처분청이 쟁점 1・2주택 및 그 부수토지가 동시에 양도된 것으로 보아 쟁점1주택이 먼저 양도되고 쟁점2주택이 나중에 양도된 것으로 가정하여 쟁점1주택에 대하여는 비과세규정 및 신축주택 감면규정을 적용하고 재정2주택에 대하여는 신축주택감면규정만 적용한 판단은 잘못이 있다고 판단되므로 쟁점1・2주택에 양도시기에 대한 사실관계를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
처분청이 쟁점 1・2주택 및 그 부수토지가 동시에 양도된 것으로 보아 쟁점1주택이 먼저 양도되고 쟁점2주택이 나중에 양도된 것으로 가정하여 쟁점1주택에 대하여는 비과세규정 및 신축주택 감면규정을 적용하고 재정2주택에 대하여는 신축주택감면규정만 적용한 판단은 잘못이 있다고 판단되므로 쟁점1・2주택에 양도시기에 대한 사실관계를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
심판청구를 재조사한다.
(1) 배우자 및 청구인이 보유하고 있는 쟁점 1・2주택은 조세특례제한법 제99조 의 3에서 규정하고 있는 신축주택이고 모두 3년 이상 보유하여 1세대1주택 양도소득세 비과세요건을 충족하고 있으므로 쟁점1・2주택을 3년이상 보유하다가 배우자 소유의 쟁점1주택을 양도하는 경우 청구인 소유의쟁점2주택은 소유자의 주택으로 보지 아니하므로 쟁점1・2주택 모두 동주택을 3년 이상 보유하여 1세대1주택 비과세요건 및 신축주택 감면규정을 적용하여야한다 (2)고급주택의 양도소득 산정시 부수토지를 포함하도록 소득세법 제95조 제3항 에서 명백하게 규정하고 있음에도 엄격히 해석하지 아니하고 법리를자의적으로 해석하거나 유추해석한 부당한 처분이다. (3) 소득세법 제95조 제3항 의 규정에 따른 고가주택의 양도차익 산정방식을기준면적을 초과하는 토지에 적용할 수 없다면, 기준면적을 초과하는 토지에 토지의 양도가액은 고가주택의 양도가액에서 제외하여야 한다. 따라서 기준면적을 초과하는 토지는 소득세법 제104조의3 에서 비사업용토지로 판단하여 주택의 부수토지로 보지 아니하고 중과세율을 적용하고 쟁점1・2주택은 양도가액이 6억원 미만인 1세대1주택 비과세 주택으로 보아야 한다.
(1) 국세청 질의회신 서면 인터넷방문상담4팀-3494(2006.10.24)호, 국세청예규(법규과-1797,2008.4.24)에 의해쟁점1주택은 1세대1주택 및 신축감면규정을 적용하고 쟁점2주택은 신축감면만을 적용한 처분은 정당하다
(2) 고가주택의 부수토지가 건물이 정착된 면적의 5배(도시지역이외 10배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 때에는 소득세법 기본통칙 95-1의 계산방법에 따라 건물과 대지부분의 양도차익을 구분하여 산정하는 것이 합리적이며, 이때 “대지부분 양도차익에서 공제하는 금액”은 기준면적에 해당하은 토지부분에 대하여 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 따라 산정한 양도차익을 초과할 수 없는 것으로 해석(법규고1329, 2007.3.22)하는 것은2007.1.1 이후 양도 분부터 적용하는 나대지 중과세율(60%)과 형평을 맞추이고 넓은 대지에 보상을 노린 주택신축 등 무분별한 투기방지 및 좁은 국토의 이용효율극대화 등을 염두에 둔 당연한 해석으로 당초 처분은 정당하다.
(3) 청구인의 주장은 법령에 근거하지 아니한 것으로 이를 주장하는 것은 당초 처분이 정당하다는 것을 반증하는 것이다.
(1) 양도소득세 비과세요건을 충족한 감면대상 신축주택 2채를 보유한 1 세대가 2주택을 동시에 양도한 경우 2주택 모두 양도소득세 비과세 및 신축주택 감면규정을 적용할 수 있는지 여부
(2) 고가주택을 실지거래가액으로 과세하는 경우 1세대1주택 비과세 범위을 초과하는 부분에 대하여 소득세법 제95조 제3항 의 규정(주택정착면적 5배 초과부분 포함)에 따라 양도차익을 산정하는지 여부
(3) 예비적 청구로 소득세법 제95조 제3항 의 규정에 따른 고가주택의 양도차익 산정방식을 기준면적을 초과하는 토지의 양도가액은 고가주택의 양도가액에서 제외할 수 있는지 여부
○ 제89조 (비과세양도소득) ①다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초 과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면 적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토 지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소 득
○ 제154조 (1세대1주택의 범위) ①법 제89조제1항 제3호에서 "대통령령 이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발 촉진법제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일 산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로 서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기 간의 제한을 받지 아니한다.
⑦ 법 제89조제1항 제3호에서 "지역별로 대통령령이 정하는 배율"이라 함 은 다음의 배율을 말한다.
1. 도시지역안의 토지 5배
2. 도시지역 밖의 토지 10배
⑨ 법 제89조제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같 은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 본다.
○ 제156조 (고가주택의 범위) ①법 제89조제1항 제3호에서 "가액이 대통 령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이라 함은 주택 및 이에 부수되 는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액[1주택 및 이에 부수되는 토 지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계 액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에 서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다]이 6억원을 초과하는 것을 말한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래 가액을 포함한다.
○ 제95조 (양도소득금액) ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도 소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특 별공제액을 공제한 금액으로 한다.
③ 제89조제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되 는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바 에 따라 계산한 금액으로 한다.
○ 제160조 (고가주택에 대한 양도차익 등의 계산 <개정 2002.12.30>) ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기 보유 특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도 자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산 한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 ┌───────────────────────────┐ │ 양도가액 － 9억원│ │ 법 제95조제1항 에 따른 양도차익 ×------------------ │ │양도가액 │ └───────────────────────────┘
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 ┌────────────────────────────────┐ │ 양도가액 － 9억원│ │ 법 제95조제2항 에 따른 장기보유특별공제액 ×------------------- │ │양도가액 │ └────────────────────────────────┘
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용 한다
○ 소득세법 제140조 의 3 [비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8 호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지 를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각호의 어느 하 나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.
5. 지방세법 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착 된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초 과하는 토지
○ 제168조의12 (주택부수토지의 범위) 법 제104조의3제1항 제5호에서 " 지역별로 대통령령이 정하는 배율"이라 함은 다음 각 호의 배율을 말한다.
1. 도시지역 안의 토지 5배
2. 도시지역 밖의 토지 10배
○ 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 <개정 2001.8.14>) ①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승 률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등 할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하 는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지 로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같 다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대 하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득 일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부 터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감 한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항 제3호 에 따라 양 도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러 하지 아니하다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환 경 정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취 득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다) 를 받은 신축주택
② 소득세법 제89조제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규 정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주 택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감 면신청을 하여야 한다.
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 부칙 <제6762호,2002.12.11> 제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의2 제3항 제1호 단서, 제94조제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공 포한 날부터 시행하고, 제106조의3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터시행하며, 제126조의2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다. 제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과 조치) ①이 법 시행 전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규 정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부 하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사 용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양 도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급 주택 기준을 적용한다.
② 제99조의3제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승 인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 제30조 (금지 금에 대한 부가가치세 과세특례에 관한 경과조치) 제106조 의 3의 개정규정을 적용함에 있어서 부가가치세 일반과세자가 이 법 시 행일 전에 금지 금을 공급받고 교부받은 세금계산서에 대하여는 동조제3 항의 개정 규정에 불구하고 부가가치세법 제17조 의 규정을 준용하여 매 입세액으로 공제받을 수 있다. 제31조 (성실신고 소규모사업자에 대한 소득세 납부세액공제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제123조 및 제125조의 규정에 의하여 성실신고한 사업자에 대하여 이 법 시행 후 소득세 또는 부가가치세의과세표준 및 세액을 경정 또는 재경정하는 경우에는 제123조 및 제125 조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 제32조 (수도권안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 경과조치) 이 법시행 당시 종전의 제130조에서 규정하는 수도권 이외의 지역에서 사업을 영위하고 있는 내국인이 이 법 시행 후 당해 사업장에서 사용하기 위하 여 취득하는 사업용 고정자산에 대하여는 제130조의 개정규정에 불구하 고 종전의 규정을 적용한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점1주택의 소유자인 이○○과 쟁점2주택의 소유자인 청구인은 부부 로서 동일세대원인 사실이 국세청통합전산망의 가구사항조회결과에 의하 여 확인된다.
(2) 이○○은 쟁점1주택을 2001.11.19. 사용승인 받아 2001.11.29 소유권 보존등기를 경료하고 2007.12.7 공공용지의 협의취득예약에 의한 소유권 이전 청구권보전을 원인으로 2007.12.11. ○○○○공사가 소유권이전청구 권가등기를 경료하였으며, 청구인은 쟁점2주택을 2001.11.19. 사용승인 받아 2001.11.29. 소유권보존등기를 경료하고 2007.10.12. 공공용지의 협 의취득예약에 의한 소유권이전 청구권보전을 원인으로 2007.10.16. 한국 토지공사가 소유권이전청구권가등기를 경료한 사실이 일반건축물대장 및 등기부등본에 의하여 확인된다.
(3) 처분청은 쟁점1주택에 대한 공공용지 협의취득예약일인 2007.12.7. 쟁 점1주택 및 쟁점2주택이 양도된 것으로 보았으나 이건의 경우와 같이 “공 익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률”에 의하여 수용되면서 쟁점1주택의 부수토지에 대한 보상금이 각각 2007.2.22 및 2007.3.7 2차 례에 걸쳐 735,806,666원이 지급되었고 쟁점1주택분에 대한 보상금은 2007.7.27. (주)○○○감정평가법인,(주)○○감정평가법인 및 (주)○○감 정평가법인이 감정평가한 평가서를 기초로 이○○ 및 청구인과 ○○○○ 공사 및 ○○광역시 ○○개발공사 사이에 협의를 거쳐 2007.12.7. 137,859,833원으로 확정된 사실이 위 감정평가법인들의 감정평가서 및지장물보상합의서에 의하여 확인되고, 위 주택분에 대한 총보상금 137,859,833원의 90%에 해당하는 124,073,853원은 2007.12.20. 지 급되었고 나머지 잔금 13,785,980원은 2008.12.10 지급되었음이 청구인 의 ○○은행 거래내역계좌내역에 의하여 확인된다. 또한,쟁점2주택의 부수토지에 대한 보상금이 각각 2007.2.23. 및2007.3.7. 2차례에 걸쳐 735,806,666원이 지급되었고 쟁점2주택분에 대 한 보상금은 2007.7.27. ○○○감정평가법인(주),(주)○○감정평가법인 및 (주)○○감정평가법인이 감정평가한 평가서를 기초로 이○○ 및 청구인과 ○○○○토지공사 및 ○○광역시 ○○○○공사 사이에 협의를 거쳐2007.10.12. 60,551,700원으로 확인되고, 위 주택분에 대한 총보상금 60,551,700원의 90%에 해당하는 54,496,530원은 2007.10.23. 지급된사실이 청구인의 ○○은행 거래계좌내역에 의하여 확인된다.
(4) 위 사실관계를 살펴보건대, “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상 에 관한 법률”에 의하여 수용되는 쟁점1주택의 경우 그 부수토지의 양도 는 그 보상금의 지급일 이전인 1007.2.13. 소유권이 이전되었으나 쟁점1 주택분에 대한 평가는 2007.7.27. 이루어져 보상가액이 2007.12.7. 확정 되었고 동보상금을 최종 지급한 날은 2008.12.10.인바, 처분청이 공공용지 협의취득예약에 의한 소유권이전 청구권보전일인 2007.12.7.에 쟁점1주택 및 그 부수토지가 양도된 것으로 볼 수 있는 근거규정이 없다. 따라서 처분청이 쟁점1・2주택 및 그 부수토지가 2007.12.7.동시에 양도 된 것으로 보아 쟁점1주택이 먼저 양도되고 쟁점2주택이 나중에 양도된 것으로 가정하여 쟁점1주택에 대하여는 양도소득세 비과세규정 및 신축주 택 감면규정을 적용하고 쟁점2주택에 대하여는 신축주택 감면규정만을 적 용하였으나 2007.12.7. 쟁점1・2주택 및 그 부수토지가 동시에 양도된 사 실이 없는 바, 이건 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다이고 판단되므로 쟁점1주택 및 쟁점2주택의 양도시기에 대한 사실관계를 재 조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.