신축주택 감면조항 적용시 5년간 발생한 양도소득의 계산방법

심판청구를 기각한다.

1.처분개요

• 가. 청구인은 1998.8.31. 분양계약하여 2001.3.15. 소유권을 취득한 OO도 OO시 OO구 OO동 1OO-O OO아파트 1O2-6O4(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2006.6.9. 양도하고, 쟁점아파트의 양도소득에 대하여 조세특례제한법제99조에 의한 양도소득세 100%감면 규정을 적용하여 2006.6.27. 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법제99조 제4항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항의 규정에 의하여 취득한 날로부터 5년간 발생한 쟁점아파트의 양도소득금액을 계산한 결과, 양도소득금액이 없는 것으로 나타나 감면신청을 받아들이지 아니하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의 시행 취지는 건설경기 침체 및 미분양 주택의 과잉에 대한 대책으로 동 규정에 따라 취득한 신축주택 양도시에는 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득을 과세하지 아니하는 혜택을 주어 건설경기 및 전체 경제를 활성화 하기 위한 것이다. 조세특례제한법 제99조 제1항 은 쟁점아파트를 취득한 날로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 100% 감면하며, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 쟁점아파트를 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고, 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 같은 법 시행령 제99조 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 하고 있으나, 제40조 제1항은 그 계산준거를 실거래가액이 아닌 1년에 1회 고시하는 공시지가를 기준하여 계산하도록 함으로써 실질적으로 청구인이 쟁점아파트를 구입한 후 5년간 발생한 양도소득세가 100% 면제되지 않는 불합리가 발생하였다. 조세특례제한법 시행령제99조 제1항 및 같은법 시행령 제40조 제1항은 5년간 면제되는 양도소득금액을 계산할 때만 공시지가를 계산 준거로 삼는 것은 소득세법제96조 제1항의 입법취지에 반하며, 위임입법의 한계를 일탈한 위헌, 위법한 규정이라 할 것이며, 2007년부터 양도소득세가 실거래가액 과세로 전면 개편하였고 상속세 및 증여세법에서도 재산 평가시 실거래가를 원칙으로 하고 있어 청구인의 입장에서 면제되는 양도소득금액의 계산에 있어서도 실거래가를 기준으로 삼을 것이라고 예상할 수 밖에 없다는 점에서 일반적인 사회통념과 배치되는 문제점이 있으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 주장과 같이 실거래가액(국세청 공동주택 적정가격) 기준으로 계산하면 전체 양도소득금액 138,545,345원 중 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 133,813,894원으로 나타나나, 조세특례제한법 제99조 제4항 및 같은법 시행령 제99조 제1항과 제40조 제1항의 계산식에 의한 전체 양도소득금액 중 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액이 “0”으로 나타난다. 조세특례제한법 제99조 의 제정취지와 위임입법 한계를 넘은 시행령에 의한 과세가 부당하다는 청구인의 주장은 공감하나, 현행 법령을 적용하여 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제99조 제1항 의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 위임을 받은 같은 법 시행령 제40조 제1항 계산식의 적정성 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연먼적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법제89조제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5연간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 조세특례제한법 시행령 99조 (신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제99조제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 제40조 (구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2005.2.19 부칙> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점아파트를 1998.8.31. 분양계약하고 2001.3.15. 소유권을 취득하여 2006.6.9. 양도하였으며, 쟁점아파트의 양도소득에 대하여 조세특례제한법제99조에 의한 양도소득세 100% 감면 규정을 적용하여 2006.6.27. 양도소득세 예정신고를 하였으나, 처분청은 조세특례제한법 시행령제99조 제1항의 규정에 의하여 쟁점아파트를 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산한 결과, 양도소득금액이 없는 것으로 나타나 감면신청을 받아들이지 아니한 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 실거래가액이 아닌 1년에 1회 고시하는 기준시가를 기준하여 계산하도록 규정한 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 준용하는 것에 대하여 위임입법 한계를 일탈한 위헌, 위법한 규정이라고 주장한다.

(3) 조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 취득하여 그 취듣ㄱ한 날로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100%의 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제4항은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기간 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조 제1항은 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 규정하고 있다. 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(4) 쟁점아파트의 매매계약서에 의하면, 청구인이 쟁점아파트를 2001.3.15. 2억 9,465만원에 매입하여 2006.6.9. 4억8,000만원에 양도한 것으로 나타나며, 쟁점아파트의 양도소득금액이 138,543,345원 발생한 것으로 결의서에 의하여 확인된다. 국토해양부 자료에 의하면, 쟁점아파트의 공시가격은 2001.7.1. 2억8,500만원으로 최초로 고시되었고, 2006.4.28. 고시된 공시가격은 3억9,700만원으로 나타나며, 청구인이 쟁점아파트를 취득하여 5년이 되는 날인 2006.3.15.에 고시되어 있는 공시가격은 2억4,200만원으로 나타나고, 국민은행 부동산자료에 의하면, 쟁점아파트의 연도별 시세는 아래 표와 같이 나타난다. (단위: 천원) 기준월 하한가 일반거래가 상한가 고시일자 기준시가 2006.6 543,000 590,000 600,000 2006.4 548,000 572,500 585,000 2006.4.28 397,000 2006.3 528,000 547,500 560,000 2006.1 528,000 547,500 560,000 2005.1 350,000 370,000 390,000 2005.5.2 242,000 2004.1 400,000 410,000 420,000 2004.4.30 301,500 2003.7 320,000 340,000 360,000 2003.4.30 261,000 2001.3 294,650(취득가액) 2001.7.1 (2001.3.15. 환산가액) 285,000

(5) 처분청은 쟁점아파트가 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도됨에 따라 취득일로부터 5년간의 양도소득금액을 계산함에 있어 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산식에 의거 취득일(2001.3.15.)로부터 5년이 되는날(2006.3.14.)의 기준시가(2005.5.2.고시)를 적용하여 계산하고, 취득당시(2001.3.15.) 기준시가는 고시되니 아니하여 쟁점아파트의 최초 기준시가인 2억8,500만원을 환산하여 계산한 결과 최초 고시된 기준시가와 동일하게 계산된 것으로 확인된다. 위 계산식에 의하여 계산한 결과, 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(2억4,200만원, 2005.5.2.고시)가 취득당시 기준시가(2억 8,500만원, 2001.3.15. 환산가액)보다 낮게 고시되어 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액이 없는 것으로 나타난다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 청구인은 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산을 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 을 준용하도록 하는 규정은 위임입법의 한계를 일탈한 위헌, 위법한 규정이라고 주장하나, 조세특례제한법 제99조 제1항 에서 쟁점아파트를 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하였을 경우에 는 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하도록 하고 있는 바, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항은 취득일로부터 5년이 경과하여 양도한 쟁점아파트의 양도소득금액에 대하여 취득일로부터 5년간 발생한 실지 양도소득금액의 비율을 기준시가 기준으로 계산하는 점, 취득일로부터 5년이 되는 날의 실지 양도소득금액이 확인 되니 아니하는 점, 공동주택의 기준시가(공시가격)는 동․층․면적, 시세 등 부동산의 각종 여건을 고려하여 정해지는 점 등에 비추어 볼때, 조세특례제한법제99조 제4항의 위임을 받아 같은 법 시행령 제99조 및 제40조에서 전체 양도소득금액에서 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산을 기준시가 기준으로 계산하는 것은 적법하다고 판단된다. 따라서, 처분청이 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 계산식에 의하여 계산된 양도소득금액을 차감하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의해 주문과 같이 결정한다.