조세심판원 심판청구 부가가치세

실수로 거래시기를 달리하여 교부한 세금계산서의 매입세액공제 여부

사건번호 조심-2008-서-3753 선고일 2009.01.14

실수로 공급처가 계산서를 교부한 후 추후 이를 발견하고 다시 세금계산서를 거래시기를 달리 하여 교부한 매입세금계산서는 공제받을 수 없음

주문

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 ○○시 ○○구 ○동 245-2 소재 ○○○○연립재건축조합으로서, 2007.6.15. (주)○○건설과 31세대(국민주택규모 이하 30세대, 국민주택규모 초과 1세대)의 아파트 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 시공 계약하고, 2007년 제2기 예정신고 및 확정신고시 시공사인 (주)○○건설로부터 쟁점공사에 대한 공사비 합계 12억원(2007.9.18. 1억3,600만원, 2007.11.2. 9,200만원, 2007.12.24. 9억7,200만원)을 계산서로 교부받아 부가가치세 신고시 제출하였으며, 2008년 제1기 부가가치세 신고시 국민주택 초과분 1세대에 대하여 (주)○○건설로부터 예정면적비율 4.4%로 산정한 공급가액 130,984,920원 상당의 세금계산서 4매를 수취하여 부가가치세를 환급 신청하였다.
  • 나. 처분청은 2008.9.5. 위 환급신청에 따른 부가가치세 현지 확인 결과, 환급 신청한 매입세액에 2007년 제2기 과세기간의 매입세액 6,092,970원이 포함되어 있음을 확인하고, 공급시기를 달리한 매입세액으로 보아 이를 불공제하여 2008.9.8. 청구인에게 5,786,920원만을 환급하였으며, 이에 청구인은 2008.9.30. (주)○○건설이 교부한 2007년 제2기분 세금계산서상의 매입세액에 대하여 공제하여 줄 것을 경정 청구하였으나 처분청은 이를 받아들이지 아니하여 2008.11.5. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점공사의 시공사인 (주)○○건설로부터 2007년 제2기 예정신고 및 확정신고시 계산서를 교부받아 부가가치세 신고시 제출한 후, (주)○○건설이 2007년 제2기 공사비 중 국민주택 규모 초과분 공사비에 대하여 청구인에게 세금계산서를 교부하여야 함에도 실수로 계산서를 발급한 사실을 알고 2008.9.17. 부가가치세를 수정신고 ㆍ 납부하고, 청구인에게 세금계산서를 작성 ㆍ 교부하였으므로 청구인에게 2008년 제1기 부가가치세 경정결정과 함께 2007년 제2기 부가가치세를 환급하여야 한다.
  • 나. 처분청 의견 청구인이 신축하는 쟁점공사 중 국민주택규모 초과분 1세대는 부가가치세 과세대상으로 2007년 제2기에 (주)○○건설로부터 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제를 신청하여야 하나 세금계산서 미발행으로 신고누락하였으며, 2008년 제1기 세금계산서에 2007년 제2기 공급가액을 합산한 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제를 신청하였으나, 공급시기 이후에 발행된 세금계산서의 공급세액은 공급시기 위반에 해당하여 매입세액 불공제 대상이다. (주)○○건설이 2007년 제2기에 발행한 계산서가 잘못되었음을 발견하고 부가가치세 수정신고 ․ 납부한 다음 청구인에게 2008.9.17. 세금계산서를 교부하였으므로 이에 따른 매입세액을 공제하여 환급결정하여야 한다는 주장이나, 부가가치세법상의 매입세액은 실제거래시기에 세금계산서를 교부받아야 매입세액 공제가 가능함에도 청구인은 당초 거래시기인 2007년 제2기가 아닌 부가가치세 경정결정일 이후인 2008.9.17. 세금계산서를 교부받아 경정청구하였는 바, 이는 부가가치세법상 공급시기 위반으로 매입세액 불공제 대상이므로 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 시공사인 (주)○○건설이 청구인에게 착오로 부가가치세 과세 용역 공급분에 대하여 계산서를 교부한 후, 공급시기 이후에 부가가치세를 자진 수정신고 납부하고 청구인에게 과세기간을 달리하여 교부한 세금계산서에 대하여 매입세액 공제가 가능한지 여부
  • 나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

4. 작성년월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계Tks서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 왼료되는 때

2. 완성도 기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의2제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

○ 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

○ 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과새기간내에 교부받은 경우

○ 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 3년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2007.6.15. 쟁점공사 도급계약을 (주)○○건설과 체결하고, 2007년 제2기 예정신고 및 확정신고시 (주)○○건설로부터 쟁점공사에 대한 공사비 합계 12억원에 대한 계산서를 교부받아 부가가치세 신고시 제출하였고, 2008년 제1기 부가가치세 신고시 국민주택 초과분 1세대에 대하여 (주)○○건설로부터 예정면적비울 4.4%로 산정한 공급가액 130,984,920원 상당의 세금계산서 4매를 수취하여 환급신청하였으나, 처분청은 2008.9.5. 위 환급신청에 따른 부가가치세 현지확인 결과, 환급신청한 매입세액에 2007년 제2기 과세기간의 매입세액 6,092,970원이 포함되어 있음을 확인하고, 공급시기를 달리한 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하여 2008.9.8. 청구인에게 5,786,920원만을 환급하였다. (주)○○건설은 2007년 제2기에 잘못 발급된 계산서에 대하여 2008.9.17. 부가가치세를 수정신고ㆍ납부하고 세금계산서를 발급하여 청구인에게 교부하였고, 청구인은 2008.9.30. 2007년 제2기분 세금계산서에 대하여 매입세액 환급을 요구하는 경정청구를 한 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 시공사인 (주)○○건설에서 당초 교부한 계산서를 첨부하여 법정신고기한 내에 부가가치세를 신고하였고, (주)○○건설이 당초 청구인에게 교부한 계산서가 잘못 발행된 것을 알고 이에 대한 부가가치세를 자진하여 수정 신고 ㆍ 납부하고 청구인에게 이 건 세금계산서를 교부하였으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부함은 부당하다고 주장한다. (3) 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호는 같은법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받는 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제2항 제3호는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있다.

(4) 처분청의 현지확인 보고서에 의하면, (주)○○건설은 2008년 제1기분 공사비에 대하여 과세면적비율(4.4%)로 세금계산서를 발행하였으며, 처분청은 청구인이 2008년 제1기에 교부받은 세금계산서 5매와 계산서 4매에 대하여 적정성 여부를 검토한 결과, 아래 표와 같이 2008년 제1기 공사비 대비 부가가치세 과세대상 공사비가 60,929,715원을 초과한 사실을 확인하고, 공급시기를 달리한 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하였다. 구분 세금계산서 계산서 공사원가(합계) 공사원가 (합계) 적정재계산 차액 (부인금액) 공급가액 부가세 공급가액 (부가세) 2008.1기 예정(4매) 46,552,000 4,655,200 1,011,448,000 1,062,655,200 4.305% 41,588,460 (4,158,846) 4,963,540 (496,354) 2008.1기 확정(1매) 84,432,920 8,443,292 634,497,080 727,373,292 28,466,745 (2,846,675) 55,966,175 (5,596,617) (주)○○건설의 부가가치세 신고서 자료에 의하면, 2008.9.17. 2007년 제2기 예정 및 확정신고에 대한 부가가치세를 수정 신고 및 납부한 것으로 나타난다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 ‘세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성연월일이 사실과 다르게 기재된 경우’라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 할 것인 바, 그 이유는, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행 ․ 교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계(前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법체계에서 세금계산서제도는 당사자간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이다. 따라서, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는, 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도, 부가가치세법제17조 제2항 제1의2 본문 소정의 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니된다 할 것이다(대법원 2002두 5771, 2004.11.18. 전원합의체 참조). 청구인이 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 (주)○○건설로부터 세금계산서를 교부받은 것에 대하여, 처분청이 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 환급하여 달라는 청구인의 경정 청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)