자료상혐의자와의 매입거래 중 현금거래분을 가공거래로 보아 과세한 처분의 당부

○○○세무서장이 2008.9.5. 청구인에게 한 2001년 제2기 부가가치세 13,028,600원, 2001사업연도 법인세 33,779,230원의 부과처분은 이를 취소한다.

○○○세무서장은 청구법인의 매입처인 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)에 대한 자료상혐의자조사를 실시하여, 청구법인이 2001.2기 부가가치세 과세기간에 ○○○으로부터 서버 및 컴퓨터 관련장비를 매입하고 교부받은 매입세금계산서 2매 277,200천원(공급대가, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 자료상거래 혐의자료로 처분청에 통보하였다. 처분청은 ○○○세무서장의 자료통보에 따라 쟁점세금계산서 중 금융거래자료에 의하여 확인된 200,000천원을 제외하고 현금거래를 주장하는 77,200천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 실물거래없는 가공거래금액으로 보아 2008.9.5. 청구법인에게 2001.2기분 부가가치세 13,028,600원, 2001사업연도 법인세 33,779,230원 합계 46,807,830원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 프로그램을 개발하여 판매하는 사업자로 2001년 6월경 매출처인 주식회사 ○○○(주식회사 ○○○에서 법인명 전환, 이하“○○○”이라 한다)과 업무관련 프로그램과 운용장비 일체에 관한 공급계약을 체결하고, 이와 관련한 장비와 일부 프로그램을 ○○○으로부터 납품받아 프로그램을 완성하고 장비일체를 설치한 것으로, 같은 해 7월과 9월에 2회에 걸쳐 ○○○으로부터 장비와 프로그램을 납품받아 ○○○에게 설치하였으며, 대금 277,200천원 중 200,000천원은 ○○○에 무통장으로 송금하였고, 나머지 금액 77,200천원은 2001.12.22. 은행에서 99,000천원을 인출하여 이 중 일부를 지급한 것으로 매입처인 ○○○이 자료상혐의자라는 사실만으로 현금거래분에 대하여 가공거래로 보아 부가가치세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 ○○○으로부터 구입한 업무관련 프로그램과 장비를 ○○○에게 판매하고 대금 277,200천원 중 200,000천원은 무통장입금하고, 나머지 77,200천원은 2001.12.22. 은행에서 인출하여 현금으로 지급하였다고 주장하며 ○○○은행 예금계좌사본, 입금표․출금전표, 각 거래처의 확인서를 제출하고 있으나 현금으로 인출한 금액의 실제 지급내역을 확인할 수 없으며, 객관적이고 구체적인 입증서류를 제시하지 못하고 있으므로 현금거래분에 대해서는 실물거래없는 가공거래로 보아 부가가치세 등을 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

○○○으로부터 교부받은 매입세금계산서 중 현금거래분이 가공거래인지 여부

• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제21조【경 정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (2) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 (3) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 2000.1.24. 서비스 소프트웨어개발을 영위하는 사업을 개업하여 2007.8.31. 폐업한 법인사업자이고, 매입처인 ○○○은 2000.4.10. 청구인과 같은 사업목적으로 개업하여 2003.10.1. 폐업한 법인사업자이다. (나) ○○○세무서장은 청구인의 매입처인 ○○○에 대한 자료상혐의자조사를 실시하여, 청구인이 2001.2기 부가가치세 과세기간에 ○○○으로부터 서버 및 컴퓨터 관련장비를 매입하고 교부받은 쟁점세금계산서를 자료상거래 혐의자료로 처분청에 통보하였다. (다) 처분청은 위 자료통보에 따라 쟁점세금계산서 중 금융거래자료에 의하여 확인된 200,000천원을 제외하고 현금거래를 주장하는 쟁점금액에 대하여 실물거래없는 가공거래금액으로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하고 법인세 손금불산입하였다.

(2) 청구인이 ○○○로부터 교부받은 쟁점세금계산서 중 현금거래분인 쟁점금액이 가공거래금액인지 여부를 본다. (가) ○○○이 쟁점과세기간에 가공거래한 현황을 보면, 매출액 7,863,695천원 중 가공매출액은 7,272,022천원으로 가공비율이 92.4%이고, 매입액 7,704,091천원 중 가공매입액은 6,752,857천원으로 가공비율이 87.6%인 것으로 처분청의 조사종결서에 나타난다. (나) 청구인, ○○○ 및 ○○○은 2001.6.14. ○○○ 사업장의 시스템구축을 위하여 공동협력계약을 체결하였는데, 주요내용은 청구인이 ○○○에게 공급하는 계약제품의 계약금액은 ○○○ 시스템 3대(180,000천원), “○○○ 서비스” 기획 및 시나리오 구성 등 일체(30,000천원), “○○○ 서비스” 시스템 개발비용 1식(60,000천원) 합계 270,000천원(부가가치세 제외)이고, ○○○이 청구인에게 공급하는 계약제품의 대금은 ○○○ 시스템 3대(180,000천원), “○○○ 서비스” 기획 및 시나리오 구성 등 일체(12,000천원), “○○○ 서비스” 시스템 개발비용 1식(60,000천원) 합계 252,000천원(부가가치세 제외)로 한다는 내용으로 약정되어 있다. (다) 청구인은 ○○○으로부터 교부받은 쟁점세금계산서 내역은 2001.8.2. 공급대가 110,880천원, 2001.9.25. 공급대가 166,320, 합계 277,200천원인 바, 청구인은 ○○○에게 컴퓨터 관련 장비 및 소프트웨어를 공급하고 대금 중 일부를 청구인의 ○○○은행 예금계좌○○○로 2001.9.26. 100,000천원, 2001.9.28. 100,000천원 합계 200,000천원을 받아 ○○○의 ○○○은행 예금계좌○○○로 2001.9.26. 100,000천원, 2001.9.28. 100,000천원 합계 200,000천원을 송금한 사실이 통장거래내역, 무통장입금증 등에 의하여 확인된다. (라) 처분청이 쟁점세금계산서 중 위 금융거래자료로 확인된 200,000천원을 정상거래분으로 인정한 근거를 보면, 청구인이 ○○○으로부터 컴퓨터 장비 등을 납품받은 이 건 거래가 청구인이 ○○○에 납품한 컴퓨터 장비 등과 관련이 있는 지에 대하여, 이 건 거래는 소프트웨어와 하드웨어를 동시에 공급한 거래이며, 청구인이 ○○○에 납품한 컴퓨터 장비 등도 소프트웨어와 하드웨어를 동시에 공급한 거래로 확인되며 거래시기나 거래금액 등에 비추어 두 거래가 서로 연관성이 있어 보이므로 청구인이 ○○○으로부터 컴퓨터 장비 등을 납품받아 가공처리하여 ○○○에 납품한 것으로 보인다는 이유이다. (마) 쟁점세금계산서 중 쟁점금액인 현금거래분 77,200천원와 관련하여 청구인은 2001.12.22. 청구인 명의의 ○○○은행 예금계좌○○○에서 쟁점금액의 상당액인 99,000천원을 인출한 사실이 통장거래내역에 의하여 확인되고, 2001.12.31. ○○○에게 77,200천원을 지급하고 교부받았다고 입금표를 제시하고 있다. (바) 위 (다)에서 본바와 같이 ○○○은 청구인으로부터 컴퓨터 관련 장비 및 소프트웨어를 공급받고 대금 중 일부를 청구인의 ○○○은행 예금계좌○○○로 2001.9.26. 100,000천원, 2001.9.28. 100,000천원 합계 200,000천원을 송금한 사실이 금융거래자료에 의하여 확인되고, ○○○의 2001년 2기 부가가치세 신고내역에 청구인으로부터 270,000천원(공급가액)을 매입한 것으로 신고한 사실이 국세통합전산망에 나타난다. (사) 매입처인 ○○○ 박○○○는 2008.8.11. 청구인과 2001년 6월 서버 및 컴퓨터주변기기와 프로그램개발에 관한 계약을 체결하고 1차로 2001년 7월에, 2차로 같은 해 9월에 납품을 하였고, 세금계산서는 당해 물건의 인도시점 후인 2001년 8월 및 9월에 교부하였으며, 대금은 납품 완료 후인 2001년 9월에 200,000천원을 지급받고 잔액은 2001년 12월에 지급받았다는 내용의 확인서를 작성하고, 또한 매출처인 ○○○ 임○○○는 같은 날 청구인과 업무관련 프로그램과 장비 일체에 관한 계약을 2001년 6월에 체결하고 1, 2차에 걸쳐 납품받았고, 1차 세금계산서는 물건 수수 후인 2001년 7월, 2차는 9월에 교부받았으며, 대금은 2001년 6월에 계약금 19,800천원, 2001년 9월에 중도금 200,000천원, 2001년 12월에 잔금 77,200천원을 지불하였다는 내용의 확인서를 작성하였다.

(3) 살피건대, 청구인, ○○○ 및 ○○○ 3개 업체가 체결한 공동협력계약서에 청구인이 ○○○에게 납품대금으로 252,000천원(공급가액)을 지급하고 이를 가공처리하여 ○○○에게 납품하고 대금 270,000천원(공급가액)을 지급받은 것으로 약정되어 있고 컴퓨터 프로그램 및 관련 장비공급업체 특성상 다른 업체로부터 컴퓨터 장비 등을 납품받아 여기에 프로그램 등을 장착하여 다시 다른 업체에 공급하는 것이 일반적인 거래형태인 점, 처분청도 청구인이 ○○○에게 납품한 컴퓨터 장비 등이 소프트웨어와 하드웨어를 동시에 공급한 거래로 확인되고 거래시기나 거래금액 등에 비추어 청구인이 ○○○으로부터 컴퓨터 장비 등을 납품받아 가공처리하여 ○○○에 납품한 것으로 보아 실물거래를 인정하고 있는 점, ○○○이 2001년 2기에 청구인으로부터 교부받은 세금계산서 270,000천원(공급가액)을 매입신고한 점, 청구인이 2001.12.22. 청구인 명의의 예금계좌에서 쟁점금액 상당액인 99,000천원을 인출한 사실로 보아 현금거래를 하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, ○○○ 김○○○ 및 ○○○ 임○○○가 청구인에게 물품을 납품하고 대금을 지급받고 가공처리된 물품을 다시 청구인으로부터 납품받아 대금을 계좌이체 또는 현금으로 지급하였다는 내용의 확인서를 작성한 점 등을 고려할 때, 쟁점금액을 현금으로 지급하여 금융거래자료 등 객관적인 증빙이 부족하기는 하나 사실관계 등을 통하여 이 건 거래가 실물거래임이 인정되므로 현금거래분인 쟁점금액도 실지매입금액으로 보아 매입세액을 공제하고 동 매입액을 손금산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.