ 소유의 총자산은 건물가액 562억원, 토지가액 464억원, 연체 중도금 190억원으로 구성되어 있다. (나) 청구법인과 ○○○은 입주자 모집공고 승인내역서상의 분양가액을 근거로 동·호수별로 ① 분양분은 향후 수령할 것으로 예정되어 있는 잔금의 건물가액과 토지가액을, ② 미분양분은 분양예정가액의 90%로 건물가액과 토지가액을 일일이 산출하여 그 명세(엑셀문서 14장의 분양잔금내역서)를 작성하고 이를 법인인감으로 상호 날인(간인)하여 쟁점건물(562억원)과 쟁점토지(464억원)의 가액을 확정하였고, 이러한 분양잔금내역서를 토대로 채권현황총괄표를 작성하여, 2007.1.26. 현재의 ○○○ 소유 자산가액을 총 1,216억원으로 서로 합의해 놓고서도, 막상 1차합의서를 작성하면서는 쟁점건물의 가액을 936억원으로 약정하여 사실과 다르게 기재한 것이다. (다) 2007.3.30. 청구법인과 ○○○은 쟁점토지의 양수도 및 채권·채무 정산을 위하여 ‘자산양수도 및 채권, 채무정산합의서“(2차합의서”)를 작성하였으며, 2차합의서에 쟁점토지의 가액을 280억원으로 하여 청구법인이 이를 양수하고 그 대금은 채권잔액과 상계하기로 하였다. 청구법인과 ○○○은 위와 같이 수수한 쟁점건물관련 쟁점세금계산서와 쟁점토지 관련 계산서를 반영하여 2007년 제1기 부가가치세 예정신고를 하였고, 청구법인은 관련 매입세액 9,364백만원을 공제받았으며, ○○○은 관련 매출세액 9,364백만원을 전혀 납부하지 아니하여 무재산을 이유로 결손처분을 하기에 이르게 되었다. (라) 결국 청구법인은 1차합의서 첨부서류인 채권현황총괄표, 분양잔금내역서 등에 의하여 확인되는 쟁점건물의 실지거래가액 562억원 보다 374억원을 과다하게 기재하여 936억원의 쟁점세금계산서를 교부받은 것이다.
(11) 청구법인이 주장하는 1차합의서 작성경위 등은 아래와 같다. (가) 쟁점건물 가액 936억원은, 쟁점사업의 전체 잔여평가액을 1,216억원으로 정한 후, 쟁점토지가액 280억원을 차감한 가액이다. 즉 1차합의서에서 청구법인과 ○○○은 쟁점건물과 쟁점토지의 가치를 미분양분의 분양가액 등을 기초로 1,216억원으로 정하고, 청구법인이 기 소유권을 확보한 쟁점토지 가액 280억원을 차감한 나머지 936억원을 쟁점건물의 매매가액으로 합의하여 그 대가를 청구법인이 ○○○에 대하여 가진 공사미수금 채권 등과 상계하여 지급한 것이다. (나) 청구법인은 사업약정서에 따라 2006.11.23. ○○○을 대신하여 ○○○은행에 차입금 280억원을 대위변제하였고, ○○○은 위 대위변제에 기하여 신탁부동산의 처분방식을 통해 소유권을 이전해 주기로 하였으며, 그 후 쟁점토지를 그 수탁자인 ○○○은행으로부터 매매대금 280억원에 매수하는 내용의 매매계약을 2007년 3월에 체결하였다. 청구법인은, 위 사업약정서에 따라 청구법인이 ○○○의 채무를 대위변제하고 대신 대위변제금액으로 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리를 보유하고 있었던 것이며, 실제로 청구법인은 2006.11.23. ○○○의 요구에 의하여 ○○○의 대출금 280억원을 대위변제하고, 2007.4.3. ○○○으로부터 직접 쟁점토지의 소유권을 이전받았으며 실지거래가액은 280억원이다. 나아가 2007.3.30. ○○○과의 사이에 계약일 당일 쟁점토지를 ○○○로부터 청구법인에게로 대금 280억원에 양도하고, 그 대금은 청구법인의 채권잔액과 상계하여 처리한다는 등의 내용인 ‘자산양수도 및 채권, 채무정산합의서’(2차합의서)를 체결하여, 그 대가를 청구법인이 ○○○에 대하여 가지고 있던 공사미수금 채권과 ○○○ 대위변제에 따른 구상채권 등과 상계하는 방법으로 지급하였고, 같은 날 ○○○은 쟁점토지의 공급가액을 280억원으로 기재한 계산서를 청구법인에게 교부하였다. 청구법인은 쟁점사업을 인수하였을 때 청구법인에게 유입될 금액, 즉 기분양된 부분으로부터 수령할 예상금액 및 미분양된 부분의 평가액을 합한 금액을 쟁점토지 및 쟁점건물을 모두 인수하여 쟁점사업을 진행할 경우 청구법인이 얻을 수 있는 금액으로 보아 이를 기준으로 매매가액을 정한 것인 바, 청구법인이 쟁점사업을 추진하면서 얻을 수 있는 수입을 추정해 본 결과, 이미 분양 완료된 분은 각 동·호수별로 분양금, 잔금을 일일이 산출하여 합산하였고, 미분양분은 입주자 모집공고 승인내역서상의 예정분양가액을 기준으로 하되 보수적으로 평가하되 분양이 이루어지지 아니할 수 있음을 고려하여 예정분양가액의 90%로 하여 기분양된 부분으로부터 수령할 예상금액 및 미분양된 부분의 평가액을 합한 금액을 1,216억원으로 산정하였고, 여기에서 쟁점토지의 가액은 이미 280억원으로 정하여져 있었으므로 위 1,216억원에서 280억원을 차감한 나머지인 936억원을 쟁점건물의 가액으로 결정한 것이다. (다) 청구법인은 쟁점토지에 대한 대출금을 대위변제함으로써 ○○○이 대출금을 상환하지 못하면 이에 기하여 쟁점토지를 처분할 수 있는 관리신탁처분권을 가지고 있었던 ○○○으로부터 280억원에 쟁점토지의 소유권을 취득하였고, 쟁점사업의 분양계약 승계 등과 관련된 내용을 명확히 하기 위하여 ○○○과 2차합의서를 작성한 것이며, 수탁자인 ○○○은행으로부터 쟁점토지의 소유권을 이전받아 그에 대한 소유권이전등기를 경료한 것이다.
(12) 이 건의 쟁점은 쟁점건물의 실지거래가액이 1차합의서에 기재된 936억원인지 분양잔금내역서상의 각 동·호수별 건물가액을 합계한 금액 562억원인지 여부이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 계약당사자가 토지와 건물의 가액을 구분하여 실지거래를 한 경우에 있어서 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액은 그 실지거래가액을 말하는 것이고 공급 당시의 객관적인 교환가치를 말하는 것은 아니라고 할 것이고(○○○ 2004.4.7. 같은 뜻), 실지거래가액은 특별한 사정이 없는 한 계약당사자가 합의하여 작성한 매매계약서 등의 처분문서에 기재된 가액을 의미한다고 할 것이다. (나) 계약당사자인 청구법인과 ○○○이 쟁점건물의 매매에 대하여 합의한 사실을 나타내는 처분문서인 매매계약서는 1차합의서가 유일한 것으로 확인되고, 쟁점건물의 매매와 관련하여 청구법인과 ○○○이 이와 달리 합의한 매매계약서 등은 없는 것으로 나타나므로 위 1차합의서가 유일한 매매계약서로 보이고, 따라서 특별한 사정이 없는 한 그 1차합의서에 기재된 매매가액을 계약당사자가 서로 합의한 쟁점건물의 실지거래가액이라고 보아야 할 것이다. (다) 또한, 청구법인은 ○○○에 ○○○이 대출받은 280억원을 대위변제하고, 쟁점토지의 관리수탁자인 ○○○으로부터 신탁재산의 처분방식을 통하여 쟁점토지의 소유권을 이전받아 거래가액을 280억원으로 등기하였고, 신탁자이자 원 소유자인 ○○○과의 사이에서도 쟁점토지를 280억원에 매수하는 것을 내용으로 하는 2차합의서를 작성하였으므로, 청구법인이 쟁점토지에 대한 완전한 소유권을 280억원에 취득한 사실을 부인하기는 어렵다. (라) 따라서, ○○○이 시행하던 쟁점사업 관련 자산인 쟁점부동산을 인수하여야 하는 청구법인의 입장에서 ○○○의 총자산을 1,216억원으로 평가한 후 이미 소유권을 취득한 쟁점토지 가액 280억원을 차감한 936억원을 쟁점건물의 가액으로 결정한 것은 그 나름대로 합리성이 있는 거래가액 결정방법이라고 볼 수 있다. (마) 그런데, 처분청은 청구법인과 ○○○이 작성한 분양잔금내역서상 각 동·호수별 건물가액 및 토지가액을 합산한 금액을 쟁점건물 및 쟁점토지의 실지거래가액이라고 보고 있는 바, ○○○의 자산을 인도·인수하여야 하는 ○○○과 청구법인으로서는 ○○○의 보유자산을 평가하여야 할 것이고 그 평가방법으로서 각 동·호수별 건물 및 토지가액을 적절한 방법으로 평가한 후 이를 합계하였다면 그 총액은 ○○○의 자산가액으로서의 의미만 있는 것이지 각 동·호수별 가액이 계약당사자간에 일정한 구속력을 지니고 있다고는 인정할 수 없다. 따라서 청구법인과 ○○○이 쟁점건물 및 쟁점토지의 거래가액을 별도로 합의하였다는 내용을 입증할 수 있는 객관적 근거가 제시되지 아니한 상태에서 계약당사자가 계약체결을 합의하기 위한 과정에서 작성한 분양잔금내역서상의 각 동·호수별 건물가액 및 토지가액을 합계하여 이를 곧바로 계약당사자가 합의한 쟁점건물 및 쟁점토지의 실지거래가액이라고 단정하기는 어렵다고 판단된다. (바) 따라서, 처분청이 청구법인과 ○○○이 1차합의서에 명시한 쟁점건물의 거래가액 936억원을 실지거래가액이 아니라고 하여 부인하고 분양잔금내역서상의 각 동·호수별 건물가액을 합계한 금액 562억원을 쟁점건물의 실지거래가액으로 보아 쟁점세금계산서상 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 것은 잘못이 있다고 할 것이다.
이 건 심판청구는 조세심판원합동회의에서 심리한 결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.