토지를 취득하여 임대사업용 건물을 착공하였으나, 시공사의 공사중단으로 양도된 경우 비사업용토지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 384-1 대지 1,493㎡, 같은 곳 384-25 임야 58㎡, 같은 곳 대지 140㎡ 등 3필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2003.3.21. 취득하여 2003.9.25. 지상건축물을 멸실․철거하고 임대용건물을 신축하다가 중단하였으며, 2007.5.30. 쟁점토지를 양도한 후 2007.7.27. 양도소득세 369,431,100원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지를 소득세법 제104조의3 에 해당하는 비사업용토지로 판단하여 2008.8.21. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 386,022,440원을 추가로 경정하여 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.16. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목은 지방세법에 규정한 재산세 별도합산 또는 분리과세 대상이 되는 토지는 사업용 토지로 보도록 규정하고 있는 바, 쟁점토지를 취득한 2003.3.21.부터 2004년까지 별도합산 과세되었으며, 쟁점토지를 매도계약한 2007.3.7.부터 쟁점토지에 양수인이 공사를 진행하였으므로 쟁점토지를 양도한 2007.5.30.까지 사업용토지의 사용기간이라 할 수 있으며, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호 의 규정에 의하여 종전 상가건물의 멸실․철거일로부터 2년(2003.9.25.~2005.9.24.)은 쟁점토지를 사업용으로 사용한 기간으로 보아야 하고, 종전건물의 취득일 이후 멸실․철거일로부터 2년에 이르기까지의 사업용 사용기간이 2년을 초과하므로 소득세법 시행규칙 제83조의5 제10호 에서 규정하고 있는 2년이상의 사업에 사용한 토지라는 사실이 확인되며, 2004.5.24. 폐업한 사실이 폐업사실 확인서 등에 의하여 확인되므로 사업의 폐업일로부터 2년간인 2006.5.23.까지 사업용으로 사용한 것으로 보아야 하며, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호 에서 천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간은 사업용 사용기간에 포함한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 과세관청이 법령의 규정에 의하여 시공사인 ○○종합건설(주)의 사업자등록이 말소됨으로써 당해 사업을 더 이상 계속할 수 없도록 사업을 금지 또는 제한을 한 처분이므로 그 밖의 정당한 사유에 의하여 시공자로서는 불가피하게 공사를 중단할 수 밖에 없었으므로 시공사의 공사중단일인 2004.5.24.부터 양도 계약시점인 2007.3.7.까지 사업용으로 사용한 것으로 보아야 한다. 청구인은 쟁점토지를 2003.3.21. 취득하여 2007.5.30. 매각하였으므로 보유기간은 4년2개월이고, 쟁점토지의 사업용 사용기간을 모아 계산하면, 즉, 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목의 지방세 별도합산기간(2003.3.21.~2004.12.31, 2007.3.7.~2007.5.30), 같은법 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호에 의한 종전건물의 멸실․철거일로부터 2년(2003.9.25.~2005.9.24.), 같은항 제10호의 규정에 의한 폐업일로부터 2년(2004.5.24.~2006.5.24.), 같은항 제5호의 규정에 의한 시공사 공사중단일(2004.5.24.~2007.3.7.)을 합산한 기간이 전체보유기간 4년2개월 중 3년을 초과하여 사업용토지에 대한 기간기준 요건을 충족하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지상의 건물 시공사인 ○○종합건설(주)가 2003.9.25.부터 종전 건물을 멸실․철거하고 신축공사를 진행하다가 사업자등록이 직권 폐업되었다고 주장하나, ○○종합건설(주)는 2002.2.12. 자진하여 휴업신고(2004.2.12~2005.2.11.)한 후 2004.5.24. 자진폐업 신고를 하였으므로 세무서에서 직권폐업을 하여 공사를 못하였다는 불가피한 사유는 근거가 없고, 동 법인은 자료상으로 고발된 법인으로 실제 공사를 하였다고 볼 수 없다. 청구인이 주장하는 쟁점토지의 별도합산토지로 과세된 기간은 2003.3.21~2004.12.31.(651일)이고, 2007년 과세기준일인 2007.6.1.에는 이미 소유권이 이전된 상태로 지방세가 과세되지 않았으므로 2007년은 별도합산토지로 볼 수 없다. 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호 는 지상건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득한 경우에 적용하는 것으로 청구인이 취득한 토지에는 지상건축물이 존재하므로 동 규정을 적용할 수 없다. 따라서, 청구인이 쟁점토지를 사업용토지로 인정받기 위해서는 전체 보유기간의 80%인 1225일이상(또는 전체 소유기간의 3년이상, 양도일직전 3년 중 2년이상)을 사업용으로 사용하여야 하나, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호 의 규정(건축물이 철거된 날로부터 2년은 사업용으로 봄)과 별도합산기간을 포함한 사업용 기간은 919일(2003.3.21.~2005.9.25.)이고, 쟁점토지 전체 보유기간은 1531일(2003.3.21~2007.5.30.)로 이에 해당되는 사항이 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점토지를 취득하여 지상건축물을 멸실․철거하고 임대사업용 건물을 착공하였으나, 시공사의 사업자등록 말소로 신축공사를 중단하였다가 이를 양도한 경우, 소득세법 104조의3 의 비사업용 토지의 기간 기준의 충족 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

○ 소득세법 제104조 의 3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법 또는 관계법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제182조제1항제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황․관계법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 재정경제부령이 정하는 기간

③ 법 제104조의3제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

5. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되 는 토지

○ 소득세법 시행규칙 제83조의5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의14제1항제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준사업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가․허가(건축허가를 포함 한다. 이하 같다)․면허 등을 신청한 자가 건축법 제12조 의 규정 및 행정지 도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가․허가․면허 등을 받았 으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공 이 제한된 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으 로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중 인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

9. 건축물이 멸실․철거되거나 무너진 토지: 당해 건축물이 멸실․철거되거나 무너진 날부터 2년

10. 거주자가 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업․ 폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지: 휴업․폐업 또는 이전일부터 2년

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 2003.3.21. 취득하여 2003.9.25. 지상건축물을 멸실․철거하고 임대용건물을 신축하다가 중단되어 2007.5.30.양도한 후, 2007.7.27. 양도소득세 369,431,100원을 신고납부하였으나, 처분청은 쟁점토지를 소득세법 제104조의3 에 해당하는 비사업용토지로 판단하여 2008.8.21. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 386,022,440원을 추가로 고지하였음이 경정결의서에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 사업용으로 사용한 기간이 소득세법 시행령 제168조의6 제2호 의 비사업용 토지의 기간 기준을 충족하지 아니하여 사업용토지에 해당한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 증빙서류로 제출한 자료 중 ○○세무서장이 ○○종합건축사사무소에 사실조회 의뢰한 답변서 내용을 보면, 쟁점토지상에 공사 진행사항은 기존 건물 철거 및 대지 정지작업, 가설작업, 지하층 흙막이 공사 진행 중 시공사 사정으로 공사가 지연된 것으로 답변하고 있다. 건물 멸실 등기부등본에는 2003.8.18. 쟁점토지위에 있는 종전 건축물이 멸실된 사실이 확인되며, 쟁점토지에 대한 건축허가서 내용을 보면, ○○시장이 2003.8.20. 허가일로 하여 2003.9.25. 건축허가서 및 착공신고필증을 교부하였고, 쟁점토지 공사현장 사진에는 종전건축물을 철거하고, 지하 흙막이 공사가 진행되었으며, 가설울타리가 설치된 것으로 나타난다. (나) 쟁점토지 매매(매도)계약서 등에 의하면, 청구인은 2007.3.7. (주)○○○개발 외 2명에게 쟁점토지를 양도금액 41억원에 양도계약하고, 2007.5.30. 소유권이전한 것으로 나타나며, 특약사항에는 계약과 동시에 건축주 명의 변경 신청을 하며, 토지거래 허가전에 매수자는 건축공사를 착수한다고 기재되어 있다. (다) 2008.10.24. ○○시장의 쟁점토지에 대한 과세자료 회신결과에 의하면, 당초 쟁점토지에 대한 착공신고 자료가 누락되어 2003년부터 2006년까지 종합합산 과세되었으나, 청구인의 재산세 변경내역 확인 요청에 따라 2003년 및 2004년 쟁점토지를 별도합산 과세 대상으로 변경한 사실이 확인되며, 2007년에는 양수인에게 별도합산 과세된 사실이 확인된다. (라) 처분청 자료에 의하면, 청구인은 당초 쟁점토지에 임대사업을 목적으로 건물을 신축 공사중이었으나 사업자등록을 하지 아니한 것으로 나타나며, 청구인이 도급한 시공사인 ○○종합건설(주)는 2003.3.11. 건설업으로 개업하였고, 2003.9.25. 쟁점토지에 착공하였으나 2004.2.12~2005.2.12. 기간동안 휴업하는 것으로 신고하였으며, 사유는 기타로 되어 있고, 휴업기간 중인 2004.5.24. 폐업신고하였으며, 사유는 사업부진으로 기재되어 있다. (마) 쟁점토지에 대한 등기부등본을 보면, 청구인의 쟁점토지를 2003.5.23. 경매로 취득하고 2007.5.30. 양도하여 총 보유기간은 약 4년으로 나타난다. 일반건축물대장을 보면, 1999.2.1. 쟁점토지위에 근린생활시설(소매점, 480㎡)과 화장실 2곳(16.12㎡)이 건축되어 있는 것으로 나타난다. (바) 살피건대, 청구인은 소득세법 제104조의3 제1항 나목에 의한 별도합산과세기간(2003.5.23~2004.12.31, 2007.3.7.~2007.5.30.), 같은법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호에 의한 착공기간(2003.9.25.~2004.5.24.) 및 공사 중단기간(2004.5.25.~2007.3.7.), 동항 제9호에 의한 철거일로부터 2년(2003.9.25~2005.9.24.), 동항 제10호에 의한 휴업․폐업 또는 이전일로부터 2년(2004.5.25.~2006.5.24.)의 기간을 비사업용 토지로 보지 아니하는 기간으로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호 는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 대하여 적용하고 있는 바, 건축물대장을 보면 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 지상에 근린생활시설(496.12㎡), 화장실 2동(16.12㎡)이 정착되어 있는 사실이 확인되어 위 규정을 적용하기 어렵다고 보이며, 또한, 같은항 제10호는 거주자가 2년이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업․폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지로 규정하고 있는 바, 청구인이 쟁점토지를 2년이상 사업에 사용한 사실이 확인되지 아니한 반면, 같은항 제9호의 기간(멸실․철거일로부터 2년)은 사업용으로 간주하는 기간이므로 이를 사업용으로 사용한 기간이라고 보기는 어렵다. 또한, 청구인은 시공사의 강제적인 폐업으로 인하여 건축공사가 중단되었으므로, 이를 부득이한 사유로 보아 공사 중단기간을 사업용 사용기간으로 보아야 한다고 주장하나, 시공사가 폐업한 경우에도 쟁점토지상에 건축공사 자체를 못하는 것이 아니므로 시공사의 폐업이 소득세법 시행규칙 제83조의5 에서 규정하고 있는 부득이한 사유로 보기는 어렵다. 위 판단기준을 근거로 하여 청구인의 쟁점토지를 비사업용으로 보지 아니하는 기간을 합하면, 소득세법 제104조의3 제1항 나목에 의한 별도합산과세기간(2003.5.23.~2004.12.31, 2007.3.7.~2007.5.30.)인 672일, 같은법 시행규칙 제83조의 5 제1항 제9호에 의한 멸실․철거일로부터 2년(2003.8.18.~2005.8.17.)인 730일 중 중복기간을 제외하면 총 900일로 나타나고, 청구인이 쟁점토지를 보유한 기간(2003.5.23.~2007.5.30.)은 1468일로 나타난다. 쟁점토지를 비사업토지로 보기 위해서는 비사업용으로 보유한 기간이 ① 쟁점토지 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간 ② 양도일직전 3년중 1년을 초과하는 기간 ③ 쟁점토지 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 기준을 모두 충족하여야 하는 바, 청구인의 쟁점토지 보유기간이 1468일이고, 사업용으로 판단되는 기간이 900일로 나타나고 있어 위 3가지 요건을 모두 충족하고 있으므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.