가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 손금부인한 처분의 당부

○○○세무서장이 2008.9.10. 청구인에게 한 2006년 제2기 부가가치세 15,288,030원과 2006사업연도 법인세 34,865,510원의 부과처분 및 122,100,000원의 2006년 귀속 대표자 상여처분과 소득금액변동통지한 처분은 이를 취소한다.

청구인은 2006.1.18. 설립하여 ○○○ 126-23 ○○○빌딩에서 전기공사업을 영위하는 법인으로, 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)으로부터 공급가액 111,000천원의 세금계산서 2매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매입세액을 매출세액에서 공제하고 공급가액을 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 해당 공급가액을 손금불산입하여 2008.9.10. 청구인에게 2006년 제2기 부가가치세 15,288,030원 및 2006사업연도 법인세 34,865,510원을 경정고지하고, 쟁점세금계산서상 공급대가를 대표자 상여로 소득처분하고 청구인에게 소득금액변동통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 ○○○으로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 실물거래한 뒤 교부받은 정당한 세금계산서로 대금결제가 계좌이체로 이루어진 사실이 금융거래자료에 의하여 확인되고 있고, 청구인이 매출처인 ○○○주식회사(이하 “○○○”이라 한다)와 쟁점세금계산서상 물품인 ‘ㄱ’형 형강 등의 공급계약을 체결하고 당해 물품을 실제 공급한 사실이 용역계약서 등에 의하여 확인되고 있으므로 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 손금부인하여 부가가치세 및 법인세 등을 과세한 처분은 부당하고, 설사 ○○○이 자료상으로 관계기관에 고발조치되었다 하더라도 ○○○으로부터 물품을 실제 매입하고 대금을 계좌이체한 점, 법원 판결문에서도 쟁점세금계산서를 가공세금계산서라고 판시하지 아니한 점 등에 비추어 청구인은 귀책사유가 없는 선의의 거래당사자에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 물품대금을 계좌이체로 지급하고 법원 판결문에 언급된 가공세금계산서 목록에 쟁점세금계산서가 포함되어 있지 아니한 점 등을 들어 과세처분이 부당하다고 주장하나, 대금결제방법이 가공거래를 실제거래로 위장하기 위하여 자료상업체의 계좌에 입금한 후 즉시 출금하는 전형적인 자료상 대금수수방법이고, ○○○의 거래사실확인내용과 대표자 신○○○이 당초 ○○○세무서장의 자료상 조사시 및 처분청의 문답서 작성시 진술한 내용이 상이하고, ○○○이 실제 매입처라 주장하는 문○○○이 관련업종에 종사한 근거가 없으며 신○○○이 제출한 거래명세표, 입금확인증 등은 세무조사 중에 임의로 작성한 것으로 보이므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금부인하여 부가가치세와 법인세를 과세하고 공급대가를 대표자 상여처분한 뒤 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세하고 공급대가를 대표자 상여처분한 뒤 소득금액변동통지한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자 에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국 내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 과세관련자료 등에 의하면 이 건 처분경위는 다음과 같다. (가) 청구인은 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 매입처인 ○○○으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고 해당 공급가액을 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다. (나) 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 손금불산입하여 2008.9.8. 청구인에게 2006년 제2기분 부가가치세 15,288,030원 및 2006사업연도 법인세 34,865,510원을 경정고지하고, 쟁점세금계산서상상 공급대가인 122,100,000원을 대표자 상여로 소득처분하고 청구인에게 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 쟁점세금계산서를 교부한 ○○○에 대한 자료상혐의자 조사내용을 보면 다음과 같다. (가) ○○○은 사업장 관할세무서장인 ○○○세무서장이 자료상 조사를 진행하던 중인 2007.9.27. 폐업한 법인으로 2004년 제1기부터 2005년 제2기까지의 평균 부가가치율이 16% 정도였으나 2006년 제1기 37%, 2006년 제2기 88%, 2007년 제1기 88%로 2006년부터는 업종평균에 비하여 비정상적으로 부가가치율이 증가하였고, 2006년 제1기부터 2007년 제1기까지 폐업자(○○○산업: ○○○)로부터 수취한세금계산서(208백만원)가 존재하는 등 가공세금계산서를 수취하고 발행한 혐의가 있어 자료상 조사대상자로 선정하였다. (나) 또한, 대부분의 소액 매출처 및 매입처의 경우에는 제품인 논슬립, 알루미늄자재 등을 거래한 것으로 확인되어 정상거래로 인정하였으나 매출처 중 대다수를 차지하는 청구인, ○○○주식회사, 주식회사 ○○○엔지니어링에게는 실물거래없이 가공세금계산서를 발행한 것으로 확인되어 관할세무서장에게 가공거래자료로 통보하고 관련 법인 대표자를 수사기관에 조세범처벌법 위반혐의로 고발조치하였고, 청구인이 주식회사 ○○○엔지니어링으로부터 2007년 제1기에 145,800천원의 재화를 공급받고 세금계산서를 수취한 것에 대하여 관할세무서장으로부터 자료상 조사를 받은 결과 청구인이 매입대금을 결제한 금융증빙은 제시하고 있으나 관련법인들간의 자전거래를 통하여 실물거래없이 가공세금계산서를 발행 및 수취한 것으로 확인되었다.

(3) 처분청은 위 (2)의 ○○○에 대한 자료상 조사내용과 청구인의 대금결제방법이 가공거래를 실제거래로 위장하기 위하여 자료상업체의 계좌에 입금한 후 즉시 출금하는 형태로 자료상의 전형적인 대금수수방법을 취하고 있는 점, ○○○의 거래사실확인내용과 대표이사 신○○○이 당초 ○○○세무서장의 자료상 조사시 진술한 내용과 처분청의 문답서 작성시 진술한 내용이 상이한 점, ○○○이 실제 매입처라고 주장하는 문○○○은 관련업종에 종사하였다고 볼 만한 근거가 없는 점, 위 신○○○이 제출한 문○○○과의 거래명세표 및 입금확인증은 세무조사를 받기 위하여 임의로 작성한 것으로 보이는 점 등을 근거로 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서로 보았다.

(4) 청구인이 ○○○으로부터 실물거래없이 쟁점세금계산서를 교부받은 것인지 여부를 본다. (가) 청구인은 2006.1.18. 설립되어 ○○○빌딩에서 전기공사업을 영위하는 계속사업자로서, 법인등기부등본상 사업목적이 전기공사업 등이며, 사업자등록증상 종목도 전기공사업으로 등재기되어 있고, ○○○은 1988.9.10. 설립되어 ○○○ 203번지에서 제조/기타금속제품을 영위하다 2007.9.27. 폐업한 법인으로, 법인등기부등본상 사업목적이 철강제품․전자부품․기계제작 등으로, 사업자등록증에는 종목이 기타금속제품 등으로 등재되어 있고 폐업전에는 논슬립(계단 미끄럼 방지턱), 금구류(전기고정장치) 등을 제조․판매하다가 최근 몇 년 동안은 도매업을 영위한 것으로 자료상혐의자 조사서상에 조사되어 있다. (나) ○○○에 대한 자료상혐의자 조사서에 조사되어 있는 가공세금계산서 수수비율은 아래의 표와 같은 바, 쟁점과세기간인 2006년 제2기 매출가공비율은 66.6%인 것으로 나타난다. (다) 쟁점세금계산서 및 관련 견적서․거래명세서의 내역을 보면, 청구인은 ○○○으로부터 2006.11.25.자 배전반 제작 및 설치대금으로 공급가액 62,500천원의 세금계산서 1매, 2006.12.31.자 금구류 납품대금으로 공급가액 48,500천원의 세금계산서 1매인 쟁점세금계산서를 교부받고, ○○○이 쟁점세금계산서와 관련하여 청구인에게 교부한 견적서에 ‘ㄱ형’ 형강․행가, 강관형․앵글형 지지대 등의 제품명이 기재되어 있고, ○○○이 2006.12.23. 문○○○으로부터 교부받은 거래명세서에도 위 견적서에 적시되어 있는 동일 제품이 기재된 사실이 확인된다. (라) 청구인은 법인명의 예금계좌○○○에서 전화이체로 ○○○에게 2006.12.19.자에 30,000천원, 30,000천원, 8,750천원 합계 68,750천원(부가가치세 포함)을 송금하고 2006.12.27.자에 30,000천원, 23,350천원 합계 53,350천원(부가가치세 포함)을 각각 송금한 사실이 금융거래자료에 나타난다. (마) ○○○ 대표이사인 신○○○이 2008.3.12. 처분청의 조사과정에서 작성한 문답서를 보면, ○○○에서 생산하고 취급하였던 물품은 논슬립, 금구류, 배전판, 철강제품 등이며 일부 품목은 도매거래도 하였고 도매거래분은 주문량을 일정기한내 생산하지 못하더라도 가격이 싸고 외상거래도 가능하기 때문에 ○○○ 대리점이나 ○○○ 대리점, 시내 철강가게, ○○○로부터 물품을 공급받았으며, 쟁점세금계산서상 물품은 문○○○으로부터 실제 매입한 것으로 청구인으로부터 연락을 받고 요청물량에 대한 견적서를 제출하면 최종 납품의뢰를 받고 납품을 준비하는 과정에서 원자재를 구매하기 위하여 전부 현금으로 지급하여야 하나 당시 현금이 부족하여 외상이 가능한 문○○○에게 납품의뢰를 하였고, 결제는 청구인이 물품대금을 입금하면 수표(62,000천원 1매, 48,000천원 1매)로 출금하여 직접 지급하였으며, 입금 당일 즉시 현금으로 출금한 이유는 문○○○에게 물건대금을 지급하기 위하여 수표 2장을 출금하였다는 내용이 기재되어 있다. (바) ○○○의 자료상 행위와 관련한 법원 판결문○○○을 보면, ○○○지방법원은 대표이사 신○○○이 ○○○을 운영하면서 별지 범죄일람표 기재와 같이 모두 10회에 걸쳐 ○○○주식회사에 총 공급가액 157,112천원 상당의 허위세금계산서 10매를 작성하여 교부하였다고 판시하였는 바, 별지 범죄일람표에는 ○○○이 2006.2.28.부터 2006.11.30.까지 ○○○주식회사에만 10매의 허위세금계산서를 교부한 것으로 판시하고 있어 청구인이 교부받은 쟁점세금계산서는 당해 범죄일람표상 적시되어 있지 아니한 것으로 나타난다. (사) 청구인은 ○○○으로부터 매입한 쟁점세금계산서상 제품을 ○○○기술에게 공급하여 그 제품을 공사현장에 사용하였다고 주장하면서 세금계산서, 용역계약서, 대금입금 통장사본, 자재설치완료 확인서, 현장사진 등을 제시하고 있어 이에 대하여 본다.

1. 청구인과 ○○○기술이 체결한 4차례의 용역계약을 보면, ① 2006.9.1.자 용역계약서에는 공사명은 ○○○ 154kv Cable 및 종단 접속함 구축공사, 공사기간은 2006.9.1.～2006.10.5., 계약금액은 277,200천원(부가가치세 포함)으로 되어 있고, 세금계산서는 작성일이 2006.11.30., 공급대가는 277,200천원(공급자: 청구인)으로 기재되어 있으며 공사현장 사진 6매를 제시하고 있다. ② 2006.11.22.자 용약계약서에는 공사명은 ○○○ 수전용량 증설공사, 공사기간은 2006.10.1.～2007.6.30., 계약금액은 1,565,000천원(부가가치세 포함)으로 되어 있고, 세금계산서 2매는 작성일이 2006.11.30. 및 2007.1.31., 공급대가는 675,400천원(공급자: 청구인) 및 114,294천원(공급자: 청구인)으로 기재되어 있으며 공사현장 사진 20매를 제시하고 있다. ③ 2006.12.1.자 용약계약서에는 공사명은 ○○○(탕정) 154kv Cable 추가 전기공사, 공사기간은 2006.6.1.～2006.12.31., 계약금액은 31,680천원(부가가치세 포함)으로 기재되어 있고, 세금계산서는 작성일이 2006.12.31., 공급대가는 31,680천원(공급자: 청구인)으로 기재되어 있으며 공사현장 사진 19매를 제시하고 있다. ④ 2007.1.2.자 용약계약서에는 공사명은 탕정 T8-1라인 154kv Cable 지중선로공사, 공사기간은 2007.1.1.～2007.6.30., 계약금액은 1,020,690천원(부가가치세 포함)으로 기재되어 있고, 세금계산서는 작성일이 2007.2.28.이고 공급대가는 431,876천원(공급자: 청구인)이며 1회 기성비인 사실이 기재되어 있으며 공사현장 사진 12매를 제시하고 있는 등이 확인되는 만큼, 청구인이 ○○○으로부터 구입한 배전반, 금구류 등을 ○○○기술이 4개 공사현장에 사용하여 설치완료한 사실이 인정된다.

2. 청구인은 제시하는 금융거래자료인 법인명의 예금계좌○○○에는 ○○○기술이 B2B 송금으로 청구인에게 2006.12.14. 952,600천원, 2007.1.15. 362,780천원, 2007.2.14. 114,294천원, 2007.3.14. 431,876천원을 각각 송금한 사실이 나타난다.

3. 청구인은 2009년 1월 ○○○기술이 고객인 ○○○전자, ○○○ 등에게 주전력 공급 전기공사용역을 제공하기 위하여 청구인으로부터 2006년 10월부터 2006년 11월까지 필요한 자재인 초고압 금구류, ‘ㄱ’형 행가․형강, 강관형․앵글형 지지대 등을 납품받아 ○○○ 154kv Cable 및 종단 접속함 공사 외 3개 공사현장에 설치완료하였다는 내용의 자재설치완료 확인서를 제시하고 있다. (아) 이상의 사실관계 등을 종합하면, 쟁점과세기간인 2006년 제2기에 ○○○의 매출가공비율이 66.6%에 불과한 점, 청구인이 ○○○으로부터 형강 등을 실제 매입하고 대금을 전화이체로 지급한 사실이 금융거래자료에 의하여 확인되고 있는 점, 매입한 형강 등을 매출처인 ○○○기술에 공급하고 대금을 지급받은 사실이 용역계약서 및 자재설치완료 확인서 등에 의하여 확인되고 있는 점, ○○○이 일부 자료상행위를 하였다 하더라도 실지거래한 사실이 금융거래자료 등 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 경우 이를 인정하는 것이 타당한 점, ○○○의 자료상 행위와 관련한 법원 판결문의 별지 범죄일람표에 ○○○이 쟁점과세기간에 ○○○주식회사에만 10매의 허위세금계산서를 교부한 것으로 나타나고 쟁점세금계산서에 대하여는 언급되어 있지 아니한 점, 처분청은 청구인이 대금을 입금하는 즉시 수표로 출금하는 등 대금결제방법이 전형적인 자료상 형태를 띠고 있어 가공거래혐의가 있다고 보았으나 청구인의 예금계좌에서 출금한 금액이 다시 청구인의 예금계좌로 입금된 사실이 확인되지 아니하는 점 등을 볼 때, 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 부과하고 대표자 상여처분한 뒤 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.